1862年10月中旬，尼采离开了瑙姆堡，他和同学保尔·杜森及杜森的一个表兄弟前往波恩大学。三个年轻人在路上慢慢走着，尽情享受那自由的时光，他们在莱茵河边短暂地停留了一阵，快乐得忘记了所有烦恼。现在，保尔·杜森已经成为基尔大学的教授，他是一个典型的中产阶级，具有中产阶级人士特有的善良，他回忆起了他们那充满欢笑的旅行，那些落入尘埃中的记忆被翻了出来，让保尔·杜森感受到了久违的兴奋。
当时，三个年轻人选择了马匹作为交通工具，他们骑着马在乡间漫游，还在乡村的小酒店内喝了很多啤酒，尼采看起来有些醉，相对于周围的美景，尼采似乎对自己那长着长耳朵的坐骑更感兴趣，他俯下身仔细观察测量了一下那对长耳朵，断言道：“这是一头驴。”杜森和他的表弟立刻回答道：“不，这是一匹马。”尼采再次测量了一下耳朵，说道：“这是一头驴。”语气中丝毫没有要改变想法的意思，他们就在路上闲逛，直到傍晚时分才回去。三个人一路上高谈阔论，吵吵嚷嚷的声音令镇上的居民很反感。尼采柔和地唱着情歌，吸引了好多女孩在床边倾听，她们都躲在窗帘后面，小心地从缝隙中窥探着这三个年轻人。最后，一位正直的居民忍无可忍，不得不从屋里出来喝斥这三个喧闹者，用恐吓的语气将他们赶回了旅店。
到达波恩后，三个朋友安顿了下来。在当时的环境中，只有一些大学还保持着自由，因此它们都享有非同一般的声誉。而当时的德国正处在四分五裂的境地，大学依靠着一个衰弱的国家，却依然能够保持住自身的活力，过着强有力的生活，这是同这些大学光荣的历史和荣耀的传说密不可分的。人们都知道在莱比锡、柏林、耶拿、海德堡和波恩大学，老师们鼓励青年学子勇敢地武装起来，为拯救德国民族而去与拿破仑作斗争。人们还知道，为了反对暴君和僧侣们对德国自由原则的践踏，这些勇敢的学生们曾经愤然反抗，并且现在还仍然进行着战斗。
德意志民族热爱这些严肃的老师和斗志昂扬的青年，他们是祖国尊严的象征，替那些为劳动而武装起来的勤劳的祖国人民指引了方向。少年们都把自己学生时代的梦想视作为人生的顶峰，温柔的姑娘也将纯洁高尚的学生做为自己暗恋的对象，尤其是对富于梦想的德国人来说，没有什么会比大学的梦想更具吸引力了。整个国家都为这些充满知识、勇气、美德和欢乐的杰出学校感到骄傲。到达波恩后，尼采和伙伴们都为自己的所见所闻而激动。尼采详细记录了自己的生活，其中一篇是这样写的：“我到达了波恩，看到无限美妙的前景，我为这一切感到骄傲。”尼采非常了解自己的能力，因此他急于结识新朋友，希望同他们共同学习并将对他们的思想产生影响。
波恩大学的学习风气是集体学习，大多数学生都习惯于结成社团，共同进步。在这样的风气面前，尼采有些迟疑，但他很快便意识到了如果不加入社团，自己就会孤僻离群、落落寡合，因此他加入了其中的一个学生协会。在给朋友格斯道夫的信中，他这样写道：“我走这一步是经过了深思熟虑的，我放弃个性是因为我知道放弃之后会收获更多。”
在接下来的几个星期里，尼采尽量让自己融进新生活中，但是他依然保持了自己一贯的严谨作风，他不沾烟酒，但是却淋漓尽致地享受学术讨论和水上泛舟带来的简单乐趣，他喜欢去河畔的饭馆吃饭，黄昏时和朋友在回家的路上即兴合唱，他沉浸在这样的生活之中。为了成为一个“完美”的学生，他甚至希望能够进行一次决斗，甚至为自己选择了一个合适的同学作为对手，他对那个同学说：“我是新生，想进行一次决斗，你是我最好的对手，让我们开始吧。”对于尼采的要求，那位同学给予了“非常乐意”的答复，这让尼采倍感兴奋。
很快，尼采就对这样的生活感到了厌倦，快乐的情绪也随之烟消云散了。12月初，他的娱乐生活开始变得越来越少，他又开始重新回到了从前的状态，不安的情绪再次袭来，而亲人的远离让他倍感孤独，随着圣诞节和新年的到来，他内心的伤感愈加明显，从他给母亲写的一封信中，我们可以推测出他当时的心情：
