毕沅既去，先生亦离湖北。时《通志》问题尚未解决。有蕲州陈诗者，曾以十年之功，著《湖北旧闻》一书，独赏识先生之书，以为非苟作。时陈诗居武昌府知府胡齐仑幕中，胡请于当道，以《通志》属陈校定。先生亦自幸此书落陈手。临别时，陈语先生云：“吾自有书，不与君同面目。然君书自成一家，必非世人所能议得失也。吾但正其讹失，不能稍改君面目也。”（《丙辰札记》，风雨楼本，页三十八。）
《湖北通志》全书分四大部分：
一、《通志》七十四篇：
二纪：（1）《皇言纪》，（2）《皇朝编年纪》。（附前代）
三图：（1）《方舆》，（2）《沿革》，（3）《水道》。
五表：（1）《职官》，（2）《封建》，（3） 《选举》，（4）《族望》，（5）《人物》。
六考：（1）《府县》，（2）《舆地》，（3）《食货》，（4）《水利》， （5）《艺文》，（6）《金石》。
四政略：（1）《经济》，（2）《循绩》，（3）《捍御》，（4）《师儒》。
五十三传：（目多不载，看《遗书》十四。）
二、《掌故》六十六篇：
吏科 分四目：《官司员额》，《官司职掌》，《员缺繁简》，《吏典事宜》。
户科 分十九目：《赋役》，《仓庾》，《漕运》，《杂税》，《牙行》等。
礼科 分十三目：《祀典》，《仪注》，《科场条例》等。
兵科 分十二目：《将备员额》，《各营兵丁技艺额数》，《武弁例马》等。
刑科 分六目：《里甲》，《编甲图》，《囚粮衣食》，《三流道里表》等。
工科 分十二目：《城工》，《塘汛》，《江防》，《铜铁矿厂》，《硝矿》，《工料价值表》等。
三、《文征》八集：
甲集上下《裒录正史列传》。
乙集上下《裒录经济策画》。
丙集上下《裒合词章诗赋》。
丁集上下《裒录近人诗词》。
四、《丛谈》四卷：
（l）《考据》，（2）《轶事》，（3）《琐语》，（4）《异闻》。
先生后来以箧中保存的《志》稿，汇订为《湖北通志检存稿》二十四卷，今浙本《遗书》之卷十四，十五，十六，十七，四卷是也。又《湖北通志未成稿》一卷，今编为《遗书》卷二十。观此诸卷，可见全书大凡。今录一序一书，以见先生著书之主旨：
《为毕制府拟进湖北三书序》（此题从灵鹣阁《文史通义补编》本）
……臣愚以为志者，识也；典雅有则，欲其可以诵而识也。……今参取古今志义例，剪截浮辞，禀酌经要，分二纪，三图，五表，六考，四略，五十四传，以为《通志》七十四篇，所以备史裁也。臣又惟簿书案牍不入雅裁，而府史所职，《周官》不废。汉臣贾谊尝谓古人之治天下，至纤至悉；前人以为深于官礼之言。今曹司吏典之程，钱谷甲兵之数，志家详之则嫌芜秽，略之又惧阙遗。此坐不知小行人分别为书之义也。今于《通志》之外，取官司见行章程，分吏户礼兵刑工，叙其因革条例，别为《掌故》一书，凡六十六篇，所以立政要也。臣又惟两汉而后，学少专家，而文人有集。集者，非经而有义解，非史而有传记，非子而有论说：无专门之长，而有偶得之义，是以尚选辑焉。志家往往选辑诗文，为艺文志。不知文艺仿于汉臣班固，乃群籍之著录，而方志不知取法，猥选诗文，亦失古人分别之旨。今于本志正定艺文著录，更取传记论说诗赋箴铭诸篇，编次甲乙丙丁上下八集，别为《文征》一书，所以俟采风也。
昔隋儒王通尝谓古史有三：《诗》、《书》与《春秋》也。臣愚以为《方志》义本百国春秋，《掌故》义本三百官礼，《文征》义本十五国风。古者各有师授渊源，各有官司典守。后世浸失其旨，故其为书，离合分并，往往不伦。然历久推衍，其法渐著。故唐宋以来，正史而外，有《会要》、《会典》，以法官礼；《文鉴》、《文类》以仿风诗。盖不期而合于古也。惟方志厘剔未清，义例牵混，前后一辙，难为典则，不足以备国史要删。臣忝为旧史官，……用是兢兢与从事诸臣丁宁往复，勒为三家之书，以庶几于行人五物之义。他日柱下发藏，未必无所取也。
先生自跋（此跋但见于灵鹣阁本）云：
