卡尔·路德维希·尼采出生于一个牧师世家，这个宗教世家的家庭成员都是虔诚的路德教派成员。和他的父亲、祖父以及他妻子的父亲、祖父一样，卡尔·路德维希·尼采义无反顾地走上了从事牧师这一职业的道路。这样的工作决定了卡尔·路德维希·尼采不会像当时的年轻人一样关注时代潮流的方向，也不会关心身处于时代之中的那些民众的焦虑，他只会在宗教这条传统而又稳重的道路上前进。在这条道路上，上帝能够给予其信徒启示，君主会为其臣民指引。上司们对他赞许有加，普鲁士国王弗里德里希·威廉四世给予他王权上的庇护。要是没有头痛症和神经质的毛病，卡尔·路德维希·尼采应该会有一个锦绣的前程，但是由于病痛的折磨，他不得不把大量的时间都花在了休息上面，从而耽误了自己的晋升。
卡尔·路德维希·尼采提出了申请，要求去负责一个乡村教区，因此他被任命去了洛肯。洛肯是一个位于普鲁士和萨克森边境的辽阔平原上的贫穷乡村，这里的地势十分荒凉，村里都是些低矮的小房子，但是卡尔·路德维希·尼采对这里的孤独幽暗还算满意，因为对于他羸弱的身体来说，这很适合。卡尔·路德维希·尼采在洛肯表现出了自己在音乐方面的天分，每当黄昏时分，他就把自己关在教堂里，在粗糙的风琴上即兴演奏音乐。他弹奏的音乐总会吸引他所属教区里的村民，他们会站在教堂外，静静地倾听，脸上满是羡慕的神情。
在卡尔·路德维希·尼采牧师婚后的第四年，他的年轻妻子生下了他们的第一个孩子，这是一个男孩，出生于1844年10月15日。获得儿子本来就让父亲十分愉悦，但更为特殊的是，孩子出生的日子恰巧与国王生日是同一天。这种巧合令这个备受国王关照的牧师父亲更加高兴，他在教区的登记簿上记录下了自己初为人父的喜悦，卡尔·路德维希·尼采写道：“哦，十月，受到祝福的十月，在过去的日子里，我沉浸在你带给我的无尽欢乐当中，但是在你带来的所有欢乐中，最深沉最重要的莫过于我为我的头胎子洗礼……我的儿子，我给予你弗里德里希·威廉的名字，并以此来纪念和你同日诞生的我们高贵的恩主。”
不久以后，卡尔·路德维希·尼采牧师的妻子生下了他们夫妻的第二个儿子，很快，弗里德里希·威廉又有了一个妹妹。此时，弗里德里希·威廉过着幸福快乐的日子，他学说话很慢，直到两岁半的时候才说出了第一句话，同时，他是个沉默的孩子，总是用严肃的目光安静地注视着周围的一切。小威廉的这些特点并没有影响到父亲对他的疼爱，牧师深爱着这个沉默安静的儿子，每当出去散步时，他总要把小威廉带在身边。虽然那时的威廉年纪还很小，但在他的记忆中，父亲牵着他的手散步的情景总是清晰而又深刻，他和父亲走在村外广阔的平原上，平原上有很多的小池塘，钟声从远处飘来，在平原上回荡，此时，威廉总是紧紧地握着父亲那双强有力的大手，这让他感觉到了温暖。
那些幸福的日子，小威廉没有经历太久，很快，不幸便降临在了这个家庭。1848年8月，卡尔·路德维希·尼采从自家门口的石阶顶上重重地摔了下去，在倒下的过程中，他的头部猛烈地撞到了其中一级石阶的边缘上。这次撞击并没有立刻夺取卡尔·路德维希·尼采的生命，但是它却招致了一场可怕的疾病，头部严重的撞击加剧了他的头痛症和神经质的毛病，卡尔·路德维希·尼采完全失去了理智，而随之而来的神志不清和体力衰竭的并发症终于在一年之后夺去了卡尔·路德维希·尼采的生命。父亲去世时，威廉只有四岁，在这段时间中，他经历了父亲的生病和去世，而这其中发生的各种事件都在他心灵里留下了深刻的印象。无论是深夜中突然响起的报警声、房子里传来的哭泣声，还是密室里的恐怖、死样的寂静、尽情宣泄的悲伤，甚至是教堂的丧钟声、赞美诗以及葬礼上的布道、深深埋在教堂石板底下的灵柩，这些都深深地刻在了这个四岁孩子的心头。虽然让一个四岁的孩子来面对这些实在是有些残忍，但是命运的车轮还是将威廉推到了这场悲剧的前面。从此之后，威廉总是从梦中惊醒，他总能在梦中预感到某些灾难，这是威廉在十四岁的时候记录的一个梦：
