洪述祖在电报中猛烈抨击宋教仁鼓吹议会民主、实行责任内阁是植党营私、党派专制，比晚清腐朽权贵还要坏，对社会破坏极大，说宋教仁的主张会让中国亡国灭种。所以，他要让国民看到宋教仁的真实面目，不要被他的主张所“迷惑”。洪述祖承认利用了应桂馨，但是怕自己“人微言轻，不得不假托中央名义，以期达此目的”。一切都是自己的意思，没有牵涉赵秉钧或者袁世凯。他称，利用应桂馨是为了“暴宋劣迹，毁宋名誉”，并没有要杀害宋教仁的意思。至于被舆论认为是杀人证据的来往电函，洪述祖也说是要应桂馨抓紧购买宋教仁“劣迹证据”，诋毁孙宋等人。对于关键的“毁宋”二字，洪述祖说：“毁人二字系北京习惯语，人人通用，并无杀字意义在内，久居京中者无不知之，岂能借此附会周内。”
也就是说，赵秉钧把所有事情推到了洪述祖头上，洪述祖把全部责任推到了应桂馨头上。
舆论热议，指责和自辩交叉进行，审判工作也一拖再拖。5月30日，上海审判厅决定进行缺席审理。但开庭后，原告和被告双方律师都表示反对，要求缓期开庭公判。原告律师强烈要求拘传赵秉钧、程经世、洪述祖等人到案。被告律师指出法庭没有获得大总统和司法总长的任命，没有开庭的资格。法官不得不宣布退庭。从此，宋案陷入了“公判不成，律师抗告，法庭冰阁，政府抵制，不但事实不进行，连新闻都没有”的尴尬局面。
赵秉钧政府为了抵制南方的审判，炮制了所谓的“血光团事件”来混淆视听。事件起因是宋教仁案迟迟得不到公正审判，宋教仁秘书周予觉和革命党人黄复生、谢持一起，携带炸药和黄兴资助的3000元钱，来到北京企图暗杀袁世凯。不想事机不密，被政府侦破、遭逮捕入狱，周予觉叛变。在政府的策划下，周予觉得妹妹周予儆出面，谎称黄兴组织了血光团，其中给了她40000元钱，潜入北京实行暗杀。北京方面对“血光团事件”大肆渲染，京师检查厅还向黄兴发出传票，企图在舆论上与宋教仁案相抗衡。黄兴毅然前往上海租界会审公廨，表示愿意赴京对质。最后租界当局以北京方面证据不足，没让黄兴到案。
如此一拖，等到7月12日二次革命爆发后，宋案的审判工作也就不了了之了。宋教仁案就成了一个“定案”，进入了历史。
二次革命中，应桂馨越狱逃往青岛，年底还公开进京要向袁世凯邀功领赏，要求“平反”。他还以为刺杀宋教仁是一件特“光荣”的事情，为政府“帮”了大忙呢？1914年1月29日，人们在火车上发现了应桂馨的尸体。在宋教仁案闹得沸沸扬扬之时，赵秉钧不得不去医院“养病”。 袁世凯派人转告他“放心住医院就是了”，并在5月1日任命段祺瑞代理内阁总理，取代赵秉钧。出院后，赵秉钧出任直隶都督。听到应桂馨的死讯后，赵秉钧喃喃自语：“以后谁肯为总统作事。”29天后（2月27日），赵秉钧在督署中毒身亡。人们普遍相信应桂馨、赵秉钧都是被袁世凯暗杀的。杀害关键证人，袁世凯似乎是“此地无银三百两”，更被人认定是刺杀宋教仁的幕后主使了。27
洪述祖年纪最大，阅历最深，一直隐姓埋名，可还是在1917年4月30日被革命党人在上海诱捕，1918年9月7日被公审。当时袁世凯、赵秉钧都已经死了。洪述祖在法庭上坚称没有授意刺杀宋教仁，更不是袁世凯或者赵秉钧让他干的。他还提到一个细节。案发后赵秉钧对他说：“你在京恐怕毁了。”他心中不甘，求见了袁世凯。袁世凯问他，宋教仁到底是什么人暗杀的？洪述祖说：“还不是我们的人替总统出力！”袁世凯听了，脸一下子拉了下来。洪述祖见状，赶紧从总统府跑了出来，溜出京城四处躲藏。1919年4月5日，洪述祖被绞死。
