藏象学说自《黄帝内经》之后，随着社会生产力和自然科学的不断发展，历代医家在《黄帝内经》的基础上，对藏象理论作了不断的充实和提高。
（一）生理病理方面
后汉张仲景所著《伤寒论》和《金匮要略》较为系统地反映了脏腑功能失调的病变。《金匮要略·脏腑经络先后病脉证》篇中明确指出：“若五脏元真通畅，人即安和。”因此各种致病因素作用于人体，使脏腑功能失调，不仅可以导致疾病发生，而且还直接影响着疾病的发展和转归。
张仲景对脏腑的论述，在其著作中表述了任何疾病都与脏腑功能失调有关，而临床症状则是脏腑功能失调的反应，为藏象学说在临床医疗方面的应用明确了方向，使中医藏象学说更加丰富充实，切实可行，对后世脏腑辨证论治的继续完善产生了深远的影响。
后汉华佗著《中脏经》是我国早期脏腑辨证的医籍之一，在《素问》《灵枢》的基础上，对脏腑的病证进行了初步整合，把脏腑辨证的理论系统化，从平脉辨证的角度研究脏腑虚实寒热的病症。例如辨肝的脉证，首先明确肝的生理属厥阴，主春气，与少阳胆为表里，并以“嫩而软，虚而宽”描写肝主柔和、疏泄的特征；其次分析肝主弦脉，而有弦长、弦软、弦实、弦虚之不同，及其所主太过、不及的病变；又其次从肝的病脉缓、急、大、小、滑、涩六个方面，提出其不同主症；最后分析肝病的发展和转归，最后列出肝中寒、肝中热、肝虚冷三大症候。其他脏腑详略虽有不同，其体例大致如此。
唐代孙思邈的《备急千金要方》，较大篇幅类列了脏腑虚实病证治方，以五脏六腑为纲，寒热虚实为目，并在每一脏腑之前用极其简练的语言勾画该脏的形态、生理、病理、脉证和内外联系，如心脏，“心主神，神者，五脏专精之本也，为帝王，监领四方”“夫心者火也，肾者水也，水火相济”“凡心藏象火，与小肠合为腑，其经手少阴，与太阳为表里，其脉洪，相于春，旺于夏”。心之病证则有“心虚实”“心劳”“脉极”“脉虚实”“心腹痛”“胸痹”“头面风”等。而这些病证，又大多是以脏腑为纲，分别见于其他各脏腑。如以病为纲结合起来，则每一种病证，又可以看到五脏六腑总的病情变化。并有生克乘侮的复杂演变，缓急相宜，颇为易学易用。
宋代钱乙在其著作《小儿药症直诀》中，论治疾病以脏腑辨证为宗旨，在理论上继承《黄帝内经》《难经》《金匮要略》《中脏经》 《千金方》等前人之说的基础上，又赋予新的内容，并将这一理论与儿科的临床实践相结合，创立了五脏相胜相乘的“五脏证治”的治疗体系。在著作中先列出五脏生理特点，然后是病理特点、病证（虚实）、临床表现、治疗方药。
钱乙特别注意辨别脏腑虚实和五脏之间的生克制化关系，例如肺病又见肝脏证候者，若肝虚于肺脏（不能胜肺），其病易治；若肝强实于肺脏（反胜肺者），则其病难治。这好比“肺”“肝”统帅的大军历经杀场，损兵折将，元气本来已经大伤，还在同一战场相遇，要想通过战胜对方来补充自己的兵力。“肺”统帅的大军取胜的先决条件是什么呢？这就要看“肺”所统帅的大军整体实力是否强于“肝”统帅的大军。要强于“肝”所统帅的大军则“肺”所统帅的大军元气就容易通过一场战役恢复过来，否则“肺”所统帅的大军就很可能损失更重，元气很可能大伤，以致无法恢复。其他诸脏，可以类推。至于治疗，亦要考虑病情的新久虚实。还以肺病为例，当肺脏久病多虚之时，在对其进行治疗的同时应考虑到适当补养肺的母脏——脾脏，以增加其后援，即“虚则补其母”；当肺脏新病多实之时，在对其进行治疗的同时应考虑到适当疏泻肺的子脏——肾脏，以增加其消耗，即“实则泻其子”。
