帝既受喀尔喀降，噶尔丹亦遣使来贡，诉士谢图汗杀其弟，衅由彼启，上为责土谢图汗而敕反其侵地。噶尔丹既兼有回部、青海、漠北，驱蹇不奉命，要求执送土谢图汗及哲布尊丹巴呼图克图，乃罢兵西返，帝不许。达赖喇嘛以奉中朝命，遣使往谕噶尔丹，为喀尔喀讲好。达赖使来，亦传达赖意，执送其仇土谢图汗及哲布尊丹巴，可以图成，且由己保其安全，帝亦不允。往复甚久，至二十九年五月，噶尔丹以追喀尔喀为名，选锐东犯，清廷所遣尚书阿喇尼以蒙古兵御之，令喀尔喀众居前，又为所败，遂乘胜入内蒙地。六月，帝下诏亲征，命兄裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤禔副之，领左翼出古北口；弟恭亲王常宁领右翼，为安北大将军，出喜峰口。右翼遇敌乌珠穆沁部地，地在古北口东北九百余里，战不利，敌遂越乌珠穆沁而南，至乌兰布通，距京师止七百里，与左翼遇，敌以万驼缚足卧地，背负箱垛，蒙以湿毡为障，士卒于垛隙发火铳，谓之驼城。
清军隔河以炮击驼多毙，阵断为二，步骑争先陷阵，遂破其垒，敌遁而帝舅内大臣佟国纲亦战殁，帝于先数日亦因病回銮。噶尔丹又遣西藏济隆胡土克图来乞和，帝所遣康亲王杰书出归化城截敌归路者，因其乞和，奉裕亲王檄不复邀击。明年，帝出塞，至多伦泊，受喀尔喀各汗各台吉朝，编审旗分，与内蒙四十九旗同列。亲谕喀尔喀左右两翼释憾，特封前被土谢图汗所杀札萨克图汗沙喇之亲弟策旺札布为和硕亲王，代领部众，仍袭汗号，以慰安之，即免土谢图汗擅杀之罪，使归于好。三十一年，立火器营，以用兵征噶尔丹，唯大炮能制胜也。噶尔丹又奏请不敢复乞致土谢图汗，唯哲布尊丹巴为达赖喇嘛弟子，乞送达赖所，达赖使人助之请，帝皆不许。时达赖第五世实已死，其第巴喇嘛所置之行政官。名桑结者，秘不发丧，矫达赖之命行事，与噶尔丹相比昵。噶尔丹阳恭顺中朝，与达赖请上尊号，既却之，又屡书索仇人，阴遣使令内蒙各部叛归己，内蒙以闻。帝以二十九年之役未得志，密令内蒙诸部伪许内应以诱之。三十四年，噶尔丹果南掠，临漠南，久踞不去。
三十五年正月，帝复下诏亲征。二月启行，帝率禁旅由独石口出中路，以黑龙江将军萨布素率东三省兵出东路遏其冲，归化城将军费扬古（即世祖董鄂妃之弟）。甘肃提督孙思克（明王化贞部下叛将孙得功之子），率陕、甘兵出宁夏西路邀其归。噶尔丹畏中国火器，乞援于俄罗斯。俄新与中国定界约和，不许。中路军逼敌境，东路军未至，西路军亦言敌尽焚草地，迂道秣马，粮运又阻雨，士马馁困，乞上援军以待。大臣有请回銮者，帝怒不从，疾趋克鲁伦河，遣使告噶尔丹驾至。噶尔丹不信，登山望见黄幄龙纛，环以幔城，又外为网城，军容山立，大惊拔营宵遁。翌日，大军至河，北岸已无一帐，渡河追之，不及。命内大臣明珠尽运中路粮以济西师，西师已入土谢图汗部地，抵土拉河上之昭莫多。译言谓多树之地。噶尔丹谓精锐毕集御营，西师来者必较易与，费扬古亦以羸师诱之，设伏于林木中，孙思克先以绿旗兵据高阜与战，敌仰攻甚久，伏兵起，敌败溃，乘夜追之，至天明收军，斩降数千，获驼马牛羊庐帐器械无算，噶尔丹妻阿努战死，噶尔丹以数骑遁，帝亲撰铭勒察罕拖诺山及昭莫多之山而还。
