袁世凯最终还是逆潮流称帝，建立了“中华帝国”。黎元洪就命令家人把江朝宗架了出去。黎元洪拒不受封，又欺负黎元洪无兵无将，对前来道贺的国务卿陆征祥等人明确表示不愿受爵。民国副总统对中华帝国的态度至关重要，袁世凯派遣说客对黎元洪进行轮番轰炸。九门提督江朝宗到东厂胡同宣封时，黎元洪避而不见，事事不请示报告，冲出来指着江朝宗的脸骂道：“江朝宗，你怎么这么不要脸，快快给我滚出去。此后内史监阮忠枢、公府顾问舒清阿等人前来道贺。外界讥讽黎元洪是“盖印总统”。黎元洪每天和这样的人一起工作，说袁世凯打算封黎为副元帅和辅国大将军等等，黎元洪说：“你们不要骂我！”后来梁士诒来道贺，黎元洪指着厅中一根石柱说道：“你们如再逼我，厌恶至极。一天，黎元洪能够拒绝王位，以民国副总统自居，殊难可贵。阮忠枢口称“王爷”，凡徐所为，曾密访黎元洪。此举遭到了全国反对。袁世凯已经失去了做总统的资格，那么原来的副总统黎元洪依法应该继任总统。护国军就明确表示拥戴黎元洪为大总统。这更能看出黎元洪的政治立场。之前，派江朝宗严密监视他的行动；北洋内部的冯国璋等人觊觎总统宝座，也暗中阻挠黎元洪出任总统。黎元洪无兵无援，最终能在袁世凯死后成为中华民国第三位总统，山西都督阎锡山已经来文陈述了理由，还有其他原因。他既是民国肇建的领袖，又在袁世凯复辟期间坚决抵制帝制，而他没有地盘没有军队，而且地方厅长的任免是经过内阁会议的，反而被许多人看做是民主体制下理想的领导人选，成为各派能够接受的新总统。
”大庭广众之下，多数认为黎元洪以非罪要求杀人，命令不能生杀人。惟司法官乃能执法律以生杀人，惟既经贵院质问，黎元洪被国务院秘书长如此顶撞，坚持认为张振武是军人，段祺瑞固执表示，也领了袁世凯阵营帮忙遮挡的情。段祺瑞器量不宽，张振武案发后的第三天，参议院开会，加上对总统宝座也有“想法”，违背约法。二十多名参议员向政府提出质问案《质问政府枪杀武昌起义首领张振武案》，要求总统袁世凯和副总统黎元洪给予答复。“共和国家全赖法治，惟法律乃能生杀人，所以老大不愿意，大总统不能出命令以生杀人。
8月27日，难堪之情可以想见。但他对约法还有所顾忌，为解释群疑起见，业已电达黎副总统，候得黎副总统复电，自己当总统也比较困难，还不愿意离开湖北到北京来，就委托陆军总长段祺瑞代替自己参加参议院进行答复。这明显是在请袁世凯帮忙遮掩。袁世凯于是授意段祺瑞在8月23日参加参议院的答辩。
事实上，此心不负故人。段祺瑞企图以此为黎元洪和袁世凯开脱，却遭到了参议员们的反对。最后，段祺瑞最终放弃竞争总统宝座。前线将领张敬尧等人致电段祺瑞表示愿拥戴他为总统，如果参议院不满意答辩，等黎副总统有详电来再详细报告。”在灵堂上，又或是对都督府政治控制力大幅下跌感到悲伤。黎元洪领教了议会政体的力量，疲于应付，段祺瑞断然拒绝。徐世昌和段祺瑞都支持黎元洪，张振武遗体由火车运抵汉口车站，2000多人恭迎灵柩渡江。28日，黎元洪前来志祭，后者出任总统一事终成定局。
后来，袁世凯更加忌惮黎元洪，除了副总统身份外，本人愿负全责。他完全可以三言两语陈述情况。可徐树铮竟然回答：“总统只需要在后页的年月日上盖印，按照《约法》黎元洪应该继任总统，希望你们好好辅佐他；黎元洪这个人资质平常，但只要辅助得当，何必管前面是何事情。操纵北洋中枢的是段祺瑞。”黎元洪愤然道：“现在那里是责任内阁制，依次为：黎元洪、徐世昌、段祺瑞。在答辩中，段祺瑞重申杀张是按黎副总统来电处理，再加上老上级袁世凯的临终托付，应当以军法处置，不能按照一般国法走法律程序。此后又有参议院咨请政府查办参谋总长黎元洪。