“当一棵树的树冠被毁坏，树上的鸟儿就会离开树枝，而树木最终也会枯萎。现在，我们家的树冠已经遭到了毁坏，欢乐像鸟儿一样离开了我们的心灵，只给我们留下了深深的悲哀。然而，就在我们的伤口快要愈合的时候，痛苦再次来临，将伤口重新撕裂。大约就在这个万分痛苦的时期，我做了一个梦，在梦里，我听到忧伤的风琴声从远处飘来，这和我在父亲葬礼上听到的声音一模一样。
我四处张望着，想打探到这声音的来源，这时，一座坟墓突然间裂开了，我看到父亲从坟墓里面走了出来，他穿着下葬时的那件寿衣，向教堂走了过去，等到他穿过教堂重新走回来时，我看到他的怀中抱着一个小孩，紧接着坟墓再一次裂开，父亲走了进去，在我面前消失了，随后墓石又重新挪回了原处，好像一切都没有发生过似的，此时，哀伤的风琴声也停了下来。我从梦中惊醒了。第二天早上，我把这个梦原原本本地告诉了我亲爱的母亲。紧接着没过多久，我的小弟弟约瑟夫就生病了，经过几个小时的折腾，他最终还是死了。弟弟的死让我们全家悲伤至极，我的梦完全应验了，因为小弟弟的尸体就被安埋在父亲的怀里，这和我梦中看到的情景基本一样。在经历了父亲和弟弟的死亡之后，我们对生活不抱任何期待，天父和天堂成了我们唯一的安慰和活下去的希望。这件事发生在1850年1月底。”
在威廉弟弟死去的这年春天，卡尔·路德维希·尼采的遗孀带着全家人离开了肯洛，移居到萨勒河畔瑙姆堡附近的小镇上，这个可怜的女人选择这里是因为亲戚们就住在相邻的乡间，在这里她可以和她们离得近一些，互相有个照应。没过多久，她的婆婆和丈夫的姐姐也搬过来跟她一起住在一幢小房子里，亲戚们的到来使还处在悲痛当中的孩子们渐渐从悲伤中走了出来，并且习惯了一大家人的生活。
临近的瑙姆堡的统治阶级由官僚和牧师组成，他们受到霍亨索伦王室的眷顾，因此虔诚地效忠于他们的王朝。这些资产阶级上流社会的成员都住在高大的城墙内，城墙上长满了绿草并设有五道城门，一到夜晚城门就紧紧关闭。统治阶级和整个瑙姆堡居民的生活都是刻板严谨、井井有条的。都市教堂里的钟声洪亮辽远，响彻整个小镇，控制着居民的生活作息，它或将人们从睡梦中叫醒或者催促人们入眠，甚至还可以召集人们去参加国家和宗教的节日典礼。尼采作为居民中的一员，他的生活同所有人一样，虽然他还只是一个孩子，但他的生活也是刻板严谨、井井有条的，尼采生命中的特质与瑙姆堡十分契合，这让他很快便适应了这里的生活节奏，同时孩子天性中的好奇也让尼采不断发现新生活里的美好。
这里有肯洛没有的雄壮的阅兵仪式，还有风琴伴奏和合唱的宗教典礼，周年庆典是如此的盛大，这让从小村庄来的尼采赞叹不已，最打动尼采的便是每年一度的圣诞节的来临。相较之下，他自己的生日虽然不能像圣诞节那样深深地打动他，但仍然能给他带来巨大的快乐，他在纸上这样写道：“我和我们敬爱的国王同一天生日，每到那一天的早上，军乐声总是能将我从睡梦中唤醒，庆祝国王生日的仪式就在这会儿开始，我也把这个仪式看做是庆祝我自己生日的集会，因此整个仪式中的各个活动也便是我的生日礼物。庆祝仪式很短，等到它一结束，我们一家就会一块儿去教堂。我知道教堂里牧师念的布道词是献给国王的，并不是给我一个人的特别祝福，但我却喜欢把其中最好的句子挑出来献给我自己，作为给自己的生日礼物。随后我要和我的同学们聚集在学校来庆祝这个重大的日子……集会在一首优美的爱国歌曲中结束了，接下来的时间就是我一天中最快乐的时光，我的朋友们将陪伴我度过快乐的一天。”
在弗里德里希的心中，父亲的形象依然深刻，他将父亲的形象牢牢地记在了心中，并且把父亲当做了自己前进的榜样，很小他就立下了志向，希望自己能够成为像父亲及家族中的其他叔叔一样，成为一名牧师，来向信徒们传达上帝的讯息。在这个孩子的心里，还没有更为崇高的职业存在，他甚至也想不出还有别的什么更适合自己的职业。尽管他还很年轻，但在他的身上却显示出了严谨的作风，他做事高度严格、一丝不苟，即使只是受到了些许的责备，弗里德里希的自尊心都会受到强烈的打击。
