《大公报》为武侠小说辩护无非是借题发挥，出发点是政治性的，但说明他们对他这位昔日的同人还是友好的。从1955年到1960年，金庸几乎年年都应邀为《新晚报》报庆撰文庆贺。《明报》经济困难时期，新华社香港分社主动要提供白报纸。金庸为保持《明报》的独立性，婉言谢绝。《明报》初创的三年，他之所以不断表明中立的立场，也是要摆脱左派阵营的影响。
“逃亡潮”后，《明报》支持港府遣返难民，批评内地，引起《大公报》等左派报纸的不满，但矛盾的公开化要等到一年多后。
1963年，《明报》平均日发行5万多份，已经稳定。7月3日，从德辅道中搬到湾仔谢斐道399号，共租用四层，包括二楼、三楼、四楼及地下一层。地下是机房，二楼是排字房，三楼是编辑部，四楼是经理部和员工食堂。
随着中苏关系的不断恶化，北京决心不惜一切代价发展核武器。这年1月21日，金庸在《明报》发表社评《赤色巨龙将有核子牙乎？》。当时，苏联赫鲁晓夫挖苦中国如果勉强要制造原子弹，人民将会连裤子都没得穿。10月28日，时任国务院副总理兼外交部长的陈毅，在北京接见日本记者团时驳斥这一嘲弄，表示不管中国有多穷，“当了裤子也要造核子”！①日本各大报纸报道了“宁无裤子，也要核子”，全世界各大传媒纷纷转载，“核裤论”引起广泛关注。向来反对制造核武器的金庸，10月30日在《明报》发表社评《宁要裤子，不要核弹》：
一个政府把军事力量放在第一位，将人民的生活放在第二位，老实说，那决不是好政府。我们只希望，这只是陈毅一时愤激之言，未必是中共的真正政策。不知陈毅是否了解，一个人民没有裤子穿的国家，即使勉强制造了一两枚原子弹出来，这个国家也是决计不会强盛的，而这个政府是一定不会稳固的。……请问几枚袖珍原子弹，有何用处？还是让人民多做几条裤子穿吧！
金庸如此不留情面，尖锐地批评内地还是第一次。此论一出，引起一场轩然大波。《文汇报》《新晚报》《大公报》《香港商报》《晶报》等左派报纸群起而攻之。10月31日，《文汇报》在“编余漫笔”发表评论《怕中国有？是什么人！》，不点名地指责他，“一望而知这是毒蛇嘴里的玫瑰”，“那决不是好人”，“利用中国人的身份，装成一副悲天悯人的伪善面孔”。同一天，他的老同事羊朱在《新晚报》的“夕夕谈”发表评论《裤子固要，核子也要》。左派报刊虽然给他加了许多罪名，如“不是中国人”“其心可诛”等，但这次还算客气，并没有点名。
面对左派报纸阵营的围攻，《明报》孤军应战，但金庸没有低头，左派的围攻反而成全了他，他的社评读者与日俱增，《明报》的日发行量不断攀升。他在10月31日、11月1日继续发表社评《中共制核弹，无益加有害》《若非谣言，便须引咎》。31日，副刊上还发表三苏的《有核无裤、无核有裤与核裤皆无论》。11月2日，他发表社评《我们关于裤核问题的十点立场》，重申自创刊《明报》以来，一贯反对核试验，主张全面、坚决、彻底、干净地销毁全世界所有核子武器的立场。
① 陈昌凤《香港报业纵横》，111—112页。
“纵然无裤也要核论”……我们对这句话深感愤慨，这句话中所包含的意义对全国人民极为不利。我们还认为，陈毅的话根本不通。中共要制造核弹，未必要牺牲人民的裤子，即使要减少一些裤子，也决不至于全国人民都无裤子。如果真的如陈毅所云，“全国人民没有裤子”，我们相信核弹决计造不出来。
奇怪的是，左派报纸暂时偃旗息鼓，不再反击了。
五、笔战《大公报》
1963年，金庸成为国际新闻协会（IPI）的会员。这是世界性的新闻工作者组织，经常有机会到各国参加活动。1964年1月，他以《明报》记者身份应邀参加日本《世界周刊》举办的报人座谈会。4月，他再次赴日，参加国际新闻协会在东京举办的“亚洲报人座谈会”。他发现日本报人享有充分的新闻自由，一个重要报人的地位高于一个重要的政治人物。他看到外相大平正芳对《每日新闻》前任社长、时为日本新闻协会会长的本田态度恭敬得很，本田却潇洒自在，并没觉得大平是如何“贵”的贵客。
他参观日销日报420万份、晚报280万份的《朝日新闻》，报社有几十架印报机，报纸一出来，就由几十条传送带同时输往打包车间，这是他第一次亲眼目睹现代化的报纸运作方式。日本三大报的记者外出采访可以坐各自报社的飞机。在与国际同行的交流中，他体会最深的是：“在民主的社会中，政府绝不能影响报纸，报纸却可以影响政府。政要可以上台下台，内阁可以改组更换，报纸的言论和立场却必须是一贯的。报纸不诚实，读者不看它，报纸非垮台不可。政府不诚实，报纸不断地攻击它，政府也非垮台不可。归根结底，政府的命脉，是真正操在广大人民手里。”①
