然而，李宗黄不但没有接受学生们的条件，反而决定以武装镇压的方式对付手无寸铁的学生。后来陈立夫、叶秀峰纷纷致电，要求李宗黄下手要果断，不能心慈手软，出了问题中统局顶着。于是李宗黄与关麟征密谋：采用“组织对组织”的老办法，收买一群地痞流氓，然后让其成立组织，然后将“组织”交由中统局指挥，争取一举打掉“学生团老窝”！
李宗黄按照陈立夫的要求马上拟定了一份密电，密电如下：“各大中学校学生全体罢课，倘再演变，难免有集会游行暴动等情势发生，为加强防备起见，本市党国当局已开会决定，发动召集党团员以实际组织宣传行动相机对付，已经分别进行办理。除分函各工厂机关查照外，兹指定该党部应召党员250人，以10人为一组，设组长1人，并由该党部负责人为领队，旋即就所有党员中选择优秀干练者编足人数，造具名册，并由领队人于明日下午2时亲自呈送来会，以便编组并参加本会召集的会议。切速勿延为要！”
为了搞好这次行动，李宗黄从省里拨款200万元用以雇佣流氓、打手以及购买棍棒、铁尺等武器，而后按照“组织对组织”的要求成立了一个“反罢课委员会”的组织，先后在市区街道、学校附近张贴标语，并对爱国学生进行恐吓、围殴等，阻止学生进行宣传活动。
11月29日，昆明市再次举行大规模的示威游行活动，除学校学生外，还有许多市民也加入游行运动中。
11月30日，也就是“一二·一”惨案的前一天，其中一群学生遭到了“反罢课委员会”的流氓特务的袭击，其中造成两人重伤，多人轻伤。
12月1日上午11点，昆明三青团支团秘书兼宣传组长周冲接到李宗黄的指令后，带着大批武装分子开始对昆明的大中学校进行冲击。
首先遭到冲击的是云南大学，一群手持棍棒的流氓、特务冲进校门，不管三七二十一见人就打。
紧接着，另外一群武装警察则拿着棍棒、钢管等武器冲击西南联大的校门。学生们抵挡了一会儿，便被这些流氓冲开了。
西南联大的著名教授冯友兰后来回忆道：“我在家里，忽然听到联大新校舍内发出两阵手榴弹爆炸的声音，看到吴晗匆匆地从家里跑出来，对我说：开火了，杀人了，学校赶紧想办法。吴晗同我所住的西仓坡联大家属宿舍，也有许多戴着歪帽子、流氓打扮的人进进出出，显然是特务来威胁。后来又有人来说，新校舍墙内落了手榴弹，炸死了4个学生。事态更加扩大了！”（选自《冯友兰回忆录》）惨案就这样发生了，无辜的学生遭到武装歹徒的残忍殴打，最终导致4人死亡、29人重伤。其中无辜死去的4名师生依次是张华昌、李鲁连、潘琰和年轻教员于再。
“一二·一”惨案发生后，引发各界强烈关注，过去那些不关心政治的大学教授也纷纷站出来谴责国民党的无耻行径。12月2日下午，联大举行校务会议。其中联大教授叶企孙、查良钊、袁复礼等分别在会议上讲话，并分析了当前的形势以及对受害者的处理意见。后来会议通过了五项决议：
一、推派周炳琳、汤用彤、霍炳权参加受害者的入殓仪式，代表本会同人致吊，并代表同人向受伤者致以慰问。
二、请主席向地方军政当局交涉，万一学生坚持抬棺游行，请准予进行。
三、建议学校拨校园地以安葬本校死难两位同学。
四、接受助教28人建议书中关于法律部分，组织法律委员会，负责研讨。法律委员会由周炳琳、钱端升、费青、燕树堂等人及建议书具名之法律系助教两人充任之。
五、罢教问题延缓讨论。
“罢教”是著名学者闻一多提出来的，惨案发生当晚，中共联大党组织和民青负责人洪季凯向闻一多、吴晗等人介绍了坚持、扩大斗争的方针和民青、罢联的部署，后来几个人表示赞同。但是“罢教”不是小事情，一度在联大校内引起争论。于是围绕“罢教”，联大内部再次举行讨论会，后来决定以投票的方式决定。经过最后投票表决，其中赞成停课者61人，赞成罢教者19人。
