与张氏不同，稍后的王念孙则纯粹站在考据学的立场上整理《墨子》一书。在其名著《读书杂志》（1831）中，王氏专辟《读墨子杂志》6卷，对墨书摘条进行校注。由于王氏为清代考据学巨子，所以他的成就尤在毕、张诸人之上。近人陈柱称其书有四大特色：一曰改正错简；二曰发明古义；三曰因传写之伪以考见古字；四曰阐明同声通假之字。这些均非溢美之言。其他不说，单是改正错简一条，王氏就更正了《尚贤下》等篇近十处，字数少则十余字，多则三百余字。而前此卢文弨所改者，仅《辞过》篇一条而已。由此就足以见出王氏学问之精卓了。
乾嘉年间是考据学鼎盛时期，有这么多著名的学者参与对《墨子》一书的考校，对墨学来说实是幸事。尽管墨家的思想仍然没有受到公正的对待（除了个别人外），尽管学者们的立场尚未脱出援墨注儒的樊篱，但和过去的沉埋终古相比，《墨子》一书总算有了差强人意的版本，语言文字得到了一定程度的梳理，历史上遗留下来的某些问题（如旁行句读）大致恢复了旧观，这为后来墨学的复兴奠定了基础。要是没有乾嘉时期这些汉学家们的努力，墨学能不能引起19世纪后半期知识界的广泛注意以及20世纪前半期的空前热潮，这都是令人十分怀疑的事。
二、同光时期
在近代墨学史上，同光时期是一个非常重要的时期。乾嘉年间汉学家们之所以从事《墨子》书的校注，主要是出于援墨注儒、以子证经的目的。到了同治、光绪年间，人们谈论或研究墨学，多是由于墨学本身的价值。这一时期，除了注解和研究《墨子》书的人越来越多之外，人们对墨学的评价日趋公允，墨家精神亦开始有人提倡。正是在这个意义上，我们说墨学在衰微之后近两千年才第一次实现了真正的复兴。
1. 墨学的复兴
同、光年间，墨学之所以能够重新引起思想界和学术界的广泛注意，大概有以下两个方面的原因：
第一，御侮自强的需要。1840年中英鸦片战争的爆发，标志着中国历史进入了一个新的时期。从此帝国主义的侵略和中国人民的反抗构成了历史发展的主旋律。由于列强的侵略，中国始终潜伏着亡国灭种的危险。如果说在第一次鸦片战争时期人们还没有充分意识到这一点的话，那么，进入19世纪60年代以后，许多知识分子和官僚都逐渐意识到了日渐逼近的危险。在这种危机意识的支配下，他们试图从传统中寻求有助于御侮自强的资源，而墨家在反抗侵略和舍身救世两个方面刚好可以满足人们的需求。在中国历史上，墨家是最具有献身精神的学派之一：摩顶放踵、利天下为之是墨者追求的目标，赴火蹈刃、死不旋踵则是墨者的行为准则。这种精神和风范在中国近代那种民族危亡时期是最最亟须的。另外，墨家崇尚非攻、自卫，也为近代知识分子提供了处理国际关系的根据。
第二，回应“西学”的需要。“西学”是随着西方的坚船利炮而来的，起初，“西学”的内涵比较狭窄，只是指西方的科学和一些实用技术，随着中西交往的逐步增多，“西学”的内涵扩展到包括宗教、文化、政治经济制度等十分广泛的内容。由于中西文化是两种完全不同的异质文化，人们对西学的理解需要有一个“格义”的过程，亦即借助自己原有的知识去比附和沟通它。而墨家，由于其重视科学、鼓吹无差别的爱等独特性格，成了近代知识分子理解西学的一个重要的参照系。当时广泛盛行的“西学墨源”说便是这种思路的产物，尽管这种说法在事实上是站不住脚的，但它却有助于引发人们对墨学的兴趣。
