孙鹤龄在2005年6月3日提交给党组织的《我的申诉》中，坚决否认自己是蓝田神话的“幕后推手”。孙鹤龄在申诉材料中称：1995年农口股票上市是农业部党组为适应国家当时的改革形势，根据国家证监委文件实施的一项工作，上市的每个环节都是按照证监委文件精神办理的，做到了手续完备程序透明。我履行的职责是逐级审查上报，报给分管部长，推荐权是农业部党组，批准上市权是国家证监委。因此，我根本没有蓝田股份上市决策人的权限。整个程序是透明的，符合规定，财务司是履行办事职责的部门之一。在蓝田股份上市过程中，我与瞿兆玉没有任何私下交易承诺，也未收受任何好处，完全是公事公办……
孙鹤龄的这个申诉得到了有关部门的认可。在2005年9月中纪委驻农业部纪检组监察局、农业部直属机关党委、农业部直属机关纪委发布的《关于孙鹤龄等人违纪违法事实及处理情况的通报材料》中，只通报了孙鹤龄两起违纪违法事实，并没有提及蓝田神话“幕后推手”的问题。在此后检察机关和法院审判过程中，也没有就此追究孙鹤龄的责任，仅仅认定“孙鹤龄利用担任农业部财务司司长的职务便利，在履行审批农业部所属公司上市及发行股票申报审核的职责过程中，为沈阳蓝田股份有限公司通过农业部申请公开发行股票提供了便利”。
虽然成功摘掉了扣在自己头上“幕后推手”的帽子，但也正是孙鹤龄为蓝田股份的上市“提供了便利”，才有了下一步10万元股票获利488万元的“不当得利”，并最终成为孙鹤龄受贿的铁证。
受贿者说，帮女儿买股票变成自己受贿证据
尽管孙鹤龄啼血申诉、苦苦哀求女儿退赔，甚至不惜动员女儿跟前夫打官司进行“自我拯救”，但是在2005年9月农业部相关部门发布的《关于孙鹤龄等人违纪违法事实及处理情况的通报材料》中，对农业部6起涉及8人的违纪违法案件进行通报，孙鹤龄还是被通报了两起“违纪违法事实”。其中的中纪委驻农业部纪检组对孙鹤龄“第一宗罪”的认定是：“利用职务上的便利，在帮助蓝田股份上市后，违反规定，为其女儿及妻妹购买蓝田股份内部职工股获得巨额非法利益”。
在这份通报中显示，在蓝田股份上市后不久，蓝田股份总经理瞿兆玉为感谢孙鹤龄对蓝田上市的帮助，为他提供以每股1元的价格购买公司内部职工股的机会。孙鹤龄随即为女儿、妻妹“购买”了10万股蓝田股份内部职工股，其中女儿9万股，妻妹1万股。这10万股股票于1996年8月6日办理了托管手续。当日蓝田股份公众股的收盘价为10.68元，股票市值与购买价每股相差9.68元，差价总额为96.8万元，其中仅孙鹤龄女儿所获差价款即高达87.12万元。
1999年5月28日至6月1日，在三个交易日内，以上股票连同蓝田股份后来配送的股票全部卖出，共获利4886925.91元，其中孙鹤龄女儿获利4407166.17元、妻妹获利479759.74元。
令孙鹤龄意想不到的是，在这份《通报》中，赫然写着“经农业部党组研究决定并报中共中央国家机关工委批准，给予孙鹤龄开除党籍处分”。接下来的2005年9月19日，《中国纪检监察报》刊登了孙鹤龄因违纪被开除党籍的报道。随即，在农业部警示教育大会上，中央纪委驻农业部纪检组组长朱保成通报了农业部2005年查处的6起违纪违法案件，其中孙鹤龄的名字列在首位被点名通报。在这次会议上，农业部部长杜青林通过剖析孙鹤龄违纪违法事实，警示农业部系统内党政干部，要把好权力关、金钱关、美色关、亲友关。
