反抗王莽统治的另一支主力大军赤眉军，起义于新天凤五年（18），起初是琅邪（今山东诸城）人樊崇率领百多人在莒县举兵，自称“三老”，转战于泰山一带。由于他勇猛善战，四方归附，一年就发展到了上万人。与此同时，东海（今山东郑城）人徐宣、杨音等也各自起兵，来与樊崇会合，诸部会合之后，形成了一支数万人的劲旅，即由樊崇指挥，先攻莒县不下转扑姑幕，然后在青州击败驻军田况部，歼敌一万多人。取得了第一个巨大胜利后，义军北入青州，折还泰山，屯人东海南城，终于发展成了有十多万人的强大军事力量。樊崇所部是清一色贫苦农民组成，以“杀人者死，伤人偿创”为口号，以“最尊者号三老，次从事，次率史”为排位，以“巨人”为相互称谓，无文号旌旗，无官爵封位，是一支单纯、质朴、实在、刚正的农民武装。新地皇元年（20），王莽令各州牧、郡守、县宰皆带军职，署将军、校尉称号，以加强对义军的镇压。第二年，又派太师义仲景尚，更始将军护军王党率兵镇压义军，结果翌年二月大败，景尚被义军打死。两个月后，王莽又派其亲信太师王匡和更始将军廉丹，领精兵十八万东行镇压。莽军所到之处烧抢掠，闹得民愤冲天，说是：“宁逢赤眉，莫逢太师；太师尚可，更始杀我！”新地皇三年（22）冬，廉丹、王匡的莽军，首先攻下了无盐（今山东东平县东），屠杀了起义民众一万多人，继而又乘胜进逼，双方终于在成昌（今山东东平县西），拉开了决战的帷幕。樊崇考虑到交战军队众多，两军搅在一起时不易识别，就下令义军一律用朱红涂眉。从此，这支农民义军便有了“赤眉”的称号。这一战，赤眉军以逸待劳，大败王匡，杀莽军一万多人，以乘势进扑无盐，继续与廉丹交战，杀死廉丹及所部校尉二十多人，以辉煌的成绩结束了王莽政权在东方的统治。此后，赤眉军复攻莒县，转战东海，游动于楚、沛、汝南、颖川一带，入陈甾、进濮阳，回旋于鲁、苏、皖、豫之间。践平豪强营堡，镇压政府官吏，迅速发展成为拥有数十万大军的农民武装，并数战数胜于王匡、哀章所率领的莽军。
新地皇四年，更始政权迁都洛阳后，派史招抚赤眉军，樊崇当即屯兵濮阳，亲带首领二十多人赴洛。刘玄封樊崇等人为列侯，而未安置其部下大军。樊崇因大军无着落，为了团聚部众而逃回军营，赤眉军与更始政权分裂。此后，赤眉军自濮阳转入颍川。分兵两路，一路由樊崇、逢安率领；一部由徐宣、谢禄、杨音率领，向西挺进，这一行动立即引起了从更始政权中分裂出来的刘秀的注意。刘秀预感到赤眉军必能攻下关中，便令邓禹、冯等参预夹攻。刘玄更始二年（24），樊崇与徐宣分击武关和陆浑关。次年正月会师于弘农，击败苏茂，自立牧童刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇任大司马。三月，再败更始丞相李松军与蓩乡。东汉军邓禹趁机攻杀更始大将樊参，又打败了王匡，成丹所部，尽夺河东之地。七月间，王匡、张印等投入赤眉。九月，赤眉军攻入长安，刘玄投降，绿林军溃散。汉建武二年（26），关中营保兵长看到赤眉军只代表农民利益，并不是他们的依靠对象，便采取坚壁清野之术与其相抗，致使长安粮尽。赤眉军再度西行，转战于安定，北地一带，又攻陇西不入而转回长安。邓禹率东汉军摄其后。年底，长安大饥，赤眉军二十万人开始东撤，归途已被刘秀所切断。建武三年年初，赤眉军于崤底被冯异所率汉军击破，东向宜阳又陷入刘秀所设下的重重包围，终因饥寒交迫无力再战，十余万大军被刘秀所收编。