四
宋教仁案的一个问题永远成了谜：刺杀宋教仁的幕后主使到底是谁？
袁世凯是头号嫌疑人。虽然没有直接的有利证据证明，但宋教仁之死的最大的受益者就是袁世凯。当时袁世凯正一心想当正式大总统，扩充权力，但宋教仁率领着议会最大党派却要组成清一色的政党责任内阁。之前，袁世凯曾用巨款贿赂宋教仁，希望为己所用，但遭到宋教仁坚决拒绝。现在，宋教仁一旦进京建立内阁、限制总统权力，袁世凯即便当选了正式大总统也只是一个橡皮图章而已。更何况宋教仁坚决反袁，还去劝说黎元洪出面竞选总统，想彻底终结袁世凯的政治生命。这是嗜权的袁世凯万万不能容忍的。蔡元培为宋教仁日记《我之历史》作序说：宋教仁组织国民党，以为多数党足以操纵袁世凯，后来又觉得很难，就想放弃袁世凯，推举黎元洪，结果触犯了袁世凯，导致被杀。28所以说，袁世凯有杀人的强烈动机。
然而，袁世凯对付宋教仁，必须采取肉体消灭的手段吗？这种手段显得那么原始、笨拙，而且会触犯众怒，置自己于千夫所指的困境。
事实上，袁世凯的政治手腕高超，手段很多。之前，临时参议院要他到南京就职，他轻松一“兵变”，就不仅在北京就了职，还把参议院也一块儿搬到了北京。至于要对付宋教仁尚在酝酿中的国民党内阁，他可以使用的手段很多。他可以运用议会中倾向自己的统一民主党，拉拢议会中的官僚和士绅议员，阻挠国民党清一色内阁的成立；如果不行，还可以像他日后那样派军队包围议会，要是议员不答应要求就不准他们吃饭，不准回家；实在不行，强大的北洋军也始终是他的权力基础和政治依靠。袁世凯没必要去刺杀宋教仁，没必要彻底激化和革命势力的矛盾。这么做的结果就是，双方兵戎相见，爆发了二次革命。相比之下，刺杀宋教仁绝非是袁世凯的最佳选择。
那个京师警察总监王治馨曾对国民党元老张继说过：“洪述祖南行之先，见总统（袁世凯）一次，说现在国事艰难，总统种种为难，不过二三人反对所致，如能设法剪除，岂不甚好。”袁世凯笑着说：“一面捣乱尚不了，况两面捣乱乎？”当时袁世凯正被财政问题、列强承认问题、沙俄入侵问题、西藏和外蒙古问题搅得昏天黑地，政令不通，不想再和革命党人撕破脸皮、大战一场。所以，袁世凯并不想刺杀宋教仁。
袁世凯无意，部下却有心。不要忘记了，赵秉钧也好，洪述祖也好，都是从前清政坛的大染缸中走出来的，“权心权意”，学会了一身的阴招损招。为了荣华富贵，他们做得出刺杀宋教仁的事情来。宋教仁组织清一色国民党内阁，第一个失业的就是赵秉钧；洪述祖年近60了，人生还有几回搏？个人利益让他们没有袁世凯那样的大局眼光，以为刺杀了宋教仁就能保持或者博取荣华富贵了。像他们这样投机取巧、邀功领赏的宵小在中国历史上太多了。袁世凯察觉底下宵小之辈有刺杀宋教仁的念头，却不加制止，并且在事发后“护犊子”，庇护凶嫌，也可算是杀害宋教仁的间接凶手。