我喜欢的节日有周年纪念日、圣·西尔维斯特节和生日。正是这些节日的存在，我们的灵魂才能得到暂时的休息，也只有在这些时候，我们才能发现自身的问题，获得快乐的时光。毫无疑问，经常去经历这种时光是一件非常简单的事，而且它们也能促成一些关键决定的作出。但是我们却很少给予自己这样的机会。在这些时刻里，我总是习惯重新翻出从前那些手稿和信件，全身心为自己记下一些感想。在这短暂的一两个小时里，一个人似乎可以超越时间和自己。过去能给前进带来力量，因为当一个人在对过去进行了言简意赅的回顾时，他就会对前面的人生道路怀着更多的勇气，坚定自己前行的决心。而美好的愿望和家人的祝福更像细雨一般，当它们温柔地洒落心间时，那便是世界上最美好的事情了！
我们可以从这个年轻学生“仅仅为自己”的感想中掌握一些关于他的蛛丝马迹。他对自己浪费时间的行为感到不满，决定采取一种更为严格更为专注的方式来生活，但这样的生活就决定了尼采必须和他的同伴们断绝关系，面对这个结果，尼采犹豫了。虽然他的伙伴同他一样年轻勇敢，但显得有些粗野，他该不该跟他们断绝关系呢？一缕游丝般的忧虑令他苦恼万分。尼采也许可以通过长期的放纵生活来适应他们粗俗的生存方式，这样一来，他就不至于过于敏感了。“习惯是一种强大的力量。”他在给格斯道夫的信中说道，“当一个人对出现于眼前的邪恶没有了源自本能的反感，那么他就走得太远了。”
尼采选修了一门难度很大的课程，这是他选修的第三门课。他决定跟他的朋友们坦率地谈谈，以便使他们的生活脱离粗俗低级而朝着高尚的方向发展。这样，他就可以开始履行自己为宗教而定下的使命，他一直梦想着有一天能把履行这种使命的范围扩大到整个德国。因此，他呼吁禁止或减少抽烟喝酒会，因为这种协会是令他反感的。
建议没有被采纳。作为倡议者，尼采受到了冷落，被孤立到了一边。协会成员对他进行了无情的讽刺，这使他感到愤怒。他用激烈的语言进行了回击，但这样一来就使他失去了所有的友情与关爱。这时他体会到了孤独，就是那种被打败者的痛苦的孤独。最终结果是尼采被他们请出了协会。
尼采是一个骄傲的人，所以要他继续呆在波恩是很难做到的。他刻苦钻研索然无味的语言学，想要借此锻炼自己的心智，纠正自己的神秘主义倾向和有些混乱的思维。同时他也能通过直觉感受到古希腊文那令人吃惊的美感，但在进行条分缕析的时候却使他丧失了兴趣。他的语言学老师里奇尔劝他不要进行其他科目的研究：“假如你想成为一个强者，就要取得某一方面的专长。”尼采接受了这个忠告。他放弃了自己要对神学进行深度钻研的念头，在12月份的时候写过一些优美的旋律。现在的他却作出决定，一年之内不再去享受这些徒劳无益的乐趣。所以有时他居然希望顺从生活以习惯这种无聊的状态。
他的痛苦在随后就得到了补偿，因为他已经能够写出受到里奇尔褒奖的论证严谨、具有远见卓识的论文了。尼采经常聆听同学们的议论。他们中有些人毫无信念、不带感情地一遍遍重复着黑格尔、费希特、谢林的各种理论，可是那些伟大的体系已经完全失去了它们那原本令人振奋的力量。另一些喜爱实证科学的人则阅读沃格特、毕希纳的唯物主义论文。尼采读过这些论文就不愿再读第二遍了。因为他是一个诗人，需要的是抒情、直觉和神秘，冰冷清晰的科学世界是不能令他感到满意的。那些自称是唯物主义者的年轻人也自称为民主主义者，他们鼓吹的是费尔巴哈的人本主义哲学。而尼采太具有诗人气质了，而且不论从教育方面还是从天性方面而言他都太具有贵族气了，这注定他不会对平民政治感兴趣。他把美、善、力量、英雄主义看作是理想目标，并且希望自己有朝一日能够实现它们。他从未打算要过一种幸福安逸的舒适生活，所以他对一般人的幸福都不感兴趣。
当他对同时代人的种种倾向都不满意时，他还能感到快乐吗？当他对一种低俗的政治、一种苍白的形而上学、一种狭隘的科学感到反感时，他能为自己的心灵指出一条什么样的道路呢？当然，他有自己明确的爱好，他对自己的这种趣味毫不怀疑。他热爱古希腊诗人，喜欢巴赫、贝多芬和拜伦。但是他自己的思想倾向又是什么呢？
