（一）政治生活的开始
嘉靖二十六年（1547年）的时候，居正为庶吉士。这时政治的大权，都掌握在世宗手里。世宗是一个“英明”的君主，16岁的时候，他只是兴王，武宗死了，遗诏召他嗣位。他自安陆兴王府入京。到了城外，礼部尚书请用皇太子即位礼，世宗立即拒绝，坚持着遗诏只是嗣皇帝，不是嗣皇子。16岁的青年，这样的坚决，确实是一个英主的举动。然而在嘉靖二十六年，世宗已经老了。虽然他那时只有41岁，但是皇帝的年龄，和一般人不同。崇高的位置使他对生活失去了上进的追求，于是他开始感到厌倦，再由厌倦感觉到衰迈了。从嘉靖十八年起，世宗已经不视朝；嘉靖二十年以后，便一直在西苑万寿宫，连宫内都不去。嘉靖二年起，世宗在宫中开始修醮，至此更是每天在修醮之中度过了。当时还有前朝、后朝的分别，前朝百官的奏章，是给世宗看的；后朝便是道士的奏章，也是给世宗看的，但是后朝的世宗，只是道士的领袖。这样的世宗，仍然把持着政治大权，一步也不会放松。嘉靖二十六年以后，世宗杀夏言、曾铣、丁汝夔、杨选、杨守谦，乃至杀杨继盛、严世蕃，都是同一心理作用。明代自成祖以来，政治的枢纽全在内阁。其阁员出自皇帝任命的大学士，一般在四五人到七八人。整个内阁表面上只是皇帝的秘书厅，内阁大学士是皇帝的秘书，而内阁首辅不过是秘书厅主任，但皇帝的一切诏谕，都由首辅一人拟稿。在首辅执笔的时候，其余的人只能束手旁观，没有斟酌的余地，即使有代为执笔的时候，也难免再经过首辅的删定。首辅的产生，常常是论资格，所以往往身任首辅数年，忽然来了一个资格较深的大学士，便只能退任次辅。首辅、次辅职权的分限，一切没有明文规定，只有习惯，因此首辅和其余的阁员，时常会有不断的斗争，常常潜伏着污蔑、诋毁，甚至杀机。这样的政治斗争，永远充满血腥。
嘉靖二十六年（1547年），内阁大学士只有夏言、严嵩二人，严嵩与夏言为了争夺首辅职务，发生了尖锐的斗争。夏言是个有抱负的首辅，他上任后，任用曾铣总督陕西三边军务。其实，俺答盘踞河套，经常南下犯边，杀掠人口，抢夺财物。曾铣是个头脑清醒的边帅，他屡败俺答，建议整顿军备，发兵收复河套，并提出了作战方略，得到首辅夏言的支持。明世宗对于收复河套计划也是赞同的。但世宗是个昏庸、专横、出尔反尔的君主。在夏言、曾铣收复河套之时，恰好宫中失火，皇后去世。世宗崇奉道教，认为这是不祥之兆。严嵩乘虚而入，立即迎合世宗的旨意，把宫中发生的灾异归咎于“曾铣开边启衅，误国大计所致”。昏庸的世宗，信以为真。于是对收复河套态度来了一个一百八十度大转弯。嘉靖二十七年（1548年）正月，下令逮捕曾铣，罢去夏言首辅的职务。政府中凡支持议复河套的官员，或是贬谪，或是夺俸，或是廷杖。同月，俺答蹈冰逾河入套，将谋犯延、宁，声势嚣张。严嵩又抓住这一机会，给世宗以新的刺激，他对世宗说：“俺答合众入套，皆曾铣开边启衅所致。”兵部侍郎万郎万镇又来了个火上浇油，说曾铣犯了“罔上贪功”之罪，甘肃总兵仇鸾诬陷曾铣掩败不奏、克扣军饷。世宗遂处曾铣以死刑。曾铣被害后夏言便成了严嵩攻击的重点。同年五月，俺答寇偏头关，八月，犯大同，九月，入宣府塞，深入永宁、怀来等地，京师告急。这时严嵩又向世宗进谗言说，俺答入犯，完全是夏言支持曾铣收复河套引来的祸患，还说，夏言通过其岳父苏纲与曾铣的同乡关系，受曾铣贿赂很多。十月，夏言也被杀害，严嵩成为内阁首辅。
作为一名新科进士，张居正虽然没有权利和资格左右政局，但他清楚地看到了明朝政治的腐败和边防的废弛。因此，他于嘉靖二十八年（1549年）上《论时政疏》，这是张居正在他嘉靖朝政治生涯中唯一一次上疏。在这份奏疏中，他痛切地指出了朝廷所存在的各种弊病，比较系统地阐述了他的改革主张：“臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范甚密。乃今一二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术逋逃之人，惑民耳目。”张居正的《论时政疏》虽未引起世宗和严嵩的任何重视，但疏中所陈述的内容成了张居正以后改革变法的理论基础和行动方向。
嘉靖二十九年（1550年），俺答汗率兵攻破大同、宣化，长驱直入北京城下。宣大总兵仇鸾是个草包，他的总兵官职是用重贿向严嵩买来的。面对俺答的进攻，他仓皇无策，只好故技重演，用重贿来收买俺答，乞求俺答不要进攻自己的防区。俺答接受重礼后，引兵东去，攻古北口，陷蓟州，直逼通州，京师告急。世宗遂下诏勤王。宣大总兵仇鸾在以重金贿求俺答不攻大同后，他知道俺答会深入内地，危及京师。为了乘机邀功并博得世宗欢心，主动上疏请求入援。世宗欣赏仇鸾“忠勇”，命他为平虏大将军，节制诸路勤王兵马。各路勤王军都是轻骑星夜而至，未带粮食。世宗下令犒赏。但户部拿不出钱粮，世宗愤怒之下，罢了户部尚书李士翱的官，下令他戴罪立功。
