朱棣接过朱允炆未能完成的削藩之业，这也是历史赋予他的任务。
明成祖的考虑
朱棣没有立即去着手削藩，作为以反抗削藩为名义起兵夺位的一个藩王，立即削藩实际等于自我否定。朱棣暂时采取优礼诸藩的作法，以换取他们的承认和支持，这样一来，便给藩王们带来了一段短暂而微妙的盛世。
但是永乐中的藩王已经无法同洪武中相比，因为朱棣不同于朱元璋的最根本之处是他不再用藩王代替功臣守边。这不能不归功于建文帝削藩，而凭借武力夺得皇位的朱棣，也有足够的力量和资格去左右那些藩王和武臣们了。
有人解释说朱元璋封藩守边是出于无奈，“又况和林以外，金陵遥制特难，于是分树九王，自燕以往，延错万里，优以声灵，顾盼特重，是诚有不得不然者。”其实根本原因是朱元璋对功臣多疑。朱棣接受教训，不再依靠藩王，仍用功臣，不过他派遣了亲信宦官分镇监军，加强了对武臣们的控制。当时驻守北边的总兵官是洪武旧臣何福。他在建文中曾与朱棣交战，因此对受命镇边重责心存疑虑。永乐六年（公元1408年）他上书给朱棣，说自己“总番汉兵久，虑势重致谗”，请求选调鞑官（蒙古族军官）赴边领军。朱棣没有同意。利用武臣守边的方针，这时早已确定下来。
逐一铲除
永乐初年的藩王们对朱棣的优礼得出丁一个完全错误的结论，他们把“靖难”的胜利看成是他们自己的胜利。这种错误认识使他们更加恣纵不法。明初藩王居藩不法是司空见惯之事。如若按照他们的行为而论的话，恐怕很少有能够逃脱罪责的。但是朱棣所注意的并不是他们是否劣迹昭著，而在于他们是否构成了对皇权的威胁。几乎是在优礼藩王的同时，朱棣已经开始对他们进行严格的限制。他继续建文帝的削藩也就同时开始了。
齐王朱榑是个凶暴尚武的藩王。自从复爵归藩后，他的行为更加骄纵。事情传到朱棣耳中，朱棣将他召到京师，当面教训了一番，让他不要忘记建文中被削夺之苦。谁知朱榑怙恶不悛，回去后变本加厉地扩大势力。他阴蓄刺客，广招异人术士，而且命王府护卫据守青州城，不准守吏登城夜巡。这种将藩国独立于朝廷管辖之外的作法是朱棣不能允许的。守吏李拱、曾名深等人上书朱棣，朱榑得知后将他们拘匿起来以灭口。永乐三年（公元1405年）朱棣下诏索要李拱等人，并责谕朱榑改过。当时也有人告发周王朱有不轨之举，朱为此上书谢罪，态度颇为诚恳。朱棣封其书示朱榑，以为劝警。第二年五月朱榑再次入朝，廷臣们当面弹劾他，朱榑大怒，厉声说道：“奸臣喋喋，又欲效建文时耶？会尽斩此辈！”朱榑是个不识时务的藩王，他已经完全忘记了被削夺时的困境。而他这种种言语行为的根源正是他错误地将“靖难”的胜利误认为是藩王的胜利。朱榑未能再返藩国。他被拘留京师，削夺官属护卫，齐府护卫指挥柴直等人被捕杀，同年八月，他被废为庶人。这是朱棣削废的第一个藩王。
第二个被朱棣削废的是谷王朱穗。他倚仗开金川门之功，永乐初优礼过于诸王。从此更加肆意横行。《明史》中，说他不听王府长史劝谏，磔杀王府长史，招匿亡命，造战舰弓驽器械，终日与都指挥张成，王府宦官吴智、刘信等谋为不轨。朱穗这种做法的原因不大同于齐王朱榑，史书中虽不谈，但能使逐渐理解了朱榑的意图。周王朱从此终日沉于词赋，又作《救荒本草》诸书，以示无他谋，到永乐后期再次被告谋反，遂请罪献还三护卫，终得无事。宁王朱权比周王朱更要警惕些，他自从被告诽谤后，日韬晦，构精庐一区，鼓琴读书其间，才得以终永乐一朝无事。
终成大业
朱棣的削藩没有像朱允炆削藩那样的声势，他的削藩是在优礼藩王的同时进行的，表面上只削废了齐、谷二藩。永乐元年削代王的三护卫及其家属。
永乐六年（公元1408年）削夺了岷王朱楩的护卫，并且罢其官属，限制藩王的发展。明朝人论及此事时说：“昔高皇帝众建诸王，皆拥重兵据要术以为国家屏翰，此固一时也。迨‘靖难’以后，防范滋密，兵权尽解。朝庙无懿亲之迹，府寮无内补之阶。”事情大抵就是这样的。
应该说朱棣登基时的情况与朱允炆登基时的情况是根本不同的，这时既无藩王将兵之忧，又没有足以拥兵与朝廷对抗的强藩。朱允炆对周、齐、湘、代、岷五王的削废，为朱棣处理藩王问题奠定了基础。
明朝的藩王从此完全失去了朱元璋封藩时的原貌，他们从明政权军事和政治的支柱转变成为附庸。昙花一现的强藩分立局面永远结束了，专制和集权的趋势是不可阻挡的。不过，这也给朱棣增加了一个新的问题——他必须亲自去作他父亲朱元璋依靠他去作的事——投身到北边的军务中去。