他还没能回答人生提出的问题。现在已经二十一岁的他跟从前那个十七岁的喜欢对不确定的意见表示沉默的他还是一样的。他的朋友杜森认为祈祷没有实际的效力，只是给祈祷者的心灵以虚幻的自信而已。“那是费尔巴哈式的蠢话。”尼采尖锐地回答他说。杜森在别的场合还提起过施特劳斯刚刚再版的《耶稣传》，并对书中的意见表示了赞同的观点。但尼采拒绝在这个话题上发表看法。“这个问题非同小可。”他说，“要是你信奉耶稣，那么你同时也必须供奉上帝。”这些对话似乎反映了尼采对基督教还有所依恋。但是他写给妹妹的一封信却没有给我们留下这样的印象。那时，尼采的妹妹还是基督教的信仰者，她写信对尼采说：“人们必须从事情的最痛苦的一面中去寻求真理。就目前而言，要去相信基督教的玄妙教义而妄想不费劲儿是不可能的，由此推断，基督教义是真实的。”她立即收到了尼采的回信。这封信措辞激烈，表露出了他内心的不快。
你认为要接受并承认这些信仰真的很困难吗？我们是在这种信仰的熏陶下长大的，它已经一寸寸深入地扎根于我们的生活之中。我们的亲朋好友及他人都把它视作了真理。而且无论真实与否，它确实安慰并提高了人性的品质。你认为承认这种信仰比与一个人的习惯作斗争更为艰难吗？那是一种疑虑重重的孤独的斗争，并会因为各种精神上的消沉和悔恨而变得更为阴沉。这种斗争常使一个人深陷于绝望当中，但却忠实于他的永恒追求，即对通往真、善、美的新道路的发现。
所有这一切的结果将会是什么呢？我们会重新找回那些我们所熟悉的关于上帝、现世与赎罪的种种观念吗？对真正的探求者来说，他探求的结果就不能显示出完全不同的东西吗？我们寻求的是什么？是安宁和幸福吗？不，除了真理，什么也不是，不管它会有多么的邪恶和恐怖。
这就是已经明确划分好了的生活的道路，如果你想要得到灵魂的安宁和幸福，那么你就要相信；如果你想做真理的信徒，那么你就要探索……
尼采尽力忍受着这种痛苦的生活。他去乡间散步，把自己关在屋里研究艺术史，还包括贝多芬的生活。但是这些努力都是徒劳无用的，他无法忘记波恩的人们。他曾两次去科隆参加音乐节，但是每一次回去都会增加他的忧郁。最后，他离开了这个城市。
我像亡命之徒一样离开了波恩。夜半时分，我和我的朋友们一起站在莱茵河的码头上。我们在等从科隆开出的轮船。在即将离开这繁华美丽的地方和那些青年同学的时候，我没有感到一丝一毫的痛苦。事实正好相反，我是从他们身边逃离的。我不想再像以前那样对他们进行一番不恰当的评价。但是因为我的天性与他们格格不入，我是如此腼腆内敛，而且在如此多的作用力面前我没有能力去坚持自己的角色。一切都强加于我身上，我无法成功地控制自己所处的环境。我感到自己对科学和生活都将无所作为，却让各种谬误填满了自己的大脑，想到这里，我便感到心情沉重。轮船来了，把我带走了。我在潮湿阴冷的夜里呆在驾驶台上，看见那勾勒出波恩河畔轮廓的小灯逐渐熄灭，此情此景使我倍添逃亡之感。
尼采和一个同学在柏林住了两个星期，那人的父亲是个动辄指责别人、事后又后悔的富商。“普鲁士完了。”老人肯定地说道，“自由主义者和犹太人用他们的胡言乱语毁掉了一切。他们摧毁了传统、自信和思想本身。”年轻的尼采喜欢听这一类尖酸刻薄的话，并以波恩大学学生为依据来评价德国。他对所有的地方所有的人都看不顺眼。听音乐会时，和下层听众产生共鸣也会使他不自在。无论被主人邀请去哪个咖啡馆小坐，他都既不抽烟喝酒，又不搭理主人介绍给他的其他人。
他决定不再回波恩，而是去莱比锡完成学业。一到这个陌生的城市，他就立即去大学报到注册。这天是个节日，校长正在向全体学生训话。校长告诉他们说，一百年前的同一天，歌德曾经和他的长辈们一起在这儿注册。“天才有他自己的道路。”这位谨慎的校长立即补充道，“跟随天才们的道路是危险的。歌德不是一个好学生，你们学习期间切不可以他为榜样。”“哦，哦！”青年们大笑着高呼着。被众人淹没了的尼采对于命运之神在此时把他带到这里感到欣慰。