噶尔丹之为准噶尔汗也，继其兄僧格之位。僧格子策妄阿喇布坦及索诺木喇布坦。噶尔丹夺策妄阿喇布坦之妻，又杀其弟索诺木喇布坦，策妄阿喇布坦因率兵五千而逃。后噶尔丹往乌兰布通，策妄阿喇布坦尽收噶尔丹之妻子人民而去，遂居回部吐鲁番地。康熙三十年，遣侍读学士达虎赍敕由嘉峪关往吐鲁番颁赏。明年九月，又奉旨差员外郎马迪往，至哈密，为噶尔丹遣属下戕杀。噶尔丹留外蒙久，日思内犯，策妄阿喇布坦潜收准噶尔故地。噶尔丹当袭杀马迪之后，尚有具奏，言：“前为泽卜尊丹巴、土谢图汗陈奏三言，乞以一言为定。初意即欲仰请宏仁，发回七旗于故上，因地方既远，粮食不足，且未归之前，凡所留辎重，俱被策妄阿喇布坦劫去，诸物无存。今唯恃达赖喇嘛之恩，得以安集。谨将从前迟久之处，遣使陈奏，请敕裁断。”云云。
当是时，噶尔丹尚以索畀仇人为言，而其故地为策妄阿喇布坦所劫，亦明知朝廷一再通使，无可隐讳，转以此为所以不能遽离外蒙之故，要亦情见势绌矣。达虎之往，据谕文谓：“闻彼叔侄不睦，故遣达虎往问其故，策妄阿喇布坦请朕加恩，故遣马迪复往颁赐。”盖圣祖侦敌甚悉，早有仇噶尔丹之人，与清廷通使往来，因知准部之根本。又噶尔丹之伎俩，亦经尝试，积年筹计，固知亲征一举，先声即足以夺之。大臣犹以妇人女子之见，劝沮不前，其智固出人君下矣。噶尔丹既怯于禁旅，犹冀逞志于偏师，而费扬古、孙思克俱能不负阃寄，一战而胜，此则命将之不谬，噶尔丹已无施展之余地。嗣是回部迭来输诚，欲复其被夺之地，请与策妄阿喇布坦合谋擒噶尔丹。噶尔丹亦遣使乞降，窥觇朝旨，帝限以七十日，过此即进兵。
三十六年正月，已逾七十日，再诏亲征，哈密已执噶尔丹之子来献。二月启行，启行之日，哈密又擒戕害使臣马迪之凶手来献。噶尔丹所部厄鲁特亦先后来降，益知噶尔丹困极，掘草根为食，虽然终不自归，其倔犟不屈如此。而帝之胜算在握，则固绝无疑义。四月，至狼居胥山，方命回銮，费扬古奏：“厄鲁特丹济拉等来告，闰三月十九日，噶尔丹至阿察阿穆塔台地方，饮药自尽，以其尸及其女钟齐海共率三百户来归。”帝复勒铭于狼居胥山而还，朔漠平。至京师，御门受贺，始用古太学告成礼，盖有志于文治武功，并降三代，亦不自满假之道也。而喀尔喀尽复其故牧地，且摈卫拉特于阿尔泰山之外，渐开唐努乌梁海及科布多之境，于三汗所部以外，于此时则为瓯脱地焉。匈奴自古天骄，元时入居中国则有之，令其诚服内向，前无有也。策妄阿喇布坦绝噶尔丹之归路，乘中国之兵力，而又自恃其险远，尽占准噶尔故土，数十年后，再为中国之边患。
《圣武记》谓准噶尔汗僧格死，其弟噶尔丹杀僧格长子而自立，其次子策妄那布坦与其父旧臣七人逃居吐鲁番。其说微异。僧格与异母兄车臣及卓特巴巴图尔争属产被杀，噶尔丹，乃僧格同母弟，已为僧，事达赖喇嘛于唐古特，奉达赖命归辖其众，执车臣戕之。后杀僧格次子，而策妄阿喇布坦居长，因所聘妻与噶尔丹妻阿努为女兄弟，噶尔丹夺之，乃率所部逃吐鲁番。又《圣武记》言噶尔丹可敦。阿奴被炮毙于昭莫多之战，称其“顾皙敢战，披铜甲，佩弓矢，骑异兽，似驼非驼，精锐悉隶麾下。”此亦附会小说《狼主家风》，未必事实。殷化行《西征纪略》叙昭莫多战云“噶尔丹及其妻阿努娘子等皆冒炮矢，舍骑而斗，锋甚锐”云云。则此战阿努实偕，阿努前为策妄阿喇布坦所掠，康熙三十年，达虎之使吐鲁番，正奉命通问于策妄阿喇布坦及阿努二人。后阿努归噶尔丹而复死于阵。钟齐海即阿努所生，阿努许嫁其女于其弟噶尔直多尔济，噶尔直多尔济自闻于清廷，《东华录》具载之。要之噶尔丹内情，帝得厄鲁特报告甚悉，三驾亲征，乃知彼知己，战必胜攻必克之事。圣祖留心边事，过于朝士大夫，可谓明矣。当时纪载，侈其若何灵异，若何神武，过甚其词，或未可信。
