制度在抑制人的机会主义行为倾向方面并不总是有效的。新制度经济学在对人们的行为进行研究时，曾经给出这样的假定，人具有随机应变、投机取巧、为自己谋取更大利益的行为倾向。由这个假定可以推论出一个结论：由于人在追求自身利益的过程中会采取非常隐蔽的手段，会耍弄狡黠的伎俩，因而如果交易契约双方仅仅签订了协议，但未来的结果仍然会具有很大的不可预见性。制度可以在一定的程度上约束人的机会主义行为倾向。但应当指出，无论什么样的制度，却只能起到抑制而不能完全消灭人的机会主义行为倾向，因为损人利己可以说是人的行为本性之一。尤其是当破坏制度能取得超额的效益的时候。马克思在《资本论》第一卷引证了1860年出版的《工联和罢工》中的一段话，就是对这一现象的最好阐释：“资本逃避动乱和纷争，它的本性是胆怯的。这是真的，但还不是全部真理。资本害怕没有利润或利润太少，就像自然界害怕真空一样。一旦有适当的利润，资本就胆大起来，如果有10%的利润，它就保证到处被使用；有20%的利润，它就活跃起来；有50%的利润，它就铤而走险；为了100%的利润，它就敢践踏一切人间法律；有300%的利润，它就敢犯任何罪行，甚至冒绞首的危险。如果动乱和纷争能带来利润，它就会鼓励动乱和纷争。走私和贩卖奴隶就是证明。”虽然在这里马克思说的是资本，但资本背后是人，是有着经济理性算计的人。
当然了，有些时候制度失灵也表现为制度主体对于一种不合理制度的反叛的结果。因为在现实中确实存在一些不合理的制度。这些不合理的制度无论是对人的发展还是社会的发展都是没有积极意义的，由于历史发展的阶段性原因，这些制度可能暂时还不会退出历史舞台，在这样的情况下，对它进行抵制，使其失灵不能发挥作用，不失是一种进步的选择。但问题在于这种做法也有着很大的风险，就是对制度权威的漠视，如果把这种心理推向普遍，那将是更大的灾难。推翻一个旧制度的积极意义并不能掩盖和抵消破坏制度权威所引致的消极代价。所以罗尔斯曾经相当自我矛盾地说：“在某些特殊情形中，通过违反既定规范来减轻那些受到不公正待遇的人的困苦也可能不失为上策，但我们为这种事的辩护究竟能走得多远（特别是在损害以信任现行制度为基础的期望的情况下）。”
（二）制度异化
制度异化就是将制度的主体与客体对立起来，将制度的目的与手段颠倒过来，割裂制度的本意，扭曲制度的本质，最后将制度变成社会和人发展的桎梏。制度是为了促进人的发展，促进社会的发展，但在某些条件下，却发生了异化，具体表现是：制度同自己的目标相异化，制度同自己的功能结果相异化。处于制度框架中的人同自己遵守制度的活动相异化，同自己类本质相异化，人同人相异化。
首先，制度从促进人的发展走向压制人的发展。
制度发生异化并不是说制度本身发生了问题，或者说这不是一种坏的制度使然，如果换成一种好的制度就不会这样。而是制度之所以为制度的一种内在逻辑的必然发展。
马克思说过，人类社会的“规则和秩序，正好是一种生产方式的社会固定的形式，因而是它相对地摆脱了单纯偶然性和单纯任意性的形式。在生产过程以及与之相适应的社会关系的停滞状态中，一种生产方式所以能取得这个形式，只是由于它本身的反复的再产生。如果一种生产方式持续一个时期，那么，它就会作为习惯和传统固定下来，最后被作为明文的法律加以神圣化”。在此，秩序对社会的作用是双重的：一方面它是自由的条件，同时它又是社会停滞的原因，关键就是秩序所具有的内在的固定化倾向有可能导致对自由的压抑。
