正蓝旗旗主为莽古尔泰，既见上矣。至此旗为太宗所吞并，即在本年，正可与正红旗之待遇相较。盖代善之罪，经诸贝勒大臣、八固山额真、六部承政审拟毕，议请应革大贝勒名号，削和硕贝勒，夺十牛录属人，罚雕鞍马十、甲胄十、银万两，仍罚九马与九贝勒。（斯时除代善父子外，可知执政之贝勒盖有九人。）萨哈廉贝勒应罚雕鞍马五、空马五、银二千两，夺二牛录属人。奏入，上免之。罚代善、萨哈廉银马甲胄，然则聊以示威而已。正蓝旗贝勒之狱，则在是年十二月，相距不过三月耳。唯在莽古尔泰死后，并在其同母弟德格类死后，未尝及身受戮。此亦太祖所训宁待天诛，勿兄弟间自相推刃之影响也。但固山则为太宗所并，是为后世天子自将三旗之由来。然自将三旗，后世乃以两黄及正白为上三旗，尚非此正蓝旗，此则顺治间之转换，别详于后。今先详正蓝旗之归结。
《东华录》：“天聪六年十二月乙丑，和硕贝勒莽古尔泰薨，年四十六。上临哭之，摘缨，服丧服，居殿侧门内。丙寅，送灵舆至寝园，始还宫。”
又：“天聪九年十月己卯，管理户部事和硕贝勒德格类薨，年四十。上临其丧，哭之恸，漏尽三鼓方还。于楼前设幄而居，撤馔三日，哀甚。诸贝勒大臣劝至再三，上乃还宫。”
又：“十二月辛巳，先是，贝勒莽古尔泰与其女弟莽古济格格，格格之夫敖汉部琐诺木杜棱，于贝勒德格类、屯布禄、爱巴礼、冷僧机等前，对佛跪焚誓词云：‘我已结怨皇上，尔等助我，事济之后，如视尔等不如我身者，天其鉴之！’琐诺木及其妻誓云：‘我等阳事皇上，而阴助尔，如不践言，天其鉴之！’未几，莽古尔泰中暴疾，不能言而死。德格类亦如其兄病死。冷僧机首于刑部贝勒济尔哈郎，琐诺木亦首于达雅齐国舅阿什达尔汉。（阿什达尔汉为叶赫金台什族弟，故为大宗诸舅，称之曰达雅齐国舅。）随奏闻于上。诸贝勒大臣等会审得实，莽古济格格并其夫琐诺木，及莽古尔泰、德格类之妻子，同谋屯布禄、爱巴礼，阖门皆论死；冷僧机免坐，亦无功。二贝勒属人财产，议归皇上。上以冷僧机宜叙功，财产七旗均分。命集文馆诸儒臣再议。
寻议莽古济格格谋逆，不可逭诛，两贝勒妻子应处斩，若上欲宽宥，亦当幽禁。冷僧机宜叙功。琐诺木昔佯醉痛哭，言上何故唯兄弟是信，上在，则我蒙古得遂其生，否则我蒙古不知作何状矣。（此事亦见前议红旗贝勒罪时，涉及哈达莽古济格格，情节宜互详。）上亦微喻其意。彼时上待莽古尔泰、德格类、莽古济，正在宠眷之际，琐诺木虽欲直言，岂容轻出诸口。今琐诺木先行举首，应否免罪，伏候上裁。至屯布禄、爱巴礼，罪应族诛。两贝勒族人户口，应全归上。古人云：‘勿使都邑大于邦国，国寡都众，乱之本也。’如上与诸贝勒一例分取，则上下无所辨别矣。于是诸贝勒大臣覆奏，诛莽古济，免琐诺木罪。先是，莽古尔泰子额必伦曾言：‘我父在大凌河露刃时（事在天聪五年八月），我若在彼，必刃加皇上，我亦与我父同死矣。
