1885年夏天，威廉·H. 范德比尔特再次急需朋友的援助。西海岸铁路公司（West Shore Railroad）开始了铁路业务，成为范德比尔特线路的竞争者。宾夕法尼亚铁路公司（Pennsylvania Railroad）打算支持西海岸公司项目，因为它已承诺要给其主要竞争对手制造一些大麻烦。同时，范德比尔特正在宾夕法尼亚建立一条与宾夕法尼亚铁路主要干线平行的线路。根据当时的惯例，西海岸公司的资本被严重高估，就在道路接近完工时，公司因资金匮乏而即将破产。如果不是宾尼法尼亚公司或一些其他势力雄厚的财团出手相助，它将难逃此劫。就在这紧要关头，摩根出手相助，采取补救措施。他将其股份出售给范德比尔特在宾夕法尼亚的竞争对手宾夕法尼亚公司，并把西海岸铁路以成本价出售给纽约中央铁路公司。
由于其中大量英国投资变成了沉没资本，这使得费城－雷丁公司面临破产。这时，摩根财团再一次注资几百万美元，帮助其重组。1887年，当巴尔的摩－俄亥俄铁路公司突然也濒于破产时，摩根公司站了出来，为其寻找新的资本，并为其推行重组策略——不过，这个策略由于遭到了老的投机利益团体的对抗，一度被中断。一年后，摩根财团重组了切萨皮克和俄亥俄公司。
因此，在1893年金融风暴之前，德雷塞尔－摩根公司树立起作为处理经营不善资产的金融家和重组者的威信，在美国银行家中，它在这一方面的地位无人能及。犹太人大证券商到目前为止几乎没有插足过美国铁路。就美国这个市场来说，罗斯柴尔德公司很愿意与摩根保持紧密联系，而非成为他的竞争者；库恩－洛布公司也没有成为铁路系统的一支力量；斯派尔斯公司（The Speyers）虽然很强大，但也没有处于主导地位；塞利格公司（The Seligmans）在政府融资运作中表现突出，但也没有成为铁路证券发行的主要机构。所以，当美国超过一半里程的铁路进入美国国内外的接管人、投资者手中时，他们都指望有一个人和一个公司来保护他们在铁路上几十亿的投资——这就是摩根集团及其强大、无畏的领袖约翰·皮尔庞特·摩根——也就是现在人们所熟知的“朱庇特”摩根。
首先进行重组的是南方铁路公司（Southern railway）。一批纽约和里士满的投机商控制着这个从里士满到西点总站的铁路系统，使得其连接铁路陷入了无法摆脱的混乱中，出现了金融混乱。开始时，摩根拒绝惹上这样的麻烦，但其他人经过尝试，均无功而返，证券持有者最终恳求摩根按照自己的方式承担这项任务。没用多久，摩根财团便将这个公司重组。在1893年金融风暴的可怕影响和接踵而来的经济大萧条来临之前的很长一段时间里，南方铁路公司系统繁荣发展，将新事业不断向前推进。
摩根实施这些重组并不仅仅是因为能给他本人或公司带来直接的金融利益，实际上，他有一个更大的、但不完全是无私的动机。他觉得出于自我保护，他自己有义务去留神并不让那上百万的资本（尤其是来自英国投资者的投资）消失掉。作为一家在美国国外证券市场上最专业的公司，不应该任凭这些证券在世人的面前变成废纸。摩根公司在伦敦的声望和所有的传统都建立在美国繁荣和财富的基础之上，摩根父子一直都是“美国牛仔”。
通过对南方铁路公司的成功重组，摩根最终牢牢地控制了这个最难以应付的家伙——美国铁路公司。40年来，那些美国铁路投资者、鲁莽的乐观主义者、巨大的窃贼、信心十足的家伙，为了自己的利益，通过证券交易将铁路系统的规模夸大了一百倍，以牺牲他人的利益为代价，扭曲、控制和蚕食这项巨大的交易。摩根对铁路资本的运作已经观察了20年。资本的控制权在于股份的表决权，如果无法控制表决权，就几乎无法成功对抗反对者。1887年，他试图重组巴尔的摩－俄亥俄公司，却以失败而告终，都是因为控股方通过投票否决，阻止了他的重组计划。他设计了一个方案，希望借此能够控制表决权。在实施重组或寻找新的资本前，他提出了“股权委托”（voting trust）的概念，多年来，这一策略使股份的全部表决权一直掌握在他选择的董事手中。重组南方铁路公司时，他又采用了这一策略。之后所有的重组中，他也都运用了这一策略。