孙鹤龄本来以为，只要积极退赔了当时获利的差价款就可以“向组织交代”了，但现在却变成了开除党籍处分。作为一名有着32年党龄的老同志，孙鹤龄一时难以接受这个结果，立即撰写了多份申诉材料交给党组织和纪检部门。但是，更令孙鹤龄没有想到的是，有关部门对他进行党纪处分仅仅是个前奏，纪检部门已与司法机关进行了沟通，司法机关将介入孙鹤龄受贿案的调查取证。
当然，此时的孙鹤龄是不了解这些的。对于女儿和妻妹购买内部职工股获利的行为，孙鹤龄开始并不认为是受贿，所以他坚决不同意“受贿”的结论，他认为组织应该以“惩前毖后治病救人”的宗旨“挽救”自己，但他没想到法律是无情的。孙鹤龄认为自己没有受贿的理由很简单：蓝田股份上市前，他没有利用职务之便与瞿兆玉搞权钱交易，也没收受瞿兆玉的任何好处，不但按规定办事，还帮助农业部从瞿兆玉那里筹集了500万元中华农业科教基金，不但无过而且有功。
筹集500万元科教基金是在1995年的一天，孙鹤龄下班回家后，瞿兆玉和当时的洪湖市市长韩从银找到孙鹤龄家。此时，孙鹤龄并不认识来访的两个人，于是瞿兆玉和韩从银被挡在了孙鹤龄的家门外。瞿兆玉见状，连忙堆着笑说：“我是沈阳蓝田集团的董事长瞿兆玉，这位是湖北洪湖市韩市长，我们这次来是向您汇报工作的。”
“谈工作请到办公室吧，好吗？”看到瞿兆玉手里拎着一个纸袋子，孙鹤龄婉言谢绝。
“我们大老远跑来，只是汇报工作，您放心，我们不会给您添麻烦的，也不是来送礼的。”瞿兆玉满脸哀求。
毕竟一个集团老总和一个市长到访，孙鹤龄最后还是把这两位陌生的访客请到了客厅。一落座，瞿兆玉随即开始汇报工作说：“我们这次来主要是申报上市，材料已经报到企业处。我们洪湖是贺龙元帅的家乡，我们企业在洪湖有水产养殖基地，还有生猪出口等农业项目，前景非常广阔。”
韩从银也帮着瞿兆玉说：“蓝田为洪湖的农业脱贫致富做了很大贡献，企业效益好、有实力，希望得到农业部财务司的支持。”
孙鹤龄对来访的两个人并不了解底细，他打着官腔说：“既然是农业企业，你们可以按照规定条件申报，部里会研究的。”
“可是好几家企业都报了，竞争激烈，我们希望能够获得这次竞争的胜利，希望能够得到您的支持。”瞿兆玉和韩从银眼巴巴地望着孙鹤龄说：“洪湖是革命老区，蓝田的项目可是前景广阔的现代化农业项目，利国利民啊。”
此时，孙鹤龄突然想到农业部正在筹备中华农业科教基金会，但还缺乏赞助资金，于是抱着试试看的想法，他对瞿兆玉说：“农业部正在筹集中华农业科教基金会的资金，主要用于农业项目补助和奖励给优秀农户，既然你们企业效益好，本着自愿的原则，可否赞助一下，多少不限。”
没想到瞿兆玉像抓住救命稻草一样接上了话茬，问：“你们部属企业赞助多少？”
孙鹤龄说：“一级企业赞助500万元，二级企业200万元，三级以下企业不限。”
