由训释文字入手，探究文章的义理，是中国传统的治学方法。早在战国秦汉时期，公羊、谷梁派传《春秋》。便讲求“微言大义”、“以一字定褒贬”，从一字一词中寻绎出深奥的意义、道理来。古文学家注重训诂，亦通过对字词的训释说明义理。这样的传统一代代沿袭下来，到清代，乾嘉学者明确提出“由声音文字以求训诂，由训诂以求义理”的治学方法，也就是“由字通辞，由辞通道”的言语文字考据方法。当时以及后来的许多学问大家皆深通古音韵、古文字之学，以此作为治史的基点。但是由于古代学者缺乏历史发展的观点，他们不能够从语言文字的变化入手，解决思想史上的大问题。因此这种方法始终处于低级的阶段，没有达到成熟的程度。在欧洲，语言学的研究起步较晚，但由于近代比较语言学、实验语音学兴起，对历史研究产生了重大影响。在德国和法国，很多研究柏拉图和亚里士多德的学者，都使用了语言文字的考据方法。
傅斯年自幼接受中国的传统教育，熟读群经旧籍，通晓语言文字之学。在“五四”新文化运动中，他虽然激烈地抨击章太炎关于语言文字的研究方法，但是中国传统的治学方法在他心中已根深蒂固，难以动摇。他认定语言文字是治文史类学问的“基本功”，是读书入门的途径；认定文字学是清代学者的“第一大发明”，并打算研究“中国语言学的起源演变”过程。在欧洲留学期间，他又认真学习了西方的比较语言学、语音学，以至当时颇有名气的学者刘半农写成语音学著作《四声实验录》后，还专门请他写了一篇洋洋数千言的序文。后来他到广州中山大学创办语言历史研究所时，尚且将“语言”置于“历史”之前，此亦足见其对语言学之重视。中央研究院历史语言研究所成立后，“语言”虽改置于“历史”之后，但语言学的研究仍是该所的重要学术工作。傅斯年个人主要致力于历史学研究，没有直接参加过语言学调查和语音学研究，但他对语言学的兴趣却一直没有衰减。与他共事多年的李济曾说过这样一段话：
假如说他有所爱憎，为他所偏爱的就是“科学的语言学”。这一点倒是很显然的；他在中山大学初办研究所时，把语言放在历史前面，那时他的中心信仰大概如毛先生(按：指毛子水)所说的，以“语言文字为读一切书的门径”……讲历史，归根总要讲到思想史，原始的材料就是语言。这一中心观点不但解释了历史与语言的研究为什么分不开，由此也可以看出，蕴藏在他的内心最深密处为他最关切的学术问题，实是中国民族文化的原始阶段及其形成的主动力量。
《性命古训辨证》是傅斯年的力作，也是他的得意之作，１９４７年中央研究院举行第一届院士选举时，他提交了这部著作并自作介绍与评价说：
此书虽若小题而牵连其多，其上卷统计先秦西汉一切有关性命之字义，其结论见第十章。本章中提出一主要之问题，即汉字在上古可能随语法异其音读也。以语言学之立点，解决哲学史之问题，是为本卷之特点，在中国尚为首创。其中泛论儒墨诸家之言性与天道，引起不少哲学史上之新问题，富于刺激性。其地理及进化的观点，自为不易之论。其下卷乃将宋学之位置重新估定。
在这本书的上卷中，傅斯年搜集卜辞、金文中有关性、命二字的资料一万余条，通过比较，说明其原训及字义演变，从而对先秦时期的哲学、伦理观念进行疏理，进而讨论其发展演变过程，涉及到思想史上的许多问题。他认为“思想非静止之物”，故研究思想史方面的问题，一定要持历史演进之观点；思想乃由语言所支配，故治思想史须从语言入手，用语言学的观点察其本源，用历史的观点求其变化，二者参互并用，不可或缺，不可偏废。他批评二程、朱熹到戴震、阮元，都把古代儒家的思想看作是永恒不变的真理，不去分析其演变，只倡言“求其是”，把一个“是”字看作是绝对的东西，永久的准绳。他们虽然懂得从语言学入手解决思想史方面的问题，但由于缺乏历史观点，仍不能得出正确的结论。
傅斯年继承中国古代学者“以辞通理”的优良传统，借鉴西方语言考据学的方法，输入发展演变的观点，辅之以历史比较的方法，创立了由语言学入手治思想史的新方法，对中国古代思想史的研究作出了重要的贡献。
语言是思维的外壳，文字是语言的符号，思想意识的变化必然引起语言文字的变化；反之，语言文字的变化，能够反映出思想意识变化的端绪来。所以从语言学的观点入手进行考查，可以解决思想史上的许多重要问题。但是傅斯年对语言与思想关系的理解是片面的、有偏差的，他断言“哲学是语言的副产品”，认为“思想必为语言所支配”，“甚受语法之影响”，而忽视经济、政治、社会诸方面因素对思想的支配作用，所以他的研究不可能十分深入，尤其无法揭示决定思想发展演变的深层原因。
