1685年，五世达赖喇嘛去世后的第三年，桑杰嘉措听到了仓央嘉措出生前后的一系列“灵异”现象后，派人将他一家从邬坚林迁居夏沃，暂住措那宗。据文献记载，这一系列行动都是严格保密的。此后，灵童的一切生活都在格鲁派仅有的4个人的照料之下，连他的父母也不得随便接近。
1688年，灵童开始学习文字。据记载，他非常聪明，学习开始的当天，就掌握了30个字母，并能上下加字、逐一拼读。
1690年，桑杰嘉措派出学问精深的高僧担当灵童的经师，在当地的巴桑寺中，他开始正式学习佛法。
1691年，灵童开始给桑杰嘉措写信，汇报学习情况。从这年的10月开始，他的学习任务更重了，见于记载的便有五世达赖喇嘛著的《土古拉》、仁蚌巴著的《诗镜注释》、《除垢经》、《释迦百行传》等。甚至，十岁左右的小灵童还完成了《马头明王修行法》一文的撰写。
有意思的是，《诗镜》是古印度的文艺理论著作。简单来说就是讲诗歌创作的一本书，它对藏族古典文学尤其是诗歌美学产生了巨大的影响，其中有656首诗歌。也许《诗镜》和《诗镜注释》正是仓央嘉措酷爱诗歌的关键原因。很多人不理解为什么出家的人还要学文艺学，其实这正是佛教“五明”中的声明，是一种研究文字、语法及音韵的学问，是僧人必须学习的。
1696年，康熙皇帝得知五世达赖已经圆寂、桑杰嘉措匿丧不报的事情，严厉责问。桑杰嘉措做出将灵童迎往拉萨的决定，但是对他的真实身份，此时还是内部公开但对外保密的。
1697年4月，灵童从措那启程，前往拉萨，途中在浪卡子暂住。8月，桑杰嘉措公开了五世达赖喇嘛圆寂、灵童即将迎请到来的消息。9月，五世班禅受邀来到浪卡子，给灵童授沙弥戒，取法名为仓央嘉措。这期间，灵童的父亲去世。
当年10月，仓央嘉措正式坐床，康熙皇帝派章嘉国师授予封文，正式认证他为六世达赖喇嘛。此后，五世班禅来到布达拉宫上了“第一堂课”，给他讲了五世达赖喇嘛一生的巨大贡献，鼓励他勤奋学习。
1698年，仓央嘉措开始学习更多的经典，他的老师都是各教派的著名学者，精通多种学问的桑杰嘉措也亲自教他。
关于仓央嘉措的学习情况，正史就记载到这里，从1683年到1698年。
从这段记载中，我们可以看出几个问题：
一、仓央嘉措并不是在家乡长大的，而是从小就秘密搬迁，在格鲁派的严密保护下成长，连他的父母都很难见到他。所以，很多民间传说他在家乡自由快乐地成长，是不可能的。同时，即使是他的父母信奉宁玛派，也还来不及向他灌输什么。不过，有意思的是，灵童的父亲去世时，恰好有两位宁玛派的活佛来探望灵童，确实是这两位宁玛派的高僧为他做了超度法事。
二、仓央嘉措从小就受到良好的佛教教育，从他的学习过程和进度来看，他的学习能力和提高速度都是不错的。很多民间传说说他从小就不喜好佛学，偏爱游山玩水，还学了骑射，身负武功，而且年纪轻轻就风流倜傥等等，这些都不太可能。
三、从他的经历来看，不可能有什么青梅竹马的女朋友。他的生活是在严密的监控和保护下的，哪里去找女朋友？而且，从时间上看也不可能。如果真有这样一个初恋情人，也只能是在1697年4月他从措那动身前往拉萨之前；因为此后他的身份逐渐公开化，是断然不可能找女友的了。那么，1697年他多大呢？15岁。
一个15岁的小孩，在寺庙里住，竟然已经谈了好几年恋爱了，这不是太好笑了吗？
由此，可以初步判断，至少在1698年坐床前后，他的私生活是不会出现什么放荡的事情的。那么，住到布达拉宫之后，会不会真的搞出“夜会情人”的事儿来呢？
1698年到1706年，他正式做达赖喇嘛这6年，关于他的私生活，正史里是没有记载的。
不过，学界的统一观点是，在此期间，仓央嘉措确实有一些喜好游乐的行为，在学习方面态度也比较懒散。为此，桑杰嘉措曾反复规劝，督促他的老师和身边侍从严格管教，但适得其反，反而使彼此间产生了严重隔阂。最终，导致了仓央嘉措拒绝比丘戒、要求放弃沙弥戒（出家戒）的事情来。
