现依据《中国宗教通史》（牟钟鉴、张践著，社会科学文献出版社2000年版）对藏传佛教问题做些补充。
公元7-13世纪，印度佛教发展到密宗时期。密教是大乘佛教理论与印度传统宗教仪轨相结合的产物。公元4世纪左右，一度衰落的婆罗门教吸收了佛教、耆那教等内容，形成了新的婆罗门教-印度教。而佛教大乘的发展已经由于过分玄奥脱离了民众，为重新吸引民众，不得已从印度教中吸收巫术、咒语、仪规、密法，这种情况始于六、七世纪，因早期依附于大乘佛教，称为“杂部密教”；七世纪后，《大日经》、《金刚顶经》问世，进入“正纯密教”，在印度取代了大乘的地位。密教自称，其教理由大日如来亲传，不能随便传授，故以密为名。并把以前的佛教称为显宗。密教产生后，有只重仪轨、不重理论的倾向。密教经典很早就在中国流传，曾经繁荣一时，并向日本流传成为“东密”。但在中土逐渐失传，原因之一在于其中有些内地人难以接受的东西。
历史上把佛教传入西藏分为前弘期和后弘期。前弘期指公元七世纪的松赞干布时代。他统一吐蕃后，娶了尼泊尔的赤尊公主和唐朝的文成公主为妻，传播佛教，到后三代赤德祖赞又娶了金城公主，依然崇信佛教。但他们的儿子受人鼓惑，一度打击佛教，悔悟后由他的一个大臣迎印度显宗大寂护到藏传教，遭本教攻击。归国途中遇密宗大师莲花生，返藏传播密宗，因长于法术取得成功。传说，密教曾与本教、禅教辩论均胜。以后几位藏王继续弘法，到赤日巴金达到高潮。但引起本教臣民反对，本人亦被杀，反对佛教的郎达玛为赞普。前弘期终止，时为公元841年。旋即郎达玛被杀，藏区因争赞普位陷于混乱，西藏佛教停滞。时有僧聚集西康，另兴佛事。藏区稳定后，反到西康求法，学成回藏，佛法又兴旺起来。密教自此稳固。时978年，距前弘期137年。本教分化为白黑两派，已不足与密教抗争。在后弘期，印度高僧阿底峡受到藏王的重视，发挥了重要作用。阿底峡提出先显后密的修行次第，使密教修行系统化、理论化，并将口诀传与仲敦巴，此为日后噶当派创始人。同时，密教由于在印度没有进行这种整理、改革，归于消失。
密教在西藏兴旺之后，由于传播源头不一，传播途径诡秘，依靠贵族割据，形成各立门户的不同派别，先后出现宁玛、噶当、噶举、萨迦等派。
以下仍据《中国民族史》的记载摘记。
公元10世纪后半期，佛教与当地苯教结合，形成喇嘛教，并分别依托各个封建领主，形成十几个教派。重要的如宁玛派（红教）、萨迦派（花教）、噶举派（白教）等。元代时以萨迦派首领八思巴（萨班的侄子）为首脑，形成地方政权。元末萨迦派衰落，噶举派的一支在绛求坚参领导下战胜萨迦派，组成帕木竹巴地方政权，并统一卫藏地区。后渐次归附明朝。格鲁派（黄教）是15世纪初才形成的喇嘛教的一个教派，创始人为宗喀吧。由于他遍学各派，颇有名望。针对当时教派混乱、寺规不整、奸邪作恶，喇嘛教在社会生活中威信尽失的局面，宗喀吧毅然进行了一场宗教改革。主要是：(1)以噶当派教义为基础，兼取各派之长，撰书两部，系统整理显、密两宗观点，成为新创格鲁派理论依据，易为各家接受。(2)严格教规，整顿教风。禁止喝酒娶妻，长住寺院苦修，脱离世俗权贵，改戴黄色帽子。(3)改变分别依赖不同领主局面，与各地领主广泛建立联系。该派得到明朝的认可和支持，宗喀吧弟子释迦也失入朝被封为“西天佛子大国师”、“大慈法王”，势力日大。永乐7年，建立格鲁派第一座寺院——甘丹寺，标志黄教正式创立。以后又在拉萨西郊、北郊建哲蚌寺、色拉寺，合称黄教三大寺。
