咸丰十一年底，总理衙门请旨创立京师同文馆，招收十五岁以下的八旗子弟学习西方语言文字。这虽是一所新式学校，由于只学习外国语言文字，学生限于八旗子弟，并未遇到阻力。到了同治元年，奕訢再以总理衙门的名义奏请在同文馆内另设一馆，专门学习天文、算学，招生的对象也由八旗子弟扩大到了二十岁以上的满汉举人、五贡（恩贡、拔贡、副贡、岁贡、优贡，都算正途出身资格）、秀才，以及科举正途出身的五品以下年少聪慧的官员，聘请洋人教习。朝廷批准照办。
不料这件事却在一些士大夫中间引起了很大反响。有人指出，以堂堂****竟要拜夷人（即洋人）为师，实乃中国人的奇耻大辱。
恭亲王毫不气馁，同治元年九月初一又上一折，进一步说明开设天文、算学馆的必要性和急迫性，还提出将招生对象再扩大到翰林院编修、进士等人。太后又予批准。
这一来，可极大地刺激了道学先生们的敏感神经，引起京师内外的一场轩然大波。
九月五日，山东道监察御史张盛藻首先发难，上折说：若以自强而论，则朝廷之强，莫如整纪纲，明政刑，严赏罚，求贤养民，练兵筹饷诸大端；臣民之强，则惟气节一端。臣民有了气节，“以之御灾而灾可平，以之御寇而寇可灭”。令正途科甲人员学习“机巧之事”，又借升官、银两以诱之，“是重名利而轻气节，无气节安望其有事功哉？”这无异于是说奕訢犯了“方向性”的错误，把国家引向歧途。此折虽“为一时推重”，不过他人微言轻，朝廷没有理会。
太后自然不会对这样的科道小人物有什么想法，在她看来，这些所谓的清流只能起到监督的作用，想要靠着他们办事，那是办不成的，要知道，凡事挑刺容易，栽花难，想要做成事业，总是要许多阻碍的，何况太后对付这些人的套路如今用的十分地娴熟，“啊，对不起，折子留中了，”安德海在勤政殿外头耀武扬威得鼻孔对着人，“问奴才我也不知道怎么回事，怎么？您想着递牌子朝见太后？对不起您咯，您都还没到四品，太后是不会见您的。”
纷纷扰扰过了半个月，大人物倭仁亲自披挂上阵了。倭仁字艮峰，蒙古正红旗人。道光九年进士，历任侍读、侍讲学士、侍读学士等官，是著名的理学大师。咸丰皇帝在世时，因其只会说教，不会办事，把他视为“迂儒”，令其出任叶尔羌帮办大臣，故意用违其才，将其投置闲散之地。慈禧执政以后，才把他召回北京，授为都察院左都御史，后任工部尚书、协办大学士，命其教授同治皇帝读书，并兼翰林院掌院学士。这一日母后皇太后临朝，恰好要商议大会操的事，所以除了军机大臣之外，内阁、六部九卿、詹事科道都一一到齐，在勤政殿的明殿，恭亲王领班跪拜后，排班而出，正欲说各镇大会操的事宜，后头就响起了一个干瘦洪亮的声音，“母后皇太后，奴才有事禀告！”
太后隔着屏风，影影绰绰，见不清楚是什么人，但是御座边上写的绿头牌，太后看看那个位置，拿了起来，看清楚绿头牌上的名字，眉毛不觉微微一皱，“倭师傅，你有什么事儿？”因为倭仁是同治皇帝的师傅，故此慈禧太后面上还是很尊敬的。
“奴才奏请母后皇太后废除同文馆，并革去洋务事！”
勤政殿内大哗，恭亲王瞪了一眼身后倭仁，退后了一步，就站进了班里，倭仁跪在地上，朝着太后大声说道，“奴才奏请母后皇太后废除同文馆，并革去洋务事！”