此序虽为拟笔，实皆当日幕中讨论之辞。制府欣然首肯，且矜言于众，谓于斯事得未曾有也。呜呼，知己之感，九原不可作矣！
先生与陈观民工部（即陈诗）论《史学》及《湖北通志》书云：
仆论史事详矣。大约古今学术源流，诸家体裁义例，多所发明。至于文辞，不甚措议。盖论史而至于文辞，末也。然就文论文，则一切文士见解不可与论史文。譬之品泉鉴石，非不精妙，然不可与测海岳也。即如文士撰文，惟恐不自己出；史家之文，惟恐出之于己：其大本先不同矣。史体述而不造。史文而出于己，是谓言之无征。无征，且不信于后也。……是故文献未集，则搜罗咨访，不易为功。……及其纷然杂陈，则贵决择去取。
仆于平日持论若此，而《通志》之役则负愧多矣。当官采访者，多于此道茫如，甚且阴以为利。……府县官吏疲懒不支。其有指名征取之件，宪司羽檄叠催，十不报六。而又逼以时限，不能尽其从容。中间惑于浮议，当事委人磨勘。……以此败意，分其心力。然于众谤群哄之际，独恃督府一人之知，而能卓然无所摇动，用其别识心裁，勒成三家之书，各具渊源师法，以为撰方志者凿山浚源；自诩雅有一得之长，非漫然也。
夫著述之事，创始为难，踵成为易。仆阙然不自足者，传分记人记事，可谓辟前史之前蹊矣；而事有未备，人有未全。盖采访有阙，十居七八；亦缘结撰文字非他人所可分任，而居鲜暇豫，不得悉心探讨，以极事文之能事，亦居十之二三也。……
《文征》之集，实多未备，则缘诗文诸集送局无多，藏书之家又于未及成书而纷纷催还原集，是以不得尽心于选事也。然仆于文体粗有解会，故选文不甚卤莽。……至于诗赋韵言乃是仆之所短，故悉委他人而己无所与。不幸所委非人，徇情通贿，无所不至。恶劣诗赋不堪注目者，仆随时删抹；而奸诡之徒又贿抄胥私增，诚为出人意外。然仆毕竟疏于复勘，当引咎耳。惟是史志经世之业，诗赋本非所重；而流俗骛名，辄以诗赋相请托。情干势挟，蜂涌而来；督府尚且不能杜绝，何况馆中？仆是以甲集选辑纪传，乙集选集议论，而诗赋特分于丙丁二集：丙集专载佳篇，丁集专收恶滥；譬居家者必有厕圊而后可以洁清房舍！他时势去人亡，则丁集自可毁板。此中剧有苦心，恨委任失人，不尽如仆意也。
……第有稍进于足下者。……前日奉质《顾天锡父子列传》，全出《白茅堂集》；其文几及万言，而仆所自出己意为联络者，不及十分之一；此外多袭原文，可复按也。然周窥全集而撷其要领，剪裁部勒，为此经世大篇，实费数日经营，极有惨淡苦心。不见顾氏集者，不知斧凿所施。既见顾氏之集，则此传乃正不宜忽也。《嘉定蕲难》之传，全本赵氏之《泣蕲录》；惟末段取《宋史·贾涉传》，载其淮北之捷及斩徐挥二事，为《泣蕲录》吐气，以慰忠义之心。其文省赵氏原文至十之六七，而首尾层折乃较原录更为明显，亦非漫然为删节也。……史家点窜古今文字，必具“天地为炉，万物为铜，阴阳为炭，造化为工”之意，而后可与言作述之妙。当其得心应手，实有东海扬帆，瞬息千里，乘风驭云，鞭霆掣电之奇；及遇根节蟠错，亦有五丁开山，咫尺险巇，左顾右睨，椎凿难施之困。非亲尝其境，难以喻此中之甘苦也。而文士之见惟知奉韩退之所以铭樊绍述者，不惮怵目刿心，欲其言自己出。此可为应举避雷同之法；若以此论著述，不亦戋戋乎私且小耶？
此书首论史文之“述而不造”、“惟恐出之于己”，真数千年史家未发之至论。中间叙修志时之种种困难，末段自述作文的方法，皆绝重要之传料。
是年先生自湖北回乡。（《杜燮均传》、《二代合传》，又汪辉祖《梦痕余录》页五七。《跋甲乙剩稿》则谓“乙卯返故乡”。）《梦痕余录》说先生“甲寅归自湖北，就馆近省，往来吾邑，必过余叙谈”。似先生自甲寅以后不曾回至湖北。
楚游五年《史籍考》功程已十之八九，竟不得卒业！（《与阮学使论求遗书》）
是年汪中（容甫）死，年五十一。汪中以文学高才兼治经学，负当时重望；王念孙序其遗书，谓“宋以后无此作手矣”。先生独于汪氏深致不满意，有《立言有本》一篇及《述学驳文》四篇，皆为汪氏作。其《立言有本》篇云：
