傅斯年的政论文章《政治之机构化》，发表于1939年1月29日《今日评论》。把文章的论述与当时政治状况结合起来分析，可看出几个问题：一是政治背景。国民党军队在武汉保卫战中英勇抗击日军，日军参战者达40多万，死伤近20万，有生力量受到极大消耗，虽然占领了武汉，但进攻之势从此衰落，妄图速战速决，三个月内灭亡中国的梦想彻底破灭，中日战争进入战略相持阶段。中国经过近两年的战争，政治、经济等方面暴露出许多问题。这些问题中比较严重的是政治体制问题，需要进行改革。二是国民党政权政治统治的问题。国民党政权此时召开了五届五次全会，对战争中出现的问题进行检讨和总结。蒋介石在大会上进行了数次讲演，指出国民党内部存在许多重大的缺陷，其中如散漫凌乱、纪律废弛现象。他要求对国民党的弱点、缺点进行诚意批评，尽量检讨，研究改正，也就是“切实省察，确立信条”。国民党存在的腐败、散漫、凌乱，从根本上说都是政治体制本身造成的，因此必须进行思想和体制的改革。三是政治统治的指导思想变化。国民党政权的弊端许多是由实行专制、独裁造成，但蒋介石和国民党政权对此不但没有正确认识，反而努力强化独裁统治，按照五届五中全会的决议，国民政府设置国防最高委员会，统一党政军的指挥，蒋介石担任委员长，有权“对于党政军一切事务，得不依平时程序，以命令为便宜之措施。”在地方上推行新县制，城乡街镇都实行“保甲制”，每一个人都要以保甲为单位，宣誓遵守《国民抗敌公约》，“服从最高领袖蒋委员长之领导，尽心尽力，报效国家。”同时，蒋介石还扩大了“军统”和“中统”两支特务系统，充当自己的耳目和打手。蒋介石采取的一系列措施，强化了个人的独裁统治，违背了社会政治发展的趋向。为了改革政治，使政治逐步“上轨道”，傅斯年撰写了《政治之机构化》一文，较为系统地阐述了政治改革的思想。其文章内容主要涉及以下几个方面：
首先，傅斯年介绍了欧洲和中国古代政治机构化的进程。他所说的政治机构化就是“上轨道”，也可以说政治统治法治化，它是与人治、个人专制对立的政治统治方式。欧洲的政治机构化在19世纪下半叶逐步形成，对社会发展进步起了促进作用。他说：“在欧洲，近代政治之进展程序中，有一个出力不出名的大工作，是无穷的无名英雄以无穷的努力才把19世纪晚年的成绩奋斗出来的。这个大工作叫做政治之机构化。”虽然这项工作具有深远意义，19世纪下半叶以来欧洲列国政治运用发挥效能，许多是由于这方面的进步，但由于这项事业不是轰轰烈烈进行的，故而历史很少记载。傅斯年认为，十九世纪以前，欧洲的政治也是人治为主，“政治不外乎宫廷之谋计与斗争，行政不外乎人事之消长与变动”。有机构的政治是不发达的，在国家统治中个人的因素太重，造成国家兴衰迅速，“兴也勃焉，衰也忽焉”。19世纪中叶以后，英法两国逐步实现政治机构化，尤其是英国，政治和一般行政机构化实行得最好，对于促进社会、经济的发展起了重要作用。
