伽利略尽量挺直了身子走向法官所在的长桌前，桌子上的两支蜡烛照亮了一本巨大的《圣经》。法官开始宣读判决书。一句句、一段段、一页页，法官用单调而冷酷的声音宣读着。
“判决如下：伽利略的《对话》一书明令禁止发行，判处伽利略监禁，期限由本法庭酌量决定，并勒令伽利略在今后的3年内每天背诵7篇悔悟赞美诗，以示悔罪。”
法官问伽利略是否愿意改过，伽利略茫然地点了点头，他不知道自己做错了什么。现在，他只想逃避眼前的面孔。
“现在，弯下你的膝盖，把手放在这部《圣经》上。”
伽利略克服了巨大的疼痛才把双膝弯下，一位修士把《圣经》拿近了一些。让伽利略的手能够触及到，另一位修士给他一份文件。
“现在，你开始朗读这文件，慢慢地、大声地朗读，让全体法庭人员都能清晰地听到。”
伽利略的视力已经很不好了，于是他将文件凑近了鼻端。一位身穿黄色披袍的修士恐怕光线不足，便把蜡烛向他移了移。他的脸上充满了爱怜，并将另一只手托在伽利略肩膀上以示劝慰。
伽利略为这个微小的举动涌起一股温暖，他轻轻地说：“谢谢您，神父。”
然后，他开始大声地朗读“忏悔书”：“我，伽利略·伽利菜，是文森西奥·伽利莱之子……我用手抚看圣经，我发誓放弃、诅骂那些错误而荒谬的地球运转学说。”
伽利略为自己虚伪的誓言痛苦着，他还“发誓”要成为教皇的“密探”、“内奸”、举报“任何异端邪说和嫌疑分子”！“天啊！”伽利略问自己，“难道我不但要违背良心，放弃真理，还要帮助恶势力去迫害热爱真理的人吗？多么可怕的魔鬼！”
但是，伽利略只能委曲求全，他害怕夺走自己的财产而使儿子受穷，他害怕自己背着异教徒的名声死去……
如果羞辱能杀人，那么伽利略那天晚上就会死去了。以后，伽利略曾多次对他的女儿维吉妮娅说：“过去的伽利略已经死了！我的名字早已从活人的名单上剔除了！”
“神圣法庭”对伽利略的判决书以及伽利略所读的忏悔书，被印发到所有教会国家，于是，在众人的眼里，伽利略成了宗教裁判所里的犯人。
正当伽利略在痛苦之中煎熬的时候，他的朋友们没有忘记他，他们正在设法把他从无望的监狱生活中解救出来。托斯卡纳大公费迪南德二世在判决之后，立即冒着教会可能不快的危险，联合尼克里尼和伽利略一些有地位的朋友，请求乌尔班八世给予伽利略宽大处理。
乌尔班八世一口恶气已经出了，于是他送了个顺水人情，表示乐意帮助他。7月间，宗教裁判所的法庭宣布，准许伽利略离开罗马，让他到佛罗伦萨南部的锡耶纳天主教大主教皮可罗米尼家里去居住，并由皮可罗米尼实行监护的责任。
大主教的住宅十分豪华舒适，加之大主教府邸从上至下的每一个人都把伽利略视为贵宾，因而伽利略在这里得到了很好的照顾。而且，皮可罗米尼还在精神上拯救着伽利略，当他得知伽利略早先有计划写一部关于运动学的著作的时候，他鼓励伽利略把精力重新转移到运动学的研究上。这种鼓励对于伽利略来说有如枯木逢春，久旱逢雨，它滋润了伽利略那已如死灰般的心灵。
女儿维吉妮娅此时的身体非常衰弱，但她却尽自己所有的力量去安慰可怜的父亲。
维吉妮娅虽然从来没有料理过事俗财务，但当父亲去罗马受审和逗留在锡耶纳的一年时间里，她雇用了一位园丁来照料父亲的阿圣翠小山庄，而且打理得井井有条。维吉妮娅把家里的一切都告诉远方的父亲。
上帝这次并没有让维吉妮娅失望，伽利略在锡耶纳住了5个月以后，在皮可罗米尼大主教和其他几位颇有地位的人的努力下，伽利略被批准回阿圣翠了，虽然他的人身自由受到了极大的限制，但这对于伽利略来说，已经很满足了，他知道他今后将永远是一个囚徒，他将永远在宗教裁判所的监视之下生活。他的舌头永远都不能再按照自己的意志发出声音了，因而，他现在只希望能见到亲爱的女儿，于是他写信告诉女儿这个好消息。
维吉妮娅的回信令他忧心如焚，她写道：“我想，我也许不会等到您回来的那一天了，不过也许，上帝会恩准我一次。”
维吉妮娅己经病入膏肓，奄奄一息了。一定要再见父亲一面——这个信念一直支撑着她那骨瘦如柴的身体。
1634年1月初，伽利略终于在一个凄风苦雨的日子里见到了形毁骨立的女儿。伽利略的眼泪再也忍不住了，他想到自己没有照顾好女儿，又因自己的罪过使女儿受到如此之折磨，他紧紧地抱住女儿，许久说不出话来。
看到了父亲，维吉妮娅苍白的脸上露出了一点点微笑。可是她惨白的嘴唇上已经有了死神的印鉴。父女俩轻声谈述了很多事情，亲情温暖着维吉妮娅，但却留不住她匆匆的脚步，就在父女相见后不久，4月2日，伽利略的长女维吉妮娅撒手人世。