由于以上两种原因，近代思想界和学术界出现了一种相当奇特的现象，即无论是激进的改革家还是顽固的保守派，都几乎众口一词地推崇起墨学来了。这对推动墨学的复兴无疑是一种不小的助力。
纵观19世纪最后40年间的思想界，墨学的发展呈现出了许多不同于乾嘉时期的新动向：
第一，在儒墨关系上，评价趋于和缓。乾嘉时期的汪中因为替墨子辩护，竟被目为名教之罪人，而19世纪晚期的学者们大都能够承认墨家亦有儒学所不可替代的优点。如曾出使欧西的黎庶昌就认为：“墨道，夏道也。今泰西各国耶稣天主教盛行尊天明鬼兼爱尚同，其术碻然本诸墨子而立国且数千百年不败，以此见天地之道之大，非执儒之一涂所能尽。昌黎韩愈称孔墨相为用，孔必用墨，墨必用孔，岂虚语哉？”陈澧亦云：“墨翟兼爱非攻，人来攻则我坚守，何以为守？蕃其人民，积其货财，精其器械，而又志在必死，则可以守矣。此墨翟之长也。”晚清经学大师俞樾声称：“墨子则达于天人之理，熟于事物之情，又深察春秋战国百余年间时势之变，欲补弊扶偏，以复之于古，郑重其意，反复其言，以冀世主之一听，虽若有稍诡于正者，而实千古之有心人也。”而替孙诒让《墨子间诂》作序的黄绍箕则干脆抱怨说：“今西书，官私译润，研览日众，况于中国二千年绝学，强本节用，百家不能废之书，知言君子，其恶可过而废之乎？”由这些引文可以看出，当时的社会舆论正在朝有利于墨学的方向发展。
第二，治墨者的范围有所扩展。乾嘉时期，校注《墨子》者为清一色的古文经学家，到了同光时期，治墨者的阵营中就新增加了今文经学家、桐城派的传人以及许多其他不守家法的学者。这一时期治墨的学者中比较有名的是苏时学、俞樾、孙诒让、戴望、吴汝伦、王闿运等。其中，俞、孙二人为晚清古文经的大师，吴汝伦为桐城派方苞的传人，而戴望和王闿运则属今文经学派。治墨者范围的这种扩展表明墨学在晚清知识界的影响正在逐步扩大。
第三，墨经中的科学内容开始受到注意。乾嘉时期，《墨经》四篇旁行之文虽然初还旧观，但其中蕴涵的思想尚未得到挖掘。到了19世纪后半期，在西学的参照下，一些学者才发现《墨经》四篇中原来还包含着许多数学、光学和力学的内容。广东学者邹伯奇首先发现这个事实，邹氏云：
《墨子·经上》：“圆，一中同长也。”即几何言圆面惟一心，圆界距心皆等之意。又云：“同，重、体、合、类”、“异，二、（不）体、不合、不类”、“同异而俱之于一也”、“同异交得放有无”。此比例规更体更面之意了。又云：“日中，正南也。”又《经下》云：“景之大小，说在地。”亦即表度说测影之理也。此《墨子》俱西洋数学也。西人精于制器，其所恃以为巧者，数学之外有重学、视学。重学者能举重若轻，见邓玉函《奇器图说》及南怀仁所纂《灵台仪象图志》，说最详悉。然其大旨亦见《墨子·经说下》：“招负衡木”一段，升重法也；“两轮高”一段，转重法也。视学者转微为著，视远为近，详汤若望《远镜说》，然其机要亦《墨子·经下》“临鉴而立”、“一小而易一大而正”数语，及《经说下》“景光”至“远近临正鉴”二段。
邹氏把墨经中关于同异的分类解释为“比例规更体更面之意”，虽不无比附之嫌，但他总算揭示了《墨经》中有数学、力学和光学等科学内容这个事实，所以在他之后，从科学角度治墨亦成为墨学研究中的一条新路，较早的代表就有殷家俊、张自牧、王仁俊和冯涵初等人。