至此为止，曾经声威大振，浴血奋战，推翻王莽政权的绿林、赤眉两支出色的农民武装，终于在内部分裂，失策，以及东汉政权的镇压和地主势力的反对面前，全部瓦解，只留下了他们的历史英名。
昆阳之战
汉更始元年（23）春，刘演等所率起义军败严尤、陈茂等部之后，兵力增至十几万人，遂进围宛城（今河南南阳）。当时据守宛城的是王莽枣阳守长岑彭及前队副将严说二人。正当围攻宛城之际，绿林军内部突然分成两派。以李通兄弟及新市、下江、平林诸军的多数派，想拥立刘玄为帝，以号召天下；以刘演为首的所谓南阳豪杰是少数派，则想先联合赤眉军攻王莽，然后再称尊号。实际上这一派想拥立刘演。但少数派终究势弱，争之不得，刘玄遂于是年二月初一被拥为更始皇帝，即位于淯水岸边的沙坝。随后，刘玄封其族父刘良为国三老，新市兵帅王匡为定国上公，王凤为成国上公，朱鲔为大司马，平林兵帅陈牧为大司空，刘演为大司徒，其余诸将皆封为九卿，将军。从此，两派开始暗中争斗。
刘玄被立为更始皇帝之后，遂以灭新复汉为号召，一面以主力约十万人围攻宛城，另派平林兵之一部攻新野；一面于是年遣约两万人，由王凤率领，以及廷尉大将军王常、五威将军李轶、太常偏将军刘秀等人，向颍川（今河南禹县）、洛阳等地进击。是月，王凤等人即连克昆阳（今河南叶县）、定陵（今河南偃城西北）、偃（今河南偃城）等地。此时，青州、徐州方面的赤眉军，听说刘玄称皇帝号，也纷纷自称将军，声势益壮。王莽听说后，大为恐惧，一面遣其太师王匡、国将哀章等率军进讨青、徐；一面派司空王邑、司徒王寻等人赶赴洛阳，征发各州郡精兵，成立讨伐军，进讨绿林军。除了由各州郡牧守自己率军之外，还征用了自称懂得兵法之人36家，以备军吏。又以长人（巨人）巨无霸为垒尉，并带了许多猛兽，像猛虎、豹、犀牛和大象之类，以助军威，企图一举消灭绿林军。到夏初，各州郡到达洛阳集中的精兵已达43万人，号称百万，并立即开始南进。其余在道者，旌旗、辎重，千里不绝，声势浩大，自古出兵之所未有。五月，王邑、王寻军进抵颍川，与严尤、陈茂军会合。此时，汉军王凤部刘秀所率数千人也已进抵阳关（今河南禹县西北），欲进窥洛阳。及闻王邑大军南下，便闻风而退。两日后，王莽军先头部队已进抵昆阳城郊。王凤等诸将见王莽军声势浩大，都向后撤退，急忙入据昆阳城，惶恐不安，怀念妻子，并想散归诸城。刘秀说：“如今兵谷既少，而外寇强大，只有并力作战，方可希望成功。如果分散据守，势无俱全。而且宛城还未攻破，其势不能相救。昆阳若被攻破，一日之间，我军各部便会被消灭。如今不同心共胆，共举功名，反而想守保妻子财物吗？”诸将大怒，说：“刘将军何敢如是？”刘秀笑着站到了一边去。这时，探马来报：“王莽大军快要到达城北，军阵数百里，不见其尾。”诸将平时很轻视刘秀，此时形势危急，手足无措，只好说：“再请刘将军谈谈怎么办？”刘秀便又为他们图画成败，诸将听后，皆许诺听从。当时，城中汉军只有八九千人，刘秀让王凤和迁尉大将军王常坚守昆阳，自己乘夜和五威将军李轶等十三骑从南门冲出，到外面去调集援兵。当时已有一部分王莽军进至城下，刘秀他们几乎出不去。