弗里德里希喜欢自己一个人做事，从不接受别人的帮助，当他焦虑不安时，他会将自己隐藏起来，躲避在某个偏僻的角落内审查自己的行为，这个时候的他不会再跟妹妹一块儿玩耍，直到他通过深思熟虑之后，对自己的行为作出了明确的对错的判断。有一天，他像平常一样从学校迈着缓慢的步伐回到了家中，此时天空正下着倾盆大雨，他母亲看到他虽然没有带雨伞或斗篷，却丝毫没有慌乱的样子，因此便将他叫住了，弗里德里希不慌不忙地稳步走到了她的面前，母亲问他为什么下大雨还不赶快回家，弗里德里希答道：“老师总是教导我们，不要在街道上随便奔跑。”他还告诉母亲，他的伙伴们给他取了个“小牧师”的外号，因此每当他大声地给同学们朗读《圣经》里的某一章节时，同学们就会安静下来，带着敬意去倾听。
“只有当一个人成为自己的主人的时候，他才能成为世界的主人。”这是弗里德里希经常讲给妹妹听的话，因为他在对待自己的声誉时从不马虎，他骨子里有着天生的骄傲，并且深信尼采家族拥有非常高贵的血统。年迈的祖母总是热衷于给他讲述家族的传奇历史，这让尼采和妹妹伊丽莎白对家族的过去充满幻想。家族的远祖住在波兰，名叫尼兹克，他拥有伯爵的封号。在宗教改革运动时期，先人们反抗宗教迫害，并与天主教会断绝了关系，从此之后，他们就开始了悲惨的流浪生活，在整整三年的时间中，他们无家可归，只能从一个村落被驱逐到另一个村落。在流亡前夕，他们的儿子出生了，先人们只能带着这个新生儿一块儿踏上了流浪的旅程，在流浪的过程中，虽然这个孩子经历了各种各样的磨难，但是由于母亲全心全意、始终不渝的看护，这个孩子终于奇迹般地长大了，并拥有健康的身体。这个孩子成为了家族的传承人，他活了一大把年纪，最终将自己的强健和长寿传给了自己的后代，令这个家族最终欣欣向荣起来。
虽然这个优美的传奇已经被自己听过很多次了，但是弗里德里希从来都没有感到过厌倦，他还经常主动要求别人给他讲述波兰民族的历史。说故事的人告诉他，当年贵族们聚集在辽阔的平原中央选举国王，这是一个平等的选举，因为即使是那些地位最低下的人也有权利按照自己的意志投上一票。弗里德里希为他听到的这一切而感动，他十分羡慕当时的生活。这些故事让他深深地相信，这个民族是世界上最伟大的种族。弗里德里希总是向妹妹宣称：“一个尼兹克伯爵决不会撒谎。”
童年的这些故事深深地刻在了弗里德里希的心里，他做事虎虎生风，和他的祖先毫无分别，即使在三四十年之后，这些故事和传奇依然是尼采工作中强有力的激情和愿望的鼓动之源。但另一方面，每当他在家里时，他总是被家中那几个相依为命的妇人抱入怀中，百般爱抚。
等弗里德里希长到九岁的时候，他的兴趣便扩大了。教堂里听到的汉德尔的合唱曲音乐向这个孩子打开了另一扇通往音乐时间的窗户，他开始学习弹奏钢琴，并且可以即兴演奏，他甚至可以和着《圣经》的朗诵来进行伴奏。弗里德里希这些过人的能力并没有让他的母亲感到高兴，反而让母亲感到不安。她在儿子的进步中回忆起了丈夫的命运，他和弗里德里希一样喜欢弹奏风琴，在肯洛时他也常常即兴演奏。
此时的弗里德里希已经被身体中的天性紧紧地抓住，这种天性开始表现为某种专横和残暴。弗里德里希开始尝试去创作优美的旋律，他谱写了狂想曲及许多马祖卡舞曲，他把他的这些作品献给他伟大的波兰祖先。同时他也写作诗歌，每当纪念日来临时，他便将他的配乐诗作献给自己的祖母、母亲、姑姑和妹妹。他还起草了包括各种原则和建议的说教性的论文，并将这些作品分发给伙伴们看。一开始，弗里德里希教伙伴们建筑学，1854年，塞瓦斯托波尔被围，弗里德里希在被困期间研究了弹道学和设防地的防御。而等到塞瓦斯托波尔被占领以后，弗里德里希难过地哭了。他在心里深深地热爱着所有斯拉夫人，他打心眼里憎恨革命中的法兰西。在被围困期间，他还和两个朋友共同创办了一个艺术剧院，剧院里上演着古代戏剧和早期文明剧，他自己还为剧院创作了《奥林匹斯山诸神》和《奥卡达尔》两个剧目。