康熙收复台湾，使国家的版图再次完整。
收复台湾，得贤人相助
顺治十八年（公元1661年）二月至十二月，南明延平郡王郑成功命世子郑经留守金门、厦门等地，他亲自率师东征，驱逐荷兰殖民主义者，收复台湾，郑成功也被后世子孙称为民族英雄。但郑氏政权坚持抗清立场，占据东南沿海。郑成功病死于台湾后，世子郑经继承王位，依然盘踞台湾与清朝廷对抗。
康熙皇帝亲政以后，一心想收复台湾，但是因为“三藩”作乱，他忙于平定叛乱，所以对台湾郑氏主要采用招抚政策。但是郑经始终没有接受招抚。“三藩”之乱平定以后，康熙皇帝开始全心收台。在收复台湾的过程中，有两个人所起的作用最大：一个是姚启圣；一个是施琅。
破格提升姚启圣
姚启圣，字熙之，号忧庵，原为浙江会稽人，后附族人籍，隶属汉军镶红旗。康熙二年考中了举人，当了广东香山知县，不久因故被革职。“三藩”叛乱后，他投进康亲王杰书军中，屡献奇谋，康亲王很器重他，官职也从代理知县升到了布政使。
康熙十七年（公元1678年）春，郑经为给清朝施加压力，以争取和谈中的有利地位，遣骁将刘国轩连败清兵，进围海澄。清朝廷驻守官吏对全局缺乏统一规划，遇事惊慌失措。康熙见他们“庸懦无才，职业不修”，便于五月初十将他们解职，通过康亲王荐举，破格提升姚启圣为福建总督。
姚启圣于六月初接任，认真贯彻康熙招抚郑经下属官兵民众谕旨，为争取投诚，特别注意对其家属及其亲族落实政策，并任用海上投诚人员。这一保护郑氏、团结海上投诚人员的政策，立即产生巨大效果。
姚启圣为了准备攻打台湾的武力，还整顿充实绿旗兵。过去“镇将各官，多以食粮兵刁一充伴当、书记、军牢等役，至临阵十不得七”。因此，他首先从直属总督之督标做起，革除了无用的兵员，新招募了一批生力军。康熙帝得知，予以表彰，认为此法很好，下令推广其他各省。
由于姚启圣采取有力措施，并与巡抚、提督、满洲将领、外省援军齐心合力，至康熙十七年九月，福建军事形势大为好转。九月二十日，姚启圣与将军赖塔、靖南王耿精忠等于漳州附近大败郑军主力，相继收复长泰、同安。此后又连败郑军于江东桥、潮沟等地，刘国轩狼狈逃回海澄。姚启圣见海澄深沟高垒，难以突然攻下，便全力开展招抚工作。他派遣漳州进士张雄赍书去厦门招抚。郑经以“海澄为厦门门户，不肯让还”。姚启圣于十月又遣泉州绅士黄志美赍书再次往厦门劝谕。郑经仍执前辞，拒不受抚。
康熙二十年（公元1681年）四月，姚启圣先后接到台湾傅为霖、廖康方密禀，郑经已于本年正月二十八日病故；其长子监国郑克藏也于三十日被绞死；年仅十二岁的次子郑克爽即延平王位，现在台湾岛内人心浮动，可以乘机武力收复。姚启圣根据秘报上书康熙皇帝要求发兵收复台湾。可是，姚启圣的建议却遭到了很多人的反对。反对者中，竟包括闽海前线最高军事长官都统宁海将军喇哈达；而内阁学土李光地却坚决支持武力收复台湾。李光地是福建安溪人，他曾以在籍官蜡丸密封向康熙上平闽之策，因此深得康熙信任。他当上内阁学士后，积极推荐施琅。
放权给施琅
