明成祖依靠武力夺得了权力，可他却没有找到侄子朱允炆的尸首。
神奇传说
建文帝，名叫朱允炆，是明朝的第二个皇帝。但他实在没有当皇帝的命，不过短短四年，他就被自己的叔叔燕王朱棣篡夺了皇位，这就是历史上很有名的“靖难之役”。这个短命皇帝一直过着提心吊胆的日子，直到他不再是皇帝。但是，在大明王朝的广袤土地上，竟然始终找不到建文帝的影子，建文帝就这么消失在战火纷飞的南京城中。
他究竟是生是死？生，又在何方？死，又在何处？这可让他夺了皇位的叔叔一直放心不下，这皇位做得一辈子也不安稳。对于建文帝的下落有两个说法流传的最为广泛，最著名的一个是“出亡为僧，流落西南”说，也以这个说法最具传奇色彩，最为人所津津乐道。这种说法认为，燕王陈兵南京城外，建文帝想求和，但是燕王不答应，建文帝被逼得走投无路，就想自杀，但却被身边的人拦了下来。
有一个老太监王钺告诉他说：“你祖父临死时，给你留下了一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。”群臣一听，急忙把箱子抬出来，打开一看，原来里面放了三张度牒，上面写好了三个名字。还放着三件僧衣，一把剃刀，白金十锭，遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”按照这封信的吩咐，建文帝和两个下人剃了头，换上了僧衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城的一扇小矮门，仅容一人出入，外通水道。建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人也随着出了鬼门，就见水道上停放着一只小船，船上站着一位白眉白须的老僧。
老僧招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他为何到此等候，僧人回答：“我叫王升，是神乐观的主持，昨天夜里梦见先帝，他本也是我佛门中人，叫我特别在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似乎是削发为僧，继承了朱元璋的祖业，也当了和尚，云游四方去了。
急坏了朱棣
建文帝失踪，可急坏了刚当上皇帝的朱棣。他在有生之年不断派郑和下西洋，据说就是为了寻找流亡海外的建文帝。他还派胡濙在穷山僻壤、市井城镇之间搜寻了十多年，目的也是“隐查建文安在”。只要一日找不到建文帝，他就一日不能心安。偏偏由于建文帝行踪不明，加上当时的许多人对燕王夺位很不满，于是民间不断有假冒者出现，更让朱棣心神不宁。
比如在正统五年，广西思恩州的知府岑英出巡，半路上忽然有一个老僧拦住道路，毫不回避，一问之下，老僧回答说：“吾建文也。”岑英不辨真假，只好把他带往京城，上奏给朝廷。经过仔细的查证，这个人的真名叫杨行祥，后来被判有罪，处死了。朱棣派胡濙秘访民间16年，一直都没有消息，直到他死的前一年，有一天晚上，他已睡下了，但忽听有人报胡濙回来了，便急忙穿上衣服，在卧室中单独召见胡濙。胡濙访得建文帝离开紫禁城后，确实是削发为僧了，但并没有去神乐观，也没有去云游四方，而是躲在江苏吴县的普洛寺内，此后一心为僧，毫无复国的意愿了。
历史之谜
另又有人说，明英宗时发现了建文的行踪，这时他年纪已经很老了，英宗就把他接进宫中颐养天年，死后就以一般的仪式葬于西山。
关于建文帝下落的另一种说法是“闽宫自焚”说。这种说法见于很多的史料记载，正统的官修史书多采用此种说法。大概是说朱棣率兵打到宫门时，建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，建文帝和他的皇后马氏携手跳入火中自焚，他的妃嫔侍从也大都投火而死。燕王朱棣入宫后，曾大肆搜查三日，寻找建文帝的下落。宫中未死的内侍都说建文帝已经自焚，并从火堆中找出了一具烧焦的尸体作为证据。燕王见到尸体，内心虽有怀疑，但也没有其他的办法。在他即位称帝后，只得以天子之礼安葬了这具尸体。
但是，这种说法在正史的记载中前后矛盾，语焉不详，不能不让后人产生怀疑。就连明朝后来的皇帝也不能完全相信这种说法。史书记载朱棣以帝王之礼安葬了那具尸体，可是到底葬在何处，却又没有记载。被烧焦的尸体分不清男女，所以又有人说那具尸体其实是马皇后的，建文帝则外逃了。烧死在宫中的，到底是皇帝呢，还是皇后呢？谁也说不清楚。
后世的史官在编写《明史》时几乎为此吵得打破了头，也还是没有定论。如果建文帝真的烧死了，那朱棣又为什么几次三番的派人到处去找建文帝呢？也有人指出，建文帝自焚身亡是史实，因为当时燕王军队兵临城下，把紫禁城团团围住，建文帝想逃也来不及了。更何况经过考察，南京城也并没有鬼门、御沟等逃路。
建文帝也深知他的四叔是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落在他手里绝没有好下场，不如一死了之。朱棣也决不能让建文帝继续活下去，否则，他就不能登上帝位。但是为了不留下“杀侄夺位”的骂名，朱棣在发现那具烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵只是为了诛杀奸臣，辅佐建文帝。可是后来他又苦心寻找建文帝的下落，留下了一段历史疑案。
总而言之，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心和建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。