’其兄光衮首告，上隐其事。至是罪发，乃诛额必伦。莽古济长女为岳托贝勒妻，次女为豪格贝勒妻。豪格曰：‘格格既欲谋害吾父，吾岂可与谋害我父之女同处乎？’遂杀其妻。岳托亦请杀其妻，上止之。昂阿喇以知情处死。（昂阿喇为莽古尔泰母先适人所生子，盖其同母异父兄也。）屯布禄、爱巴礼及其亲支兄弟子侄，磔于市。授冷僧机世袭三等梅勒章京。以爱巴礼、屯布禄家产给之，免其徭役，赐以敕书。莽古尔泰子迈达礼、光衮、阿喀达舒，孙噶纳海，德格类子邓什库等，俱黜为庶人。二贝勒属人财产俱归上。赐豪格八牛录属人，阿巴泰三牛录属人，其余庄田财物量给众人。以正蓝旗入上旗，分编为二旗，以谭泰为正黄旗固山额真，宗室拜尹图为镶黄旗固山额真。后籍莽古尔泰家，获所造木牌印十六，文曰‘金国皇帝之印’，于是携至大廷，召贝勒臣民，以叛逆实状晓谕于中外。”
正蓝旗于是归为太宗，并入两黄旗，别设两固山额真，则是两黄旗有四旗，而其实则正蓝一旗分为两也。此与后来自将上三旗之方式不同，直是消灭一正蓝旗，而由两黄旗分辖其众，又不径入两黄旗，乃成原设两黄旗，后又分正蓝旗为新两黄旗，皆归自将，几乎破八旗之定制矣。要为八固山少一强宗，始为太祖遗训痛革其理想之流弊。
莽古尔泰之积衅，据《实录》之已见《东华录》者，所载亦夥。其应否消灭此一固山，却与莽古尔泰之罪状无涉。推太祖之意，将永存八固山之制，则以其属人更立一固山贝勒可也。乃诸贝勒等议以归上，太宗不能泰然承受，而曰财产七旗均分，又命文馆儒臣再议。夫分财产非分其人众也，结果庄田财物量给众人，即七旗均分之谓矣。太宗之意，非利其财产，而特欲并其人众，以去一逼，故不更由诸贝勒议，而由儒臣议。儒臣乃以“大都祸国，乱之本也”之古训，明示八固山平列之制当除，于是有此改革。若蓝旗贝勒之罪状，则转为藉端焉耳。兹并撮其衅之所由生，为太宗兄弟间明其变态。
据《实录》，癸巳年九国来侵，太祖安寝，衮代皇后推醒，问是昏昧，抑是畏惧？则天聪间尚以皇后称之。至乾隆修本则改作妃富察氏。此大归事，《实录》不载，而《老档》详之。莽古尔泰之弑母，亦见《太宗实录》。《东华录》所录太宗谓皇考于莽古尔泰一无所与，故倚朕为生，后弑母邀功，乃令附养于德格类贝勒家云云，语殊矛盾。壬子年已见莽古尔泰与太宗同击兀喇贝勒布占泰，则固早从征伐。后于天命元年，同为和硕贝勒，称三贝勒，亦称三王，即自有一固山之属人及财产，何至倚其弟为生，乃至天命五年以后，借弑母邀功，始令附养于其同母弟家耶？语不近情，则知太宗之罪状莽古尔泰，不必符于事实，不过欲杀兄以殖己之势耳。
《清史稿·公主表》有嫁琐诺木之莽占济公主，又称太祖有女嫁吴尔古代，不知所自出，列为两人，盖未考也。莽姑姬之名，后修《实录》删去，故列表时失照，其实太祖之女，《旧实录》皆载其名，名下皆有姐字，此亦系蒙古姐耳。至其得罪太宗，则在天聪九年。
《东华录》：“天聪九年九月丁巳，诸贝勒议奏，贝勒豪格娶察哈尔汗伯奇福金，阿巴泰娶察哈尔汗俄尔哲图福金，上俞其请。时上姊莽古济公主闻之曰：‘吾女尚在，何得又与豪格贝勒一妻也。’遂怨上。辛未，上还宫，是日移营将还，大贝勒代善以子尼堪祐塞病，遂率本旗人员各自行猎，远驻营。时哈达公主怨上，欲先归，经代善营前，代善命其福金等往邀，复亲迎入帐大宴之，赠以财帛。上闻之大怒，遣人诣代善及其子萨哈廉所，诘之曰：‘尔自率本旗人另行另止，邀怨朕之哈达公主至营，设宴馈物，以马送归。尔萨哈廉，身任礼部，尔父妄行，何竟无一言耶？’”