施琅，福建晋江人，初为明总兵郑芝龙（郑成功的父亲）部下骁将，顺治二年十一月，随郑芝龙降清。因坚决不从郑成功抗清，他的父亲、兄弟和儿子都被郑成功所杀。康熙元年，被提拔为福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力围剿郑氏，攻取台湾。曾经于康熙初年上书，要求武力收复台湾，但是鉴于当时的条件还不成熟，他的建议被否决，并且裁撤福建水师提督，战船也被尽数烧毁，海上投诚官兵到外省垦荒，授施琅为内大臣，编入汉军镶黄旗，留于京师。
姚启圣上任之初也曾一再上疏保举施琅担任福建水师提督。但是因为他的长子施齐（化名工世泽）、族侄施亥都还在郑经手下当官，朝廷不太放心，所以迟迟未予任用。后经姚启圣核实施齐、施亥因“擒郑逆献厦门以报本朝”，于康熙十九年二月被杀，两家七十三口同时遇难。施琅这才重新得到朝廷的信任。康熙二十年七月，李光地再次推荐施琅，康熙皇帝也深感原来的福建水师提督万正色难当重任，便采纳李光地的建议，以施琅替换万正色。
康熙皇帝启用施琅之后，放手使用，大力支持。施琅为了能在征剿过程中加强与皇帝的联系，题请吴启爵“随征台湾”，兵部不准。康熙特批：“吴启爵在京不过一侍卫，有何用处？若发往福建，依施琅所请行”。施琅任内大臣十余年，深知吴启爵受皇帝信任，请他随征，无异于身边大臣。后来吴启爵在关键时刻往来于福建与北京，呈报前线情况，传达皇帝指示，对统一台湾起了重要作用。
施琅吸取前三四年间进军台湾失利的教训，为防止总督和水师提督之间彼此掣肘，极为重视专征大权。康熙二十一年（公元1682年）二月初一，施琅上《密陈专征疏》，再次要求康熙为自己颁发专征台湾之敕谕，康熙皇帝考虑到自己远在北京，对前敌的形势不熟悉，于是放权给施琅，让他总管攻台的军事作战；总督姚启圣负责管理政务；李光地负责管理钱粮后勤。这样，三个人分工明确，便于随机应变，处理各种事务。
台湾重回祖国怀抱
经过几次大战，台湾军队放弃抵抗，郑克爽宣布投降。康熙二十二年（公元1683年）八月十一施琅率官兵前往台湾受降。郑克爽闻讯，坐小船出鹿耳门迎接，并亲率刘国轩、冯锡范等重要文武官员，齐集海边，列队恭迎王师，然后会见于天妃宫。
施琅领兵登陆以后，禁止军兵骚扰百姓，维护社会秩序。十八日，郑克爽等剃发，施琅当众宣读皇帝赦诏。郑克爽等遥向北京叩头谢恩。从此，台湾回归祖国怀抱，与大陆重新统一。
施琅入台之后，不负康熙的期望，未对郑氏进行报复，却前往郑成功的庙宇行告祭之礼。他知道郑成功在台湾官兵心目中的地位。在台湾政权变换、人心浮动的时刻，这一举动，对于安定郑氏官兵的情绪、稳定社会秩序无疑产生了重要的社会效果。
捷报传到北京后，康熙精神异常振奋。将收到捷报那天所穿的衣物赐给施琅，并赐五律一首，写道：
岛屿全军人，沧溟一战收。
降帆来蜃市，露布彻龙楼。
上将能宦力，奇功本伐谋。
伏波名共美，南纪尽安流。
伏波指东汉名将马援，为甲立功，曾封伏波将军。康熙称赞施琅智勇双全，建立奇功，可与马援齐名，流芳百世，封施琅为靖海侯，世袭爵位。
康熙二十二年（公元1683年）十二月，郑克爽等奉旨进京。康熙对原台湾的官员都给与封赏，让他们在朝中为官。尤其值得一提的是康熙对郑成功子女的态度，他不但认为郑成功、郑经并非“乱臣贼子”，命将其父子灵柩归葬南安，还亲自赠送了一副对联：“四镇多二心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠”，挽念郑成功收复中华故土的不朽业绩。