按照刘秀的战区规划，凡函谷关以西，包括司隶、并州、朔方、凉州、益州在内，都被划归关中战区，几乎可以说占据了帝国的半壁江山。而关中战区的作战对手，包括赤眉军、更始残部、汉中王刘嘉、天水隗嚣、郡县割据势力等，个个都不是什么省油的灯。
因此，对关中战区的主帅而言，虽然位高权重，但同时压力也大，担子也沉。刘秀将如此重任交给邓禹，正体现出他对邓禹的绝对信任。
而刘秀的这份信任，又包括两方面的内容：一是对邓禹忠诚的信任，一是对邓禹才能的信任。邓禹和刘秀有三同之谊——南阳同乡，太学同窗，河北同床。两人感情之深，早已超越普通的君臣关系，其忠诚不容怀疑。至于才能，邓禹自幼便有神童之誉，十三岁即入太学，名动天下，如果对刘秀所有的部下测一次智商，邓禹绝对高居榜首无疑。
刘秀登基称帝之后，第一时间便派使者持节，前往汾阴，拜邓禹为大司徒，赐诏曰：
制诏前将军禹：深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。孔子曰：‘自吾有回，门人日亲。’斩将破军，平定山西，功效尤著。今遣奉车都尉授印绶，拜大司徒，封为酂侯，食邑万户。敬之哉！
自诏书之行文，不难看出刘秀对邓禹的一片爱护之心。刘秀以自己比孔子，而将邓禹比作孔子最爱的弟子颜回，更是亲热得近乎肉麻。用今天的话来说，这份诏书可谓相当之腐。
刘秀封邓禹为大司徒（即丞相），位列三公，极尽恩宠之能事，而封邓禹为酂侯，更是大有讲究。西汉开国第一功臣萧何，其爵位便是酂侯，由此可见，邓禹人还没有进入关中战区，刘秀便已经将东汉开国第一功臣的位子提前预留给了邓禹。
这一年，邓禹年仅二十四岁，即将用兵关中，征服帝国之半壁。前有韩信，未及而立便荡平齐鲁，与项羽、刘邦三分天下；后有周瑜，年二十四而经略中原，力抗强魏。江山如画，多少年少英杰！今吾年齿虚长诸君，百无一用，唯多睡善饭，贤愚相远，可为怅然。
刘秀知遇如此，期望如此，邓禹敢不尽死！受封次日，邓禹便率师渡过黄河，先入夏阳，正式涉足关中。自夏阳一路西行，再至衙县。更始中郎将左辅都尉公乘歙，引兵十万来战，邓禹大破走之。
一战之后，邓禹忽然发现他已经无仗可打。此时赤眉军与刘玄交战正酣，双方皆无暇旁顾，自然把邓禹晾在了一边。
本年八月，赤眉军攻破长安，残破三辅。百姓仓皇而逃，不知所归，听闻邓禹兵强马壮，军纪谨严，于是望风相携，前来投奔。
前来投奔的百姓，每日多达千数。邓禹皆赐以酒食，善加安抚。邓禹有着高超的语言天赋，在太学四年，学会一口地道的长安官话，言谈之间，更是让百姓们有归家之感，备觉心安。
当初刘秀在洛阳任司隶校尉，关中的士绅长老们前往洛阳，恭请刘玄迁都长安，遍观更始诸将，唯独刘秀部属衣冠堂正，军容齐整，有大汉之威仪。从那时候起，刘秀就已经在关中留下了良好口碑。如今，关中的士绅长老们又亲眼见过了刘秀的大司徒邓禹，越发感激涕零，真心以为王师来降，关中有望。
这些士绅长老，都是当时的意见领袖，经过他们的有力鼓吹，邓禹的声望很快传遍关中，慕名而来的百姓越来越多，父老童稚，重发戴白，满其车下，莫不感悦。
本年十月，投奔者已号称百万之数。百姓皆劝邓禹，王师既兴，理应尽快光复旧都，不可坐视长安陷于赤眉军之手。邓禹麾下诸将也都劝邓禹速攻长安。