江都汪容甫工词章而优于辞令；苟善成之则渊源非无所自。……无如其人聪明有余而识力不足，不善尽其天质之良而强言学问，恒得其似而不得其是。……今观汪氏之书矣。所为《内篇》者，首解参辰之义，……次明三九之说，……大约杂举经传小学，辨别名诂义训，初无类例，亦无次序。苟使全书果有立言之宗，恐其孤立而鲜助也。杂引经传以证其义，博采旁搜以畅其旨，则此纷然丛出者亦当列于《杂篇》，不但不可为“内”，亦并不可谓之“外”也。而况本无著书之旨乎？……观其《外篇》，则序记杂文，泛应词章（代毕制府《黄鹤楼记》等亦泛入），斯乃与《述学》标题，如风马牛。列为《外篇》，以拟诸子，可为貌同而心异矣。
此评实中《述学》的根本毛病。《述学》乃是一种文集，不是著作。
先生之《述学驳文》四篇则有得有失。《驳释三九》一篇，无关宏旨，今姑不论。其《驳墨子序》前半驳汪中谓墨子之诬孔子等于孟子之诬墨子，实不能使读者心服。汪中论墨子，实有独见处；如云：
自儒者言之，孔子之尊固生民以来所未有矣。自墨者言之，则孔子，鲁之大夫也；而墨子，宋之大夫也。其位相埒，其年又相近。其操术不同，而立言务以求胜，此在诸子百家，莫不如是。是故墨子之诬孔子，犹老子之绌儒学也。
又如：
自墨子没，其学离而为三，徒属充满天下。吕不韦再称“巨子”（《去私篇》、《尚德篇》），韩非谓之“显学”。至楚汉之际而微（《淮南子·泛论训》），孝武之世，犹有传者，见于司马谈所述。（适按，此则不然，司马谈实未见墨子之书，司马迁不为立传，《孟荀列传》仅有二十余字，疑亦后人所加。）于后遂无闻焉。惜夫！以彼勤生薄死而务急国家之事，后之从政者，固宜假正议以恶之哉！
此等议论实二千余年来人所不敢发。实斋讥为“好诞”，如何能令人心服呢？《驳墨子序》的后半驳汪中论史佚等六家为墨家之渊源，则确有特见。先生向来主张孔子以前并无诸子著书之事，故云：“其人有生孔子前者，如管子上溯太公之类，皆是后人撰辑，非其本人所自为。……《汉志》道家有伊尹、太公，墨家有尹佚等六家之书，皆在墨子以前。……盖道家有称伊尹、太公之言，后人则误为太公、伊尹之书；墨家有称尹佚之言，后人则误为尹佚之书。……而汪中叙六家为墨氏渊源，不其傎乎？”此言固是卓识，但先生之理由则不充足。先生说：“夫《春秋》以前，尚无诸子著书之事，而厚诬商周之初有如衰世百家，自于官守典章之外，特著一书以传世乎？”此论不能成立。其实说商周之初有人著书，乃是“过誉”，并非“厚诬”！然此乃古今观点不同，我们亦不能过责实斋。
汪中的《释媒氏文》说《周礼》媒氏“中春之月，令会男女；于是时也，奔者不禁；若无故而不用令者，罚之”一条，谓“会”读若“司会”之会，训为“计”；又谓“其有三十不娶，二十不嫁，虽有奔者，不禁焉。非教民淫也；所以著之令，以耻其民，使及时嫁子娶妇也。……《月令》，仲冬之月，农有不收藏积聚者，马牛畜兽有放佚者，取之不诘。非教民盗也；所以著之令，以惧其民，使及时收敛也”。此说虽有意为《周礼》解脱——其实原文“会”字当如郑玄说，不必作“计”字解；原令乃是《周礼》最大胆的特识，正不须为他辩护——然大旨不错。先生“驳文”太迂腐，实无道理。
汪中的《女子许嫁而婿死从死及守志议》，痛论未嫁女子守贞及从死的非礼，乃是一篇极重要的文字。其自跋云：
昏姻之礼成于亲迎。后世不知，乃重受聘。以中所见，钱塘袁庶吉士之妹幼许嫁于高，秀水郑赞善之婢幼许嫁于郭；既而二子皆不肖，流荡转徙，更十余年，婿及女之父母咸愿改图，而二女执志不移。袁嫁数年，备受箠楚，后竟卖之。其兄讼诸官而迎以归，遂终于家。郑之婢为郭所窘，服毒而死。传曰：“好仁不好学，其蔽也愚。”若二女者，可谓愚矣。本不知礼而自谓守礼，以陨其生，良可哀也。传曰：“一与之齐，终身不二”，不谓一受其聘终身不二也。又曰：“烈女不事二夫”，不谓不聘二夫也。