讨论会又通过了七项决议，决议如下：
一、法律委员会委员除上次会议推定之人外，再加请蔡枢衡、章剑、李士彤及助教丁则良参加工作；
二、委托校务会议招待中外新闻记者，并以书面说明此项事件真相；
三、电请三常委即日返昆主持校务；
四、委托法律委员会搜集有关本次事件之史料；
五、自即日起本校停课七天，对死难学生表示哀悼，对受伤师生表示慰问，并对地方当局不法之横暴表示抗议；
六、由校务会议迅速设法劝导学生复课；
七、促法律委员会加紧工作，务期早日惩凶及取消非法禁止集会之命令。
这次议会虽然没有达成“罢教”，但是如此大规模的“停课”也是联大历史上从未有过的。后来昆明罢课委员会为殉难烈士成立了治丧委员会，并将烈士的遗体摆放在西南联大校园里，图书馆变为灵堂，四壁挂着各界爱国人士题送的上千件挽联。
从12月4日起，“灵堂”举行公祭，在一个半月内，竟然又有一半以上的昆明人前来祭奠，并收到公祭费用3000万法币。
与此同时，12月4日，昆明市400余名大中学老师公开声明：无限期停课，直到学生复课为止。
“停课”风潮迅速席卷整个中国，浙江大学、武汉大学、四川大学、广西大学等高校也纷纷采取这种方式谴责国民党政府，以实际行动声援昆明学生运动。除此之外，美国总统杜鲁门也对此发表声明并派马歇尔来华调停国共军事冲突，苏联、美国、英国等外长发表公报要求中国停止内部冲突。因为此次“镇压事件”，国民党政府可谓四面楚歌，逼迫蒋介石必须在最短的时间内挽回其政治影响。
12月7日，延安《解放日报》发表社论《昆明惨案》，强烈谴责国民党的暴行，声援、支持昆明学生的爱国运动。
与此同时，以联大为首的昆明各大院校共同发表《为“一二·一”死难烈士举殡告全国同胞书》，并提出：
一、严惩12月1日的主谋李宗黄、关麟征等人；
二、当局应负担死难同学之抚恤费、受伤同学医药费；
三、赔偿一切公私损失。
对于昆明师生提出的要求，云南省主席卢汉只是答应了部分承诺，能拖则拖，反而恐吓“停课”的师生：“若再不复课，听其酝酿演变，倘至理智不能控制情感之时，其后果宁复忍言！”卢汉的这种态度再次将矛盾激化。
12月9日，延安各界举行了大规模集会，控诉国民党特务暴行，声援昆明学生的正义斗争，周恩来、吴玉章等领导人还发表了演说。重庆各界三千多人也在同一天举行了追悼大会，郭沫若、沈钧儒等在追悼会上怒斥国民党及其军警、特务杀害无辜学生的罪行，要求惩办制造这起大惨案的凶手。
国民党为了劝学生“复课”，也是费了“一番苦心”！尤其是傅斯年（西南联大教授、北京大学代校长，“四一二事变”发生后曾一度支持清党，政治上反共），此人为劝学生复课，可谓“苦口婆心”一番。他先是以一副“悲天悯人”的情怀站在昆明师生一边讨伐关麟征，而后又为自己摆出“贞节牌坊”，说自己是一个有良心的中国人，最后傅斯年脸色一变，说出实话：“赶紧开课，否则蒋介石发火了，一怒之下解散联大，把学生编入青年军！”
许多教授还是信了傅斯年的话，为避免以上情况发生，遂再次做出六项决议：
一、用本会名义函朱经农次长，请教育部转达政府：本会认为对于此次惨案应严惩凶犯及主使人，其中有负行政责任者，尤应先行撤职；
二、本会应竭力求上列议案中之办法尽早实现；
三、本会应即劝告学生复课；
四、接受法律委员会所草拟之呈检察院文；
五、其余各项呈文授权法律委员会全权办理；
六、招待新闻记者之书面说明改用书面分送各报馆。
此次决议似乎是一语双关的，既表明严惩凶手的态度，也表态尽力复课。