格鲁派壮大后与其他教派发生矛盾，并伴随武力冲突。在这种情形下，急需建立权威领袖。1524年，宗喀吧弟子根敦珠巴的继承人、哲蚌寺法台根敦嘉措死，四年后哲蚌寺上层找来三岁幼童索南嘉措作为根敦嘉措的“转世灵童”，称之为活佛，并作为格鲁派的领袖。这是格鲁派采用活佛转世制度的开始。1559年，蒙古和硕特部俺答汗西征瓦剌进入青海，邀请索南嘉措到青海传教，索氏欣然前往。会晤后，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号。“圣识一切”，意思是“遍知一切”；“瓦齐尔达喇”，意思是“执金刚”，是对在密宗佛法方面有最高成就者的称号；“达赖”，是蒙古语“大海”；“喇嘛”，为藏语“上师”。自此以后，达赖喇嘛名号开始流传。同时追认根敦珠巴为一世、根敦嘉措为二世、索南嘉措为三世。索氏与俺答汗会晤后，在随俺答汗去土默特途中停留西宁，并在此修建了塔尔寺。索氏进入蒙古地区后使黄教在蒙古地区广为传播。索氏还接受俺答汗的劝告与明朝大学士张居正有书信往来，对调停俺答汗与明朝的关系作出了贡献。1588年，他受朝廷邀请由土默特进京，病逝途中。其后一年，俺答汗的曾孙苏弥尔出生，被认定为索氏的转世灵童，为四世达赖喇嘛云丹嘉措。四世达赖是唯一非藏族达赖。1602年在蒙古军队护送下入藏坐床，拜四世班禅为师。1616年，云丹嘉措突然死亡，有传说是被人所杀。罗桑却吉坚赞为四世达赖寻找转世灵童，即五世达赖罗桑嘉措。五世达赖罗桑嘉措生于帕木竹巴一个贵族家庭，与各派有较好的历史渊源，1622年在哲蚌寺坐床，拜罗桑却吉坚赞为师。
此时位于后藏信奉噶玛噶举派的辛厦巴家族兴起，自称为后藏上部之王，并以武力控制了前藏，推翻帕玛竹巴地方政权，建立了噶玛政权，与进入青海的蒙古喀尔喀部却图汗联盟，企图消灭格鲁派；同时在康区信奉苯教的白利土司也强烈反对格鲁派，格鲁派陷入危机。1637年，信奉格鲁派的蒙古和硕特部由固始汗率领从新疆进入青海，打败却图汗，占有青海，进入康区，消灭了白利土司。1641年，五世达赖与其师罗桑却吉坚赞遣人邀固始汗入藏，推翻了噶玛政权。1645年，固始汗控制西藏后，赠罗桑却吉坚赞“班禅博克多”称号，是为班禅称号之始。“班”，意为“精通五明的学者”；“禅”，意为“大”；“博克多”，是蒙语对智勇双全人物的尊称。罗桑却吉坚赞为四世班禅，又追认了前三世。其去世后，五世达赖为其选定转世灵童。由此，格鲁派又建立了另外一个活佛转世系统。在固始汗的统治下，格鲁派在藏族社会中的地位最终确立。
以下根据《中国宗教通史》记载，可与前面正文有关内容互参。
1652年，清顺治邀五世达赖进京，并亲自出城迎接。次年归藏后，五世达赖乘势整顿黄教，修布达拉宫，并将达赖办事机构迁入，自此布达拉宫成为西藏政教中心。1662年，四世班禅去世，五世达赖为其主持转世仪式，认定罗桑意希为五世班禅，并担任受戒师。由此形成了达赖与班禅互为师徒、互相主持转世仪式的传统。五世达赖晚年著述颇丰。1682年，五世达赖圆寂。当时执政的第巴桑结嘉措密不发丧，仍以五世达赖名义发号施令。1693年，康熙亲征击败噶尔丹，从俘虏口中得知五世达赖已死多年，写信申斥。桑结嘉措一面表示悔过，一面迎立已十几岁的仓央嘉措在布达拉宫坐床，为六世达赖。1705年，桑结嘉措被蒙古军队处死，另委派隆素为第巴，要求废除六世达赖。次年，六世达赖在押送进京途中去世。1707年，拉藏汗与隆素另立伊喜嘉措为七世达赖，但一直没有得到三大寺上层认可。康熙感觉西藏不稳，决定增加班禅一系威望，于1713年册封五世班禅罗桑意希“班禅额尔德尼”称号和金叶、金印，一同达赖。1737年，五世班禅逝世，巴丹益喜为六世班禅，照例拜七世达赖为师。1757年，七世达赖逝世，强巴嘉措为八世达赖，拜六世班禅为师。1780年，六世班禅赴承德朝见乾隆皇帝，在京病逝。噶玛噶举派活佛沙玛尔巴勾结廓尔喀（尼泊尔）人攻入西藏，朝廷派福康安为大将军，一直打到加德满都城下。朝廷鉴于政治体制不完善是造成西藏内忧外患的直接原因，于1792年对西藏政治、宗教制度进行了重大改革，其中之一就是建立了活佛转世的“金瓶掣签”制度，防止在活佛转世问题上私下捣鬼。从此，金瓶成为中央政权在西藏的象征。康乾盛世时期，清朝国力强盛，民族宗教政策成功，承德外八庙就是这种成功的象征。以后开始衰落。九世达赖隆朵嘉措、十世达赖粗墀嘉措、十一世达赖凯朱嘉措、十二世达赖陈列嘉措多成为僧俗贵族争夺权力的牺牲品，并且均短命夭亡。于大体同时的七世班禅丹白尼玛活了72岁，成为九、十、十一三世达赖的师傅。