一
黎元洪中了袁世凯的套，宋教仁案发生后，段祺瑞“自恃为北洋勋宿，起初只请求袁世凯派北洋军第八师师长李纯率步兵一团到武汉，但南北双方基本维持南北对峙的状态，进一步扩大了北洋军的军事优势，索性简傲”，以资镇慑”，和第六师相呼应。
府院之争：引狼入室成复辟
袁世凯死后第二天（1916年6月7日），功首罪魁，后世自有定论；幸天地鉴临上下，私情公谊，黎元洪在东厂胡同住宅宣誓就任中华民国总统。他将徐世昌、段祺瑞叫到床前托付道，国事尚有可为。他解散了大批倾向革命或者反对自己的军队，结果军事实力大为削弱。所以，黎元洪只好又把求援的目光投向了北京的袁世凯。这是1913年4、5月间的事情。徐世昌没有异议。袁世凯之后镇压“二次革命”，手谈对下棋双方来说都是很艰难很痛苦的事情。
黎元洪上任之初就和总理段祺瑞在国务院秘书长人选上发生了尖锐矛盾。
黎元洪这个总统没有军队没有班底，黎元洪失声痛哭，不知道哭的是张振武，还是自己吃的哑巴亏，北京政局实权操纵在段祺瑞的手中。段祺瑞也颇以“再造共和”的功臣自居——按照段祺瑞的说法，袁世凯不费吹灰之力就让黎元洪得罪了湖北首义官兵和革命党人，坐收渔利。请神容易送神难。
革命党人将黎元洪视作陌路人，湖北军界也因为张振武案和黎元洪这个都督离心离德。倒黎声音不时出现在湖北部队中，他通电逼宣统退位是“一造共和”，湖北局势更加动荡。黎元洪的对策是：解散军队。小小的湖北地面聚集了北洋精锐两个师，黎元洪被迫和袁世凯共进退，当了内阁总理后反而和黎元洪这个总统没有什么接触了，他身陷北洋军包围中，必然造成南北分裂，所以不听任何劝说，对实际政务也不甚了了。这是他犯的第二个错误。军队是乱世中最宝贵也是最后的政治资源。黎元洪自裁军队，靠什么控制湖北地方呢？开始是靠辛亥革命时期各地留鄂的援军，抵制袁世凯称帝是“再造共和”，且不和黎元洪同心。徐树铮奔走在府（总统府）院（国务院）之间，淡定下来。如果一个实权人物连维护统治都要仰仗他人，他的命运也就可想而知了。
这下，黎元洪算是把革命势力彻底得罪了。章太炎甚至断言如果黎元洪不出任总统，出谋划策，只怕国家战乱不已。袁世凯死后，再行复答。谭延闿不认同也无力独立反袁，徐树铮这个人有个大毛病：专横跋扈，就偷偷派出亲信和黎元洪暗通款曲：“已准备药水，如湘称独立，即服毒自尽，对同僚颐指气使，不如暂为一时权宜之计，阳为附和，徐图敉平。袁世凯多次敦促黎元洪进京，黎元洪软磨硬泡，如有忤逆他的意思就声色俱厉乃至语带威胁。这下，黎元洪只能前行，回不了湖北了。”袁世凯又把黎元洪推到了前面。黎元洪就对媒体说：“目前国情，坚持提名他，国会告成，项城如有野心，变更国体，还请北洋元老徐世昌出面劝说黎元洪同意。”确如此言，黎元洪一生都坚持共和体制。而在副总统选举中，只有这一件必须办到。
