北京大学要建设成世界一流大学，需要一个长期的过程，而任何一所世界一流大学的建立首先在于现代大学精神的健全与完善。在二十世纪初，北京大学便开始建设自己的独立办学事业，严复、蔡元培、陈独秀、蒋梦麟、胡适，等等，都曾为北大独立的精魂的确立而思索、奔波和呐喊。然而，由于种种复杂的历史和政治原因，他们开创的精神传统曾几度面临断层的痛楚。而后来社会主义市场经济的风起云涌又使北大屈从于社会环境的压力，变得日趋浮躁、短视和功利。北大人如何走出思想依附与急功近利的思维怪圈，而逐步走向理性和成熟，行动更加理智，思考更加全面，心态更加平和，这无疑是北大必须解决的重大课题。
北大精魂的诞生
北大精魂的开创者首先归功于蔡元培先生。蔡元培曾在德国莱比锡大学研究大学教育，深受现代教育之父洪堡的思想影响。他认为，大学是人格养成之所，是人文精神的摇篮，是理性和良知的支撑，但不是道德楷模，不是宗教之所。大学者，研究高深学问者也。囊括大典，网罗众学之学府。
【蔡元培提倡的“思想自由，兼容并包”原则成为北大的精魂】他还说，大学并不是贩卖毕业证的机关，也不是灌输固定知识的机关，而是研究学理的机关。
蔡元培认为，学与术可分为两个名词，学为学理，术为应用。治学者可谓之“大学”，治术者可谓之“高等专门学校”。
他说，一个民族或国家要在世界立得住脚——而且要光荣地立住——是要以学术为基础的。尤其是在这竞争剧烈的20世纪更要依靠学术。所以学术昌明的国家，没有不强盛的。反之，学术幼稚和智识蒙昧的民族，没有不贫弱的。
教育有隶属于政治者，有超轶乎政治者，前者是专制时代的产物，后者是共和时代的产物。
大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵掣。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨并行，而一任学生之比较而选择，此大学之所以为大也。
学术上的派别，是相对的，不是绝对的。所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是“言之成理，持之有故”的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。(《蔡元培教育文选》，人民教育出版社)
在蔡元培心目中，大学是社会的特区，文化建设的实验场。他在北大倡导进德会，戒酒，戒赌，戒嫖，培养正直的德行。
学校的腐败，是因为把求学当做做官发财的手段——许多人为了将来做官，多选择法科而不重视文科和理科。知识分子要成为社会的栋梁，但不是做官吏、议员；要在社会堕落、政治腐败的浊世中做伸张正义的清流之士，做勇敢的人，与鄙俗斗争。
蔡元培以兼容并包的原则治校，延聘当时不同倾向、不同主张的文化精英荟萃北京大学，有传统的，也有反传统的，有受英国、法国、德国、美国、日本及苏俄等不同国家文化思潮影响的学术名流，北大很快形成了全国文化中心，蔡元培把20世纪中国现代文化运动推向了高潮。
北大中文系的一位教授，曾在一篇文章中对蔡元培先生开创的北大精神传统给予了总结。他认为，北大传统是以培养具有独立批判意识的思想家型的人才为主，着眼于民族的、人类的长远利益，培养为未来国家、人类的发展提供新理想、新思维的思想家、人文学者。它所培养的各类专家，也不是操作型、技术型的，而应该是思想者，是本专业新的学术思想、新的研究领域、方向，新的技术、方法的开拓者。北大的教学与学术研究更注重于基本学理与基础理论，更注重原创性、开拓性与超前性，更注重自然学科、社会学科与人文学科的相互吸取与综合。为此，他特别强调思想自由，强调作为北大传统的兼收并蓄、容纳多元思想文化的宽容精神，强调拿来人类文化宝库中的一切遗产的宽阔胸怀，为更大胆的，更解放的，更富有创造力的思想学术开辟道路。
蔡元培先生对于北大，北大对于现代中国大学的建立所做出的卓越贡献是有目共睹的。正如胡适转述权威的话所说：拿世界各国的大学校长来比较一下，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，这些校长在某些学科上有卓越贡献的，固不乏其人；但是，以一个校长身份，而能领导大学对一个民族、一个时代起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。
西南联大的刚毅坚卓
1931年，日本发动九·一八事变拉开侵华战争的序幕。为了保存国家后备实力，国民政府付出了极大的代价，全力实现中国绝大多数高校的内迁。
1937年平津沦陷后，流亡中的北大、清华、南开三所大学在教育部的主持下，组成长沙临时大学。次年春天，临时大学迁往大西南，一部分师生组成湘粤黔滇旅行团，两个多月间徒步跋涉3360华里，抵达昆明，与绕道香港、越南入滇的其他师生会合。于是在抗战的艰难岁月里，在中国西南的穷乡僻壤中，诞生了闻名于世的西南联合大学，成为自由知识分子阵营的典型。
