基于为抗日救国而“人人当求必死”的理念，傅斯年在反对“华北自治”的活动中，一方面自己毫无顾忌，讨奸御寇，不时地揭露日寇实施“华北自治”的图谋；另一方面努力启导舆论，唤醒民众。傅斯年认为，中国要避免亡国灭种之祸，必须进行全民族的抗争。只要唤醒民众，就可以战胜日本，实现民族复兴。“中国人不是一个可以灭亡的民族”，因此，唤醒民众是自己的责任和义务，战胜敌人，实现民族复兴的希望“不在天国，不在未来，而在我们的一身之内。我们若以民族的希望为宗教的信仰，以自身之勤勉工作各尽其职为这信仰之行事，则大难当前，尽可处之泰然，民族再造，将贡一份助力。宋明的道学先生尚能以四书五经养其浩然之气，我们不能以近代知识养我们的浩然之气吗？我们的知识不使我们有失望之余地，我们的环境不许我们有懈惰的权利”！正是抗日救国，挽救民族危亡的责任促使傅斯年竭其心智全力以赴地投身于抗日救国的运动之中。
勇赴国难
（一）汉贼不两立
傅斯年的侄子傅乐成曾任台湾大学历史系教授，他在《傅孟真先生的民族思想》一文，较为系统地论述了傅斯年的民族思想。谈到傅斯年对历史人物的评论时，他曾说：“我们可以发现，他对历史人物的推崇和贬斥，主要以其人的节操如何为标准。他对具有气节的人，尤其是抵御外侮、为国捐躯的烈士，常致无上的景仰；对于汉奸二臣，则诛伐不遗余力。”实际上，研究傅斯年时，应将傅乐成的这个评论推而广之，即傅斯年无论学术研究和社会生活，评价人物与事件都以民族和国家作为坐标。对热爱祖国、具有民族意识的人和对国家、民族有益的事都给予褒奖和肯定。相反，对于汉奸贰臣、有损于国家和民族利益的事则给予贬斥和诛伐。这种评价标准一般不受其他因素干扰。
傅斯年的七世祖傅以渐，为清代开国第一科状元，是傅氏家族兴盛的奠基人，其后人与聊城多以此为荣耀。傅斯年却认为，在明清易代之际，傅以渐身为汉人，却为满族服务，于气节有亏，因此不以为荣，反以为耻。王世杰曾回忆说“有一次我问他，你的老祖先傅以渐是怎样一个人。他不回答。他知道我一定是对傅以渐在清初做大官一事心里有所不满，所以有此一问。他不回答，我也就不再往下说。不过可以看出他对其先人之不满，是由于强烈的民族意识和爱国思想。”傅斯年的侄子傅乐成对此也曾记述说傅以渐“明清易代之际，亟求功名，应科举试，并在异族政府中为官。孟真先生本于民族大义，对他极表不满。”傅斯年一生议人论事，爱憎褒贬，虽有时偏激，但民族意识强烈，有人说他“本性中包括着赤诚的爱国心和极强烈的民族意识”，的确如此，他对民族节操问题的评价，从不以亲疏、才智、学问、功业冲淡其标准，也从不搞多重标准。他不因傅以渐是其祖先而进行迴护。对其他历史人物更是如此。对于历史上抗击异族入侵和坚持民族气节的忠贞义士褒奖颂扬，对于汉奸贰臣、变节屈敌之人则贬斥。他在1939年写成的《中国民族革命史稿》中，借评价文天祥、谢枋得等人表达他的民族思想。他说：“南宋之亡，虽之于政治上不竞，而其殉国之烈者，则前古所未有也。其尤难者，则文、谢二公也。夫自死犹易，而置其妻子于死则不易；一时于义愤而死犹易，十年如一日，志事一贯，不以日月之迁移而缓其初志，不以形势全非而弛其努力，则极难矣。夫一死了事，固贤于偷生者万万，然君臣之节，民族之义，非可徒以一死了之者，故应奋斗不懈，及其万不可为，而后一死焉。文山、叠山之所为，所以照耀千古者也。自文山率勤王之师以入卫，至于身死燕市，经无穷之拙败，终不改易初志。读其指南录者，顽夫廉，懦夫有立志焉。”1944年，傅斯年的儿子8岁，为了教育儿子成才，他利用一个晚上的时间恭笔书写一个横幅，其内容是文天祥的正气歌、衣带赞，在其跋中叙述了撰写横幅的寓意：“为仁轨儿书文文山先生正气歌、衣带赞并以先生他诗补余幅。其日习数行，期以成诵。今所不解，稍长必求其解。念兹在兹，做人之道，发轨于是，立基于是。若不能看破生死，则必为生死所困，所以异于禽兽者几希矣。”傅斯年的妻子俞大綵曾记叙当时情景说：“在一个寂静的深夜，他在烛光下，伏案为儿子写了一张文文山的正气歌，那时仁轨才是一个不满八岁的孩子。”傅斯年用文天祥之诗文教育儿子，既表明他对忠义之士的尊崇，也显现出他思想意识深处的价值观和对下一代的期望。
