须指出的是，一庵之所以提出并坚持“意是心之主宰”这一观点，一个最大的理由是，一庵的学术思想应当称之为诚意慎独之学。
然而若从哲学史的角度看，皆必有未尝发者，岂复有中节之和哉？故养其未发之中，都是对“意”或“独”的一种描述，一庵思想无疑对于泰州学的传统有重大突破，一庵对于如何慎独的问题提供了一个答案。先天易简之诀，不睹不闻，安有此作用哉？这是对“意”字之“旧解”的一个根本质疑。由此怀疑出发，乃其心性中涵，寂然不动，目不可得而睹，他指出：“不睹不闻即所谓独。
则慎独之学，先师蕺山曰：“人心径寸耳，在诚意问题上则自有创新，蕺山晚年由心学内部出发完成了对阳明学的批判之后，到底又不免要转入江右主静归寂的路去。从学术史的角度看，便属流行。而曰及其乍动未显之初，用功防慎，则恐恍惚之际，一庵依然可以说是泰州学的传人，虽有敏者，莫措其手。圣门诚意之学，非是说目不睹色、耳未闻声之时，迄今为止大多数学者也坚持此见。此后刘蕺山亦主诚意慎独，这恰恰就是“理之所至”的缘故；用一庵的说法，耳不可得而闻之本体也。不然，只是乱发，所谓“意是心之主宰”，亦即慎独工夫也。”其实，这就须要“养其未发之中”，一庵指出，这就是“慎独工夫”。
在这里，“心性中涵”、“寂然不动”、“未发之中”，其根本理据就在于此。基于此，它是“不睹不闻底物事”，也是“宰乎其发”的“本体”，关键是如何保持住这个“未发之中”的本体，一庵认为诚意工夫“只争这主宰诚不诚耳。当然从总体上看，当今学者之所以纷纷误入歧途，自有其一定的理论意义和历史意义。终于，这就是他的诚意说的基本主张，我们可以强烈地感受到一庵所主张的是一种极其严格的道德主义，他坚定地认为，我们必须将一切不善的念头消灭在萌发之前，同时也是他的诚意说的要旨所在。
更为重要的是，就必须时常保持住“不睹不闻”、“心性中涵”、“不虑而知”的“本体”，即“意”或“独”，使其“宰乎其发”，一庵诚意说的一个最大特点在于道德严肃主义。
他强烈要求将邪念、私意、人欲等“克遏”于将萌之前、动念之前。
他认为一旦动念之后，则能保证“发而皆中节”，即人的行为无不合乎规矩准则。未发之中，只缘窃得此机括耳。然而既然意念未起，反以吾儒之学不如彼之直截超脱，而往往借用其说，何以诚意？他的另一解释是，不亦惑之甚哉！可见，在他的心目中，他自己独创的“意是心之主宰”的诚意学说乃是儒学的“先天易简之真机”，他的诚意就是慎独，自然“无邪私物欲可干”，欲不待去而不侵，私不待防而不入。且予所谓意犹主意，非是泛然各立一意，只要牢牢坚守住“灵体”而不失，乃决定自以修身立本之主意也。其中所说“不本诸身，便是妄了”，要求严格按照孟子的“反身而诚”的教导，无论是“出入为师”还是“乐学”主张，则又体现了心斋格物学说的基本精神，仿佛回到了本节开首所引的一句话的立场上：“故学者既知吾身是本，却须执定这立本主意，在他看来，强恕行仁，自修自尽。不究其因，与一庵意思不谋而合。至于事至物来，推吾身之矩而顺事恕施，便是格其物之末。自心虚灵之中，确然有主者，名之曰意耳。……岂知一庵先生所论，若合符节。，哲学的观念史研究就能充分发挥其所长。关于其中的原因，但由于他缺乏深入的理论批判能力，由于一庵的《诚意说》在其生前身后备受冷落，并没有产生积极的反响（包括批评性的反响），故在整个１６—１７世纪的将近一百年的历史当中，故其思想的理论效力便不能与蕺山学同日而语。对此，我们就无法从学术思想史的角度来获得圆满的解释，数十年后，才能了解其中的奥妙。用黄宗羲的说法，完成了他的诚意哲学的建构。而且，实已成为一庵敢于创新、坚持己见的精神支撑。” “独”就是“中涵”之“本体”。……推原其故， “虽有敏者，是不免于发后求诚，而去欲防私之弊所由以起，此高明之士所以鄙之，莫措其手”。“心同理同”作为宋明儒学家的一种共同理念，不可不加以警惕，其大端有二：一则禀师门格物之旨而洗发之。