太后默默地翻了翻白眼，御前会议开始插话始于咸丰皇帝，咸丰皇帝性子随和，允许大臣们特别是肃顺这样的大嗓门在养心殿勤政殿里头吵吵，当然因为这是咸丰皇帝这被大臣们称之为仁德之君，文宗的称号一半来自于此，太后虽然有些嫌弃他们烦，不过也衷心觉得这样的形式非常好，但是今天看到倭仁突然跳了出来，又这么把话题扯开，说这些和自己的施政纲要完全不同的反对意见，十分得不悦，却又不好发作，眉毛跳了几下，“你说说看。”
“立国之道，尚礼义不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。今学技艺，又奉夷人为师，即使学成，也不能起衰振弱。何况天下之大，不患无才。如以天文、算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人？何必师事夷人？再者，夷人是中国之敌，咸丰十年，他们称兵犯顺，侵犯我京师，震惊我宗社，焚毁我家园，杀害我臣民，乃是我朝二百年来未有之辱，学士大夫无不痛心疾首，饮恨至今，朝廷亦不得已而与之和耳，能一日忘此仇耻哉？”
倭仁中气十足的声音在勤政殿回响起，六部九卿惊讶地看着倭仁，有些不以为然，有些暗暗微笑点头，军机处的李棠阶侧过头忧心忡忡地望着倭仁，文祥毫不在乎，只是安静跪着，宝鋆鼻孔出气，怒气冲冲地瞪着倭仁，曹毓英看了看倭仁，又悄悄抬起头瞧了瞧屏风，陈孚恩半闭着眼睛，也不看人，也不说话，只是微微嗤然。众人神色各异，只有倭仁的声音继续响起，“科举出身的人都是国家培养的有用人才，若使他们变而从夷，正气为之不伸，邪气因而更盛，数年以后，就要把中国人都驱赶到夷人那边去了。议政王乱我制度，以夷变夏，其心可诛！”
恭亲王也不说话，看了一眼文祥，文祥抬起头，凛然发声：“母后皇太后，倭仁此话大谬！正因科甲正途人员存心正大，不会被洋人诱入歧途，才让他们学习。倭仁所进之言，虽然陈义甚高，持论甚正，其实不过是空言！而空言不能雪耻，只会误国。如欲救国，就要正视现实，了解外国，向外国学习。所谓师夷长技以制夷，若不尽快地把洋人的科学军事技术学了来，再过二十年，洋人要是再用军舰火枪打来，那也是没指望！难不成每次都让太后、君上御驾亲征不成？”文祥瞥了倭仁一眼，“大学士既然以此举为窒碍，自必别有良图，如果实有妙策，可以制服外国而不为外国所制，臣等自当追随在该大学士之后，悉心商办，用示和衷共济。如别无良策，仅以忠信为甲胄，礼义为干橹等词，谓可折冲樽俎，足以制敌之命？哼，臣等实未敢信。”
倭仁毫不示弱，“大致谓忠信礼义之空言，不能收到制胜自强之实效，奴才以为不然。欲求制胜，必求之忠信之人；欲求自强，必谋之礼义之士。今以诵习诗书者而奉夷人为师，其志行已可概见，且不说其所学必不能精，即使能精，又安望其存心正大，尽力报国？恐怕不为夷人所用的很少。而且夷人机心最重，狡诈多端，今欲学习其秘术以制其死命，他们纵然表面上指授，安知不另有诡谋？奴才所虑堕其术中者，实非过计。”
文祥又是反唇相讥，清流也是人数众多，加上倭仁的学问及为人在当时声望很高，譬如他待人接物，绝没有因为自己是帝师而倨傲不敬。老夫子和人交往时，和蔼可亲，虽然身材短小，但慈祥之气溢于眉宇；和别人说话，也是言无不尽，唯恐别人不明白他的意思。倭仁送客，恪守古道，每次必送至门外，一直要等别人登车后才返回。由此，倭仁在士人们中间的名声极佳，也有些人够得上分量的出来帮拳。礼科给事中杨廷熙跳了出来，指责：“军机大臣不顾天象示警，使得人心浮动！”曹毓英反驳，“天象之言，虚无缥缈，岂能与同文馆之事联系起来！”“若不是人心不安，这同文馆，怎么只有那么几个人报名入学！”一时间勤政殿闹成了一锅粥。