平时，三所大学说合就合是很难的。但国难当头，人们以教学存亡为己任，把个人的、小圈子的利益和狭隘观念抛诸脑后，真正表现出以民族大义为重的精神。尤其是蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓三位校长的精诚团结，三个学校合在一起，短长互见，可以取长补短，而人才集中，达成的优势为任何一校所不及。大家彼此竞争，不仅希望个人好，而且更希望别人好。
【国立西南联大校门】正是这种空前的民族团结，形成了西南联大校训所规定的品格：刚毅坚卓；体现了校歌描述的悲壮情怀：楚虽三户，亡秦必楚。驱除仇寇，复神京，还燕碣。中兴业，需人杰。从而培养了支撑中国几十年建设的大批文化、科学的栋梁之才。
在国立西南联合大学纪念碑碑文中，冯友兰写道：文人相轻，自古而然，昔人所言，今有同慨。三校有不同之历史，各异之学风，八年之久，合作无间。同无妨异，异不害同，五色交辉，相得益彰；八音合奏，终和且平。
自由知识分子传统没有在政治上起主导作用，但它渗入国、共两党各自的体系之中。它的理性与良知，在后来国民党一党专制的瓦解过程中，无疑充当了颠覆者的角色。它所积淀的深厚学术资源，融进新中国建立后的意识形态中，成为文化、教育、科技重建的核心力量，其业绩尤以“两弹一星”为代表。在1957年反右运动中，自由知识分子作为独立的文化力量不幸瓦解了。改革开放后，这一传统虽然得到一定的恢复，但在功利主义的冲击下，古典精神难以延续，现代理性文化亦未能建立。
一批人流向海外，在华人世界中形成以杨振宁、李政道为代表的科学精英，及其他以弘扬中华传统为使命的文化精英。
北大，至死不渝的情感
在北大招生的主页上有着这么一段话：“一旦佩上北大校徽，每个人顿时便有被选择的庄严感，因为这里是一块圣地。从二十世纪初到如今，近百年间中国社会的痛苦和追求，都在这里得到集聚和呈现。沉沉暗夜中的古大陆，这校园中青春的精魂曾为之点燃昭示理想的火炬。一代又一代的中国学者，从这里眺望世界、走向未来，以坚毅的、顽强的、几乎是前仆后继的精神，在这片落后的国土上传播文明的种子，这里绵延着不会熄灭的火种，它不同于父母的繁衍后代，但却较那种繁衍更为神妙，且不朽。它不是一种物质的遗传，而是灵魂的塑造和远播。生活在燕园里的人都会把握到这种恒远同时又是不具形的巨大的存在，那是一种北大特有的精神现象。这种存在超越时间和空间成为北大永存的灵魂。"
把这段话抄录下来，是因为我们觉得这段话代表了所有毕业于北大的、就读于北大的或是把北大作为自己奋斗目标的人们对于北大的共同评价。作为一块精神的圣地，北大人比任何学校的学生都更加崇尚精神自由，所以发展也更加多元化，思想也很复杂。但是无论是什么样的人，他都不会否认，北大确实是思想者的家园。每逢纪念日，总会有一些回忆的集子出来，大都是情深意切，让人深为感动。从早些时候一些老先生们回忆的集子《北大旧事》，到前两年的《北大情事》，字里行间，我们都可以清晰地看到从北大毕业的人们对于北大的热爱。
但是北大人一向是热爱思想和真理的，他们会冷静下来思考问题的，尤其是已经毕业的人们，作为某种意义上的旁观者，更加有独到的见解。他们会继续欣赏着北大的好，也会看到北大的不足。而教育是否成功，就是被关注的焦点之一。
其实，大学教育是一个世界性的话题。在西方国家，教育家洪堡提出的“学术自由"、“教学自由"和“学习自由"的大学精神也受到高等教育大众化、世俗功利主义的冲击。只是，我们身在中国，对于中国的问题看起来更加清晰。《南风窗》的一篇文章就指出，改革开放后，教育进入市场固然给大学的发展带来机遇，但同时精神价值的失落成为中国高校突出的问题。商业化的侵蚀、官本位的蔓延，加上体制的弊端，造成了大学教学质量和科研水平大幅度滑坡，学术浮躁风气弥散甚至学术腐败现象频频发生。
在这样的社会环境下，北大的问题不是个别的现象，而是一个大环境下问题日益尖锐化的折射。对于北大的指责越苛刻，就说明人们对于北大的期望是越高，越希望她可以从环境中挣脱出来。而抱着这样的期望的，更多的是北大人，尤其是进入了社会后更加深切感受到社会对于北大期望是如何之高的北大毕业生们。正是出于对北大的感情，促使他们站出来，同丑恶的现象作斗争。
很多人都对北大的革新提出了自己的建议，北大哲学系王守常教授就认为，有必要借鉴上个世纪二三十年代北大的办学经验。
首先，王教授强调当时的教员管理制度便值得我们今天借鉴。二十年代起，北大有一种规定，教员只要在校任教时间已满四年，就可以获得一年的休假期，由校方提供免费访学的机会，教员们在此期间可以在世界各国广泛交游，切磋学术，获得国际最新的信息，提高和开阔自己的学术研究水平和视野。如果今日校方能在这方面予以适度的制度保障和经费支持，将会大大有利于学术研究的健康发展。
其次，王教授认为三十年代的学科设置方法上也有值得我们今天学习的地方。从文史哲各系的角度来看，当时的教员虽少，但开课门类却相当全面，而且校方规定，每位教授每学期必开三门以上课程。其中必须有一门本科课程，讲师也必须开一门以上课程；这种制度，能够充分利用北大师资优势，使学生受益匪浅。