从正史记载的字里行间来看，仓央嘉措的错误肯定是有的，使得格鲁派上层僧侣认为他“迷失菩提”。但这种错误是不是半夜里化名出游、纵情酒色，甚至真有几个情人呢？事实上，格鲁派认为他“不守教规”，多半是指他拒绝受戒这件事情。至于生活方面，他也肯定是有些过失的，但未必到了众叛亲离的程度。
年轻人精力充沛、不喜欢枯燥的生活，这是可以理解的；年轻人有些“逆反心理”，对生活有自己的想法，不甘愿听从长辈的指挥，这也是正常的。从这个所谓的“情理”出发，民间普遍认为，因为仓央嘉措从小生活在家乡比较自由的环境中，此时面对老迈而无趣的一大批老师、每天学习枯燥的经文，从年轻人的本性出发，采取了“对着干”的态度。
然而，这样的理解并不成立。首先，仓央嘉措从小就接受佛教教育，并不存在从自由环境到枯燥环境的不适应；其次，藏传佛教僧人对上师是无比崇敬的，这种无条件的尊崇是不能用现代教育的师生关系来类比的；第三，幼年活佛的学习生涯确实比较紧张、压力比较大，但也还不至于无趣到有如困兽的地步。
那么，到底是什么让年轻的仓央嘉措不爱学习呢？他对学习是一种什么态度呢？
目前，民间对仓央嘉措这一段的学习生活和日常生活有两种说法：一、以桑杰嘉措为首的老师们，严格监督他学习繁重枯燥的佛教典籍，对学习抓得很紧很严，这让渴望自由生活的仓央嘉措产生逆反情绪；二、仓央嘉措没有受到什么正规教育，在布达拉宫里纯粹就是一个象征性的摆设，所以，让他感到“失望，学习也无益处”。而此时的桑杰嘉措忙于政务，醉心于揽权，教学上不太用心，却总用老师的权威压人，让仓央嘉措对他心生不满。
总之，两者的结论都是仓央嘉措不喜欢学习、也不听从老师教导。
然而这样两种说法不是非常矛盾吗？桑杰嘉措对仓央嘉措的学习，到底是管得严还是放手不管呢？
很多貌似矛盾的观点，如果仔细分析一下，其实并不是那么格格不入的。
对这一问题，实际上有第三种解释：仓央嘉措不是贪玩不学，而是没学到真正想学的，所以对当下的学习任务比较消极懒惰；桑杰嘉措不是不管，而是没管到点子上，仓央嘉措想学的他不教、不管，不想学的他反而拼命教、管得严。造成的结果就是：仓央嘉措学习态度懒散，对老师的规劝也保留意见。
用现代的观点来看，这就是在老师和学生之间，对培养方式和培养目的之间关系的理解产生了分歧。
此时，如果老师们教仓央嘉措另一门学问，用不着桑杰嘉措严格管理，他都会学得努力、用功，感到有趣有益。
问题是，仓央嘉措究竟想学什么呢？桑杰嘉措为什么不教呢？
我们必须明确的一点是，格鲁派发展到清代，已经不是单纯的宗教组织，它管理的不仅仅是宗教事务，而是由于宗教集团在地方事务上的特殊作用，成为一种有经济产业、有组织机构、有政治权力的政教组织。这种宗教集团的领袖不但要在佛学上出类拔萃、在宗教事务上有绝对权威，在地方政治的处理能力上也要有相当的水平。
在这三者中衡量，佛学水平是对个人修为的要求，宗教事务处理能力是教派内部的要求，地方政治处理能力才是集团整体利益的要求。实际上，做不做一个佛学大师并不是很紧要的。比如，第三世、第四世、第八世达赖喇嘛，若论个人的佛学修为并不甚高，但政治贡献非常巨大。像第五世达赖喇嘛这样的个人、宗教、政务三者都突出的“学者型领导”，实在是绝无仅有的。
此时的仓央嘉措，学习的是什么呢？大量的佛教经典。
此时的桑杰嘉措，严格教导的是什么呢？也是佛教经典。
而在当时的政治环境中，各派势力互相争斗，危机一触即发，学习佛经，确实就是没有用。
于是，我们可以设想一下两个人当时的想法。
仓央嘉措的想法，是在纷繁复杂的政治局面中做出自己的贡献，也就是参与政事，至于佛学，可以在日后慢慢学；至少在目前，并不是最紧要的。
目前没有任何证据说明这一猜测是历史的真实，但两件事情值得注意：