3.“利用自然科学供给我们的一切工具”
在北大读书时，傅斯年就已认识到自然科学发展对于社会科学进步起着重要推动作用。他在《新潮》第一卷第四号上发表《清代学问的门径书几种》一文，将周、宋、清三个朝代学问的差异及其成因作了分析，说晚周的学问之所以有成就，是因为它有两种原动力，“第一是历史，第二是粗浅的自然科学”。唐朝学者没有在科学上研究出粗浅的条理来，宋代学者无从取材，只好以佛道为学问的动力，因而宋代的学问不成系统，只能产生一些“如风如影”的观念，“东一堆西一堆的零碎话”。清代学问是宋明心性之学的反动，清人做学问的方法“很有科学的味道”，可他们没将这些方法用在“窥探自然界”上，只是用来整理古物，其方法与西洋人的相似，结果却大不相同。傅斯年的上述说法并不完全正确，但他指出自然科学的发展对于社会科学影响甚大，在当时提出这种见解的并不多见。傅斯年自称早年是个“科学迷”，认为自然科学的方法具有普遍的意义，可以用来治其他的学问。在留学欧洲期间，他努力研习自然科学的许多课程，渴望学习更多自然科学知识，同时嗜读通论科学方法的书籍。主要是想掌握西方自然科学的知识和方法，为研究人文诸学科打好基础，并拿它来治中国传统的学问。
史语所建立伊始，傅斯年就提出了该所研究工作的三条宗旨，其中一条就是“扩张研究的工具”。怎样“扩张研究的工具”？他讲了许多道理，举了不少例子。就历史学方面来说，他主要讲如何利用自然科学知识和方法的问题。他说：
利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料，所以近代史学所达到的范域，自地质学以至目下新闻纸，而史学外的达尔文论，正是历史方法的大成。
接着他又作了更加详细的说明：
现代的历史学研究，已经成了一个各种科学的方法之汇集。地质、地理、考古、生物、气象、天文等学，无一不供给研究历史问题者之工具。顾亭林研究历史事迹时自己观察地形，这意思虽然至好，但如果他能有我们现在可以向西洋人借来的一切自然科学的工具，成就岂不更卓越呢？若干历史学的问题非有自然科学之资助无从下手，无从解决。
这里所说的“利用自然科学之工具”研究历史，包含有两层意思：
其一，将自然科学的知识直接运用于史学研究，解决历史问题。他举例说，我们要想知道《春秋》经是不是终于“获麟”，《左传》的后一段是不是刘歆伪作，可以算一算哀公十四年关于日食的记载是不是对的。如不对，自然是伪作；如对了，就说明和“获麟”之前的文字同出史书所记。再如要搞考古发掘，没有经过科学训练的人一铲子挖下去，不知要毁坏多少古物，而经过科学训练的人搞挖掘，不仅能得到古器物，而且可以得知入土的时代，这常常比器物本身更有价值。他颇有感慨地说：“古史学在现在之需要测量本领及地质气象常识，并不少于航海家。”
其二，将自然科学知识和方法引入史学领域，加以改造，使之成为史学方法。比如达尔文的进化论本来是生物学的方法，用于史学领域后，便成了“历史方法之大成”。统计学的方法本是一种数学的方法，引入史学领域后，便成为历史研究的方法。1925年至1926年傅斯年在柏林大学所做的数学笔记中，记有不少关于统计和或然率方面的问题，他说“统计的观点，尤可节约我的文人习气，少排荡于两极端”。又说或然率的观念“在近代物理学尤表显威力，几将决定论取而代之。这个观念，在一般思想上有极要的施用”。他归国前夕写信给顾颉刚，对于如何使用统计方法的问题进行了讨论。他盛赞丁文江“去试着用统计方法于各种事物上，包括着人文科学，这实在是件好事”。他同时强调说，用统计方法研究历史很有必要，但须十分“仔细”。他说：
研究历史要时时存着统计的观念，因为历史事实都是聚象事实（massfacts）。然而直接用起统计方法来，可须小心着，因为历史上所存的数目多是不大适用的。
他在中山大学任教时，曾写过一部《统计方法导论》的讲义，讲义的“叙语”中有“统计学与统计学方法”、“众体事实”、“统计学方法应用之范围”、“皮耳森之科学论”等题目。他在北京大学讲《史学方法导论》时，其中也有一节讲“统计方法与史学”。可惜这两种讲义仅存篇目，具体内容已不得而知。他也曾将这种方法用于史学研究，在《性命古训辨证》一书中，他对甲金文字中的“性”、“命”二字作了全面统计，由此分析其思想内涵且作了如下说明：“本文对甲骨文字的统计虽不甚完备，然诸家著录之甲骨又多杂具各时代，皆非所谓‘选择标样’，故在统计学的意义上，此一‘非选择的标样’之代表性更大。”可见他使用统计方法是十分慎重的。