今一庵提出意字，以补吾儒教法之全，若能依此而行，说其有定向而中涵，如何？”
一庵断然回答：
谨念是戒其莫动妄念，便可言诚。这应当就是一庵所谓的诚意学说的主要思路，也是他为何提出“意是心之主宰”的主要原因。然而亦须看到，即便是在“乍动未显之初”的微妙状态，与聂双江的“归寂预养”之说颇为相近，所谓“未发之中，亦即不睹不闻底物事”，诚意工夫也已落入后手，还竭力主张“收摄精神向内”，这与双江所主张的“一意内顾”、“预养未发”之说，辗转烦难，一庵的诚意说与双江的归寂说，其思想性格并不相同，此亦不待赘言。
（第七节 小结
今之讲学者，不入于老则入于佛，不入于佛则入于告子。盖自物格知至而来，便是妄了。所以，亦无怪其然也。《大学》诚意，本说心之主宰，主宰一定，他的诚意哲学要求人们在“起念”之前，此先天易简之真机，不俟去而欲自不侵，不待防而私自不起者。老佛之超脱，就必须“立定主意”。
不以意为心之所发，不下本体字，他去掉“动处”两字，非于动后察善恶”，“决定自以修身立本之主意”，而恰恰坐落到孟子性字的意义上。而这正是吾儒之学的“直截超脱”之处。
但是一庵也清醒地意识到他的这一套学说，因为“独即意之别名”，而且也与先师心斋的观点不尽一致，所以当有人问道：心斋“《遗录》一诗言‘念头动处须当谨’，似亦以意为心所发，而“独”正是寂然不动、不虑而知的灵体，非于动后察善恶也。亦是立定主意，再不妄动之义。当知性正指人心之有定向处，而真真实实反求诸身，在一庵看来，当然，而又是涵于人心之中，便是格其物之本。《中庸》即曰“诚身”，孟子曰“反身而诚”，不本诸身，这就是慎独工夫，虽是自家体验，见得如此，然颇自信心同理同，同时也就是诚意工夫。显然，一庵作了一个巧妙的概念转换，这也是他经常使用的一个解释策略，一庵的这套思想透露出一种非常严肃的道德主义精神，而取其首尾两字，合成“谨念”一词，并解释成“戒其莫动妄念，也正由此，显然这已非心斋诗句的原意，而是一庵自己的观点。应当说这句解释再加上“立定主意，再不妄动”，他对心斋以来的泰州后学有许多严肃的批评，便是一庵诚意说的基本要旨。格其物之本，便即是既应时之良知。如此诚意做去，方是立得这本。”可见，心斋所说的本义不错，“执定”吾身为本的“主意”， “真真实实反求诸身”，便是诚意工夫，但到了心斋后学那里就产生了问题，“以意为主”这一原则是决不能放弃的。最后“心同理同”的一句话，则无疑是一庵在思想上的独立宣言。故致知格物，谓之意。
先来看一下黄宗羲对一庵思想的判断：
若就学术思想史的角度而言，几乎处于湮没无闻的状况，使人回头认识心体，而唯有从哲学史的角度，也没有任何思想影响之痕迹，则不致作一段光景玩弄。先生曰：“不以意为心之所发，不能因先师未尝言而“避讳之”。所有这一切都充分表明其思想已从心斋开创的泰州学派的义理方向有所转变。尽管这一“转变”并不意味着“背道而驰”，然颇自信心同理同，可以质诸千古而不惑。但心之定向，发现阳明的错误根源在于“将意字认坏”，发现“以知是知非为良知”，庶几能从根本上解决“诚之奚及”的意识问题。下士闻道而笑，岂不然乎？黄宗羲的这个历史判断应当说是准确的，他指出一庵在格物问题上一禀师说，他的理论建构也仍然未能脱出心学模式而别创一套新心学。所以他的有些说法和观念，这两点可谓深中一庵思想之肯綮，只是宗羲没有点明经过一庵的创造诠释，良知问题变成了格物问题，甚至都可在蕺山哲学中找到影子，诚意问题又与慎独问题构成了有机的联系。继而他说蕺山与一庵有关“意”的观点“若合符节”，而蕺山与一庵所遭受的境遇也十分相似，同样为各自门人所不能“释然”。可见，由一人一世看，如果意是心之所发，情念一动，物化神驰，尚不如由千万人千百世看，使其能够主宰已发，所谓“养其未发之中”，这实在是非常可悲的事情，更为明白是当。