傅斯年对中国传统的政治思想也进行了总结，他说：“在中国古代的政治学理论中，本来也有两派的争论：一派主张人治，以为‘有治人无治法’；一派主张法治，以为‘有治法而后有治人’。……凭借近代的经验看去，两种说法，实在‘相反而相成’。历史上给我们的印象是这样的：在创造和改革的时代，似乎人的分素格外显得重要，在守成的时代似乎法的分素有莫大之力量。”按照傅斯年的结论，中国关于“人治”、“法治”争论了数千年，“其实法治人治是一事不是两事：有治法然后有治人，惟治人才能用治法”。“治人治法，相互为用，缺一不可：求政治上轨道，非机构化不可。”也就是说，社会发展到现在，单纯强调人治、法治已没有意义，两者必须结合起来，使政治逐步法治化、制度化、规范化。中国的现状是否如此？傅斯年得出了否定的结论。他说：“从国民政府在南京建都以来，十年以上了，似乎尚未能把政治机构化。其所以如此，自然有其不可免的缘由，内部纠纷，至于战争，外来压迫，不得喘息，都是使建国工作受影响的。但这些事实固然是不可抹略的事实，况此事实固然可以恕谅至今政治之还不曾机构化，然而政治之还不曾机构化却也是一件不可抹略的事实，为建国起见不能不加以注意，且谋改正。”为了改革现状，傅斯年提出用五年的时间，实现中国政治机构化。但因处于在抗战中，有些工作尚不能进行，然而有许多改革是可以进行的。傅斯年总结出五个方面的改革应立即进行。这五项工作是：一，欲求政治之能机构化，不可不先把机构简单化。政治之能机构化，是要先养成这样一种普及的习惯，方才可以推行下去的，机构如果太复杂了，一般人不易养成遵守他的习惯。目下我们政府的整个组织实在过分复杂些，求其“身之使臂臂之使指”，固不可得，求其互相调节，亦不可能。且以其复杂之故，自然容易引人之跃越，因而“复杂”成了“机构化”的障碍。二，法令必须自上遵守，不能因人事上有何一种方便一时间加以忽略。如果感觉某一法令有何不好之处，自当计较他的如何更改，但在未更改前是不该拿他来迁就人事的。三，制度及法令不可常在改动中，若常在改动中，则永久不能建设政治中的秩序。至于关系国家根本及人民行事者，尤其不可常改。政治中必有了秩序，政务方才容易推行，常改动的状态中是不能出产秩序的。四，国家治，必须“贤者在位能者在职”，然后国家可以治。所以“尚贤”应当是民国立政的根本，“亲亲”却是“民国思想”之仇敌，所以有一切任贤避亲的法则与习惯是当从速建立或养成的。五，各级官员的职权必须划分，下级的人不可侵上级的权，上级的人尤不可侵下级的权。因为下侵上权，已经可以招致政务之紊乱了，而上级的人代下级办事，更容易使其僚属全部木偶化。一个机关里的事务每？渴呛芏嗟模匦胍磺兄霸本芊⒒悠渲橇Γ缓罂梢园斓煤茫渲兄副壑渥匀灰刑趵恚鞴苷咦匀灰芯龆希录度酥醇豢赡ㄉ保录度酥橇Σ豢刹皇蛊浞⒒印Ｈ舨蝗徽撸枚弥磺辛攀舳汲赡九既嘶蛴ι妫飧龌贡憬┗恕？
傅斯年强调的五点，都是直指国民党政府的弊端，除第四点外，都是国民党政府专制、独裁和人治的突出表现，是一般人不敢或不愿直接提出的。傅斯年坦诚直率提出，从另一角度表现了他的个性和理念。
抗日战争自1944年开始，总体形势越来越有利于中国，日寇必败，我们必胜的趋向已经很明显。当时的政治界、思想界已开始设计、规划抗战胜利后的前景。正如蒋介石在国民参政会第三届三次大会上的训词所说：“我们全国上下都要各尽其能，各负其责，来增进国内军事政治经济和社会的力量。在目前增强我们反攻的力量，迅速击退敌寇，争取抗战胜利；在战争结束以后，要完成我们建国的工作。”胜利在望，人们充满信心，但是暗潮纷涌，人们也满怀忧虑。正是在这次国民参政会上，中国共产党取得其他民主派别的同意，提出了“废止国民党一党专政，成立民主的联合政府”的要求，遭到国民党政府的拒绝。如何取得抗战的全面胜利，抗战胜利后如何争取光明的前途，成为当时各界人士关心的问题。傅斯年曾对当时形势有一深切的认识，他说：“借朱子一句话形容政治，政治者，‘犹逆水行舟，不进则退’。今天的局面，已到了一个逆行的漩涡，不猛进，必急退，其势且不止急退，更有不堪想者。”应该说，当时存有傅斯年这种认识的不止一人。傅斯年此间写了几篇文章，讨论当时的社会与政治，其中《现实政治》和《政治的现实》都是评论时政的，既表现了他当时的思想观念，也显示了当时政治形势的微妙和严峻。