应该说，傅斯年只是提出了用自然科学知识方法治历史学的口号，理论上还没有形成方法论体系，实践上也没有很大的建树。但是，早在上世纪二三十年代，他就认识到社会、自然各学科在研究方法上互相影响、互相渗透，提出自然科学的发展将推动人文学科的进步，号召人们利用自然科学的知识、方法治历史学，其远见卓识令人称许，其首倡之功不应抹杀。
考论古籍，纵论百家
1918年至1919年，傅斯年先后在《新青年》、《新潮》上发表学术论文及书评多篇，对于文学、哲学、史学方面的许多问题提出了自己的见解，显露出他对学术问题的浓厚兴趣和破除陈旧观念、标立新学说的才力和锐气。赴欧留学的7年中，他深愧学问浮浅、持论褊狭，乃决计广涉博览，探求治学方法，细察学问渊薮，务求学问坚实而后发为议论。此期间他除给刘半农的《四声实验录》写过一篇序言外，基本上没有对学术问题发表过什么见解。自1926年归国前后到1940年患高血压病之前的１５年间，是他学术研究的黄金时代。他在《中山大学语言历史研究所周刊》、《中央研究院历史语言研究所集刊》等刊物上陆续发表了《与顾颉刚论古史书》、《大东小东说》、《周颂说》、《论所谓五等爵》、《周东封与殷遗民》等研究先秦历史的论文；出版了《东北史纲》、《性命古训辨证》两部学术专著。在商周史、古代民族史、先秦诸子、古代思想史、学术史、古文献及古代文学史方面作了广泛深入的研究。此期间他执教于中山大学、北京大学，写有《中国古代文学史》、《史学方法导论》、《史记研究》、《诗经讲义稿》、《战国子家叙论》等讲义，发表了许多有价值的学术见解。抗日战争爆发后，他怀着“书生报国”的一腔热情，发表了大量政论性文章，反对妥协，力主抗战，分析形势，鼓舞士气。他领导史语所辗转迁徙，且频繁地出席国防参议会、国民参政会。抗日战争胜利后，他先是主持北京大学的复原，翌年赴美养疴，归国后又操持史语所迁台之事，更无时间研究学术。1949年初东渡任台湾大学校长，其工作之繁剧较前尤甚。所以，40年代初至1950年病逝这10年中，他除发表政治评论、学校教育方面的文章外，只偶尔于序跋题签、信函往来中论及史学问题。所以研究傅斯年20年代中期至30年代的学术论文著作讲义等，其学术成就便可一览无余。
（一）新见迭出：民族史与中国古史研究
１.史前文明多元说
1928年，史语所考古组在山东章丘龙山镇发现城子崖文化遗址，1930年、1931年进行了两次发掘，1934年出版发掘报告《城子崖》，傅斯年在为发掘报告所作的序言中提出了史前文明多元说。他说：
中国的史前文化本不是一面的，而是多面互相混合反映以成立在这个文化的富土上的，海边及其邻近地域有一种固有文化，这文化正是组成周秦时代中国文化之一大分子。
在傅斯年看来，中国古代文化呈多元性，中华民族文明史就是这种多元文化交汇混合的历史；中国上古时期存有甚多族类，中华民族是由众多族类融合成为一体的。尽管他的这种多元说长期没有被学界采纳甚至遭到批判，但随着田野考古的发展，他的论断愈来愈被考古资料所证实，近些年中国古代文明起源于多个中心，差不多已经成为考古学界的共识。
2.夷夏东西说
“五四”运动之前，胡适在北大讲授中国哲学史课，他一反前人成说，不讲三皇五帝，开头便从东周讲起，而且提出东周以前无信史的理论。嗣后顾颉刚阐扬胡氏的观点，辩论古史，创立“层累地造成的古史说”，以疑古史而蜚声于中外。傅斯年膺服胡适的才学和勇气，也曾一度称赞顾的疑古史的成绩。但是当他悟出疑古学派的缺失后，则力本“照着材料出货”的原则，致力于建设古史。论及夏朝的历史，他赞同顾颉刚的说法，认为古代典籍中关于禹的描绘多不可信，但他断言禹和夏朝绝非子虚乌有。他以为禹是夏后氏的“宗神”，是中国的一种“创世传说”，从殷墟发掘的遗物来看，商代的文化已不是原始文化，“其前必有甚广甚久之背景”，即以文字而论更是如此，所以决不可因为如今尚未发现夏朝的遗物遗文而否定其历史的存在。他认为，殷文化与夏文化有一脉相承的关系，由殷文化之兴盛可推知夏文化亦当有所发达。
傅斯年认为，在中国历史上，东汉以后经常因国家分裂、异族入侵而发生南北之间的政治对立。在东汉以前，长江流域经济不发达，我们先民们的政治、组织活动，大约以河、济、淮流域为囿。就此区域之地理形势来看，仅有东西之分，而无南北之隔。所以三代及三代以前，经常发生东西抗争。具体言之，则是东系之夷商与西系之夏周的抗争。而抗争之结果是“夷夏交胜”。傅斯年就此立论，对先秦民族史进行了深入的研究。