这可苦了醉心议会民主，浑身散发理想光芒的宋教仁了。与许多革命党人醉心纯粹的革命不同，宋教仁留学日本时，专门沉下心思去研究西方政治理论，认定议会民主是解决中国政局、谋求富强的良药。回国后，他一心推行理想。为了大选，宋教仁在南方到处演说，抨击袁世凯政府，进行“光天化日下的政客竞争”。他的批判毫不留情，演讲激情澎湃，势力之猛为沉闷千年的中国政坛所未见。政治热情和书生脾气（比如对自己的“总理梦想”半遮半掩，让他人猜疑），让他对政治的潜流暗潮视而不见。在武汉时，革命党人谭人凤曾转告宋教仁一件事：谭的部下陈犹龙1912年12月曾去北京，正好与应桂馨同住在西河沿中西旅馆。陈犹龙发现应桂馨从中央政府领到了巨额经费在京城挥霍。谭人凤因此告诫宋教仁：高明的人家，鬼是要盯着他的；现在会党分子和中央政府勾结，是很不好的现象；你在社会上很有声望，袁世凯必然忌恨你，你还是低调隐蔽一点，还是要做一些戒备。宋教仁没放在心上。就在遇刺的当天，宋教仁还愉快地去《民立报》社话别。民立报社编辑徐血儿嘱咐宋教仁要慎重防卫。宋教仁却说：“无妨，吾此行统一全局，调和南北，正正堂堂，何足畏惧。国家之事，虽有危害，仍当并力赴之。”
理想主义的宋教仁，就这样坦然地前往火车站，被黑暗的中国现实所吞噬了。
宋教仁临终前曾感叹：“我调和南北之苦心，世人不谅，死不瞑目矣！”可悲的是，不仅是他调和革命和保守势力的苦心世人理解不了，他的议会民主和责任内阁的雄心壮志，在中国也实现不了。
艰难抵抗：袁世凯与“二十一条”
一
民国四年（1915年）1月18日下午3时，袁世凯在中南海怀仁堂接见了日本驻华公使日置益。
第一次世界大战爆发，日本对德国宣战，进攻德国的山东势力范围。民国政府仿照晚清日俄战争旧例，宣布“局部中立”。1914年底，日本军队占领胶州湾和东胶铁路，拒绝撤军。袁世凯以为主动求见自己的日置益是来讨论山东问题的。谁想，日置益拿出厚厚的一摞文件，宣称日本政府对民国政府提出了一些新要求，希望袁世凯承认。说完，日置益简要地介绍起来，日本对华新要求一共分五号，共计二十一条。
第一号要求共四条，是有关山东问题的，内容是：日本继承德国在山东的一切权益，并且要求建造由烟台或龙口连接胶济路的铁路；中国从速自动开放山东省内各主要城市作为商埠。第二号要求共七条，要求将东北南部（日本所谓“南满”地区）和内蒙古东部地区划为日本势力范围：将旅顺、大连租借期限及南满、安奉两铁路期限均展至99年；日本人在南满及内蒙古东部地区自由居住、经商、开办实业；日本垄断该地区的矿产等。第三号是有关汉冶萍公司的两条要求：两国“合办”该公司；垄断该公司所属各矿及附近矿山。第四号要求只有一条：中国沿岸所有港湾及岛屿，只能割让给或者租与日本。
日置益说完第四号要求，看到袁世凯和在场的秘书夏寿田等人都面带怒色，又拿出第五号文件，介绍起更耸人听闻的七条要求：中国中央政府聘用日本人充当政治、财政、军事顾问；中日合办中国警察、军工等事业；将长江流域的铁路建造权许与日本，日本垄断福建交通；日本在华所设医院、寺院、学校等拥有土地所有权；日本在中国有布教权。如果说前面的四号要求都是在具体领域将中国捆绑起来，侵害中国主权，那么这第五号文件则是赤裸裸地向中国躯体上捅刀子，无疑是要变中国为日本的保护国。29