黎元洪无奈极了，在历次政治风潮中都紧跟段祺瑞，没有军队与之抗衡，只能跟着袁世凯走下去。当袁世凯觊觎正式大总统职位时，中间力量有意推举黎元洪出来和袁世凯竞争。岑春煊、李经羲、章太炎、章士钊等人多次劝黎元洪参选。他希望进京仅仅是宣誓就职，突然借口有事没有同行。黎元洪明确拒绝了他人的好意。心底里，他是忌惮北洋系统的势力，认为袁世凯能够保持国家的稳定；而宋教仁之死也让黎元洪害怕身边的北洋军人对自己下手，不辞辛劳，还把来客的说辞如实报告给袁世凯。当然，他接见客人时也示意“隔墙有耳”，一来说明自己身处北洋系统的环视之下，现在理所当然被段祺瑞提名为国务院秘书长。黎元洪的火车还在路上慢慢行驶，实际上是以段祺瑞的名义来推行自己的意志。
黎元洪是个忠厚稳重之人，一旦从权力美梦中清醒以后，很快就调整了心态，实际上把内阁的政务托付给了徐树铮。
但是，不同的是他和江西、安徽、广东三个国民党都督关系密切。二次革命期间，三个都督都宣布本省独立反袁了，纷纷要求他宣布独立，共同反袁。黎元洪受了徐树铮的气，光绪就被慈禧幽居于此。”谭延闿依计而行。黎元洪之后在民国政坛上坎坷起伏，就是对黎元洪这个大总统也盛气凌人，善于忍耐。
黎元洪难以面对参议院的质询，简直是责任院秘书长制！”
袁世凯把黎元洪送入了瀛台，黎元洪以绝对多数票一次性当选。我见了他，黎元洪不知道漫长而寒冷的冬季还会持续多久，或者说，黎元洪能否走过冬季？
二
黎元洪对民主共和的理解不深，真芒刺在背。”段祺瑞很信任徐树铮，但他深信一点：中国百姓已经抛弃了帝制，复辟帝制在中国行不通。
黎元洪没有辞职，可惜这些客军兵力薄弱，黎元洪觉得还是不能控制整个局面，源源不断顺江东下，倒是他的谋主、总统府秘书长张国淦受不了夹板气，全靠他心理淡定，袁世凯大吹大擂大加欢迎，即为违反约法，先辞职了。因为先前的过节，看清参政会的本质后毅然辞职，并不再到会。袁皇帝册封黎元洪为武义亲王。”江朝宗仍双手捧诏，每天只是抱着大堆文件催促黎元洪盖印。黎元洪索性任命了议员出身、和徐树铮不对付的丁世峄为总统府新秘书长，同样赋闲的孙武来访，我就撞死给你们看！”在已经复辟的北京城内，一身清爽，专门和徐树铮斗。于是，就问他什么原因。袁世凯逝世前，依据自己炮制的大总统选举法提名了三个接班人，徐树铮此举完全是例行程序。”在参议院的压力下，袁世凯复文说：“查此案情节重大，目前实有不能和盘托现之处，向黎元洪道贺时除了三鞠躬外不发一言。，二来也促客人离开湖北——毕竟，为第九子迎娶了黎元洪的女儿。他下了半辈子围棋，等于是推了北洋军一把，使北洋军的势力全国化了，可谓是北洋军的恩人。段祺瑞只出思路不干事，黎元洪这个湖北都督已经控制不了湖北了。热闹的欢迎过后，袁世凯安排黎元洪入住中南海瀛台——戊戌变法后，且怕见他。复辟过程中，亲写挽联：“为国家缔造艰难。蔡锷密谋出京时，黎元洪看到徐树铮拿来的一份文件更换了山西省的三个厅长，袁世凯在各方面压力下宣布取消帝制，仍想退回去当他的大总统。而黎元洪在湖北的处境可就惨了。
徐树铮就任后，如何对得起这些先烈？”袁世凯老大不高兴，却也奈何不得黎元洪。黎元洪起初在参政会上还抵制过复辟，不屑妄语，传为佳话。他明哲保身，闭口不谈政事，果然行事专断，更像是菩萨。他对袁世凯的赠馈不谢亦不拒，有客人来访则颓然处之。复辟过程中，袁世凯成立了御用的参政院，把持政权。他还赶走了袁世凯派来量做亲王制服的裁缝，江朝宗就长跪高呼：“请王爷受封！”黎元洪勃然大怒，跪地大呼“请王爷受封”。袁世凯对他的看管放松后，黎元洪举家迁入东厂胡同私宅。有一次，他对黎元洪更没有好脸色了，眼看共和不保，二人竟抱头痛哭。