此乃社会问题的讨论，其用意与立言皆深可佩服。实斋乃作长文驳之，谓为“有伤于名义”，谓为“丧心”，谓为“伯夷与盗跖无分”。此真“绍兴师爷”之伦理见解！此等处又可见实斋对于当时负重名的人，颇多偏见，几近于忌嫉，故他对于他们的批评往往有意吹毛求疵，甚至于故入人罪。例如此文谓汪中论女子未婚守志，“斥之为愚，为无耻，比之为狂易”；又谓其论未婚殉夫，“指为狂惑丧心”。实则汪中原文只用“愚”字，其他字样皆原文所无。
先生五十八岁。
作《滃云山房乙卯藏书目记》，有“四十余年远道归来，葺居仅足容身，器用尚多不给，而累累书函乃为长物，可慨也夫”之语。书凡五千帙，五万余卷。
是年正月，毕沅由山东巡抚回至湖广总督原任。时湖南苗石三保作乱；毕沅奉命筹办粮饷军火，调兵防守攻剿，遂无暇顾及编书的事。故先生亦未回至湖北。
浙本《遗书》卷二十一为《乙卯札记》一卷，另有风雨楼排本，亦题为《乙卯札记》。今按此卷实非乙卯一年之作，中有远在六七年前者；如“得邵二云书，历城周书昌永年编修逝矣”一条，以《周书昌别传》考之，明是乾隆辛亥所记。此条在一卷之中间（浙本二十七页之十四，风雨楼本四十二页之二十一），可见此卷之作尚远在辛亥之前。题为《乙卯札记》，实是错误。风雨楼本卷末有“此册实斋先生五十八岁以前所记。复灿志”一行。此言近是。此卷末条论陆游《入蜀记》，乃驳陈熷之语（驳议云：“《入蜀记》人地俱无关于湖北，宜删。”），先生先已驳云：“今按其文叙欧阳文忠夷彝旧迹，即今归州境也。”（今见《遗书》十四，页二十四。）于此处又驳云：“自其年八月十一日自江州至赤沙湖入境，为今黄州地；中历州县无数；至十月二十二日自巴东至巫山县出境，为今宜昌地。逐日为记，计日七旬有余；江行纡曲，为地二千里，书盈三卷；……皆今湖北境内名迹胜事也。……今签驳云云，是将陆氏所经水道二千余里，皆化作鸟道云烟也。”此可见此条作于甲寅驳议之后，大概在此年。故此卷当定为“始于辛亥以前，终于乙卯”。
是年四月之晦，先生到道墟一次，作了《像赞》多篇（《仲贤公三世像记》）。今尚保存。
十月，离家往扬州。十二月送灶日，跋《甲乙剩稿》，此稿是昨今二年在会稽所作，没有什么重要文章。
冬，阮元督学浙江（本传），先生有《与阮学使论求遗书》，亦在《邗上草》内。
先生五十九岁。
二月，自扬州暂归会稽，将往湖北（《跋丙辰山中草》）。在扬州时所作文，统名曰《邗中草》，可考者甚多，较要者为《墓铭辨例》、《驳张符骧论文》、《与吴胥石二简》。在扬州大约为高邮沈氏参校《家谱》，所作有《高邮沈氏家谱序》及《叙例》，皆在《邗中草》内。（《沈浔州传》、《跋甲乙剩稿》）
春间居乡，曾过道墟（《后宅分祠碑》）。宗人修辑家庙告成，祭祖，适宗老有病，命先生摄主献酬。祀毕，因与宗人论旧谱荒不易辑，拟试为之。作《神堂神主议》及传记序多篇。（《十叔父八十序》、《元则公又昌公二代合传》）
作汪辉祖《史姓韵编》及《二十四史同姓名录》二书合序，大旨谓“史之大忌，文繁事晦。史家列传，自唐宋诸史，繁晦至于不可胜矣。倘欲文省事明，非复人表不可。人表实为治经业史之要册，而姓编名录又人表之所从出也。故曰专门之学，不可同于比类征事书也”。
三月有《与汪辉祖书》，说明两书合序之故。又云：
近日学者风气，征实太多，发挥太少，有如蚕食叶而不能抽丝。故近日颇劝同志诸君多作古文词，而古文词必由纪传史学进步，方能有得。……韩子文起八代之衰，而古文失传亦始韩子。盖韩子之学宗经而不宗史，经之流变必入于史，又韩子之所未喻也。
末有云：
拙撰《文史通义》，中间议论开辟，实有不得已而发挥，为千古史学辟其榛芜。然恐惊世骇俗，为不知己者诟厉，姑择其近情而可听者，稍刊一二，以为就正同志之质，亦尚不欲遍示于人也。
据此，则《文史通义》于先生未死时已有选刻本，今不可见矣。