明日壬申，议大贝勒罪，并议哈达公主罪，上皆免之。于大贝勒罚银马甲胄，哈达公主亦仅禁其与亲戚往来。至十二月遂成大狱，而正蓝旗为太宗所并。又其先有处分镶蓝旗事。
镶蓝旗主为二贝勒阿敏，太宗亦先于天聪四年六月乙卯，宣谕阿敏罪状十六款。盖以阿敏等弃永平四城而归，因并及他罪，免死幽禁，夺所属人口奴仆财物牲畜，及其子洪可泰人口奴仆牲畜，俱给济尔哈郎。镶蓝旗旗主遂由阿敏转为济尔哈郎。其未能夺之者，济尔哈郎原为天命年间和硕贝勒，未能主一固山，在太祖遗属中有四大王四小王为八固山之训，后止有阿济格、多尔衮、多铎为三小王，若增足四小王，本应无越于济尔哈郎之上者，而镶蓝旗遂为济尔哈郎所专有。至世祖入关，济尔哈郎被贝子屯齐等讦告：当上迁都燕京时，将其所率本旗原定在后之镶蓝旗同上前行，近上立营，又将原定在后之正蓝旗，令在镶白旗前行。革去亲王爵，降为郡王，罚银五千两，夺所属三牛录。此由世祖即位时，济尔哈郎原与睿王同为摄政，至睿王独定中原，功高专政，不平相轧，遂为睿王所倾，有此微谴；未几复爵。及睿王薨，且极挤睿王，定其罪案，报复甚力。此不具论。但可证济尔哈郎之保有镶蓝旗，又可证正蓝旗并入两黄旗，旗色未变，特于两黄旗添设固山额真以辖之耳。
两黄、两蓝、正红共五旗，既皆考得旗主，余两白及镶红三旗，自必即为阿济格、多尔衮、多铎所主。三人皆一母所生，阿济格固用事在天命间，而多尔衮、多铎于太祖崩时，一年止十五，一止十三，乃先诸兄而均主全旗，自缘母宠子爱，英雄末年，独眷少子。太宗乃挟诸贝勒逼三人之母身殉。此亦伦理之一变，为清室后来所讳言，唯《武皇帝实录》详载之，改修《实录》既定，一代无知此事者。
清一代所纪八旗，分上三旗为天子自将，下五旗为诸王、贝勒、贝子、公分封之地。上三旗为两黄、正白。夫两黄之属天子，太宗嗣位时早如此，已见前矣。正白则摄政时确属睿王，其归入上三旗，必在籍没睿王家产之日。英、睿二王皆为罪人，当时朝廷力能处分者，盖有两白、正蓝、镶红四旗。其镶白旗，以豫王已前殁，此时难理其罪。世祖既取睿王之正白旗，仍放正蓝、镶红两旗，为任便封殖宗藩之用，但非八贝勒原来之旧势力，则固已不足挟太祖遗训与天子抗衡。而正红之礼王代善，镶蓝之郑王济尔哈郎，各挟旧日之固山，亦已孤弱。今检顺治以后，下五旗之设定包衣佐领，则知皇子以下就封，由朝廷任指某旗，入为之主，亦一旗非复一主。从前一旗中有爵者亦不止一人，但多系本旗主之亲子弟，若德格类之亦称蓝旗贝勒，则固莽古尔泰之同母弟也。其他类推。
《东华录》：“康熙四十八年正月甲午，谕满、汉诸臣，中有云：‘马齐、佟国维与允褆为党，倡言欲立允禩为皇太子，殊属可恨！’又云：‘马齐原系蓝旗贝勒德格类属下之人，陷害本旗贝勒，投入上三旗，问其族中有一人身历戎行而阵亡者乎？’”