当人们遵守制度的时候，却发现在这种异化的制度环境中，制度成了一种与人相敌对的、异己的力量。人不仅不能在遵守它的过程中得到自由，反而处处受到它的控制。人遵守制度的结果并不是肯定自己，而且否定自己，并不感到幸福，而是感到不幸，并不是自由地发挥自己的肉体力量和精神力量，而且使自己的肉体受到损伤、精神遭到摧残。
产生这种异化结果的原因是制度内容的相对稳定性与人的社会性的客观变化性之间的矛盾，是制度规则的有限性和人的发展需要的无限性之间的矛盾。
在现代社会，制度异化在很多时候并不是很明显，甚至人有些时候可能还意识不到。因为这种异化是以现代制度在越来越发挥作用为前提的。它从政治、经济、文化等方面渗透融合进社会的控制体系，对人们潜移默化地施加影响，成为奴役人们的力量。对于这一点，法国思想家马尔库塞看得很清楚：“人们早就已经成为适应于这种制度的接收器。决定性的差别在于把已有的和可能的、已满足的需要之间的对立(或冲突)消去。在这里，所谓阶级差别的平等化显示出它的意识形态功能。如果工人和他的老板享受同样的电视节目并漫游同样的游乐胜地，如果打字员打扮得同她雇主的女儿一样漂亮，如果黑人也拥有卡迪拉克牌高级轿车，如果他们阅读同样的报纸，这种相似并不表明阶级的消失，而是表明现存制度下的各种人在多大程度上分享着用以维持这种制度的需要和满足。”确实，迅猛发展的科学技术创造出崭新的生活方式，满足了那些可能会反抗的人的需要，促进了人们与现存制度的同一，从而使人成为马尔库塞所讲的“单向度的人”，阶级不同，但趣味竟然一样。
除了制度这种客观必然的异化之外，还存在一种异化现象，这就是由于制度主体之间的不平等所导致的制度异化。对于一部分制度主体来说，他们发现遵守制度不是为人自己遵守制度，而是为另外一种与自己不平等的主体在遵守制度，或者说是为遵守制度而遵守制度，这个时候人就会发现自己遵守制度的效益不为自己所有，而是为要求自己遵守制度的别的主体所有。那么这个时候，遵守制度对于人来说就是一种苦恼，这种活动就必然给别的什么人带来享受和欢乐。如果说人自己本身的活动对人来说是一种不由自主的活动，那么，这是因为人自己本身的活动是替别人服务的、受别人支配的、处于别人的强迫和压制之下的活动。在这样的情况下，制度就不再是促进人的发展的中介物，而是维持一部分人的发展以另一部分人的受压制为代价的这样一种状态的工具。这个时候，制度就走到了自己的对立面，制度异化就形成了。
其次，制度从形成秩序走向破坏秩序。
在制度实施过程中，极容易形成一种“制度悖论”。所谓“制度悖论”是指社会现实中的制度规则既是秩序之源，又是混乱之源。其实这就是制度异化的一种表现。比如为了建立市场经济秩序，需要一系列的强有力的规章制度作保障。但当我们赋予这些制度以足够的权威与力量的时候，却发现这些制度规则会发生一种质的变化，一种与其出发点截然相反的变化，“异化”成为某些社会群体和某些人“卡、管、要、罚”，去压制别的群体，形成部门垄断的工具。社会市场经济秩序不仅没有得到维护，反而更加紊乱。
制度规则是确定的，但规则的运用是有空间的，尤其是当规则与不同对象结合的时候，就会表现出不同的意义。按理说，规则面前人人平等，规则对任何人都是有约束力的。但是在现实社会中，往往会形成规则的行使者与规则的受约束者两个群体，而且这两个群体在很多的时候是有一条清晰的、凝固的界限的。规则行使者认为它永远是规则的行使者，规则也永远不会约束到自己身上。所以就不断地强化规则，甚至希望进一步扩大规则的使用范围和使用强度；而规则的受约束者同样也形成了一种心理，这就是所谓规则就是用来约束我的，遵守它对自身没有一点效益。总是希望去规避规则、破坏规则，直至取消规则。在这样的情况下就出现了规则导致冲突，进而使社会失去秩序。