傅斯年又借题发挥，借主持学校常委会抛出一决定：联大从17日起一律照常上课！但是这个决定立刻遭到学生们的反对。
傅斯年费尽心思，没想到17日一到，课堂上依旧十分安静，一个上课的学生也没有。此事令蒋介石非常生气，蒋介石怒道：“娘希匹，连几个学生都搞不定，简直辜负了党国的精心培养！”
傅斯年挨了骂，于是迫切需要在“复课”方面找到尊严。于是他继续声嘶力竭呼吁并威胁学生：如果再不复课，西南联大教授集体下岗。随后西南联大召开第五次教授会议，以“教授以辞职相要挟逼迫学生复课”为题，再次进行了一百八十回合的大讨论。其中一半支持傅斯年的“复课”，一半支持闻一多的“停课”，傅斯年与闻一多只能再度华山论剑。
闻一多质问傅斯年：“学生以身家性命为代价换来的局面，怎么能说拉倒就拉倒？”
傅斯年竟然撕破脸与闻一多针锋相对：“此种局面，完全被某些特殊党派利用！有些人声嘶力竭以学生当政治堡垒，不如滚出去！”
闻一多见傅斯年已经歇斯底里、不可救药，于是怒斥傅斯年：“家长送孩子来学校学习，没想到自己的孩子却被人杀死在学校里。你一学生的老师怎能撒手不管？简直惨无人道！”
鉴于这种情况，会议只好做出“妥协”建议，建议有三条：
一、本会代表于明天上午9时召集学生自治会全体代表，劝导学生复课，并听取意见；
二、明日下午3时，请各系分别召集本系全体学生，由本系全体教授出席与学生对话；
三、劝导学生时与其说明本星期四务必复课，如不肯复课，教授同人只好辞职。
“矛盾”在西南联大教授群里越来越尖锐，在学生里面也是如此。有的学生坚持“罢课”，并且流露出一种“一罢到底”的情绪。而另外一群学生在纷纷扰扰中渴望上课，如此情形令西南联大校长梅贻琦十分纠结。后来梅贻琦与闻一多等人恳谈多时，学生不再坚持“罢课”，表态愿意与国民政府进一步交涉。翌日，梅贻琦带着学生的“说法”致电国民党政府。而国民党政府在四面压力下做出了退步，同意对李宗黄、关麟征等进行撤职处罚。
12月27日，停课已久的昆明各大学校终于复课！
1946年的3月17日，昆明市学联为四名烈士进行“出殡”大游行。这一次游行，共有3万余名大学生以及社会人士参加，他们佩戴挽纱，庄严、悲伤地走过昆明各大街头，并沿街散发《为“一二·一”死难烈士举殡告全国同胞书》、《告三迤父老书》等，后来著名学者闻一多、吴晗等人做了悲愤、感人的讲话，可以说“一二·一”运动是一次非常成功的学生运动。
“一二·一”引起了全国人民的强烈不满，在全国人民的支持下，昆明罢课委员会向国民党政府提出“严惩凶手，保障人身自由，取消非法禁令”等要求后，云南省政府被迫公开接受。惨案制造者李宗黄和关麟征被国民党政府调离云南。后来又在学生们的强烈要求下，政府当局举行记者招待会，正式公布了“一二·一”惨案的发生经过。
后来得知此消息，叶秀峰先是震惊，而后又是失落。没想到他的“如意算盘”再次落空了。于是他致电陈立夫，问：“记者招待会的事情你知道了吧？这群学生简直无法无天了！”
“这足够说明背后有共产党为之撑腰啊！你不要灰心，革命工作是漫长的，不要在乎这一步棋的得失！”陈立夫出奇地冷静，他鼓励叶秀峰：“这次任务你完成得很好，已经起到了震慑作用，下一步就要挖出教唆学生对抗政府的共党分子！”
被“撤职的”李宗黄回到重庆后，也得到了陈立夫的正面评价：“你这段时间辛苦了，回来休息一阵也好。等事态平息下去了，我再在总裁面前建议重新给你安排工作。”果然，在陈立夫的安排下，李宗黄上任国民党中央党政考核委员会秘书长，而关麟征也被蒋介石任命为陆军军官学校教育长，蒋还亲自给他颁授一枚勋章。