一天，颜回因为要帮孔子整理资料，便没有回家就寝。半夜醒来，见孔子书房里依然灯火通明。他担心老师这么大的年纪还为此劳累，会累出病来。他轻声推门进去，想去替老师分担更多的工作。当他悄然走到老师身边时，老师却没有发觉，正在凝神工作。一会儿翻看资料，一会儿提笔写字，一会儿沉思。颜回实在不忍心打搅老师，又蹑手蹑脚地退了出去，给老师做了些稀饭。
当他再次推门进书房时，老师似乎一直没有挪动过身子，仍在那样聚精会神地翻看书简、写着、思索着。颜回把饭轻轻放到桌上，没想到老师突然抬起头来，放下书简，站起身来，伸了个懒腰：“回啊，是你吗？”颜回劝老师说：“老师累了，歇一会儿吧，趁热吃点吧！”
孔子端起饭来，有滋有味地吃了起来，“真有点饿了呢，好吃！”
此时，雄鸡报晓，东方微白，天快要亮了，又过了一个不眠之夜。颜回走过去吹灭了油灯，推开向阳的窗子。灿烂的阳光照进这屋子，也温暖了师徒二人。晨风习习，吹进来，又吹得师徒二人神清气爽。
颜回吃过早饭再次回到书房，帮助老师收拾屋子。看到堆在房里的竹简一捆捆，一堆堆，其中有文学、天文历法、医药、农桑、工艺、民歌、神话、历史等等文献资料的各种书籍。
颜回非常感慨：这么多堆积如山的文献资料还不足以作证，看起来整理六艺，谈何容易？这是多么浩大的工程啊！除了夫子，当今天下恐怕绝对无人再能肩负如此重任！
孔子最早动手整理的是《诗经》。
诗原只是人们的口头歌唱。有了文字以后，人们把它记录下来，有的还配上音乐，到了周代，天子组织了乐队，专门演唱诗。为了满足祭祀等盛典的需要，太师必须经常去征集，编写和整理一些歌词，这样，渐渐积累下来就形成《诗经》。
但是，由于各国的方言迥异，要相互传抄和整理时，难免会有缺漏和差错。孔子一向极为重视《诗经》，所以从青年时代起，便开始搜集《诗经》的各式抄本。即使在周游列国，忙于政务之时也不忘此项工作。因此，到他晚年整理《诗经》之时，他已抄录了3000多首诗。
孔子让子夏帮助整理《诗经》。子夏以对问题理解、分析的深度成为孔子的得力助手。一天，子夏问孔子：
“老师，弟子以为《诗》中有爱情之作，似嫌太多，要不要酌为删减？”
孔子听了子夏的话，失声笑了起来，说：“真的多吗？不多呀！吾道的核心即是仁，仁就是爱人，泛爱众和亲仁。禽兽还尚有雄雌之爱，何况万物灵长的人呢？男女青年应当享受爱情。”
说着，他打开《诗经》，轻声唱了起来：
关关睢鸠，在河之洲。
窈窕淑女，君子好逑。
参差荇菜，左右流之。
窈窕淑女，梦寐求之。
求之不得，梦寐思服。
悠哉悠哉，辗转反侧……孔子唱完说：“这首诗讲述的是一个青年倾心于一个美丽女子，相思难眠，辗转反侧。其内容乐而不浮。我认为此诗感情纯真、热烈，应当把它列为《诗经》之首。”
子夏领悟到老师的意思，接着说：“有一首诗：‘巧笑倩兮，美国盼兮，素以为约……’也并非单纯描写女性之美。以弟子之见，素隐喻仁；绚，隐喻礼，‘素以为约’含有礼在仁之后的意思。”
孔子满心欢喜地夸奖子夏说：“后生可畏，焉知未来之不去今也。”
《诗经》，又叫“诗三百”，是孔子从收集的许多首诗中选的305篇精品，配以乐曲达到了完美境界。
愤著《春秋》
孔子71岁那年，鲁国正是鲁哀公十四年（公元前481年）时期。
鲁哀公率领满朝文武官员出曲阜城围猎。那个时候，国君的狩猎被视为国家的盛典。出猎规模之大，人员之众多，胜过以往。放眼这支壮大的队伍，剑刀映辉，旌旗飘飘，仪仗盛大。到了大野山下，君臣换上了战马，兵分几路飞进山林里。猎犬在前边带路，走卒在四处呐喊，整个山野一片喧闹。
经过一场激烈的追逐射击，还不到两个时辰，等各路人马重新聚拢到山脚下时，大家都有了自己的收获。看着被此收获的兔、狐、山鸡、野猪等，大家谈论着、夸耀着、说笑着。