此外，五脏论证，还在各方面应用，如面诊，左腮为肝，右腮为肺，额上为心，鼻为脾，颏为肾，见赤色者为热病，随证治之。如一日分四时，早晨寅卯辰时肝旺，中午巳午未心旺，日晚申酉戌肺旺，夜间亥子丑肾旺。肝旺当补肾治肝等，亦有一定规律可寻。如一年分五脏，肝病见于秋令，肺病见于春令，心病见于夏令，肾病见于冬令，脾病见于四旁等，皆有相胜轻重之变，当分其顺逆难易而治之。
金代张元素的易水学派是以脏腑证候的病机及其治疗作为研究课题，在藏象学说方面取得了重大成就的一个学派。张元素承诸家脏腑之说，自成其从脏腑寒热虚实以言病机辨证的学说体系，内容包括脏腑的正常生理、虚实寒热脉证、疾病的演变预后和补泻温清的常用药方等四个方面。这一脏腑辨证说不简不繁，经验中富有理论，比前人之论有所提高。
李杲在其师张元素“脏腑论病”观点的启示下，别开蹊径，阐发《素问》土者为万物根本的理论，提出了“内伤脾胃，百病由生”的论点，而创立了“脾胃学说”。他认为脾胃是元气之本，为精气升降运动的枢纽，脾胃之病，多由于虚损，脾胃虚则元气不足，“脏腑、经络皆无所受气而俱病”，以致“九窍不通”“诸病所生”，故治疗当以补益脾胃为主。李杲在《脾胃论》《内外伤辨惑论》《兰室秘藏》等著作里，着重阐明了脾胃的生理功能，内伤病的病因病理、鉴别诊断、治疗方药等一系列问题。李杲认为，内伤病的形成，乃是气不足的结果；而气之所以不足，实为脾胃损伤所致。
李杲认为，自然界一切事物都是时刻运动着的。其运动形式，主要表现为升降浮沉的变化，如春夏地气升浮而生长，万物由萌芽而繁茂，秋冬则天气沉降而杀藏，万物始凋落而收藏，唯长夏土气居于中央，为浮沉变化的枢纽。而人身精气的升降运动，则赖脾胃居于其中以为枢纽。李杲认为，若脾胃气虚，升降失常，则内而五脏六腑，外而四肢九窍，都会发生种种病证，而尤以气虚“阴火”最为突出，因而在治疗上突出对脾胃升阳益气药物的运用和处方。从一升一降、一上一下两个方面，提出“肺之脾胃虚”及“肾之脾胃虚”，并加以阐发。
易水诸家之说，前后相承，各具物色，蔚然成为我国医学史上的“脏腑学派”。与李杲同时代而稍晚的朱丹溪，重视人体相火与脏腑关系的研究，提出人身相火“寄于肝肾二部”，以肝肾精血为物质基础，相火之动正常与否和五脏功能活动有关，因为“胆者肝之府，膀胱者肾之府，心包络者肾之配也，三焦以焦言，而下焦司肝肾之分，皆阴而下者也”。凡七情六欲之伤常先激起“脏腑之火”，如“醉饱则火起于胃，房劳则火起于肾，大怒则火起于肝”（《格致余论·疝气论》），然后煽动相火，即所谓“五脏各有火，五志激之，其火随起”。丹溪创造性地将相火的研究与脏腑学说融于一体，观点新颖，对后世影响颇大。
明代，藏象学说继续发展，并有许多新的突破，对命门、脾胃等内容的研究日趋深化，各种学说纷至沓来，大都对《难经》左肾、右命门之说提出异议，并进一步探索它对人身的重要作用。其中以温补学派的薛己、孙一奎、赵献可、张景岳等医家之论最为卓著。
明代温补之先驱薛己，重视脾胃与肾命在生理、病理上的联系，认识到“人体脾胃充实，营血健壮，经隧流行而邪自无所容”“人之胃气受伤，则虚证蜂起”。脾肾亏损之病，或因脾土之虚而致肾亏，或因肾亏而不能生土，二者之间存在互为因果的关系。薛氏的思想对当时医学理论研究和脏腑辨证施治方面颇有启示。