1964年，《明报》从日出对开一大张扩充为对开两大张，已具备中型报纸的规格。自转型为知识分子报纸后，经常会接到读者来信，反对他们以大量篇幅刊载马经、狗经以及无聊小说。10月12日，金庸在社评中回应：
① 《金庸散文集》，279—281页。
每封读者来信我们都很重视，也很感谢。但我们真诚地以为，政治与学术固然是很重要的事，是很严肃的东西，但在人的生活之中，娱乐决不是不重要的。……本报在各方面的缺点很多很多……然而“注重娱乐”，我们以为这并不是缺点……同时也决不能不注重正经严肃的事物。
金庸景仰的英国哲学家罗素发表《人类有前途吗？》，抨击核武器对人类的危害，他译为中文，在《明报》连载。当年9月底，美国国务卿鲁斯克宣布中国将于近期举行核试验，但何日何时，北京方面严加保密，美方也一无所知。10月1日，金庸在《中共核爆应在下午举行》社评中指出：
我们相信中共造成原子弹的日子已不在远。鲁斯克所以提前宣布，目的是减少这个新闻的耸人听闻性，以削弱中共在这件事上所企图获得的宣传与心理效果。……因此中共举行核爆，最好选择在下午三四点钟，其时美国正是深夜，仪器中查到之时，国务卿来不及开记者招待会，北京电台就可先行广播了。
他对时间的预测不久就得到证实，10月16日，新华社发布消息，中国第一颗原子弹已经成功爆炸，引爆时间是下午三时。10月18日，他在《明报》重登10月1日的社评，表示预测准确。此时，他感到十分为难。他一贯反对核试验，如跟着左派报纸说那是中国人的光荣，有悖良心。沉默原是个聪明的办法，既可不得罪人，也不违背良心。但到10月20日，他还是发表了《中共爆炸原子弹的评价》社评，“我们不赞成中共制造核弹，决不认为这是中国人的光荣。……但我们赞成中共政府16日这个声明。他们主张彻底销毁核弹，大家保证不使用核弹，这是对人类前途有利的意见”。23日、24日，他接连发表社评《核弹是一种罪恶》《赞成全面毁灭核弹》，“觉得我们社评中的意见，没有改动的必要”。正好这时，10月22日，《明报》港闻版刊登邵氏兄弟（香港）有限公司的电影《血手印》宣传广告，有“血手出现，兵燹可消”等词句，因漏印“广告”二字，被《大公报》抓住把柄，指责“血手淋淋，妖言凿凿”。
10月25日，《香港商报》发表社评《也谈核弹》，指控“一小撮别有用心的黄面皮人，做出‘中立’‘公正’之状，挖空心思大骂中国人的‘核自卫’”。从这一天起，《大公报》发表《略揭最恶毒反华的<明报>的画皮》《<明报>主笔的罪恶》《<明报>何以妖言惑众》《光荣轮不到这些人头上》等文章，指名道姓攻击金庸和《明报》，不仅翻出了“核裤论”的老账，还从1959年以来他的近两千篇社评中找出大量的“毛病”，称他“下流反华”“恶毒反华”，是香港报界“反华宣称最敏感的动物”，指责他“造谣生事，大发反华妖论”：
《明报》的人不是未到过中国（内地），他在内地的亲戚绝不会是光着屁股的，这样大做裤子文章，岂不太卑劣了吗？……
这本来是他的反华妖术之一，就是不管来源是否可靠，只要得到一点捕风捉影之词，立刻加油添醋，大发其污蔑祖国的妖论。
《略揭最恶毒反华的<明报>的画皮》说：
让我们在这里给它做一次义务宣传：《明报》者，一张进行恶毒反华的报纸是也。
……在这一块中立的画皮下，它的法很多，它常常走私夹带，在一个看来没有关联的问题上，它会塞进一点私货。……当《明报》向你嘻嘻哈哈的时候，冷不防一支暗箭就会射过来，或者在被它认为要害的地方点你一点，叫你防不胜防。
10月27日，金庸在《批评中共就是反华？》社评中作出回应：“反对政府的某些措施，反对执政党的某一种做法或主张，是表示反对国家？人民有没有批评政府或执政党的权利？……我们的批评可能是错的，但我们坚持有批评的权利。”结果引来更凌厉的炮火。
《大公报》和《文汇报》《新晚报》《香港商报》《晶报》等联合出击，向金庸和《明报》展开新一轮的围攻，这是新华社香港分社社长梁威林布置的。老同事陈凡以“张恨奴”笔名写的长文《<明报>的妖畜和妖术》（10月28日、29日）、《再谈<明报>的妖言和妖术》（11月1日）分三次刊登，最具攻击性。遥想当年，陈凡曾为他的《书剑恩仇录》题词：