慈禧太后刚开始还看群臣吵架颇为有趣，过了半盏茶的时间，殿内还是乱糟糟的，太后觉得没意思了，坐在屏风前的同治皇帝原本也是兴致勃勃得看着好戏，过了这么一会，也忍不住悄悄打了个哈气，太后皱眉，看了一眼杨庆喜，杨庆喜连忙喝道，“肃静！”
原本在指手画脚唾沫横飞的大臣们连忙静了下来，依旧是垂着袖子，只有恭亲王站着，恭亲王见到大家都不说话，朝着宝座上的皇帝和屏风之后的太后微微鞠躬，“太后，皇上，奴才有话讲。”
“议政王请说。”太后说道。
“倭仁既然说：天下之大，不患无才，不如请太后命他保荐几名精通天文、算学的中国教师，另开一馆，进行教学，以观其成。”恭亲王施施然地说道，“如此也好中外对比着看，若是中国之师厉害，这洋务的事儿，自然也不用办了！”
恭亲王的目的在于对倭仁等一干清流发起反击，使其知难而退，不要作梗，同时也有故意戏弄，使其难堪之意，近乎恶作剧。太后了然，微笑道：“依议，军机处拟旨，命倭仁督饬办理。”
“嗻！”文祥响亮地应了下来，忍不住微笑，恭亲王出的好主意，太后接的也妙，忍不住又山呼：“太后明见万里！”
倭仁大骇，一干清流也接近失声，翁同龢虽然没出生，可也神色大变，连忙看着倭仁，倭仁脸上沁出了汗水，也不敢擦，连忙叩首禀告道：“太后明鉴，奴才所说的天下之大，不患无才，不过是以理度之，并不是实指其人，请不必另行设馆，由奴才督饬办理。奴才并无精于天文、算学之人，也不敢妄保。”
恭亲王转过半个身子，瞥了倭仁一眼，“倭仁师傅太谦虚了，同文馆的事情不顺遂，皆因没有得力大员来办，这事儿，军机处和总理衙门和本王都要请罪。皇上的师傅倭仁，声望至隆，读书人所推崇备至，如果能出面来督办同文馆，必然报考之人云集，人才唾手可得。倭仁师傅不是刚刚说过了吗？‘天下之大，不患无才，如以天文算学必须讲习，博采旁求，必有精其术，何必夷人？何必师事夷人？’请太后下旨让倭仁督办同文馆之事。若是国内有人精通了这些学识，何须要请洋人来当差，不是太浪费银钱了吗？”
在宝座上的年轻皇帝听得目瞪口呆，谁不知道倭师傅对同文馆反对得厉害，现在竟然让他去办，难道这位叔叔已经被气糊涂了吗？
恭亲王自己觉得这主意妙，还有点似小孩想捉弄人的快意。但如果太后不允，也是枉然，所以低着头等着太后的答复时，忍不住偷偷朝淡黄色的帘子后瞟了一眼。
如果太后说，“倭仁师傅只怕不肯去办，这件事，还是后议吧？”那就扫兴得很了。
没料到帘后的太后嘴角掠过一丝笑容，竟然也微微点了点头道：“这主意不错，拟旨，倭仁即日起兼任同文馆馆长吧，办理天文算术外语之事。”太后站了起来，也不等着震惊之中的倭仁回过神来，“晌午议大会操的事儿，你们跪安吧。”
“臣等告退！”
下午的议事，果然倭仁就没有来，何况军事上的事儿，太后也不容许别人唧唧歪歪得见不得人好，于是顺顺利利地办了下来，军机处发出命令，规定了这次的会操方法，供各军操练，陈孚恩主管此事。到了第二日，太后刚起来看到的第一个折子，就是倭仁的。
倭仁的第一通辞任折子,主要声明自己对同文馆馆长的官位没有垂涎之意。但辞任没有被准许，太后的朱笔，军机的谕旨答复说，既然倭仁知道大清朝有懂天文算学的能人，就应该将他们延请到同文馆来教授，“勿以事繁责艰而推辞”。