俺答兵直逼北京城下，大掠村落居民，焚烧房舍，大火冲天。各路援兵怯懦不敢出战，只是坐观俺答烧杀抢掠。仇鸾的大同兵甚至趁火打劫，比俺答还凶狠。兵部尚书丁汝夔惶急无策，问计于严嵩。严嵩说：“在边塞打了败仗还可瞒住皇上，在京郊就难以隐瞒了。俺答掠饱了就会自己离去。”丁汝夔听信严嵩的话，传令诸将，不许轻易出战。兵部郎中王尚学屡次劝丁汝夔出战，丁汝夔不敢违背严嵩的旨意，一味等待。俺答掳掠一番之后，引兵西去。平虏大将军仇鸾杀了数十个百姓，冒功请赏。世宗加封仇鸾为太保，并赐金币。嘉靖二十九年（1550年）按中国干支纪年，是庚戌年，历史上称这次事件为“庚戌之变”。后来，东窗事发，世宗感到庚戌之变是一次奇耻大辱，为了泄愤，下令逮捕丁汝夔。丁汝夔求救于严嵩，严嵩肯定地说：“我在，你绝不会死。”但不久丁汝夔却被杀害了。
（二）休假三年
庚戌之变时，张居正正在北京，他目睹政治的黑暗和严嵩的误国卖友等行为，深感权奸当国，自己的政治抱负难以实现，于是在嘉靖三十三年（1554年），借口请假养病，离开京师回到故乡江陵。
当时宗藩乱政，自然给宗藩以限制；大地主兼并土地，贫民失业，自然给大地主以制裁；机巧变诈的人多，一切都在张居正的眼里，但是他只是一个在野的人，尽管有加以制裁的决心，但没有加以制裁的权势。
休假期间，张居正还深入实际，调查研究，对社会生活的各个方面都有了更多的了解，对时弊的认识更加深刻，改革的决心也更加坚定。嘉靖三十六年（1557年），张居正告别父老乡亲，再次毅然投入到政治旋涡。临行前，他写了一首《割股行》以表明他重入政坛实现自己宏愿的坚定信心。“割股割股，儿心何急！……吁嗟残形，似非中道，苦心烈行亦足怜。我愿移此心，事君如事亲，临危忧困不爱死，忠孝万古多芳声。”
（三）内阁之争
张居正回到北京就任后，仍任正七品的翰林院编修。当时表面上形势仍然没有发生任何变化，实际上，内阁中严嵩与徐阶的矛盾日趋激烈与公开化。嘉靖三十八年（1559年），徐阶升为吏部尚书，次年又由少傅晋升为太子太师，张居正亦由翰林院编修升为右春坊右中允兼国子监司业，当时的国子监祭酒为高拱。徐阶、高拱、张居正逐渐成为嘉靖末年三个主要人物。为了共同的利益，徐阶、高拱和张居正逐渐形成一股势力共同对付严氏父子。嘉靖四十一年（1562年），横行一世的严氏势力终于垮台，徐阶出任内阁首辅。张居正欣喜若狂、笑逐颜开，因为他明白，自己出头露面的时刻马上就要到来了。徐阶是张居正任庶吉士时翰林院掌院学士，在翰林院的名分上，徐阶是张居正的老师。加之徐阶对于张居正非常了解，把张居正视为国家的栋梁之才。嘉靖四十五年（1566年）世宗逝世后，徐阶和张居正又以世宗遗诏的名义，革除弊政，平反冤狱，颇得人心。一切好感都集中到徐阶身上。隆庆二年（1568年）七月，徐阶被迫归田，李纯芳代为首辅。高拱因为与徐阶闹矛盾，已于隆庆元年离开内阁，徐阶倒台后，隆庆三年（1569年）十二月，高拱再次入阁兼掌吏部事，控制了内阁大权。高拱很重视发现人才和起用人才。他选派官员特别注意年龄和健康，凡五十以上者，均不得为州县之长，不称职者去之。他考核官员，唯以政绩为准，不问出身和资历。高拱当政期间，起用了一批人才，“仕路稍清”。
徐阶和高拱都号称精明强干的首辅，为振兴明王朝作了力所能及的努力。但他们都不干预经济关系，也不冒犯现存的社会关系，只是在维持现状的基础上进行点滴的修缮，因而只能以失败告终。张居正则是有识之士之中的佼佼者。他洞察时弊，深谋远虑。早在隆庆二年（1568年）八月，在《陈六事疏》中，就系统地提出了他改革政治的主张：省议论、振纲纪、重诏令、核名实、固邦本、饬武备。前四条显然主要目的是为了加强中央集权、整顿吏治，而后两条的重点是富国强兵、稳定封建统治。整顿吏治、富国强兵是张居正主张改革的核心内容，同时也是其进行改革的纲领和宗旨。《陈六事疏》虽然得到了穆宗的赞扬和支持，但由于当时张居正的老师内阁首辅徐阶已免官回乡，内阁权力先后由李春芳和高拱掌握，所以张居正的改革只限于很小的范围之内，未能全面付诸实施。隆庆六年（1572年），张居正出任内阁首辅，当时穆宗逝世神宗即位，张居正遂“慨然以天下为己任”，开始全面地变法改革。