众议嚣嚣，邓禹却执意不从，道：“如今我兵众虽多，能战者少，前无可仰之积，后无转馈之资。赤眉新拔长安，财富充实，锋锐不可当也。夫盗贼群居，无终日之计，财谷虽多，变故万端，非能坚守长安也。上郡、北地、安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，我且休兵北道，就粮养士，以观其弊，然后可图也。”
于是舍长安而不顾，引军北至栒邑，所到之处，郡县皆开门归降。
刘秀见邓禹对长安弃而不攻，下诏催促道：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏人，遑遑无所依归。宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”
在刘秀的部下当中，也只有邓禹敢于抗诏不从。邓禹打定主意，要坐等赤眉军自败，因此并不理会刘秀的诏书，你叫我往南，我偏往北，分遣将军攻上郡诸县，又命积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，自己则征兵引谷，归至大要。
邓禹不攻长安，就是竭力想避免和赤眉军正面决战，等着赤眉军自己内讧。然而不承想，赤眉军这边尚未内讧，邓禹这边却先内讧了起来。
邓禹留守栒邑的冯愔、宗歆二将，彼此不服，争权相攻。冯愔一怒之下，杀了宗歆，又怕邓禹报复，一不做，二不休，索性率部反攻邓禹，为邓禹所败。
冯愔率众西奔天水，闯入隗嚣的地盘，隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。冯愔率残部辗转于关中、凉州之间。邓禹承制遣使持节，拜隗嚣为西州大将军，得专制凉州、朔方事。
冯愔是冯异的亲弟弟，究竟该如何处置，邓禹也颇感棘手，不敢自专，遣使至洛阳，向刘秀当面请示。刘秀问使者：“冯愔最亲信谁？”使者答道：“护军黄防。”
刘秀笑道：“不必加兵，黄防必缚冯愔来降。冯愔、黄防二人穷途末路，若以兵击之，必并力迎敌，急不可下；按兵不动，则二人必不能久和，势必相图，其势然也。”遣尚书宗广持节，前往关中受降。
使者将信将疑，回报邓禹。一个多月之后，黄防果然捆绑冯愔来降，引咎谢罪，尽如刘秀所言。更始诸将王匡、胡殷等为赤眉军所迫，也先后来降邓禹。尚书宗广携诸降将东归洛阳，至河东安邑，王匡、胡殷等意图逃亡，宗广悉数斩之。冯愔至洛阳，刘秀以其兄冯异之故，赦而不诛，贬为庶民。
邓禹自从进入关中，外战不曾击败赤眉军，内讧又导致元气大伤，威望颇为受损。邓禹上书请罪，刘秀力挺，再赐诏书，重申对邓禹的无限信任。
人类之所以发明钟表，就在乎渴望捕获时间，从而能更有计划地使用时间，而此举建立在这样一个基础之上，那就是——人们理所当然地相信自己还有明天。
然而赤眉军却是这样一支队伍：他们根本就不相信也不在乎是否还有明天，从他们成军之日起，基本就是脚踩西瓜皮，滑到哪里算哪里，没有任何长远的打算，也根本不考虑明天该怎么办。
同为农民起义军，赤眉军和绿林军有着很大的不同。在绿林军里面，混入了许多小地主和地方豪杰，相对而言，目光较为长远，懂得要为未来打算。绿林军在占领长安之后，多少还进行了一点政治建设。反观赤眉军，其阶级成分则纯粹得多，几乎全是由清一色的淳朴农民构成，上到皇帝刘盆子，下到百官公卿，识字的竟只有丞相徐宣一人。
赤眉军在占领长安之后，依然保持着原有的淳朴本色。而这种淳朴就表现在，他们依然把自己定位成流浪汉，定位成弱势群体，必须继续靠暴力和抗争才能在这世间活下去。他们从来都没有意识到，他们其实已经是长安乃至整个关中地区的主人。