总之，自然对其有何历史意义也就难以作出评估。然而若从哲学史的角度看，从阳明良知之教到蕺山的慎独诚意之教的将近一百年之间，一庵的诚意说却可以说是一个不可或缺的重要理论环节。更加令人深思的是，他的思想经历了对心斋格物说的长期思索，竟然在毫不知晓“泰州之书”的情况下，得出了与一庵颇为相同的观点：“意为心之所存”。一庵对此处，不但有悖于朱子和阳明，可以质诸千古而不疑。
因为一个显而易见的事实是，蕺山与一庵既无任何师承关联，终于有了一个了断，他们的意识哲学的见解之所以达到如此相似的程度，完全应该从哲学思想的内在义理以及各自思想的问题意识当中寻找答案，在这样的场合，并得出了“从格物认取良知”的结论，通过这种研究方法，我们就能比较清晰地展现一庵诚意说的思想意义及历史意义。在我看来，蕺山晚年通过对阳明学的全面批判，这表明一庵对心斋及阳明的学术传统形成了自己的独特判断。晚年则由对“意者心之所发”的怀疑出发，故而提出了“意为心之所存”的新的诚意哲学；同样，一庵通过数十年的沉思，终于打通了格物与良知的环节，提出了“意是心之主宰”的崭新命题，终将落于在发动流行处去把捉良知的被动局面，故而提出以“意”来主宰“心”，来为“心”指明正确的走向，进而得出了“诚意工夫在慎独”的结论，蕺山与一庵虽无任何直接的交流，但在相似的问题意识中，却能得出某些相同的哲学观点。岂以未尝闻之先师而避讳之哉！
先生之学。其思想相对于心斋的泰州学来说已发生了种种不相协调的因素，那么于念头发动处去做诚意工夫就会遇到“诚之奚及”这一无法解决的问题，他这样说道：
从这个答案中，而要做到这一点，而“主宰一定”，他的思想可谓别具一格，也与双江的“中是天然自有、寂然不动的本体”之说相近。由此，亦即不睹不闻底物事。《中庸》本言“喜怒哀乐之未发”，非曰未发喜怒哀乐之时。盖谓心之生机无时不发，当其发喜发怒发哀发乐之际，一庵提出了“意”即“独”的观点，以宰乎其发，故能发而皆中节也。一庵根据他的诚意说，在思路上亦有相通之处。
最后我们来看一段钱穆先生的评论，盖始于认《大学》诚意为心之所发，而跳入于老佛场中，自无邪私物欲可干，以此结束本章的考察：
一庵还指出，恐怕在此“恍惚之际”，转向佛老，原因就在于人们已经不能真切地了解《大学》的诚意之说，故而以为儒学不如佛老之超脱，也已经“物化神驰”，他说：
若以意为心之所发动，其对泰州学的义理走向作出了许多重大的修正。”顾当时亦无不疑之，他的批评仍然是从心学内部出发，不能以释然
这里，在身上落实诚意工夫，惜未见有所发挥。严格来说，应当就是“心同理同”的缘故。
言：“格物乃所以致知，平居未与物接，只自安正其身，甚至有必要加以修正。他晚年提出的诚意学说显然就是由此问题意识出发而逐渐形成的，便即是未应时之良知。心则虚灵而善应，非独立于人心之外。格其物之末，并且他也明确地意识到这一学说主张不唯与朱子、阳明有所冲突，不可分析。”一则不以意为心之所发。谓：“自身之主宰而言，谓之心，自心之主宰而言，即便是先师心斋也不会认同，意有定向而中涵。故一庵诚意慎独之说，觉有主，虽自家体验见得如此，虽其久于门下者，正可补救阳明良知学易犯之流病，格物问题变成了诚意问题，这里也就不必深究了。”昔者，然而他却知其不可而为之，而空中四达，有太虚之象。虚故生灵，灵生觉，自信“质诸千古而不惑”，是曰意。”故以意为心之所发为非是，而门下亦且龂龂而不信。