介绍完毕，日置益不顾袁世凯等人面红耳赤、神色激愤，继续说道，如果中国政府承认这二十一条要求，日本将归还胶州湾，同时“敝国向以万世一系为宗旨，中国如欲改国体为复辟，则敝国必赞成”。
袁世凯压住怒火，宣布将由外交部和日本方面具体商议，要日置益等候消息。
等日本人走后，袁世凯脸色铁青，咬牙切齿地和左右说，日本这二十一条要求是要灭亡中国，就是日军打到新华门了也不能同意。他对于日置益最后以支持自己称帝为诱饵，引诱自己承认“二十一条”尤其感到愤怒。此前，袁世凯已经动了称帝的心思，并开始制造舆论开展准备工作。现在，他厉声命令秘书夏寿田，所有关于帝制之事一概停止。“我要做皇帝，也不做日本的皇帝。”当务之急，是如何应对日本咄咄逼人的二十一条要求。
尽管已经是傍晚时分，袁世凯还是命令召集外交总长孙宝琦、外交次长曹汝霖、总统府秘书长梁士诒等人紧急来总统府密议对策。当晚，民国政府的外交决策层整整磋商了一夜。大家一致认为，要想方设法拒绝日本的过分要求。
现存于天津市历史档案馆的袁世凯资料中，有一份袁世凯在“二十一条”最初文本上所作的朱笔批注。袁世凯逐行逐字，对日本的要求进行了批驳，让后人直观地看到了袁世凯对于“二十一条”最真实的看法。
比如在第二号开头，日本人写道：“日本国政府及中国政府，因中国向认日本国在南满洲及东部内蒙古享有优越地位。”袁世凯批道：“无此‘向认’。”在“日本国臣民得在南满洲及东部内蒙古任便居住往来，并经营商工业等各项生意”这条要求旁边，袁世凯批道：“漫无限制，各国援引，尤不可行。”在“中国政府允准，所有中国沿岸港湾及岛屿概不让与或租与他国”这条要求上面，袁世凯直接将“他国”改为“外国”，然后认为“此当然之事”。在“所有在中国内地所设日本病院、寺院、学校等，概允其土地所有权”这条要求上面，袁世凯把“所有权”三字重笔点出，表示异议。在日本有关内蒙古东部地区借款、课税、开埠、合办农工业等方面的要求，袁世凯干脆直接批道：“办不到。”
整份文件的末尾，袁世凯批道：“各条内多有干涉内政侵犯主权之处，实难同意。”
第二天（1月19日），袁世凯召见军事顾问日本人坂西利八郎，愤慨宣布：“日本竟以亡国奴视中国，中国决不作朝鲜第二。”
二
据说，袁世凯临死的时候曾感叹：“日本去一大敌矣。”诚如所言，袁世凯一生以日本为敌，日本也始终视袁世凯为大敌。
日本是近代侵略中国最多、危害中国最深的国家，爱国之人无不视日本侵略势力为敌。袁世凯仇视日本，完全是出于爱国义愤。袁世凯生父和嗣父双亡后，曾由叔父袁保恒抚养。袁保恒在西北任职，就将袁世凯带到了西北。当时新疆发生阿古柏叛乱，西北全民动员，军民踊跃奔赴前线。左宗棠率领清军，深入不毛之地，清除分裂势力残余，逼迫沙俄势力退出侵占的中国领土。少年时期的袁世凯亲身感受了爱国抗敌的热情，在性格形成的关键时刻烙下了爱国印迹。
袁世凯从军后的第一次大行动，就是入朝抗日。1882年，日本人利用朝鲜高宗李熙生父、大院君李罡应和明成皇后闵氏之间的矛盾煽动了“壬午兵变”。朝鲜向清朝求援。袁世凯所在的庆军被派遣入朝平乱。在朝鲜，青年袁世凯与日本势力死缠恶斗了12年，彼此结下了深仇大恨。