第六、清军进藏
西藏本名唐古特，亦作土伯特，盖即唐宋时所谓吐番，元明始谓之乌斯藏，距印度近，俗喜浮图法，经教至多。元世祖封其高僧八思巴为帝师大宝法王，以领其地。后嗣世袭其号，西藏遂为佛教宗主。明承元旧，其始亦借其教以化俗，尊中国，为行政之便宜而已。中叶以后，所授西天佛子、灌顶国师，错居京师，颇亦乱政。然中国封号，为藏僧承袭，朝贡互市，保世职为土司，终明世不为边患，则驭控之本意亦未为有失。其实藏中佛法，在明时已成末路，所持密宗，为吞刀吐火以炫俗，彼土自行宗教改革早在明中叶以前。僧宗喀巴者，生永乐十五年丁酉，由西宁入藏，得道于甘丹寺，年六十二，成化十四年戊戌示寂。初亦红农习旧教法，既以改革师巫流弊为己任，即会众自黄其衣冠，乃分别旧教为红教，而新教称黄教焉。死时遗嘱二大弟子，世世转生，称“呼毕勒罕”，演大乘教。呼毕勒罕，华言化身也。二弟子：一曰达赖喇嘛，二曰班禅喇嘛。喇嘛华言“无上”。其以二喇嘛传法者，易世互相为师，有所传授也。呼毕勒罕，盖皆死而自知其所往生，常在轮回，本性不昧，弟子辄迎而立之。
观清一代喇嘛之史实，则亦可知其为国家之作用矣。达赖一世敦根珠巴本为王子，受宗喀巴衣钵，若如来之舍位出家，法名为罗伦嘉穆错，既得道，仍以教主作人王，为藏众所宗仰。二世以下，分设理事之佐曰“第巴”等，助教之弟子曰“胡土克图”。时当明正德中，名闻中国，谓能知三生事，人称活佛，帝慕愿见之，命中官刘允乘传往迎，阁部科道交谏不听，珠啡为幡幢，黄金为供具，铸金印，具犒赏，罄竭库储，携盐、茶数十万石，行内江船舶亘二百余里，沿途支官廪驿马，供张将士千余人，所过疲困，往返期以十年，为迎取供养之地。既至藏，达赖避不见，将士怒，胁以威，为其众所败，宝货器械尽失，死伤狼藉。允奔还，戒部下勿言，以空函驰奏，而武宗则已崩矣。世宗既立，旋且奉道而毁佛，世又以喇嘛为有先见。三世锁南嘉穆错（《明史》作锁南坚错），由顺义王俺答迎奉至青海，劝其自通中国，时当万历初，中国始知有活佛，于是红教旧封诸法王皆俯首称弟子，改从黄教。诸部数万里，熬茶膜拜，视若天神，诸王徒拥虚位，号令不行，实权在宗门。
而河套、青海、蒙古亦守其戒，不为钞暴，西边安枕五十余年，亦佛教之效。清初太宗崇德间，由归服之蒙古居间通使，乌斯藏东界连青海，亦唐古特同族，明为西番地。明末厄鲁特蒙古和硕特部顾实汗以兵吞青海，并及乌斯藏之喀木地（喀木今称西康）。达赖居前藏曰卫，而旧袭王位曰藏巴汗者居后藏。时为达赖四世云丹嘉穆错，其第巴复乞兵于青海顾实汗，击藏巴杀之，顾实汗遂以班禅居后藏，而遣长子达延居藏辖其众，号鄂齐尔汗，第六子多尔济佐之，号达赖巴图尔台吉。世祖统一中国，二喇嘛迭来贡献，顺治九年来朝，奏请在归化城或代噶觐见，盖欲帝远迎。下廷臣议，满大臣请无失蒙古心，汉大臣争以为不同，世祖从汉大臣议。十三年，西藏阐化王来贡，询系第巴冒称。阐化王自明初为唐古特国主，为藏巴所破，已隶于藏巴，藏巴又被戕，乃由顾实汗以阐化王给第巴。诏诘第巴罪，时主藏事者实为顾实汗之子鄂尔齐汗。康熙九年，鄂尔齐汗卒，子朋素克嗣，号达赖汗。十三年，吴三桂既叛，谕达赖喇嘛：“若三桂窜藏即擒献。”喇嘛奏称：“若欲征兵，可召青海达赖巴图台吉相援。”达赖巴图台吉即达赖汗也。