接下来争夺最激烈的重组，当属伊利铁路公司的重组。在重组前，摩根尤其谨慎地将控制权集中在自己手中。多年前，J. S. 摩根公司是伊利公司在伦敦的金融机构，英国投资者购买了伊利铁路公司的大量债券，因此，摩根急于保护这些债券持有者的利益。在他提出的这个计划中，这些债券持有者本身拥有足够的表决权，能够以多数票胜过散户，而且当时债券持有者被摩根的“表决权”控制着。当公司重组时，承担损失的应该是股东而非债券持有者，只有这样才是公平的。因为安德鲁、费斯克和古尔德投机的日子里，伊利公司大量股票的巨额发行量，只有很少甚至几乎没有现金投入，而大部分债券的发行却付出了真实的资本。
此后，摩根的其他一些重组业务也接踵而来。霍金谷（The Hocking Valley）是中西部的一条线路，也被纳入其重组的范围内；北太平洋公司（the northern pacific）在其30年来的职业生涯中，从成立走向破产，还被人操纵，最终在摩根公司宽阔的臂膀中找到了稳定的居所。巴尔的摩－俄亥俄公司、埃琪森、托皮卡、圣塔菲铁路公司以及其他几个大的资产所有者，都在重组下获得新生。尽管它们并不完全是在摩根集团的运作下进行重组的，但摩根都在其中出了一份力。费城－雷丁铁路系统深受之前10年疯狂投机之苦，也开始了第二次重组，成为了始于无烟煤联合体主导者的强大金融机构。在1893年的金融风暴中，也有一些资产所有者并没有完全被摧毁，其中，里海谷（the Lehigh Valley）公司和乔治亚中央公司（the Central of Georgia）照样恢复了活力。
到1898年，皮尔庞特·摩根在铁路界和金融界树立了光辉的形象。他几乎重组了美国铁路系统，辐射到整个南大西洋海岸线的大铁路网中，他拥有完全的表决权；他彻底主导了伊利铁路公司，成为了雷丁公司政策制订的主导因素；在巴尔的摩－俄亥俄公司的管理中，他也拥有很大的影响力；在埃琪森、托皮卡和圣塔菲铁路公司事务中，他拥有强有力的发言权；他把重组了的乔治亚中央公司全部股本都收入囊中；他是范德比尔特庞大的铁路体系身后真正的金融巨头。
当然，在这项巨大的工作中，必须给其他人大量的股份。除了德雷塞尔公司，几年来，摩根尽量给能力非凡的合作伙伴带来好运。或许他培养了他们，或许他们的品质和能力在他为他们设置的环境中得到了充分发挥。不管怎样，在早期的岁月里，有几个人表现得尤其突出。其中之一是意大利人埃吉斯托·P. 法布里（Egisto P. Fabbri），1876－1884年是摩根的合伙人。在这段时间里，其他声名显赫的人包括J. 胡德·赖特、查尔斯·H. 戈弗雷、乔治·S.鲍登和查尔斯·H. 科斯特。所有这些人或者人到中年拥有大量财富后退休，或者在工作中逝世。科斯特是工作累死的典型例子。他是细节大师，除此之外，在制订重组计划上，他也是一个天才。据称在科斯特死之前，摩根所有成功的重组方案都是他制订的。这很可能是真的，至少在那些艰难的岁月里，科斯特一直是摩根的左膀右臂。他是华尔街里众人熟悉的大人物——个脸色苍白、面容焦虑的人，总是急急忙忙地从一个会场赶到另一个会场，晚上还要把公文包带回家。他走遍全国各州，研究铁路系统，从火车的后站台查看路基，从来没有机会休息或休闲娱乐。1900年春天，他突然去世，据报道，他曾经同时在59家公司中担任过主管。
现在，铁路重组的时代已经结束了，新世纪马上到来了，摩根集团再次发现其在美国的合作伙伴中，只剩下一个威严的身影了。法布里去世了；J. 胡德·赖特走了；查尔斯·H. 科斯特死了；自从老摩根去世后，一直掌管大事的伦敦天才沃尔特·伯恩斯，也死了。所有这些人都致力于这项规模庞大、高度紧张的事业，遵从于摩根的做事方法，并日夜为美国铁路资本而操心。两代德雷塞尔也都去了。只有“朱庇特”摩根保持着健康的状态和旺盛的精力，独自一人从足以粉碎灵魂的商业大潮中脱身。