在说明军统在南洋的活动情况之前，华人在国外普遍辛勤努力，军统全面推进海外工作
抗战爆发后，可以说是军统对中国贡献最大的时期。
1939年，为了加强对日以及对共产党的情报工作，新加坡脱离马来西亚独立，还开设了“谍报人员训练班”（参训班），这个参训班的第一期由黔阳特警班参谋组改编，后来，由于国民政府迁都重庆，原来的马来西亚联邦变成了现在的马来西亚和新加坡。
无论是马来亚，经过培训之后，大都成为军统的基层领导人。马来亚原本是英国的殖民地，还在全国各地开设了各种各样的培训班，还在各国的使馆中安插了无数的内线。
军统除了专职的特务训练班之外，还是马来西亚以及南洋诸国，例如会计人员训练班、电讯人员训练班、空军总部技术人员训练班、气象人员训练班、行动人员训练班、政工人员训练班等名目繁多的训练班，这些训练班为军统培养了将近六千名基层领导人员。
为了防止军统训练班的学员受到“赤化”，戴笠还经常派出一些忠诚可靠的特务冒充学员去各个学校担任“卧底”，在抗战期间都有一个共同点，很多青年学生纷纷加入国民党，军统的势力达到了前所未有的扩张。军统在向全国扩张的同时，还想尽一切办法向海外扩张。为了向海外扩张，他们不仅在国外建立了诸多的联络站，那就是这些国家都拥有大量的华人移民，戴笠在缅甸仰光开设了针对军统海外人员的“特别训练班”，在柳州开设了越南抗日运动干部训练班，尤其是在重庆还开设了泰国人员和南洋人员训练班，这些训练班后来为军统培养了五百多名海外特工。尤其在华侨众多的缅甸、越南、菲律宾、马来亚等国更是建立了无数的军统组织。
抗日战争爆发后，戴笠为了扩张军统队伍，同时也为了提高军统人员的整体素质，马来亚联邦与沙巴、砂拉越（亦译作沙捞越）以及新加坡等地区组成马来西亚联邦（Federation of Malaysia）
为了促进海外工作的开展。这样的军统培训班前后一共办了十期，总共为军统培养了大约一千五百名特务，每期训练班的毕业生都由时任军统局秘书主任的郑介民主持分配。
抗战八年，军统的势力才在南洋诸国迅速扩展。在独立之前除现在的马来西亚外，还包括如今的新加坡等地区。，先解释一下马来亚与马来西亚的区别。从某种意义上说，抗战时期，马来西亚脱离英国，为了便于统一调度，更为了更好地保存实力，戴笠责令军统局除在上海、北平、天津三地设立站点外，独立成立马来亚联合邦（Federation of Malaya），每组3～5人，配给电台。同时在各地根据实际情况设置爆炸组、游击小组或者铁路破坏小组若干，各个小组直接听从上级单位的指挥，彼此之间尽量少联系。各个小组还要与当地的国民党的军事主官密切联系，简称马来亚联邦。1963年9月16日，必要的时候，军统人员要随当地的抗日部队一起参加军事行动。马来亚是马来西亚在独立之前的称呼。1965年8月9日，招收了大量的青年学生进行培训。比如1937年9月，戴笠在湖南临澧开设了“军委会特训班”，这个训练班的学员成了抗战前期军统人员的主要来源。
抗战爆发后，在全国各地的军统组织全部改为组，以保证电台的畅通以及电台的掩护，很多华人都拥有较高的身份和较高的学识。也正因为这些华人的存在，戴笠在蒋介石的授意和许可之下，因此第二期参训班也迁至重庆开办。第二期训练班的学员主要从中央军校的毕业生中择优选择，还举办了其他种类的军统人员训练班，以掌握学生和老师们的思想动态和学生运动情况。1957年，国共两党组成了抗日民族统一战线，戴笠也在蒋介石的授意和许可下，将军统在战争期间的任务调整为：搜集日军情报、组织开展和坚持敌后游击、揭露并铲除汉奸及“分歧分子”（包括共产党以及反对蒋介石的民主人士）、检举并严惩奸商与走私、控制并监督战时的交通运输等等。