据钱穆所言，“新亚”之名是寄希望于“新亚洲”，为沦为殖民地的香港国民争取些许光明的未来。钱穆的子女指出，钱穆看到流亡香港的中国人失去精神支柱，希望借助在百年殖民地上办校，来倡导中国文化，让流亡者莫忘国耻，时刻记住自己是一个中国人。
新亚书院强调上溯宋明书院的传统，采取西欧导师制度，以人文精神教育为宗旨，沟通中西文化。由钱穆教中国通史，唐君毅教哲学，崔书琴教政治学。
最初，新亚书院只是一所难民学校，收容大陆流亡青年，以免断了学业，不向教师支薪。钱穆既是校长，又身兼老师，对学生谆谆教诲，坚持曾国藩“扎硬寨、打死战”的精神，为新亚书院四处奔走募款，争取优秀学者任教。他还说服香港政府，认定新亚是以办教育为理念，而非以营利为目的的机构，让学校免于商业登记，以免损害学院的教育精神与本质。
度过草创时期的极度艰困后，新亚书院获得美国哈佛燕京学社、洛克斐勒基金会支持，与耶鲁大学合作交换学人，情况告好转。新亚在1952年有了第一届毕业生，共3人，其中一人便是史学大家余英时。
积极办校的钱穆却自奉简朴，创校时栖身在简陋的新亚校舍中；日后搬到贫民区的钻石山，赁屋而居，每天搭巴士到学校；后又搬到偏远乡村沙田西灵寺旁，从未向校方申请公费补助，仍旧每天搭巴士、火车上课。
赴台演讲，因祸得福
钱穆虽在港办学，却并没有断了与国民政府的联系。随着蒋介石在台政务与各项文化建设的逐渐展开，钱穆多次受邀赴台讲学，传递中国文化与历史精神。
抗战时，钱穆曾数次于四川会见蒋介石，谈及理学与历史。老蒋托钱穆编写《清儒学案》，邀他到重庆中央训练团演讲，二人素有交情。
钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆来台一叙，由宋美龄、蒋经国招待；同时指示台湾行政当局每月拨给他港币3000元，供新亚学院度过资金困境，前后长达4年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。
1950年之后，钱穆大约每年均受邀到台湾演说，或与蒋介石小叙，蒋经国多会作陪，与钱穆建立一定交情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了之。
1952年4月16日，钱穆应朱家桦邀请，来台为“联合国同志会”演讲，活动借用淡江文理学院新落成但尚未验收的“惊声堂”举办，聚集400余人，聆听钱穆关于唐宋史的看法。演讲完毕，在答问之际，讲台前的屋顶突然掉下大水泥块。第一排的贵宾听众、活动主持人以及钱穆均遭波及，多人受伤，应邀聆听演说的柴春霖当场死亡。
意外发生时，钱穆头部遭到石块重击，陷入昏厥状态，险遭掉落的碎石活埋。众人将他从石堆中救出，送台北中心医院急救，幸而无性命危险。蒋经国、张群、何应钦等人闻讯，立即赶赴探望。身受重伤、不便行动且须治疗，故钱穆只能赴台中存德巷养病4月，直到1952年8月才返港。
养病期间，任职台中师范学院图书馆的新亚学生胡美琦常来照料钱穆，并陪同钱穆到台中各地散步、旅游，也协助钱穆搜集藏书研究。在短暂的交往中，二人互生情愫，终成连理。
胡美琦出身名门，江西南昌人，父亲胡家是国民政府时期的江西省主席凤，与钱穆本是旧识，1950年由港赴台任国策顾问；兄长胡美琼曾担任台湾省公路局长。胡美琦对历史与教育别有研究，日后曾在文化大学任教，文笔颇佳；钱穆晚年因眼疾无法专心著述，皆由胡美琦代整理付印才能顺利出版。
胡美琦曾说，两人之间并无浪漫的爱情；她因景仰钱穆的人格、学养，愿意委身下嫁，照料不时为胃疾困扰的钱穆。
1956年1月30日，钱穆与胡美琦在九龙亚皆老街“更生俱乐部”举行婚礼。老夫少妻相差35岁，且是师生恋，外界议论纷纷。这对新人因而格外低调，仅邀新亚同事眷属十余人参加婚礼。
婚后，钱穆与胡美琦仍暂住九龙钻石山，虽然不富裕，但生活饶富情趣。夫妇俩每天必然偕手散步。名作家金庸日后于小说后记中提到，“看到钱穆夫妇婚后幸福生活，实感敬佩。”