自古以来，爱与恨、褒与贬都是相对的。爱得深才能恨得切，褒扬正义与贬斥邪恶往往是人们思想的两极，趋向一极而远离另一极，傅斯年民族思想的表现就是如此。他对忠贞义士的褒扬是出自真情，对奸邪的贬斥更是发自内心，充满义愤。明末清初文坛领袖钱谦益，学问有成，领袖一时，道德气节有亏，降清叛清反复无常，傅斯年对其十分蔑视，曾在其文集《牧斋有学集》封面题写一段话：“此老行事奇丑，斯文之耻辱，人伦之败类也。然三十载风流，数朝掌故，其书固不可删，存之益彰其丑也。”对其学术成就的肯定和对其人品的贬斥，充分显示了傅斯年民族意识的强烈和志节意识的鲜明。
有人在评论民国时期知识分子群体的状况时说：“民国以来，内忧外患，迭为起伏，而知识分子忠奸是非之混淆，较之政治经济社会各方面危机，尤为严重。哀莫大于心死，知识分子之失败，实为中国悲剧之根因。自五四以来，卑鄙无耻之言之行，每况愈下，至于今日……幸有少数坚贞自爱挺身奋斗而作中流砥柱者，中华民国之国格，中国人之人格，中国传统文化之基本精神，赖此而不堕。”文中所说少数坚贞自爱挺身奋斗而作中流砥柱者，主要是指傅斯年等一批知识分子的精英人士。内忧外患迭为起伏的时代，最严重的应该是“九一八”事变以后，日本帝国主义占领东北地区，密谋全面灭亡中国。国内中央政权几乎无法维持，分崩的潜流在蔓延；人心溃散，对日妥协，变节媚敌，就任伪职者不乏其人。傅斯年等人利用《独立评论》、《大公报》等舆论阵地，褒扬忠贞爱国，贬斥妥协投降，讨奸御寇，转移人心，维持正义，凝聚民气，为全面抗日在舆论和民心上做了许多工作。
1937年，国家形势发生了重大变化。以西安事变为转机，蒋介石及国民党政府在全国民众的呼吁声中，在国内外形势的逼迫下，逐渐走上了抗日救国的道路，全国一致抗日的局面初步形成。“七七”卢沟桥事变，揭开了中国全面抗战的序幕。全国各界人士为抗日救国奋发努力，有力者出力，有钱者出钱，心往一处想，力往一处使。知识界的许多正义之士在讨奸御寇、补阙救弊方面做出了重要贡献。
傅斯年认为：“国家抗战，义等于征兵”，视抗日救国为自己的神圣职责。抗日战争八年，他全力以赴投入抗日救国的事业。全面抗战开始不久，傅斯年被遴选为国防参议会参议员和国民参政会参政员，并继续任中央研究院历史语言研究所所长。1939年5月，北京大学恢复了文科研究所，傅斯年又兼任了所长。他一面积极参与政治，为抗日救国尽力献策，同时在极其艰苦的环境中领导学术研究，经常奔波于重庆、昆明和四川南溪县李庄等地，为挽救民族危亡和发展学术辛勤工作。他尤其在国民参政会中坚持正义、反对妥协、抨击腐败、与各种不正之风进行斗争，值得大书特书。
“七七”卢沟桥事变发生时，傅斯年正在北平。这一天下午，北平市长秦德纯邀请胡适、傅斯年、梅贻琦等到市政府，报告了北平的严峻局势，交换了应付紧张局势的意见，直到晚上10点左右才散会。11时左右便发生了著名的卢沟桥事变。事变不久，傅斯年去庐山参加了蒋介石召集的谈话会，参加者多是社会名流。7月下旬，傅斯年回到南京。8月13日，上海抗战开始，国民党政府召集各党派领袖及文化教育界名流，在南京组成了国防参议会，目的是让各界人士献策献力，团结抗日。傅斯年作为文化教育界名流被邀请参加。
8月17日，国防会议在南京召开，出席会议的有周恩来、蒋百里、胡适、傅斯年、梁漱溟、张伯苓等人，会议没有什么具体议程，主要讨论时局。由汪精卫主持，大家提出建议。参议会的宗旨主要是：政府邀各党派人士共商国是，听取意见；政府关于应付时局的计划、方案措施等交参议员参酌；政府随时将国际局势、战况及应付对策告知大家，使大家了解而支持政府。这次参议会上，与会者畅所欲言，提出了许多建议与措施。意见比较统一、要求政府立即实行的有四项：“一要调整政府机构，提高行政效率。二要发动群众。三要成立民议机关。四要肃清贪污。”大会还决定推荐胡适出使美国，蒋百里出使德国，孙科去苏联，以争取国际援助。
傅斯年当时住在南京新住宅区北平路中央文化协会，胡适从庐山参加蒋介石谈话会后也住在此处，另有北京大学南下的几位教授。胡适此时患痢疾，傅斯年除了忙于所中事务和参加参议会，还亲自照料胡适。傅斯年与胡适及北大几位教授，经常讨论时局，互通信息。傅斯年为表示自己全力报国，誓死抗日的决心，激情满怀地写下了“莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑”的诗句，用以鞭策自己，激励同志。在国防参议会前后，蒋介石召见了胡适、钱端生等人，让他们作为非正式的外交使者，去英美等国活动。之所以做此安排，是由于胡适留美多年，在美国学术文化界有一定影响。胡适则觉得此时出国，会招致非议，表示要留在南京，与南京共存亡。蒋介石让多人劝说都无效，最后经傅斯年苦劝，胡适才终于被说动，启程去了美国。