第一，五世班禅给仓央嘉措受戒之后，给他讲的第一个故事就是五世达赖喇嘛光辉的政治生涯，并勉励他为了众生的幸福而努力。1698年的仓央嘉措，16岁，深知五世达赖喇嘛生平的他，不会不知道他的前世在同样的年龄做了什么。1632年，格鲁派在管理大昭寺的问题上发生内部矛盾，有的人提出借助蒙古人的武力，有的人提出借助当地政治势力，是16岁的五世达赖喇嘛做出了用宗教力量解决的决定，化解了一次危机。而这第三种方案，显然不是一般的政治头脑和政治经验能够想出来的，这是非常高超的政治技巧。这就是说，在同样的年龄，五世达赖喇嘛已经参与政务了，而仓央嘉措连政务的门槛都没迈进呢。
第二，此后仓央嘉措要求退还沙弥戒，可他却没有要求辞掉活佛的身份和职务，这意味着他并不想放弃政治权力。据此甚至可以有更为大胆的推测：仓央嘉措认为有出家戒在身，便不宜参与政治事务，否则才是真正的“不守清规”。于是，他要求暂时放弃出家但保留活佛身份，待他完成政治使命后好好地做一个真正的出家人。
而桑杰嘉措的想法显然不是这样的。
桑杰嘉措是要培养出一个伟大的宗教领袖，这包含两方面，第一，他要求仓央嘉措努力学习佛教经典，做一个佛学精湛的大师；其次，不希望他过早卷入政治斗争，他要为仓央嘉措保驾护航，给他充足的时间学习，并为他日后执政扫清政治障碍。至于政治斗争的危险，还是自己担了吧。
所以，他对仓央嘉措的佛学学习要求非常严格，但却在政务上大权独揽。到了后来，他眼见斗不过拉藏汗时，不惜铤而走险，为的就是孤注一掷，给仓央嘉措扫最后一个雷。
实际上，两个人都有一个共同的心愿，那就是要仓央嘉措做一个像五世达赖喇嘛那样卓绝的政教领袖，桑杰嘉措尤其如此。他几乎就是用五世达赖喇嘛的标准来培养仓央嘉措，但他也知道，五世达赖喇嘛的政治能力是从小摸爬滚打锤炼出来的，而仓央嘉措还太嫩。所以，对这个心愿的实现方法和过程，两人有不同的打算：年轻气盛的仓央嘉措跃跃欲试，而老成持重的桑杰嘉措小心谨慎；初生牛犊的仓央嘉措想佛学、政治两步走，而深知斗争风险的桑杰嘉措想先替他淌政治混水。
这样的分析结论，与民间和一部分学者对桑杰嘉措的评价并不相符。很多人认为，桑杰嘉措是个利欲熏心、权力欲极强的人，但若仔细分析他的生平，这样的观点是可以商榷的。因为，他是受了五世达赖喇嘛“托后”的人，而他的作为，是不折不扣地执行着五世达赖喇嘛生前的政治策略的。至于他们之间的关系，更可以说是中国历史上少见的“君臣”典范。
1653年，桑杰嘉措出生于拉萨一个大贵族家庭，他的家族与五世达赖喇嘛出生的家族关系极为密切。据说五世达赖喇嘛十几岁的时候就经常出入他们家。这个家族为早期格鲁派政权的创建立下过其他人无法比肩的功勋。桑杰嘉措的叔叔赤烈嘉措更是很早就随侍五世达赖喇嘛，忠于职守，深得信任。很多次五世达赖喇嘛患病，都由他贴身服侍，日常的事务也是他来处理。
桑杰嘉措8岁的时候被送到布达拉宫生活，五世达赖喇嘛对这个孩子非常喜欢。1668年他的叔叔去世后，五世达赖喇嘛亲自教他多种学问，并有意培养他从政的能力，还利用自己的威望不断提高他的政治地位。
有学者考证桑杰嘉措是五世达赖喇嘛的私生子，这在史籍中有隐晦的记载，确实也有可能。但无论他们的血缘关系如何，五世达赖喇嘛对桑杰嘉措寄予厚望、刻意培养，这一点是毋庸置疑的。
那么，五世达赖喇嘛想做什么呢？
这就是他一生中最大的政治理想，也是他最终没有实现的愿望，他想让这个愿望在桑杰嘉措和后世的仓央嘉措身上实现。也就是说，他此时在做以后的政治布局，这盘棋能不能下得赢，晚年的他明知道自己看不到了，但这个棋局布得有必胜的把握，是他该做的。
这盘棋确实下了太长时间了。
1642年，五世达赖喇嘛联合和硕特部蒙古的固始汗消灭了西藏的敌对势力，一举确立了格鲁派集团在西藏的政教地位。但蒙古人这一来还就不走了，反而从格鲁派原计划中的“施主”变成了事实上的“领主”，形成了格鲁派与蒙古人联合统治的政治格局。这实际上等于消灭了一个地方势力，又引来了另一个外族势力，虽然日子好过多了，但还是没有自己独立的政治权力。
此后的五世达赖喇嘛，致力于收回各级官员的任免权、逐步限制蒙古人的政治权力。其中关键的问题就是第巴这个职位。这是和硕特蒙古势力派往西藏地方政权中主持日常事务的官员，拥有在政务方面绝对的权力，可以说是一个“总理王”。