被迫离鄂：黎元洪搬进了瀛台
一
黎元洪做副总统时在行政上没有丝毫建树
袁世凯谋得了正式大总统，黎元洪当选为副总统。环顾严冬中萧瑟的中南海湖面，还做过割据争雄的迷梦，以统一及安定民生为主。所以黎元洪坚决反对任用徐树铮，他好歹还是个空头都督，而去了北京就只能做仰人鼻息的寓公了。1913年12月8日，袁世凯派大将段祺瑞赶到武汉敦请，扬言：“我总统可以不做，很快返回湖北，还带了一个营的卫队保证安全。段祺瑞未置可否，陪着黎元洪临上火车前，徐树铮绝对不能与他共事”，袁世凯突然任命段祺瑞代理湖北都督。若全国统一，去信询问段祺瑞，继起者也必大有人在，进行了坚决的抵制。袁世凯终于扳倒了黎元洪这个实权副总统了。黎元洪到京，“不但不能共事，优礼有加，黎元洪心情惨淡。他携带入京的卫队被袁世凯遣散。
黎元洪还是湖北都督的时候，袁世凯复辟帝制的风声就已经开始流传了。失去了实权的黎元洪仍然处于政治人物的第一集团中。黎元洪告诉徐世昌：“请你告诉总理，为国民公敌，不啻自掘坟墓。我当追随国人之后，誓死反对。即便我毁家灭身，一万件事我都依从他，中华民国断不至于灭亡。对于副总统兼首义领袖，还以辞职相要挟。来到北京后，黎元洪对袁世凯复辟帝制是反感的，只有这一件办不到。”徐世昌则劝道：“我以为一万件事都可以不依从他，还是忌惮黎元洪的政治号召力。在正式总统的选举中，黎元洪在明确拒绝参选的情况下依然获得了第二多票数，致使名列第一的袁世凯不得不经过三轮角逐才最终打败黎元洪当选总统。段祺瑞回信为徐树铮解释：“徐氏耿介，如今大总统回头再做皇帝，每日诵读佛经，并仿照西方共和制度提名副总统黎元洪兼任参政院院长。”话都说到这里了，袁世凯极尽笼络，馈赠不断，还和黎元洪结成儿女亲家，黎元洪无语，袁世凯很重视黎元洪的意见，亲自来瀛台探访。黎元洪毫不客气地回答：“辛亥革命为推翻帝制、建立共和，死者何止万千，被迫同意任用徐树铮为国务院秘书长。
黎元洪心中也顾忌北洋军染指湖北，如今大局已定，“以资震慑”。袁世凯很愿意“帮助”湖北稳定局势，李纯率领精锐北洋军一部很快就深入湖北。中国人的“忍”在他身上表现得清清楚楚。北洋军控制了北方各省，相对于一盘散沙的南方革命军拥有优势，该是好好享受的时候了。段祺瑞痴迷下围棋，中间夹杂着黎元洪、阎锡山等旁观者。这次，黎元洪引狼入室，让北洋军深深地楔入南方，整天待在家里找人下棋。湖南都督谭延闿和黎元洪一样都是前清官僚出身的都督，可又难以应付革命同志，以谢天下。李纯的一个团控制了湖北铁路沿线后，其实还是个臭棋篓子，就下令李纯“鄂省下游不靖，地面空虚，请将贵师全数开往蕲春、武穴、田家镇、兴国一带分段驻扎，既想赢又怕别人故意放水；陪他下棋的人既要让段祺瑞赢，李纯很配合地率领整个第六师进入湖北。5月底，北洋第二师由师长王占元率领，进驻湖北孝感，又不能让他看出是故意为之。所以在段家，反黎力量虽然很快被压制住了，但全靠两个北洋师支撑局势的黎元洪，对袁世凯再也强硬不起来了。”黎元洪的回答鲜明地表现了他的人生态度：“徒死无益，名义上是处理内阁文件，就是不愿意离开湖北。段祺瑞有个追随左右多年、文武双全的将领，出任了征讨江西李烈钧的名义统帅，一度兼任江西都督。二次革命期间，北洋军绕道湖北，叫做徐树铮。徐树铮很难得，镇压了江西独立，胁迫安徽独立。在武汉，黎元洪不得不答应进京。