第四，“西学墨源”说广为流行。“西学中源”并非19世纪的产物，早在17世纪耶稣会士东来时，就有人认为西学只是中学的变种。到了近代，随着中西接触的增多，主张“西学中源”的人越来越多。由于墨家的主张和精神与儒家传统差别比较大，与西学反而有一点表面上的相似，所以人们谈论最多的是“西学墨源”。谈“西学墨源”的人来自各个不同的阶层，有政治家，有外交官，也有学者和文人，有改革家，有洋务派，也有极端的保守分子。出身不同，政治立场不同，谈“西学墨源”的目的也就不同，激进的思想家声称“西学墨源”是为了替西学的传播张目，因为中国人笃信古已有之的教训，极端的保守分子爱说“西学墨源”则是为了寻求对抗西学的工具。
最早提出西学墨源说的人依旧是那位发现《墨经》内包含有科学内容的邹特夫。在简单罗列了《墨经》中的算学、光学和重学之后，邹氏接着说：
至若泰西之奉上帝、佛氏之明因果，则尊天明鬼之旨同源异流耳。《墨子·经上》云：“此书旁行，正无非”。西国书皆旁行，亦祖其遗法，故谓西学源于墨子可也。
从科学到宗教再到书写规则，西学与墨子有那么多相同之处，所以西学自然是源于墨子了。这种逻辑听上去非常“奇妙”，但在当时却有许多人深信不疑：王闿运的《墨子校注序》曾记载：“颇闻同时注《墨子》者数学，而吾友曹耀湘尤神解深通，及殷家俊等并言《经说》中有光重诸法，悉泰西所本。目为巨子者，矩子，十字架也。所谓南方之墨由南洋而通诸岛，为制器之先师。顾竟未见诸家成书。”而王氏本人亦认为：“十世之后，九州之外，释迦耶稣皆无位而奉为圣师，本墨家也。……墨尤工制器，西海传其学，去其节用明鬼不便己者。……同治以来，西学盛行，徒袭墨之粗迹，不知其出于墨。”其他像黎庶昌认为：“泰西各国耶稣天主教盛行尊天、明鬼、兼爱、尚同，其术碻然本诸《墨子》”，宋育仁认为“墨氏之教，秦以后微于中邦，而流于西土”等等类似言论不一而足。甚至连维新派人士黄遵宪亦坚持认为：“泰西之学，其源流皆出于《墨子》。其谓人有自主之权，则《墨子》之尚同也；其谓爱邻如己，则《墨子》之尊天明鬼也。至于机器之精，攻守之能，则《墨子》备攻备突、削鸢能飞之绪余也。而格致之学，无不引其端于《墨子》经上下篇。”
从思想史的角度看，“西学墨源”说是知识贫乏的产物，随着对西方了解的逐步增加，这种说法也就渐渐失去了市场，到20世纪初期它就基本上不再见于学者之口。但在当时，“西学墨源”说的确有助于公正地对待墨、西两学。既然墨学西传导致了西方的繁荣，那么墨学在本国自然也应当受到重视；同样，既然西学本来源于中国，那么学习西学也就不存在什么华夷的界限了。
第五，墨家精神得到提倡。在这方面，有两个人值得特别提出来：一个是曾国藩，一个是谭嗣同。曾氏是清朝的“中兴名臣”，镇压过太平天国运动，主持过洋务运动；谭嗣同则是激进的思想家，戊戌变法的参与者之一，并为维新变法献出了年轻的生命。曾、谭二人均极赞赏墨家精神，只不过，曾国藩看中的是墨家的勤俭、节约和务实，谭嗣同喜爱的则是墨家的大公无私、勇敢侠义和献身精神。
