张献忠之所以遭到后世史学家们的唾弃，一方面固然归因于他的凶狠残暴。另外一方面，也是最主要的方面，恐怕得归根于他屠杀了一大批知识分子。在以士族为主流的社会，屠杀读书人当然会引来全天下人的公愤。然而，作为一个农民起义军领袖，张献忠为什么要跟手无缚鸡之力的知识分子过意不去呢？这背后有何隐情？
张献忠是中国历史上少数几个农民起义军领军人物之一，他所率领的农民起义队伍，沉重地打击了腐朽不堪的大明王朝的势力，加速了明朝灭亡的进程。公元1643年11月，张献忠攻占四川省，建立了大西政权，本人初称大西国王，随即又称帝，定年号大顺，以成都为西京，蜀王府邸为宫殿。按理说，农民出身的起义军领袖，在登上了皇帝的宝座之后，自然会爱民如子，可是历史似乎特别喜欢捉弄人的直觉，纵观历代出生农民家庭而最终登上皇帝宝座的起义军领袖，很少有勤政爱民的，张献忠自然也不例外。公元1645年，在他的策划下，成都发生了一桩举世罕见、骇人听闻的屠杀读书人的事件。张献忠为何要对读书人下此毒手？事情还得从张献忠建立大西政权之后开始说起。
自从公元1643年张献忠建立大西政权之后，张派往各地的地方官员不断被四川地方势力所暗杀，各地反抗大西政权的浪潮越来越猛烈，于是他迁怒于四川百姓，尤其是四川的知识分子。在他看来，各地之所以出现如此大规模的反抗大西政权的浪潮，与这些知识分子在百姓中进行挑唆是分不开的。他于是下决心大规模报复。于是，张献忠宣布举行“特科”考试，下令各府县生员一律前往成都赴考，违命者以军法论处。于是，各地士子络绎不绝地从水路、陆路被送往成都，集中在大悲寺。待各地士子基本到齐后，张献忠突然找借口派重兵包围大悲寺，将全部应试士子统统杀死，死者人数达五千多，大悲寺内一时尸积如山，血流成河，笔墨成丘冢，史称大悲寺屠戮士子事件。据史料记载，整个四川境内的知识分子几乎被屠杀殆尽，只有雅安一地由于大西政权驻当地监军郝孟旋事先知悉内情，又心生异志，密谋反水，于是伪造了一份张献忠的诏书，将已经在途中的雅州生员全部追回，使他们幸免于难。张献忠如此对读书人设下应试骗局加以集体血腥屠杀，可谓残暴至极。这也成为后世史学家批判张献忠的最主要原因之一。
除此之外，张献忠之所以会对知识分子大开杀戒，还与他本人的性情有关。张献忠行伍多年，拥有当时可以与李自成不相上下的军事实力，帝王思想在他脑海中已经根深蒂固，这与当时社会的伦理道德是背道而驰的。他的这种思想为广大知识分子所不齿，心胸狭窄的张献忠自然会予以报复；再加上张献忠所代表的实际上是一种游民思想和游民文化，这种文化是不注重知识分子的。在这种文化的主导下，张献忠对文化人始终抱着蔑视、仇恨、提防、控制和利用的心态，倘若文化人稍不顺从，便将屠刀朝向知识分子是很正常的。这从他于公元1645年所立的一块“圣谕碑”上便可以看出来。“圣谕碑”的碑文上只刻有两句话：“天有万物与人，人无一物与天。
鬼神明明，自思自量。”很显然，其中的“天”，是指他自己。在他看来，自己是上帝派下来统治四川的使者，他已将万物恩赐予四川的百姓，但是四川的百姓不仅不对他感恩戴德，反而一再为难于他，实在是忘恩负义。因此，他对四川的民众百姓是极其失望而怨恨的。不过普通目不识丁的百姓还不至于让他产生如此大的怨恨，他最为痛恨的当属广大的读书人，因为他们是老百姓的头脑，是士绅阶层的骨干，也是他最难驾驭的人群。一旦形势的变化使得他不得不对百姓大开杀戒之时，首先要除去的当然是广大的知识分子，只要除去了这些有头脑、有思想的知识分子，剩余的普通百姓，无论如何也难以掀起风浪。为达此目的，张献忠假借“特科”考试之名，行屠杀知识分子之实也是可以理解的。
大悲寺屠戮士子事件是历史的悲哀，也是历史上农民起义及其领军人物的悲哀，这是中国古代农民阶层时代局限性和本身的严重缺陷外在的一种反映。因此，与其说这5000多名知识分子是死在张献忠之手，不如说是死在农民阶级的局限性之中。