1938年4月，国民党召开了五届四中全会，大会决定“组织国民参政机关，团结全国力量，集中全国之思考与识见，以利国策之决定与推行。”全会制定和通过了《国民参政会组织条例》，指出：“国民政府在抗战期间，为集思广益，团结全国力量起见，特设国民参政会。”规定：参政会置参政员150名，由各省选任100名；曾在各重要文化团体或经济团体服务三年以上，著有信望，或努力国事，信望久著之人员中，选任50名，后来又增为100名。虽然国民参政会只是一个国家咨询机关，没有多少实际权力，但在当时情况下，可以给各界人士一个献策献力的机会和上下互通信息的渠道。各界人士可以利用这个机构议论、磋商国事，监督国家政治。因此，参政会的成立是有一定积极意义的。从1938年7月到1947年7月，国民参政会共举行了四届十三次大会。每次大会休会期间，由参政员选出15～25人组成驻会委员会。驻会委员会的职责是：“（一）听取政府各种报告。（二）促进业经成立决议案之实施，并随进考核其实施状况。（三）在不违反大会决议之范围内，得随时执行本会建议权暨调查权。”傅斯年连续四届被选为参政员，并且被选为第一届一、二、三次大会、第二届一次大会、第四届一次大会的驻会委员。他在任参政员，尤其是任驻会委员期间，对参政会的活动十分热心，积极发表政见，献计献策，为抗日救国贡献自己的力量。这个时期，他主要致力于两个方面：一是进行舆论宣传，用各种方式积极发表言论，所有公开发表的言论几乎是一个主题：抗战必胜，目的是鼓动人民的抗战热情。二是贬斥奸邪，表彰民族正义。从抗战全面爆发到胜利的8年中，傅斯年利用各种舆论工具，宣传坚持抗战就一定能取得全面胜利，驳斥各种亡国理论和妥协投降的言行。1939年连续发表的两篇文章：《地利与胜利》、《抗战两年之回顾》，就颇具代表性。傅斯年被人们称作具有军事知识的文人。《地利与胜利》就是一篇具有浓厚军事理论色彩的文章。文章从当时敌我双方的战略策略入手，详细分析了双方的优势和劣势，并着重论述了如何利用和发展自己的优势，最后打败日本侵略者。当时，日寇先后占领了南京、武汉、广东等地。由于战线拉得太长，进攻的势头明显减弱，在许多地区与中国军队呈胶着状态。傅斯年对此分析说：我们根据经验，可以判定倭贼作战的总策略是这样的：用他认为最相应的代价，换取我们最重要的交通枢纽，而且在一处呈胶滞状态时，另从侧面袭攻，或在距争夺处甚远之另一区域进攻，使得我们感觉着调动上之困难。
近两年的战争进程，使傅斯年看清了敌人的战略。他根据实际状况提出了中国应采取的战略，不计较一城一地的得失，“充分利用我们现在所据地形上的优点，迅速补救我们地形的弱点，使得我们‘腹里’成不可攻之地位，而运用我们在东南和西北的两膊，使他沿江的深入，沿海的占据，不发生任何效力。”文中傅斯年除了对此战略进行阐发外，特别强调后方基地的建设，他认为西南川、滇、黔、贵四省是中国人民抗日的后方基地，既要加快这些地区的建设，又要充分利用其人力、物力。他强调说：“尤其重要的是：在抗战期间，决不可任大多民众感觉到必要物价沸腾之苦痛。诚然，我们不是一个自给的国家，但是，四省中过半是出超的省分，粮食的产量又不少，使人民生活，尤其是劳苦大众，相当的安定，不是办不到的。”
傅斯年在文中对敌我双方战略策略的分析，从总体上来说是正确的，尤其是他强调加强后方的建设，稳定后方人民的生活更有积极意义。
傅斯年在《抗战两年之回顾》中，对抗战两年的形势进行了总结。为鼓励人们抗战的信心，在文章的开头表现了乐观的态度。他说：“这两年中，我们的同胞虽然饱受艰苦，大量死亡，但我们的民族充分表现其伟大的力量，不屈的精神。在这个表现中，看定了最后的胜利，光明的前途；以后的中国历史，要比四千年历史上，任何时代都光荣伟大。所以这次的大艰难，已是缔造将来的大光荣的基石。”
在文章中，傅斯年从战争形势、军事、教育、政治诸方面进行了客观的分析，得出的结论是：“我们一天一天的上升，日本是一天一天的下降。”“大光明的前途，正在不远。”从这篇文章可以看出，傅斯年对当时形势的分析，敌我双方的优劣及转化，前途的预测是相当深刻的。