孙一奎是命门大家中最早的一位，创立“命门动气”学说。他自幼研 《易经》，承袭朱丹溪“人身必有一太极”的思想，将理学当中的“太极”理论融入到医学当中，结合《难经》原气之论来阐发命门。同时，他又进一步摆脱了《难经》“左肾右命门”的老套路，提出：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先之太极。五行由此而生，脏腑以继而成。”（《医旨绪余》）可知他所描述的命门是先于脏腑的存在，用“太极之本体”来形象地比喻命门在人身的重要地位和作用，是得以生成五脏六腑的根源所在。
赵献可提出君主命门说，他认为命门位处两肾中间，彻底与肾脏脱离，而成为主宰十二官的“真君真主”，其功能位于五脏六腑之上，为“主宰先天之体”，有“流行后天之用”。赵献可运用《易经》中“坎”卦的理论来解释肾与命门二者之间的关系，认为两肾有形属水，命门无形属火，其位居两肾中间，即“一阳陷于二阴之中”，阴中有阳才能化气而产生生命，而命门之火的作用则始终居于主导地位。赵献可的命门理论受到理学、易学及道教等多方面思想的影响，承前启后，对后世影响很大。
学验俱丰、名噪医林的张介宾（号景岳）在总结前人成就的基础之上，对于命门学说进行了系统深入的论述及阐发，提出水火命门学说。张介宾大量运用太极阴阳理论阐述命门，认为命门为人身之太极，是人体生命的本源，统括阴阳、五行和精气。同时，命门兼具水火，阴阳本同一气，水火之于人身，即是阴阳精气，从而把人体阴阳、精气与水火有机地联系在一起。张介宾的水火命门学说结合易学思想把祖国医学的阴阳理论发展到了一个崭新的高度，从太极一气到两仪阴阳，化生“先天无形之阴阳”，继而再生成“后天有形之阴阳”，以元阳之火论生命活动的功能，以真阴之水论气血津液和脏腑，以水火的关系体现了阴阳互根、互用与相互制化的思想，在其著作中，阴阳互根、水火同源、精气互生的理论贯穿始终。张介宾的水火命门学说，将阴阳、水火、精气的理论与命门学说有机地联系在一起，使之达到了前所未有的高度及水平，成为明代命门理论的集大成者。
明代医学家李时珍率先提出“脑为元神之府”，在“心主神明”的基础上，扩大了对“神”的生理功能的认识。
李中梓在脏腑研究方面，集各家之说，明确提出先后天根本论。人体精血之源在乎肾，阳气之源在于脾，因此治疗亦重在脾肾。在脾肾关系方面，他主张滋养化源重在治脾以补土，运化不健当补益命火以助运。李氏这一理论，既蕴涵了前贤精华，又不乏新的创见，对后世藏象学说的发展和藏象理论的应用，均有一定的启迪作用。
李中梓认为“脑为髓之海，诸髓者通于脑”。还提出了“脏腑相通”理论。李氏之论，与心与小肠、肺与大肠相通等论述不同，提出心与胆相通——心悸、怔忡用温胆汤，惊狂用补心汤。其他如脾与小肠相通，肺与膀胱相通等，“脏腑相通”理论是内脏相互联系的重要内容。
总之，明代探讨脏腑病机侧重于虚损病证方面，尤其重视先后二天，在肾命门水火的认识上发挥尤多，形成了善用温补的特点，如薛己、孙一奎、赵献可、张介宾、李中梓诸家及其门人，皆为丰富藏象理论作出了一定的贡献。至清代以后，突出表现在对脾胃、气血有关理论的研究方面，对肝病病机的认识，亦有了较大发展。如叶天士对先后二天的关系强调“脾阳宜动，动则能运；肾阳宜静，静则能藏”，“肾阳自下涵蒸，而脾阳始能运筹”，补后天时重视养先天，而益先天时又重视后天、中下兼顾，尤其注重刚柔、动静、升降等诸方面的关系，随脏腑特性而施用补虚之法，很有实际意义。