据圣祖之言，蓝旗贝勒为德格类。在天聪六年，治蓝旗贝勒莽古尔泰之罪，牵及德格类。今观此谕，则德格类亦在蓝旗中称贝勒，亦自有属人，亦似与其兄各分所辖者。当时一旗容一旗之子弟，如济尔哈郎未得阿敏之遗业时，亦必在阿敏之镶蓝旗中，自有分得之所属。太祖于八固山，本以八家为言，指其所爱或所重，为八固山之主，而其余子弟，固皆待八固山收恤之。特由各固山自优其所亲，非其所亲，则属旗下为属人而已。太祖之制，本不得为通法，太宗以来，刻刻改革，至睿王而固山之畛域又加强固。英王内讧，仇敌得间，乃一举而奉之朝廷，此八固山制之一大变革也。今检嘉庆初所成之《重修八旗通志》，于其下五旗设立之包农佐领，可见各旗之入而为主之王公，皆时君随意指封，略无太祖八固山之遗意矣。
考包衣之名，“包”者，满洲语“家”也。房屋亦谓之包，蒙古毡帐，谓之“蒙古包”，世以其为毡帐而始名包，其实不然，即谓蒙古人之家耳，虽不毡帐亦当谓之包也。“衣”者，虚字，犹汉文“之”字。“包衣牛录额真”即“家之佐领”。旗制以固山额真后改名都统者，为一旗之长官。在八贝勒尊贵时，都统乃本旗旗主之臣，君臣之分甚严。然八旗之臣，合之亦皆当为国家效力。佐都统者每旗两梅勒额真，额真既改章京，又改汉名为副都统。下分五甲喇，始称甲喇额真，继改甲喇章京，又改汉名为参领。一参领辖五牛录，始称牛录额真，继改牛录章京，又改汉名为佐领。此皆以固山之臣，应效国家之用。别设包衣参领佐领，则专为家之舆台奴仆，即有时亦随主驰驱，乃家丁分外之奋勇，家主例外之报效，立功后或由家主之赏拔，可以抬入本旗。此下五旗包衣之制也。
上三旗则由天子自将，其初八旗本无别，皆以固山奉职于国，包衣（二字原不成名词，后则作为职名）奉职于家。其后上三旗体制高贵，奉天子之家事，即谓之内廷差使，是为内务府衙门。内务府大臣原名包衣昂邦，昂邦者总管之谓。凡各省驻防，必设昂邦章京，后即改名总管。其源起于世祖入关，于盛京设昂邦章京，即汉文中之留守。后推之各省驻防，又改名为将军，其下辖副都统。所以不称都统者，都统专理旗务，留守及驻防对一省有政治之关系，非止理本旗之务也，是以谓之总管。而包衣昂邦，实为家之总管，当其称此名时，犹无特别尊严之意，至称内务府大臣，在汉文中表示为天子暬御之长，其名义亦化家为国矣。
清代宫禁，制御阉官，较明代为清肃，此亦得力于内务府之有大臣。纵为旗下人所任之官，究非刑余私昵，若明之司礼秉笔等太监比也。清代因其家事，原在部落时代，为兵法所部勒，故较汉人认妇人女子为家者有别。清之内务府，可比于各君主国之宫内省，不至如明代宫阉之黑暗，此由其故习而来。世祖虽设十三衙门，复明之宦官，非固山耳目所习，故世祖崩而又复包衣之旧。夫上三旗已化家为国，不复为宗藩私擅之资，可以别论。欲考见八固山迁流之迹，亦能化家为国，一固山非复一家独擅之武力。虽裁之以法制，尚待世宗之朝，而顺康以来，以渐蜕化，直至乾隆末为止，见之《八旗通志》者，辑而录之，可见其绝非太祖制定之八固山，亦非顺治初诸王分占之八旗矣。