1888年，鲁迅仍随玉田老人在塾内读书。除《鉴略》外，还增加古典诗词的课程。
祖父周介孚曾给鲁迅规定了这样的读诗顺序：“初学先诵白居易诗，取其明白易晓，味淡而永。再诵陆游诗，志高词壮，且多越事。再诵苏（轼）诗，笔力雄健，辞足达意。再诵李白诗，思致清逸，如杜（甫）之艰深，韩（愈）之奇崛，不能学亦不必学也。”
鲁迅从玉田老人读了近四年的书，到1891年中止。1892年春，鲁迅改从新台门另一族叔祖周子京读《孟子》。到年底，父亲因对塾师授业不满意，便领着鲁迅到城内最严厉的三味书屋读书。
在师从玉田老人的几年间，鲁迅喜欢到后院周家十几户人家共有的菜园——“百草园”。
这是一块两亩多的菜园，冬天有萝卜，春天种油菜，夏天种南瓜、毛豆、苋菜，秋天有花生。它后来是一个荒园，长满野草，却是鲁迅的乐园。
这里有碧绿的菜畦，光滑的石井栏，高大的皂荚树，紫红的桑椹。鸣蝉在树上长吟，肥胖的黄蜂伏在菜花上，云雀忽然从草间直蹿向云霄去了。在泥墙根一带，油蛉在低唱，蟋蟀在弹琴。……鲁迅翻开断砖，用手指轻轻地按住斑蝥的脊梁，“啪”的一声，从斑蝥的后窍喷出了一阵烟雾。何首乌藤和木莲藤缠络着，木莲有莲房一般的果实，何首乌有臃肿的根。
鲁迅爱摘覆盆子吃，它像小珊瑚珠攒成的小球，又酸又甜，色味都比桑椹要好得多。
百草园并非一个普通的菜园，它有着一段奇异的故事，被蒙上一层神秘的色彩。
幼年鲁迅是不去那长满野草的草丛里的，因为传说草丛里藏有一条很大的赤练蛇。这是他从长妈妈那里听来的。
先前，有一个读书人住在古庙里用功，晚间在院里纳凉，突然听到有人叫他。他答应着，四面环视，见一美女的脸露在墙头上，向他一笑，便隐去了。他心里暗暗地高兴。这时，一位老和尚走进来识破了机关，说：“你脸上有妖气，方才一定遇见‘美女蛇’了。这是人首蛇身的怪物，能呼叫人名，你如果答应了，夜间就要来吃你的肉。”读书人听了，吓得直打颤，连忙求老和尚帮他除妖。老和尚却道无妨，送给读书人一小盒子，说：“你把它放在枕边，就可以高枕而卧了。”半夜，门外果然有“沙沙”的响声，像是风雨声。
她来了？她来了。
读书人哆嗦成一团，忽听得“豁”的一声，一道金光从枕边飞出，转瞬间外边便什么声音也没有了。那金光又飞回来，重新藏在盒子里。……“后来呢？”鲁迅听到这里便要发问。
“后来，”长妈妈接着讲，“读书人把盒子还给了和尚。老和尚告诉他：‘你昨夜见到的那道金光是飞蜈蚣，它能吸蛇的脑髓，美女蛇被它治死了。’”
长妈妈由此引出的教训是：“哥儿，夜里如果有陌生的声音叫你的名字，你千万不要答应。记住了？”
“记住了！”鲁迅答应着，认真地记住了这个教训。
但是从此夏夜乘凉，鲁迅不免有些担心，不敢去看墙上，很怕遇到美女蛇，而且也很想得到一盒飞蜈蚣。白天，走到百草园的草丛旁时，他还常常这样想。但总没有得到，也没有遇见到赤练蛇和美女蛇。叫他名字的陌生声音是常有的，然而都不是美女蛇。
冬天的百草园比较无味，草木凋零败落了。不过，雪一下，可就不一样。
雪下得滋润美艳，血红的宝珠山茶，白中隐青的单瓣梅花，深黄的磬口的腊梅，雪下冷绿的杂草，蜜蜂嗡嗡地在山茶花和梅花间飞舞。
七八个孩子塑雪罗汉，塑不成功。记不清是哪位家长来帮忙，片刻工夫，罗汉塑得比孩子们还高。孩子们用龙眼核给他做眼珠，有的孩子还从母亲的脂粉奁中偷了胭脂来涂在他的唇上。一座大罗汉，目光灼灼，嘴唇通红，坐在了雪地上。次日午后，鲁迅和几个朋友来“拜访”他，对他点头、嬉笑。冬日江南的阳光消释了他的皮肤，寒夜又结上一层冰，化作不透明的水晶模样，唇上的胭脂也褪尽了。
这时，鲁迅想起捕鸟，冬天最有趣的莫过于捕鸟了。雪下了两天，百草园里厚厚一层积雪。鸟雀们已经无处觅食，捕鸟的机会来了。
鲁迅先扫开一块雪，用一根短棒支起一面大竹筛，筛下撒些秕谷，短棒上系一根长绳，远远地牵着，看鸟雀飞来啄食，走到竹筛底下时，将绳子一拉，便罩住了。鲁迅连忙跑去一看，却什么也没有。