婚后，钱穆并未忘记学术，《先秦诸子系年》由香港大学再版，《王阳明先生传习录及大学问节本》、《中国学术史论集》也陆续出版。新婚这一年，钱穆为新亚书院争取到美国方面每年25000美元的补助，解除了新亚的经济危机。注重英语教学与文化的香港大学，也在同年颁给钱穆名誉博士学位。
创设香港中文大学
从1959年开始，随着政治形式的紧张，中国大陆对钱穆展开批判，质疑他所著的《国史大纲》充满唯心主义与传统思想，批评钱穆保守反动。但事实上，钱穆除了全力发扬中国传统文化以外，对台湾国民政府的政治作为并不太关心，也并未热心参与或发表意见。
1960年1月，时任新亚书院校长的钱穆，应耶鲁大学东方学系邀请，赴美讲学半年，并获耶鲁大学颁赠名誉博士学位。一生从未上过大学的钱穆，不愿在颁赠典礼上穿戴礼服方帽，依旧素衣出席，以此强调他是以普通人的身份接受名誉学位的头衔。
钱穆在美国讲中国史，依旧主张历史须以人为重心，强调没有人就没有历史。即使没有具体功绩也能因为人格的优越，让颜渊、伯夷、叔齐等人物在历史中留名。
钱穆在耶鲁讲学期间，赴哈佛大学、哥伦比亚大学、芝加哥大学等地考察；又赴英国牛津、剑桥、伦敦等大学参观。新亚书院也在当年增设物理、化学系。
为满足大批在香港攻读中文的中学生的升学需要，香港政府决定，在主要提供英国学生就读的香港大学之外，合并由美国人支持的崇基、新亚、联合三家书院，催生一所新大学。钱穆提议，在香港这个特殊地区，使用“中文”作为新大学名称，具有一定象征意义，并符合筹设时英文直译的背景。终将名称定案，也就是“香港中文大学”。新亚书院也因此成为香港中文大学教务筹设委员会成员之一。
1965年夏天，新加坡南洋大学拟聘钱穆为校长，但遭婉拒。当年6月，钱穆正式辞去新亚书院校长之职，结束在香港办学16年的生涯。当时香港人士非常不解：钱穆为何将一手创办的学校奉送中文大学？对于种种猜测，钱穆淡然以对，只说自己刚好能有时间以学术自娱。
赴吉隆坡马来西亚大学讲学1年后，钱穆迁居台湾，结束香港客居生涯。在这段兵荒马乱的时间里，被胡适称为“不脱理学家习气”的钱穆，完成了他的晚年大作《朱子新学案》。
离港赴台，讲学素书楼
离开一手创办的新亚，钱穆以著书、读书为主，将执教当作副业。他希望尽快完成朱熹的学术研究，对中国历史文化学术有所贡献。钱穆的治学大纲是：中国文化应坚持以人与人文主义为核心，以道德为基础的理念。此外，钱穆关于重建国家必先复兴文化、让民众认识历史的主张，成为蒋介石等国民政府在台官员的基本信条。
刚开始移居台湾的时候，钱穆先住进台北市区的“自由之家”，继而租居于台北金山街；在蒋介石的高度礼遇下，国民政府拨出位于台北外双溪东吴大学旁的土地，并拨公款建屋，供钱穆夫妇居住。这栋雅致的别墅式两层楼房，正是大名鼎鼎的“素书楼”。同时，附近的故宫博物院特聘钱穆为研究员，不仅让他免于为生活发愁，也可以遍览《四库全书》等重要典籍，安心创作。
钱穆表示，住在外双溪故宫博物院附近，可以就近利用故宫的图书馆，看到世界最丰富、珍贵的善本书。此外，将重心放在学术著作上的钱穆，婉拒了许多大学的讲学邀约，避免舟车劳顿，专心著述。但钱穆依旧推辞不掉四处的短期演讲与讲座，以鸿儒的身份宣扬历史理念。
“素书楼”之名，源于钱穆故居无锡七房桥五世同堂中第二大厅的名称。先人取名来源已不可考，钱穆曾经借《中庸》自解，“素贫贱，行乎贫贱；素夷狄，行乎夷狄；素患难，行乎患难；君子无入而不自得。”
后来胡美琦指出，钱穆年幼患伤寒，又服错药，性命怠危，全赖母亲日夜陪他在故居“素书堂”养病而得痊愈。钱穆为纪念母亲生养之恩，因此命名。
素书楼面积不大，兴建时周边是一片荒凉的墓地，杂草丛生，产权为阳明山管理局所有。为表达对大师的敬重，国民政府将素书楼无偿全权交给钱穆夫妇打理。房舍由胡美琦亲自设计，楼内一砖一石、一草一木，步道两旁的枫树、房舍后方的竹子、四棵苍劲的古松，更是素书楼知名的景观。向来崇尚朱熹理学的钱穆，在素书楼藏有一座朱子的木刻像，又将朱子所言“静神养气”，“立修齐志、读圣贤书”写成对联，张贴在楼中。