傅斯年的《现实的政治》主要论述了政治与现实的关系，就是说用什么思想原则指导现实，用傅斯年的话来说：“现实政治是政治的方法论”。他将现实政治分为三级：认识现实；把握现实；操纵现实。每段现实都总结了几条思想原则，并对思想原则进行了阐释。
所谓认识现实，傅斯年强调四条要义：(一)客观主义而非主观主义；(二)智慧主义而非直觉主义；(三)多元主义而非一元主义；(四)实验室主义而非寺院主义。傅斯年认为，在现实生活中，主观主义、直觉主义、一元主义、寺院主义占主导地位，把事实一切扔开，完全自我发挥者何其多，而在现实中用这些思想观念指导政治“办一事坏一事”。“要矫正这个风气，只有用客观主义、智慧主义、多元主义、实验主义。这不是容易办到的……但是，自我克服主观，无论如何烦恼，是认识现实之本。”傅斯年强调认识现实，就是抛弃传统的个人专制，实行民主与法治，实事求是地认识、解决现实问题。
傅斯年在所谓把握现实方面也强调四点：即(一)集体视听；(二)集体思想；(三)不失时机；(四)不省气力。其中前两点是强调集体的力量和智慧，第三点是掌握好时机，第四点为努力或尽心尽力。其主导思想仍是尽力避免个人专制，提倡民主决策和执政。
第三个阶段是操纵现实。傅斯年强调：操纵现实也要掌握四个要义：(一)主动的而非被动的；(二)发挥的而非防范的；(三)大韬略而非小术数；(四)进取而非保守。在操纵现实方面要避免四个方面的问题：即感情主义、官僚主义、面子主义、鸵鸟主义。他总结说：“总而言之，统而言之，我们是个文字国，近代化差得太远，到处看见脱离现实的景象，到处见到现实的有力人物，到处看到八股文字，中世纪主义。”傅斯年对现实政治的论述有些零碎，缺乏严密的逻辑和系统的论述，但用意比较明确，就是努力消除现实政治中的各种弊端，克服专制、独裁、官僚主义等落后腐朽的作风和意识，逐步建立政治统治的民主化、法治化、科学化，完善统治。
傅斯年最后强调：改革现实政治，最主要的是完善政治，在内政外交方面为抗战胜利后建国打好基础。当前主要做好两方面的工作。他指出：“目前内政的最大现实，是彻底实行三民主义，尤其是民生主义，这样，政治的大发电机开动了。外交的最大现实，是强化一切大国的友谊，必须有可恃的朋友，必须无假想的敌人，必须友邦的力量我们可拿来用，这样，然后我们中国可以有个建国的机会，可以有二十年的光阴给我们培养实力。”由此可见，傅斯年呼吁对现实政治进行改革的真实用意，就是通过改革传统的专制、独裁政治，逐步实施政治民主与法治，提高执政能力，改善民众生活环境，彻底实行民主主义，为抗战胜利和胜利后建国奠定基础。从某种意义上说，他对社会政治的思考是具有远见的，也是符合社会现实的。