除温补学派以外，明代还有不少医家在研究藏象学说方面提出了许多真知灼见。例如，虞抟著《苍生司命》卷四“内景图”为人体解剖图说，概述脏腑形态、位置及功能，“诸证”八卷以内科杂证为主，每证必识其脏腑，从证可断其脏腑的病因、病机。龚廷贤的《万病回春》之卷首，载“释形体，周身脏腑形状”“人身背面手足之图”等篇，各篇所述脏腑病证脉因证治亦明晰完备。另书《寿世保元》卷一则有“脏腑论”“气血论”等专篇，内容详审精密，条理清楚，参以己意而有所发明，是临床的重要参考医籍。王肯堂《证治准绳》的首八卷“杂病”部分，始终贯穿脏腑辨证精神，诸证论脏腑广集百家，旁列己说，比较完整地反映了各脏腑疾病证治之端委，突出了藏象学说宏通实用的特点。缪希雍《先醒斋医学广笔记》叙述“吐血之要法”的治疗规律，其中“宜补肝不宜伐肝”，蕴涵了肝与血的关系，至今仍为临床所习用，并提到“甘寒滋润益阴之有益于脾也”，提出了脾阴、胃阴两个不同概念。龚居中的《红炉点雪》和明末绮石的《理虚元鉴》都是肺痨专书，分别从肺痨的阐述中引出肺金的生理、病理。内容独详于肺，却又涉及肺与他脏的关系，自成体系，对临床有一定的指导作用。
清王朝的建立，虽然使中华各民族备受文化压抑和思想钳制，但在广大知识分子中习医热情仍然不减，藏象学说的研究仍然继续，并出现了一些藏象专著。黄凯钧的《上池涓滴》，书的前一部分描述五脏的解剖位置、生理功能、病理表现，后一部分以五脏为中心，重点在于阐述五脏致病之由，证候鉴别及方药选择，尤其是对五脏的描述，已经大大突破了《内经》与 《难经》的内容。如 “心为赤帝……象如倒悬莲蕊”“心者，纤微，无不贯注……附着脊之第五椎，外有赤黄裹脂，是为心包络”。这种认识较之前人有所进步。王清任十分重视人体脏腑的重要性，认为“著书不明脏腑，岂不是痴入说梦；治病不明脏腑，何异于盲子夜行”。他亲身观察人的尸体结构，著《医林改错》，绘十二幅与古书不同的解剖图谱，对某些脏腑、器官和组织的功能。做出了与古人不同的结论，如人的“灵机记性不在心而在脑”即为例证。虽然《医林改错》在解剖生理方面尚存不少讹误，但其功仍不可没。朱沛文的《华洋藏象约纂》是一部试图将祖国医学藏象学说和现代医学的解剖生理学互相汇通的著作，对每一脏腑体用的论述，均有中西比较的内容，即先引《内经》《难经》之论，继引中华历代医家之说，然后引用西洋医学的认识，最后再对华洋两说之异同进行分析，尽力使两种学说相互汇通，其汇通的特点是“通其可通，并存互异”，如脾统血是中西医的共同之处，而脾与胃相表里，为胃行津液，贯通四傍的理论西医则无，可存其异，这一思想在后来中西汇通的道路上起了引导作用。此外，清代温病学派的兴起，医家联系温热疾病的发生发展各创新说，也为脏腑理论的进一步完善作出了贡献。例如，叶天士在李杲脾胃学说的基础上，强调脾胃分论，创立胃阴学说，提出胃喜润恶燥，宜用甘平或甘凉濡润之品，以养胃阴，使津液来复，通降自成。“此种议论，实超出千古”。吴塘以脏腑三焦分部，说明温病发展过程中的三个阶段，明确指出上焦病主要是肺与心病，中焦病是脾与胃病，下焦病是肝与肾病，温病的传变乃“始上焦，终下焦”。这种蕴涵脏腑内容的三焦辨证方法，已为后世所推崇。
（三）病变规律方面
1.外感疾病
一般而论，外感病发于表，发展变化过程自表入里、由浅而深的传变。故外感病基本是表里传变，但内传入里后，亦见脏腑间的传变。不同的外感病，其病位传变的形式又有所区别，主要有卫气营血和三焦传变。