钱穆在素书楼展开讲学、著述，除散步运动外，每天看书、写稿、讲学，无一刻闲暇。《中华文化十二讲》、《孔子与论语》、《世界局势与中国文化》等经典著作都在素书楼完成。
钱穆在素书楼讲史、谈经、作育英才，老人家一口无锡官话，神采飞扬，从不带课本。客厅为讲堂，正式修课的研究生依惯例坐在钱穆身旁的圆桌，旁听者自行觅座。讲课固定每周一下午4时至6时，但总是提前半小时开讲，延后结束，座无虚席，成为台北重要的文史沙龙。
素书楼讲学期间，钱穆常常烟斗在手，触类旁通。有人在素书楼听课，一听就是20多年，前后五、六代学子同堂，接受国学大师亲炙。钱穆常以是否常读书训诫子弟，要求后进留意厚积而薄发的道理，不要年轻时轻易发表作品，到了年长学问贯通后才后悔。
据知名史学家严耕望回忆，钱穆教导学生立志宏大，要拿出气魄与意志，做个领导社会、移风易俗的大师；否则学术局限一隅，纵使当代是第一流学者，回归历史之后，仍是第二流学者。他说，“五四”一代的学者迅速成名，学术却谈不上；清华一代的学者有成绩，却太早当上教授，过舒适日子，谈不上大成就，反不及以一生精力做一本书，才能切实与不朽。
告别杏坛的“最后一课”
钱穆晚年多次指出，中国人对中国文化失去信心是中国文化的最大危机；学校教育偏重自然科学，崇洋蔑己，更是中国文化的隐忧。钱穆也说，中国从无帝国主义侵略他国的文化传统，向来强调“不嗜杀人者能一之”，才是真正的世界性和平观。
1986年，在蒋经国邀请下，92岁高龄的钱穆受聘为总统府资政。为表达对钱穆的敬重，蒋经国特委由总统府秘书长沈昌焕亲到素书楼致送聘书，一时传为美谈，显示两蒋对一代儒宗的高度尊重。钱穆则说，在他之前从无学者出任资政的前例，他是为知识分子开这个先例。
此年6月9日，是钱穆告别杏坛的“最后一课”。他以“正视历史、胸怀中国”为题，发表告别演说，老学生纷纷回台共襄盛举。曾是新亚书院学生的台大教授逯耀东，曾是北大学生、担任过台湾警政署长的上将孔令晟，担任国民党文工会主任与蒋经国私人秘书的宋楚瑜，都赶赴外双溪素书楼上课。这一堂课冠盖云集，国府行政院长俞国华特赠一幅“鸿儒硕望”镜屏以示敬意。
钱穆最后给中国青年的赠言是“你是中国人，不要忘记了中国”。他希望后辈不要看轻自己，将自己的文化一笔抹煞；必须抱着“士不可以不弘毅”的精神，从事理中探寻中国本源。
国学大师钱穆当天正式宣布，自中国文化大学荣休，结束74年教育生涯。但他基于对教育的热爱，以及对毕生心血的珍惜，仍于1989年赴香港参加新亚书院40周年庆典。
【大师小传】
钱穆（1895—1990），字宾四，笔名公沙、梁隐、与忘、孤云，晚号素书老人、七房桥人，斋号素书楼。江苏无锡人。现代历史学家，国学大师。
9岁入私塾。1912年辍学后自学，任教于家乡的中小学。1930年因发表《刘向、刘歆父子年谱》成名，被顾颉刚推荐，聘为燕京大学国文讲师。后历任北京大学、清华大学、西南联大、齐鲁大学、武汉大学、华西大学、四川大学、江南大学等校教授。
钱穆居北平8年，授课于燕大、北大等名校，并在清华、北师大兼课，与学术界友人时相切磋。抗战军兴，辗转任教于西南联大等校。撰写《国史大纲》，采取绵延的观点了解历史之流，坚持国人必对国史具有温情和敬意，以激发对本国历史文化爱惜保护之热情与挚意，阐扬民族文化史观，被公推为中国通史最佳著作。
1949年秋出任香港亚洲文商学院院长。1950年在香港创办新亚书院，使流亡学生得以弦歌不辍。因办学有成，获香港政府尊崇，于1955年获香港大学名誉博士学位。1960年应邀讲学于美国耶鲁大学，获赠人文学名誉博士学位。1965年正式卸任新亚书院校长，应聘马来亚大学任教。
1967年10月应蒋介石之邀，以归国学人的身份自港返台，筑素书楼于台北市士林区外双溪。1968年膺选“中央研究院”院士。晚年专致于讲学与著述。虽目力日弱，仍随时提出新观点。赖夫人诵读整理出版，谦称为《晚学盲言》。
钱谢世后，家人将其骨灰带回大陆，散入茫茫太湖，以示归家。