王寻和王邑率军进至昆阳城下，立即挥兵将昆阳城包围起来。严尤劝王邑说：“昆阳城小而坚，如今假号称帝者在宛。若我军大军急进，他们抵敌不住，必然败走。宛败，昆阳城可不战自下。”王邑说：“我过去围困翟义，因未能活捉他，让皇上责备我。如今率百万之众，遇城而不能下，非所以示威也。当先屠此城，喋血而进，前歌后舞，这样难道不快活吗？”便未听严尤的建议，挥兵将昆阳城包围了数十层，列营以百数，钲鼓之声闻数十里。挖地道，或用冲车撞城；积弩乱发，矢下如雨，城中人皆负门板而行走。王凤等人恐惧，请求投降，王寻和王邑则不允许，自以为功在漏刻之间，不以军事为忧。严尤又建议说：“兵法云：‘围城要留一个缺口’。应让他们逃出一部分，以恐惧宛下之军。”王邑又不听。
这时，王莽棘阳守长岑彭和前队将军严说共守宛城数月，内无粮草，外无救兵，不得已而向汉军投降。但这个消息尚未传到昆阳前线。刘秀等人到偃、定陵等县将在那里的绿林军全部调出，得到一万余人。六月，刘秀与诸将连营而进，刘秀自率步骑千余为前锋，进至距王莽大军四五里的地方摆开阵势。王寻、王邑见状，也派出数千人迎战。刘秀单骑率先突入敌阵，斩杀数十人。诸将高兴地说：“刘将军平时见到小股敌人十分胆怯，如今遇到大敌，反而勇敢起来，真是奇怪！”刘秀继续向前突进，诸将率军紧随其后，大败王莽军，杀敌一千余人。初战小胜，绿林军士气大振，无不以一当百。刘秀便率敢死士三千人从城西水上高处居高临下，冲击王莽军的中坚。这时，王寻和王邑仍然十分轻敌，自率万余人出营列阵，而下令军中各部没有命令不得妄动。及两军交战，绿林军奋勇向前，王邑所率莽军被打得大败，而莽军其他各营眼见王邑军败，却不敢擅自发兵相救。汉军乘锐冲击，遂将王寻杀死。城中王凤、王常等将领见状，也率军打开城门，鼓噪而出，内外夹击，喊杀声震天动地。拥挤在昆阳城外狭小地区的王莽数十万大军因而陷于大乱，自相惊扰践踏，伏尸百余里，死伤不计其数。恰在此时，天色大变，狂风骤起，雷声震天，屋瓦皆飞，雨下如注。昆阳城外的滍川水（今之沙河）暴涨，虎豹皆股战不已。王莽军入溃水中被淹死者以万计。王邑、陈茂、严尤等见大势已去，率一部分骑兵踏着遍地的死尸渡河逃跑。余下的王莽军士卒各自奔还本郡。王邑只率数千人退还洛阳。绿林军将王莽军的辎重全部缴获，运了几个月才运完。
昆阳之战，王莽军的主力被彻底击溃，关中震恐。于是，海内豪杰翕然响应，皆杀其牧守，自称将军，用汉之年号以待诏命，旬月之间，遍于天下。
汉光武帝纪
世祖光武皇帝讳名秀，字文叔，南阳郡蔡阳县人，是汉高祖第九代孙子，出自汉景帝所生长沙定王刘发的那个支系。刘发生舂陵节侯刘买，刘买生郁林太守刘外，刘外生钜鹿都尉刘回，刘回生南顿令刘钦，刘钦生光武。光武九岁时成了孤儿，由叔父刘良收养。他身高七尺三寸，浓眉大眼，大嘴，高鼻梁，额骨隆起，喜欢种植庄稼，而哥哥刘伯升好行侠养士，曾讥笑光武经营农业，把他比作汉高祖的哥哥刘仲。王莽天凤年间，光武来到长安，拜师学习《尚书》，略通大义。
王莽末年，天下连年闹蝗灾。盗贼蜂起。地皇三年，南阳发生饥荒，各家的宾客大多去偷盗抢劫。光武为逃避官吏便躲到新野，顺便在宛城出售粮食。宛人李通等人用图谶煽动光武说：“刘氏复兴，李氏为辅。”光武起初不敢答应，然后暗自思量哥哥伯升一向结交无业游民，他必将发动起义，况且王莽败亡的征兆已经明显，天下正在动荡，于是同李通等人定下大计，从此就开始购置兵刃弩箭。十月，与李通从弟李轶等起兵于宛城，当时他二十八岁。