一卷书来，十年萍散，人间事本匆匆。当时并辔，桃李媚春风。几许少年俦侣，同游日，酒与情浓。而今看，斜阳归路，芳陌又飞红。
他们同在《大公报》副刊开设《三剑楼随笔》专栏，没想到，昔日的同事、同道，如今却因政治观点而势成水火。“十年萍散”，真是一词成谶。“当时并辔……而今看，斜阳归路，芳陌又飞红。”十年之后，不仅各有各的人生际遇，而且反目成仇。①
11月13日，《明报》“自由谈”副刊发表《略揭凡块“画皮”》，指出《大公报》的说法幼稚得可以了。从11月26日起，金庸在《明报》发起反击，直到12月22日，在二十六天中他以“《明报》编辑部”名义，每天在头版或二版头条位置发表《敬请<大公报>指教和答复》系列长文，就“劳民”与“扰民”、人民公社，要不要向外国输出粮食，要不要民主自由、“修正主义”，“一切归功于党”、“核子与裤子”，“试验核弹是不是罪恶”、“批评左派便是‘反华’”、“马列主义就是‘华’吗”等一系列问题，向《大公报》发起连珠炮一般的还击。
陈凡批刘金庸的武侠小说，“思想内容大都是反正义、反爱国的”。他反唇相讥，说自己的小说“写得差，内容也很无聊，荒诞不经，原是不登大雅之堂的玩意儿”，其中四篇就登在《新晚报》《香港商报》上。
金庸请《大公报》指教的第七个问题是“要不要民主自由”：“我们赞扬民主自由，认为每个普通百姓应当各有不可侵犯的人权和尊严，贵报认为这样说就是贩毒，是不是要每个人都永远听党的话，完全没有自己的主张和自由，每个报人都成为又红又专的‘歌德派’的积极分子，那便戒了毒？”
要不要收回俄占地？他质问《大公报》：
① 《海光文艺》1966年第3期，13页。
到底应不应该主张收回我国被俄国强占的一百七十三万七千方英里的土地？在什么情况下应当全力主张收回？在什么情况之下应当完全置之脑后？在什么情况下应当强调“伟大的爱国主义”？在什么情况下应当强调苏联老大哥万岁而坚决反对“狭隘的民族自私主义”？
要不要援助外国？他质问《大公报》：
缅甸三十万华侨生活上正陷入空前的困难和痛苦，这是不是事实？贵报为什么对这事完全不予报道和评论？我们要求中共替华侨出头，为什么是恶毒反华？我们要求中共不要援外而照顾本国同胞生活，为什么是恶毒反华？从什么时候起古巴、缅甸等外国变成了“华”，而中国同胞反而不是“华”？
他在7月14日曾发表过一篇社评《不援同胞援异族》。
12月22日，他发表《有什么不对，请原谅！》指出：“你们辱骂《明报》的口气很恶毒，用的字眼很难听，我们完全没有回敬。然而，我们的语气和辞句，还是有许多不够有礼貌、不够忠厚的地方，这一点，请你们原谅。我们这些文字写得很匆促，一定有不够周详的地方，必须引用康利上尉的一句话：‘有什么不对，请原谅！’敬祝你们圣诞快乐！新年快乐！”同一天，《明报》在头版刊登《谨向读者致谢及道歉》，感谢许多读者来信支持、鼓励，还有许多读者给“自由谈”投稿，对这场笔战提出不少意见，大部分都热诚爱护《明报》，向对方据理力争，因无法一一登出，《明报》表示诚恳的歉意。
当金庸全面出击时，《大公报》等左派报纸没有大举反击，是因为受到北京高层的阻止。“五家左报的爱国热情很可贵，但方法上忽略了用事实和道理去说服人，所以开战不久就受到主管香港工作的廖承志同志的批评，陈毅也告诫爱国报纸要正确对待别人的批评。”陈毅还说过一句话：“《明报》那个社论，要中国人有裤子穿，那还是爱中国人嘛！”①金庸对陈毅也心生好感，“文革”时陈毅挨红卫兵批斗，他在社评中赞扬陈为“核裤论”做过说明。1972年1月12日，他在陈毅去世后的社评中称许陈“性格豪爽，心直口快”，再次提及“核裤论”不过是一个比喻。
① 陈昌凤《香港报业纵横》，112页；张圭阳《金庸与报业》，131页。
在香港市民眼里，《明报》与左派报纸的笔战如同一幕精彩的大戏，大大引发了他们的好奇心，他们热切地追看报纸，就像看武侠小说连载一般。有人以不无调侃的口吻说，《明报》之所以有今天，全靠了《大公报》的帮忙，如果不是这场笔战，《明报》是不是能成为大报还是一个未知数。这话未必完全准确，却道出了一个实情。这也是商业社会的特定现象。有人为了炒作报纸，提高发行量，有意向其他报纸寻衅，打笔仗，这在报业史上并不鲜见。