“我们赞助500万元。”瞿兆玉一副财大气粗的样子答应赞助。其实，瞿兆玉这500万元是他咬着牙挤出来的。孙鹤龄却不慌不忙地对瞿兆玉说：“先不定，请你们回去考虑好了再说。”于是，孙鹤龄起身端茶送客。临走的时候，瞿兆玉把进门时袋子里带的一点洪湖水产品留给了孙鹤龄，只不过是几包莲子羹、莲心茶、菱角米而已。这是孙鹤龄收受的瞿兆玉唯一的实物，总共不过百把元的土特产当然算不上什么受贿。
孙鹤龄没想到瞿兆玉不但说话算话而且雷厉风行，过了不久瞿兆玉就带着支票来到了孙鹤龄的办公室，随即，孙鹤龄让财务司资金管理处办理了赞助手续。后来中华农业科教基金会正式成立时，给蓝田股份颁发了一份“荣誉证书”。
用500万元换来一张荣誉证书，瞿兆玉当然不会那么傻，他的出手大方和公关能力，最终在1996年国家证监委批复蓝田股份上市得到了验证。在蓝田股份正式挂牌上市之前的1996年5月份，瞿兆玉自然忘不了孙鹤龄在运作过程中给予的帮助，他专程来到孙鹤龄的办公室表示感谢。这时候孙鹤龄依然打着官腔说：“我们只是履行部门工作职责，主要是部党组推荐和国家证监委的批准，对我没什么可感谢的。”
瞿兆玉说：“既然司长这么说我也不说什么了，那你买点蓝田内部职工股吧。”作为财务司司长，孙鹤龄当然知道内部职工股一旦上市意味着翻番地获利。但是，他依然拿着官腔说：“部里有规定，处以上干部不准买股、炒股，因此我不买。”
“别人都买你怎么不买啊？”瞿兆玉有些大惑不解。
“他们要买是他们的事，反正我不买。”孙鹤龄的话说得有些生硬起来。
瞿兆玉也不好再说什么，临走说了一句：“你不买就算了，可以让家属、小孩他们买，不会有事也不会违规。”孙鹤龄随口说了一句“再考虑吧”就把瞿兆玉打发走了。
买不买蓝田原始股的问题在孙鹤龄的脑子里斗争了很久，但他一直没有下定决心。几天之后，孙鹤龄在岳母家里见到了女儿孙进新和妻妹。这两个女股民正在热火朝天地谈论着股市风云，孙鹤龄进门的时候，女儿随口问了一句：“你们部里有没有企业要上市？要是能买到内部职工股就发了。”
于是，孙鹤龄把蓝田将要上市，瞿兆玉劝说亲属子女可以买股票的事情告诉了女儿和妻妹，同时，孙鹤龄告诉女儿说：“我担心出事，就没答应买。”孙进新焦急地对孙鹤龄说：“现在都在炒股，买原始股的人多得是，不会有问题。你不买就给我们搭个桥，我们买呗。”
孙鹤龄想了一下，自己这辈子没为女儿做过什么事情，而且她一直跟随自己在西藏生活，自己奉献了青春丢了亲情，有些对不住女儿，这时候为女儿帮个忙也是应该的。孙鹤龄认为自己和老伴不买就不会违反规定，况且女儿和妻妹都已成家，又没有跟自己生活在一起，而且要是买股票钱也是他们出的，跟自己不沾边，买内部股只是作为内部参股，可以享受年终分红的待遇，反正现在是市场经济，赚钱才是大道理。所以，最后孙鹤龄拗不过想发财的女儿，答应帮助女儿和妻妹购买蓝田内部职工股。
几天之后，孙鹤龄给瞿兆玉打了一个电话，女儿孙进新去办理了购买股票的手续。就是这10万元股票，当时的差价是96.8万元，3年后变成了488万元。
孙鹤龄自欺欺人地认为，反正原始股是买的不是送的，涉及不到受贿，再说自己不买，亲属子女购买是他们的事情，所以他根本没把这事当作是犯罪。直到2006年7月28日，孙鹤龄在双规后的“交代材料”中，“经过检察官的启发和帮助”才初步“意识到问题的严重性”。