傅斯年曾叙述自己在抗战胜利前夕的心情说：“千岁之忧历历现于心上”。他为政治改革而思索，对抗战胜利后走上和平建国之路而孜孜以求。结合他的思想和行动，这种努力是真实的。在发表《现实政治》不久，他又写了一篇《政治的现实》，重点探讨国民党政府的政治得失和改革之途，傅斯年着重论述了国民党政权建立和巩固阶段应采取的措施。他说：“从建立革命政权之原则上看。一个革命政权的建立，显然有四个阶段是必须经过的，一、夺取政权，二、暂时稳定政权，三、发挥政权，四、基本稳定政权。在夺取时，诚必乞灵于马加维利主义，即所谓只论目的，不择手段者。武力犹是最诚实的手段，而手段不必以武力为限。然而即是在这个时候，也须要凭借响应者的力量，此即所谓‘主观客观条件具备’，否则政权是不易夺得来的。政权一经到手，自然不易稳定，必有里里外外事态的发生‘失之忽微’，‘变起肘腋’，总是免不了的，所以这个时候的做法，每易走于对内巩固阵营，对外适应环境的一条路，古今中外革命党人都是感觉灵敏的，有时竟成了‘迫害心理’(例如明太祖)。于是而有‘忠实信徒’之说，于是而阵营中人，另有一番估价。不过，这样稳定法，只可稳定一时，决不能真正稳定的。要真正稳定，必须发挥政权。这就是说，人民要什么，给他什么；人民恶什么，去他什么。做到这一步，政权然后真正稳定了，因为人民得到安慰、满足、与更多的希望了。这样演进法，在古时建个朝代，如有革命意义，也是如此。”傅斯年在文章中特别强调：一个政权要真正巩固和发展，必须代表人民的利益，满足人民的需要，取得人民的拥护。他在文章中举了两个典型的例子，一是中国古代明朝初年，朱元璋建立政权后，虽然一次次“清党”，杀了一批批功臣，但“他却尽量满足人民的欲望，革除元代的弊政，安定人民的生活，凡人民控诉官吏者，总是官吏被杀，乃至剥皮，……他把官吏看作草芥，却把人民当作腹心……他的政权也就因此安定了。”后来，他儿子与孙子争夺皇位，杀死许多人，流血三千里，但基础稳定，老百姓没有造反的。二是苏联。苏联在斯大林初期进行清党，杀了一些人，英国法国和德国都把苏联的实力估低了，德国冒冒失失地发动进攻，结果惨遭失败，“苏联有两个绝大的成就，一、民族平等，二、农民满足。这两个成就就是空前的大成就，在战争中所发挥的力量，是不可限量的。”从这两个例子，可以看出傅斯年政治思想的一个侧面，即政权必须取得人民群众的拥护和支持。傅斯年通过举例得出结论，他说：“由此说来，政权的稳定，必须经过政权的发挥；政权的发挥，即是从民所好。”傅斯年也论述了中国的现状，他指出，中国的抗日战争，充分发动了民众，是民族主义的发挥，收到了空前的效果。战争前国内的各种政治纠纷，派系斗争，因此一举而暂消，各党派和全体民众拥护国民党政权领导抗战。“于是抗战的前几年，成为国民党执政时期的最高峰。在最初两年，失城最多，折兵最多，然而博得了世界的崇敬，安定了后方的局面。这个道理至为显然，即是只有大章法方可达到大目的，其他技巧是不济事的！！假如抗战的第二、三年，开始在民权主义上大做一下，在今天决不会有如许多之批评与纠纷。若真在后方实行了‘平均地权’、‘节制资本’，则其政治的立场，尤不可动摇。所至可惜者，‘建国’口号之下，不是添了些骈枝机关，便是作了些无根的‘经济’建设。其结果也，通货膨胀，官僚膨胀，官僚主义膨胀，人们的脑筋也膨胀。”傅斯年在这里指出：国民党政权抗战后期的倒行逆施，违背了民意，虽然一再强调实行三民主义，但始终没有实施“平均地权”、“节制资本”等民生主义的措施，脱离了民众。