费了一下午工夫，只捉住三四只，而且麻雀居多，偶尔也有白颊的“张飞鸟”，性子很躁，是养不过夜的。
这种捕鸟的方法，是家住曹娥江边的农民章福庆传授的。每年冬天，章福庆总要带他的儿子章闰水来周家帮工。他捕鸟的本事很大，小半天就能捕捉几十只，装在布袋里叫着撞着。鲁迅却学不会。鲁迅问他：“我为什么抓得少，而且多是麻雀呢？”他笑道：“你太性急了，来不及等走到中间去。”鲁迅后来学会耐住性子等候，果然也能抓到十几只了。
鲁迅喜欢和章闰水一起玩耍。章闰水，紫色的圆脸，头戴一顶小毡帽，颈上套一个明晃晃的银项圈，年龄与鲁迅相仿。他对捕鸟也很有本事。他说：“在我们乡下，沙地上，下了雪，我扫了一块空地来，用短棒支起一个大竹匾，撒些秕谷，看鸟雀来吃时，我远远地将捆在棒上的绳子一拉，那鸟雀就罩在竹匾下了。什么都有：稻鸡、角鸡、鹁鸪、蓝背……”
鲁迅羡慕极了。
“夏天，你到我们乡下来才好玩呢！”闰水高兴地接着说，“我们白天到海边去捡贝壳，红的绿的都有，‘鬼见怕’也有，‘观音手’也有。晚上我和爹到瓜园去看瓜，你也可以跟着去。”
“防贼么？”
“不是。过路人口渴了摘一个瓜吃，在我们那里是不算偷的。要防的是獾猪、刺猬、猹。在月光下，沙地上，你听，‘刷拉拉’响了，猹在咬瓜了，我就捏起胡叉，轻轻地走过去……”
“它不咬人么？”
“有胡叉呢！”闰水接着说，“走着走着，看见猹了，我用力刺过去。那畜生很伶俐，倒向我奔过来，从我的胯下逃走了。”
闰水还说，“在我们乡下沙地里，潮汛快来，就有许多跳鱼儿只是跳，都有青蛙似的两只脚。”
“啊！”鲁迅惊叫了一声。
闰水的肚子里真有无穷无尽的稀奇的故事，都是鲁迅和他的城里的朋友们所不知道的。
闰水后来托他父亲进城时给鲁迅带来一包贝壳和几根很好看的鸟毛。鲁迅也回赠过一两次东西。但从此他再也没有见到闰水了。
1919年12月间，鲁迅回了一趟绍兴，在家滞留二十几天，与同族十多户共同卖掉新台门的旧宅。阔别20多年的章闰水特地来探访鲁迅。一见面，鲁迅便觉得已不是他记忆中的闰水了。不过鲁迅还是兴奋地叫起来：“啊！闰水哥！你来了。”闰水脸上显出欢喜和凄凉的神情，动着嘴唇，却没有作声。他的态度终于恭敬起来，叫了一声“老爷……”鲁迅打了个寒噤，他意识到自己和闰水之间已经隔了一层可悲的厚障壁。闰水还拖出躲在他背后的第五个儿子，“水生，给老爷磕头。”
这次见面，鲁迅很有感慨，后来创作了短篇小说《故乡》……百草园似乎藏着许多说不完的故事。
早春二月，园外的杨柳已经发芽，园内的山桃也多吐蕾，孩子们在园内仰望天上飞舞的淡墨色的蟹风筝，嫩蓝色的蜈蚣风筝，瓦片风筝，聆听风筝传来的“沙沙”的风轮声。这争奇斗艳的风筝，报告了春天的来临。
然而，不知为什么，鲁迅却不喜欢放风筝，不但不喜欢，甚至有点厌恶它，以为那是没有出息的孩子玩的东西。而鲁迅的小兄弟却最喜欢风筝。他买不起，大哥又不许他放，只能站在园内呆看着天空出神——远处的蟹风筝掉下来，他惊呼；两个缠绕住了的瓦片风筝解开了，他高兴得跳跃。他就这样观赏了小半天。
有一回这位小兄弟也试制风筝。他躲在一间堆积杂物的小屋内。
大方凳旁靠着一个蝴蝶风筝的竹骨，还没有糊上纸，凳上是一对做眼睛用的小风轮，正用红纸条装饰着，将要完工了。他正幻想着在园内嚷着、跑着放起自制的风筝，陶醉于即将完成的大业中……这时鲁迅推开门闯进来了，发现多日不见的小兄弟，原来是躲在这里制作这个没有出息孩子的玩艺，气得伸手折断蝴蝶的一支翅骨，又将风轮扔在地上踏扁……这才傲然地走出去。
小兄弟绝望地站在小屋里。
这是鲁迅在百草园内做错的一件事，使他感到内疚，时时反省，后来在散文《风筝》中写道：
然而我的惩罚终于轮到了，在我们离别得很久之后，我已经是中年。我不幸偶尔看了一本外国的讲论儿童的书，才知道游戏是儿童最正当的行为，玩具是儿童的天使。于是二十年来毫不忆及的幼小时候于精神虐杀的这一幕，忽地在眼前展开，而我的心也仿佛同时变了铅块，很重很重的堕下去了。