二十五年前，天机大陆有隐灵廷、紫灵廷两大统治教廷，下设五大具有管理职权的帝国，分别是白雷、赤火、荒土、澜水、清风帝国，同时还有不具有管理职权但是专门负责培养战士进行开疆扩土的煞冥帝国。
在两大教廷、六大帝国的共同维系之下，整个天机大陆一番欣欣向荣之象，可就在此时出现了一个不安于现状的人，他甫一出现，便造成了一场莫大的浩劫，此人名叫轩辕晴明，时任隐灵廷教皇轩辕太一的儿子。
轩辕晴明可谓是自天机大陆创建六百年来，出现的一个不世之材，他如昙花一现，却又在所有人心中留下了不可磨灭的印象，或者更应该说是阴影。
轩辕晴明自小就异于常人，虽然他体内存有五行灵力，但令人惊奇的是，金、火、木三种灵力在他体内五行之中所占的比例竟完全持平，竟全部起了主导地位。按此推理，轩辕晴明无论修行哪一种灵力，都会取得非凡效果，但他却做了一个令所有人都不敢相信也无法相信的举动，那就是三灵同修。
那个时候在天机大陆上，实力最强大的两大教廷教皇也不过是双修而已，但轩辕晴明却选择了三修，而且是同时进行修行。轩辕太一虽然对儿子的举动感到不可思议，但也没有多去横加干涉，因为一是轩辕太一国事太多，二是他不想让自己的儿子成为一个背负无尽压力的强者，所以他就任由轩辕晴明自我修行。
轩辕晴明是隐灵廷教皇的儿子，他不想为自己的父亲丢脸，而且骨子里的那份傲气让他更不想成为一个弱者或者是个籍籍无名之人，所以，他在众人异样的眼光之中开始了封闭修炼。中间过程，轩辕晴明经常无故失踪，少则一年，多则三年，众人不知何故，也懒得去管。轩辕太一也知道儿子经常无故失踪之事，便每次都派大批禁卫军保护，久了之后见儿子每次都能安然无恙，也就没有放在心上。
白驹过隙，弹指一挥，不觉间三十二年过去了，那个曾经发誓要三修的轩辕晴明也已经三十二岁了。当他再次从三年失踪中走到众人面前时，却不料引得众人嘻笑不已，因为轩辕晴明左手手背之上只出现了一个白色半月和一道血纹，三十二年的修炼却不过刚达到帝级一阶而已，自然让人取笑了。可那些人只笑了一声，便再也笑不出第二声，因为他们已经无法开口再笑，他们竟然被轩辕晴明身体散发出来的灵压活活给压制的窒息而死，而那个时候轩辕晴明手背上的灵纹图案竟惊人的出现了一个黄色太阳和一道血纹——神级一阶。
为了不让别人发现自己的进步，轩辕晴明找到了控制手背灵纹图案的方法，直到他修为达到神级一阶时，他才将自己真正的实力彰显出来。天机大陆六百年来，唯一一个达到神级境界的神灵者就这样横空出世了。那时正好是二十五年前，也正好是隐灵廷教皇轩辕太一进入垂暮之年。
年岁已长的轩辕太一已经没有太多的精力管理事务，反倒是紫灵廷年轻的东方傲渐渐上位。轩辕晴明看不惯当时的情形，也不满自己父亲多年来的怀柔政策，于是向自己的父亲进言要解决掉风头强势的东方傲。轩辕太一见自己的儿子已达神级修为，自然高兴不已，但没有料到他居然会有此幼稚想法，当场便否决而且严厉呵斥一番。
憋了多年的轩辕晴明自然不会就此罢手，竟然一个人夜袭紫灵廷，将紫灵廷七大廷卫卫领打成重伤，即便是领了轩辕太一命令而迅速赶到现场的影杀组织出动了三名高手，却也是被轩辕晴明打的伤痕累累。就在东方傲命悬一线之时，轩辕太一率领煞冥帝国的战士及时出现，才将轩辕晴明拦下。
为防止轩辕晴明继续执迷不悟，而惹出不可收拾的后果，轩辕太一派自己的贴身侍卫龙武卫二人公孙无常和公孙凡亲自看管轩辕晴明。
吃一堑长一智，轩辕晴明不再明目张胆抵抗父亲的命令，而是私下里做了一笔令他后悔一生的买卖。
轩辕晴明竟然私下里找到了紫灵廷的教皇东方傲，要求二人联手推翻父亲轩辕太一的统治。二人联手过程，东方傲只需想办法将拥有大批战士的煞冥帝国解决掉就行，而那些所谓的高手则交给轩辕晴明来处理。对于这种事情，理论上来讲，东方傲应该一口回绝才行，因为他根本就无法确定轩辕晴明所说的是真还是假，而且先前轩辕晴明还差点杀了他，但东方傲却出人意料的答应了。