十一月，有彗星出现在张星星区。光武于是率领宾客回到舂陵。当时伯升已经聚众起兵。刚开始，各家子弟十分恐惧，都逃散躲藏起来，说：“伯升要害我们。”等到看见光武身着武将的绛衣大冠，都吃惊地说：“谨慎厚道的人也干这种事吗？”这才稍微心安了一些。伯升于是请来新市军和平林军，同他们的主帅王凤、陈牧一道向西进攻长聚。光武刚开始骑牛，杀死新野尉后才得以骑马，占领并屠戮了唐子乡，又杀死了湖阳尉。军中瓜分财物不均，众人愤恨不平，纷纷想反攻刘姓各部。光武收敛起宗族成员所得到的财物，全部给了他们，众人才开始喜悦起来。进占棘阳后，与王莽前队大夫甄阜、属正梁丘赐交战于小长安，汉军被打得落花流水，便退守棘阳。
更始元年正月初一，汉军重又与甄阜、梁丘赐交战于沘水西岸，大败敌军，斩杀了甄阜、梁丘赐二人。伯升又在淯阳击败王莽的纳言将军严尤和秩宗将军陈茂，进而包围了宛城。二月初一，拥立刘圣公为天子，以伯升为大司徒，光武为太常偏将军。三月，光武又另与一些将领征讨昆阳、定陵、郾等地，全都攻占下来，缴获大批的牛马和财物，数十万斛粮食，转运到了宛城城下，王莽获悉甄阜、梁丘赐战死，汉帝已经登基，心中十分恐惧。派遣大司徒王寻、大司空王邑统兵百万，可以作战的士兵为四十二万人。五月，抵达颍川，又和严尤、陈茂会合。早些时候，光武曾替舂陵侯家向严尤申诉拖欠租赋的事，严尤召见后，很欣赏他的风度。到现在，汉军城中出来投降严尤的人说光武不掠夺财物，只是筹划军事策略。严尤笑道：“是那位须眉俊美的人吗？他怎么竟做这种事呢！”
刚开始时，王莽征调天下精通兵法的六十三家学派中的数百人，一并任用为军吏；又选拔并训练卫兵，招募猛士，组成庞大的军队开赴战场，各种军旗和军用物资在千里大道上络绎不绝。当时军中有一个巨人叫巨无霸，身高一丈，腰宽十围，任命为垒尉；又驱赶各种如虎、豹、犀牛、大象之类猛兽，以助军威。自秦汉以来，出征的军队如此声势浩大，还从未有过。光武率领数千名士兵，到阳关巡逻。众将领看到王寻、王邑军容盛大，转而顺原路撤退，奔回昆阳城，全都心惊胆战，忧虑后方的妻子儿女，想分别返回各自原来驻守的城池。
光武建议道：“现在士兵和军粮都很少，而外敌强大，合力抵抗他们，或许可以立功；如果力量分散，势必全都难以保全性命。而且宛城尚未夺取，主力不能前来救援，昆阳一旦被攻破，一日之间，各部也将被消灭，今天大家不同心协力共同谋取功名，反而要去守护各自的妻子儿女和财物吗？”众将发怒道：“刘将军怎敢这样说话！”光武笑着起身走了。恰巧这时侦察的骑兵回来，说王莽大军将进抵城北，军队绵延数百里，也看不见尾。众将领窘迫地相互商量说：“还是重新请刘将军来商量对策吧。”光武再度剖析成败得失。众将军忧虑窘迫，都同声称是。
当时城中只有八九千人，光武便让成国上公王凤、廷尉大将军王常留守昆阳，晚上，自己同骠骑大将军宗佻、五威将军李轶等十三人骑马，出昆阳城南门，到外地调集兵马。这时王莽军队来到城下的将近十万人，光武等人几乎不能出城。他们到了郾、定陵，调动各营所有兵马，而那些将领却贪恋钱财，想分兵留守它。光武说：“现在如果能够击败敌人，所得珍宝是已有的万倍，可以大功告成；如果被莽军打败，脑袋都没有了，还需要什么财物！”大家这才听从了他的命令。