一会儿，叔孙大夫的人马回来了，只见两个壮汉抬着一头似小牛般大小的野兽，气喘吁吁地紧随在叔孙大夫后面，见了鲁哀公，叔荆氏说：“臣获得一只怪兽，特来献于主公。”
哀公仔细看着，那兽身子像獐，尾巴像牛，额像狼，四蹄像马，身高大约二丈，身上有彩纹，腹下呈黄色。大家都纷纷议论道：“怪哉，怪哉！非牛非马，非驴非鹿，四不像也……。”他望着周围的大臣问道：“众位爱卿，有人认识这种怪兽吗？”
众大臣面面相觑，最后都低下了脑袋。
季康子眼睛一亮，提醒鲁哀公说：“何不请孔老夫子来认认？”哀公于是命请夫子。
孔子年迈衰弱，又忙着整理六艺，本不想随同前来，无奈身为大夫，只好前来。
孔子仔细辩认了一会儿，对鲁哀公说：“此兽为叫麒麟。这是‘仁兽’，只有太平盛世才会出现……”
孔子刚说到这里，季康子超前一步，躬身行一礼，向鲁哀公说道：“恭贺主公大喜，天降仁兽。”
王公大臣们也仿效相国，纷纷跪在地上，齐声祝贺起来。鲁哀公自然也非常欣喜，说：“多依仗各位大臣辛劳，感动了上苍。”
在众人争相贺喜之时，孔子却退了回去，几位弟子立刻随之下去。走到寂静的地方，孔子坐在山石上，禁不住掩面痛哭起来：
“麒麟为什么要来啊！如今真是太平盛世吗？”
弟子问老师：
“仁兽出现，是吉祥之兆，为什么要如此伤心？”
孔子叹了一口气说：“从前天下如有圣人受命，必有好的预兆，有时是凤凰出现，有时是麒麟出现。麒麟是太平之兽，属圣人之类，而现在这个圣兽被人抓到了，这是不祥的预兆，天在告知我，吾道将穷矣！”
孔子一副挺悲伤的样子。一会儿，叹着气说：“难道，就没有人知道我？”
子贡在旁边听了，觉得惊讶，就问：“老师，怎么说无人知道您？”
孔子说：“不，其实也没什么，我不受用于世，但不怨天，也不尤人。只是我认为天总会知道我的。”
孔子自觉得年老体弱，余年所剩不多，已没有什么行道的机会，所以说：“我死后，吾道也不行啦！我如何把吾道传于后世呢？”
孔子伤心极了。
在这种悲愤的心情下，他决意作《春秋》，为后世留下时代的烙印。
《春秋》，这里指《鲁春秋》，就是鲁国的历史，是鲁国史官依照时间先后逐年逐月逐日记载下来的大事记。积累时间长了，便成了一部编年史。
孔子要整理鲁国的《春秋》，需要许多的参考书。除了本国的资料外，他还需要查看周天子的及其他诸侯国的史书来充实其内容，考证其真伪，纠正其误差，才能编成一部前所未有的史料翔实的新《春秋》。
孔子派子夏等14人到周天子的藏书库去借阅图书，子夏一行不远千里到了洛邑，诚心感动了那儿的官员，终于借得了《百二十国宝书》。这些宝书名为鲁文，实际上是诸侯各国的综合编年史，涉及各个诸侯国的各种人物和事件。这在当时条件下，完全凭借个人的力量，在短短几年的功夫里编修而成，实在不容易。
为了编纂此书，孔子一直工作在书房，吃喝在书房，困了乏了，又“曲肱而枕”地睡在书房。冬天，寒气逼人，书房里滴水成冰，冻得又红又肿的手，握笔困难，也依旧坚持写书。夏天，天气闷热难耐，孔子堆满书简的屋子，更是透不进风。到了晚上，还有蚊虫叮咬。
虽然孔子的几个弟子要求做一些辅助性的工作，但孔子仍坚持按自己的想法自己写，拒绝弟子们提意见，动手写一个字，硬是坚持独立完成。
鲁哀公十六年（公元前479年）2月11日，一颗巨星陨落，中国历史上伟大的思想家、政治家、教育家，人类历史上的文化巨人孔夫子与世长辞，终年73岁。
孔子的葬礼由他的学生们操办。按照孔子的遗训，丧礼简朴节约，但是规模之大，规格之高却大大超过了任何一个诸侯。陪灵的、吊丧的、送殡的，有上大夫，有王公贵族，有各国使者，也有平民百姓，还有生前的好友。鲁哀公也前来吊唁，并在葬礼上宣读了悼词。
孔子的一生是伟大的一生，尤其是他的思想历程，可以用下面这句话来概括：
“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲不逾矩。”