不久之后，另一个关键人物出现了，那就是天机门的扶摇子。
东方傲见轩辕太一为了儿子的事情整日忧心忡忡而不知如何处理，便举荐可看透一切天机的扶摇子为轩辕太一看一下运势。轩辕太一本就对开创了天机大陆的天机门存有一份敬畏与仰慕之情，此刻自然高兴不已。当时恰逢煞冥帝国的统帅莫应天也在场，于是扶摇子在为轩辕太一看完之后，又为莫应天看了一下面相，并用左手为二人改了运势。
此为阴谋开始，但轩辕太一与莫应天全被蒙在鼓里。
七日之后的一个深夜，正逢乌云密布，隐灵廷教皇轩辕太一却突然下令解除教廷四周所有防备，并将所有禁卫军调往紫灵廷；而与此同时，煞冥帝国统帅莫应天却突然下令帝国所有战士全部集结于隐灵廷附近山岭之中进行特殊训练。以上两道命令来的十分诡异也十分急促，众人不解，但也只能服从。
三个小时之后，隐灵廷附近山岭之中杀声震天，有消息传出煞冥帝国欲逆袭隐灵廷，于是白雷、赤火、荒土、澜水、清风五大帝国派高手前往镇压；与此同时，行至半路的隐灵廷禁卫军遭到紫灵廷的全力围攻，理由就是，隐灵廷欲消灭紫灵廷。
就在两大战场打的如火如荼时，天空之中突然出现了九星连珠的异象，然后更为诡异的事情发生了，整个煞冥帝国的统帅府以及四周的村镇竟全部凭空消失，使得那些逃亡的煞冥帝国人员无处躲避，全部惨死，煞冥帝国统帅莫应天也战死。
得知东方傲开始行动之后，轩辕晴明也加入战斗，但是他没有袭击隐灵廷的人，也没有攻击煞冥帝国的人，而是直指东方傲。后来才明白，轩辕晴明那一招叫做鹤蚌相斗渔翁得利，他是想在紫灵廷与隐灵廷以及煞冥帝国乱战之时，一举拿下没有人保护的东方傲，从而夺取紫灵廷的统治大权。
可惜，这一切都已经被东方傲看的一清二楚，因为他身边有个能够看透天机的扶摇子。当初在轩辕晴明找到东方傲商讨密谋之事时，东方傲就已经让藏在旁边的扶摇子看透了轩辕晴明此人的运势，所以，东方傲才痛快答应轩辕晴明所提的密谋之事，此时的东方傲才是真正的赢家。
轩辕晴明得知自己被耍之后，怒火冲天，决定誓杀东方傲，可惜，他又失败了，因为他的父亲轩辕太一竟然被东方傲抓住做了人质。与此同时，神秘出现了几个从未在天机大陆上出现的高手一起围攻轩辕晴明，竟将已是神级修为的轩辕晴明打成重伤。就在轩辕晴明垂死之时，冲出重围的隐灵廷五大元老太霸、名崖、索布、杏芷、达腊赶来将轩辕晴明救走。
在轩辕晴明的带领下，隐灵廷及煞冥帝国的残余人员逃入夜魔峡谷。
此一役，煞冥帝国几乎全军覆没，要职人员只有当时的府卫卫领司空徒、他只有六岁的女儿司空晓雅以及还是婴儿的莫尘烟活了下来；至于隐灵廷，则是灭顶之灾，教皇轩辕太一生死不明；龙武卫公孙无常战死，公孙凡生死不明；五大元老中，达腊为掩护众人安全逃亡而战死，杏芷生死不明，只活下了太霸、名崖、索布三人；廷卫七大卫领也只存活下了三人；禁卫军则全部战死。
自此，紫灵廷一统天机大陆，并正式宣布当年煞冥帝国的逆袭一事，将煞冥帝国以及共同出逃的隐灵廷称为魔教。因为那一夜那一场劫难发生的过于诡异，而又过于顺理成章，所以，天机大陆上的所有子民就信了紫灵廷那一说。
一切妥当之后，在这里面起到决定作用的天机门门主扶摇子重新回到了天机门，背负无尽的悔恨而凄惨的活了二十五年。之所以让扶摇子活了二十五年，是因为紫灵廷想知道扶摇子还有没有徒弟存活在世，想引出来斩草除根。
二十多年转眼过去，没想到魔教的人一个也没有出现，扶摇子也成了风烛残年的老人，所以，东方傲才放弃了对扶摇子的监视。却没有料到，又过了五年，就在扶摇子引雷劫而亡的时候，他却神秘的出现了一个徒弟，名叫萧十三。
在闲客酒馆与五大帝国以及紫灵廷的人一战，在夜魔峡谷谷口与紫归又一战，萧十三已经将自己身为相士的身份暴露。东方傲对于能够改变时局命运的天机门的人十分敏感也十分忌讳，生怕天机门的人落到魔教之人而为魔教改了运势，所以，才会如此大动干戈要举兵进夜魔峡谷，目的只有一个，那就是抓获仅剩的唯一一个能够看透天机的相士萧十三。