在1861年的日记中，曾国藩写道：“吾学以老庄为体，以禹墨为用”，这里所谓“禹墨”大概就是指上面所说的勤俭、节约和务实精神。按照《庄子·天下》的记载，墨子继承的是“禹道”，而“禹道”的标准是：“日夜不休，自苦为极”、“生勤死薄，沐雨栉风”。所以后人多用“禹墨”来指代一种自我约束极严而又富于献身精神的行为风范。曾国藩之所以用“禹墨”精神相标榜，大概与他当时的处境有关。为了镇压太平天国运动，曾国藩呕尽心血，但却经常陷于四面楚歌的境地。在这种困顿危急的情况下，曾国藩自然不得不励精图治，摒弃虚华，从实入手，这当是他欣赏墨子的主要原因。另外，在曾氏的幕府中，先后有过好几位治墨的学者，如俞樾、王闿运、吴汝伦、戴望和曹耀湘等。曾氏之喜爱墨子，也可能受到这些幕僚的影响。
谭嗣同欣赏墨子，其着眼点和曾国藩大不相同。据谭自己说，他对墨学的兴趣集中在两方面，一为格致之学，一为任侠思想。考虑到谭氏个人的性格特征，可以说后一方面才是他最钟情之处：“吾自少至壮，遍遭纲伦之厄，涵泳其苦，殆非生人所能忍受，濒死累矣，而卒不死，由是益轻其生命，以为块然躯壳，除利人之外，复何足惜，深念高望，私怀墨子摩顶放踵之志矣。”另外，在《仁学》中，谭嗣同曾把孔子的仁、大乘佛学的慈悲和西方的博爱融合到一起，而其中，墨家的兼爱就占有相当重要的地位。粗略地讲，谭嗣同实际上是通过墨家的兼爱来理解西方之博爱的，所以他才会发挥墨家的兼爱一语以攻击旧礼。就此而言，谭氏实际上已经开启了20世纪初知识分子以墨批儒的先声。
以上五点是19世纪后半期墨学研究不同于乾嘉时期的新动向。它们处处反映了社会评价标准向墨学的倾斜——并且这种倾斜最终导致了20世纪初的墨学热潮。
2.孙诒让的贡献
在近代墨学史上，孙诒让是一位承先启后的关键人物。他的贡献主要体现在两个方面：一是继承了乾嘉诸老的精神，熟练地运用汉学的研究方法，对《墨子》全书进行了系统的考辨和校释；二是以同情的态度赞扬墨家的主张，为后来公正地评价墨学奠定了基础。
在孙氏之前，治墨者虽众，但除毕沅之外，大都或是专解经说诸篇，或是摘条进行校注，所以多不成系统。只有到了孙诒让手中，才广泛搜求诸家的见解，录入《墨子》本文之下，然后根据自己精湛的考据功夫予以辨正补阙，著成《墨子间诂》一书。这本书成了当时最完备的《墨子》读本，对20世纪初的墨学热产生了巨大的影响。
根据其自序，孙氏之所以用“间诂”二字作书名，意在模仿许慎：
昔许叔重注淮南王书，题曰鸿烈间诂。间者发其疑牾，诂者正其训释。今于字义多遵许学，故遂用题署。亦以两汉经儒，本说经家法，笺释诸子，固后学所睎慕，而不能逮者也。
许慎为东汉古文经大师，孙氏模仿许慎，说明他对墨书的注解主要集中在对字义的校勘、训诂上。但是，墨家久成绝学，《墨子》书因长期无人过问，错简讹字极多，整理起来非常困难。为了著成《间诂》一书，孙诒让真正是做到了心力交瘁、费时良多的地步：
研核有年，用思略尽，谨依经谊字例，为之诠释。至于订补经说上下篇旁行句读，正兵法诸篇之伪文错简，尤私心所窃自喜以为不谬者，辄就毕本，更为增定，用遗来学。
《间诂》最初写定于1892～1893年之间，1895年以聚珍版发行。但孙氏自己并不以此为满足，除了反复续勘之外，还继续搜求有关墨学的著作以相考校，到1907年又完成了《间诂》定本。前后算起来，孙氏仅在墨子的考证一项上就用了二十余年。另外，孙氏治墨还有一条别人不具备的优势，就是他可以借《周礼》来疏证《墨子》。从经学史的角度看，孙诒让的最卓越成就是《周礼正义》，而《周礼》这部书的成书年代和《墨子》差不多，所以两相比勘，许多难题就会涣然冰释。