这对暮年的伽利略来说是一个残酷的打击，他很长时间也无法恢复过来。二女儿从来没有给过伽利略丝毫的安慰和温暖，而儿子文森佐也只会尽力搜刮父亲的钱财，只有在他得到实惠以后，他才会对伽利略说出一些干干巴巴的、形式上的“安慰”的话。
伽利略犹如一盏残灯在黑暗中释放着自己最后的一点光。
地中海刮过来的暖风将大地的万紫千红唤醒，伽利略的心情也随着大地回春而渐渐从痛苦中平复过来。
有一天，他在温暖的阳光下散步，记起了他曾经常常告诫学生的一句名言：
“无论寒暑，无论远近，终其一生，锲而不舍。”
伽利略的心悸动起来，他感到生命的活力在复苏，他感到无法名状的兴奋。他想起了皮可罗米尼大主教曾经的激励。既然不可以再写天文学方面的书了，那么可以写以前研究过的运动学，这个题目应该是安全的，绝对不会触犯教会的禁令。
伽利略在锡耶纳居住的时候，已经开始构思《关于两种新科学的论述和证明》，这本书简称为《新科学》，但后来女儿去世让伽利略悲痛不已，因而辍笔了。
1635年，给他带来灾难的《对话》由奥地利的历史学家伯奈格译成了拉丁文出版，成了世界性的名著，这一消息给正在写《新科学》的伽利略以鼓舞和动力。1635年一年《新科学》的前半部脱稿了。
但是，罗马教皇宗教裁判所曾经宣布过，任何时候都不准出版和再版伽利略的著作或者由他编辑的著作。有一位叫麦肯齐欧的学者向威尼斯宗教裁判所申请出版与神学毫不相干的伽利略的书，但是遭到了断然拒绝。我们可以看到，连相对说来比较自由、敢于违背罗马指令的威尼斯，对罗马教皇的命令都如此噤若寒蝉，如此可知，想要出版《新科学》真是难于上青天啊！伽利略知道这些情况之后，不禁为自己新书的出版而担忧起来。许多人为《新科学》的出版而出谋划策。在狄奥达的建议下，曾经出版了《致克丽丝蒂娜的信》和《对话》的荷兰埃勒威尔家族表示，可以考虑出版《新科学》。不久以后，路易斯·埃勒威尔到阿圣翠山庄亲自拜访了伽利略，他决定出版伽利略的这部著作。
1637年，伽利略终于在历时3年之后的73岁高龄时，写完他一生最后一本巨著《新科学》。1638年，《新科学》一书在荷兰莱顿正式出版了。
罗马教会当然会向伽利略询问此事，但伽利略回答说：“这本书的出版我全然不知。我知道的只是有几位科学家曾经看过我的手稿。”
这种搪塞显然是蒙混不过去的，但是由于这时罗马教会正疲于应付敌国的进攻，因而也就无暇细查伽利略的事情，而且，《新科学》中确实没有任何违禁之处，因而这件事也就不了了之了。
然而，不幸还是没有放过伽利略，由于写书劳累过度，伽利略在出书后的几个月就双目失明了。双目失明并没有给伽利略带来黑暗，更没有给他带来绝望，他仍把自己的生活安排得井井有条。
伽利略的学生卡斯特利为老师的失明感到无限哀痛。
忠实刚正的卡斯特利为伽利略能去佛罗伦萨治眼睛而四处奔波着，最后，罗马教会批准伽利略到佛罗伦萨的儿子家去居住，但是禁止伽利略与别人交谈。教会的这种不人道的做法，恰恰说明了对伽利略所代表的真理的恐惧。
但是，伽利略在儿子家里的生活并不快乐，文森佐热心效忠于教会。因而对父亲的处境，他丝毫没有表示过同情。他能容忍父亲住在自己家里，完全是为了他的财产。
几番恳求之后，佛罗伦萨的宗教裁判所把16岁的维维安尼派给伽利略当秘书。开始，伽利略还对他心存芥蒂，但不久，他就发现这是一个很真诚的年轻人，他对伽利略有着发自内心的尊敬和爱戴，于是两人很快就合作得很愉快，伽利略感到得心应手，二人的感情也情同父子。
1639年，维维安尼和伽利略在宗教裁判所的应允下，又回到了阿圣翠山庄。
1642年年底，伽利略感到自己就要不久于人世了。于是，他请来公证人，立下遗嘱，他把一小笔年薪赠给了二女儿丽薇，他知道女儿并不需要这个，但这至少可以说明他不曾忘记过她，他把一笔为数不少的财产全部给了儿子，他要求死后葬在靠近父母的墓地里。
公证人扶着颤抖的老人在遗书上签字。
1642年1月当欧洲战场上基督教徒正在和天主教徒战斗的时候，在意大利，这位78岁的老人正在做最后的忏悔，伽利略在心中默默地念道：
“主啊，你会知道我心中的悔恨和羞耻。从违背真理开始，我就一直在祈求您的宽恕。也许是您叫我失明，这就是您对我的惩罚，因为我违规偷看了您布满天空的奇景。”
“主啊。我已经受够惩罚了吗？如果回到您的世界里，我还可以恢复我的视力吗？您还会不会允许我继续去研究那些星球呢？”
然后，伽利略安静地，永远地合上了双眼。