一年之后，张作霖准备好了，分五路大举进兵，开始所谓“第二次直奉之战”。当吴佩孚正在山海关支撑的时候，冯玉祥突然退兵转向北京，一个晚上就占领了北京，把贿选出来的曹锟拘禁起来了，发出通电令双方停战。吴佩孚仓皇败退，坐军舰航海南下，经由长江，直到岳州。
胜利的军人通电拥戴段祺瑞出来做一个傀儡的“临时执政”。当时虽有“和平统一”的呼声，虽有“善后会议”的号召，虽有孙中山先生的北来，但事实上还是一个军人割据的局面。奉天系的力量，中间虽经过郭松龄的事变（十四年冬），仍是北方最强大的力量，不但能赶走冯玉祥的军队，控制北方的政局，并且在一年之内，派张宗昌的军队南下，攻取徐州，直入南京；又派邢士廉、姜登选南下，姜登选的军队驻扎徐州，邢士廉驻扎上海；后来又由“临时执政”任命张宗昌做山东督军，杨宇霆做江苏督军。于是奉军的势力从东三省一直达到南京、上海了。
那时候，江苏省的绅士商人有个救援江苏的秘密运动，奔走最出力是在君的两个朋友，松江的陈陶遗，常州的刘厚生。他们知道在君的见识才干，也知道他向来有改革政治的志愿，所以他们常和他商量这个拯救江苏的问题。
民国十四年（1925）七月，在君得到罗文干从岳州打来的密电，要他到岳州去见吴佩孚。在君就向北票公司告假南下，到上海会见刘厚生等，细谈江苏在奉军占领后的情形，以及江苏绅商想借客兵驱逐奉军的各种企图。在君从上海到岳州，见了吴佩孚；回到上海后，孙传芳派人来邀他到杭州去谈谈。在君在杭州住了一星期，到上海报告他和孙传芳、陈仪谈话的经过。九月初，他仍由海道回天津去。
民国十四年的双十节，孙传芳在杭州宣布组织江苏、浙江、安徽、江西、福建五省联军，讨伐张作霖，公推孙传芳为总司令，周荫人为副司令，分五路进兵驱逐奉军。陈调元在安徽，白宝山在江北，同时响应。在南京的杨宇霆首先渡江走了，在上海的邢士廉也走了。于是孙传芳成了江苏的统治者。
北票煤矿公司的董事会在天津开会，在君辞去总经理之职。在君办北票煤矿前后近五年。在君辞去北票的事，似是在十四年底或十五年一月。十五年二月，在君为“中英庚款咨询委员会”的事南下。当时他并没有接受孙传芳的何种委任。他所以要辞去北票煤矿的事，大概不但是因为他已决定不愿在奉军的势力范围以内做事了，并且还因为“中英庚款咨询委员会”的原来计划是需要他半年以上的时间，还需要他到英国去一次。（详见第十三章）
十二 《玄学与科学》的论争（1923）
（附论他的宗教信仰）
《努力周报》虽然是一个批评政治的刊物，但我们也曾讨论到政治以外的一些问题。周报每月增刊一张《读书杂志》，其中就有我的长文《读梁漱冥先生的〈东西文化及其哲学〉》，又有顾颉刚和好几位学者讨论中国古史的文字。民国十二年一月七日的《读书杂志》第五期有在君的《重印〈天工开物〉始末记》，这是他介绍十七世纪的另一位奇人宋应星的一部奇书——《天工开物》。那部奇书在中国早已没有传本了，在君依据日本明和八年（1771）翻刻本，又参考江西《奉新县志》等书，为宋应星作略传，此书后由陶湘先生印行，近年来翻印本有好几种。十七世纪的两个奇人，徐霞客与宋应星，他们的两部奇书都是在君特别表彰提倡的。在《努力周报》上，在君的长文《玄学与科学》引起了更大又更长期的论争。
在君的《玄学与科学》（《努力》第四十八、四十九期）是批评他的朋友张君劢先生在《清华周刊》上发表的一篇《人生观》的讲演。君劢讲演的大意是：
……人生观之特点所在，曰主观的，曰直觉的，曰综合的，曰自由意志的，曰单一性的。惟其有此五点，故科学无论如何发达，而人生观问题之解决，决非科学所能为力，惟赖诸人类之自身而已。而所谓古今大思想家，即对于此人生观问题有所贡献者也。……自孔孟以至宋元明之理学家，侧重内心生活之修养，其结果为精神文明。三百年来之欧洲，侧重以人力支配自然界，故其结果为物质文明。……
科学之为用专注于向外，其结果则试验室与工厂遍国中，朝作夕辍，人生如机械然。精神上之慰安所在则不可得而知也。……一国偏重工商，是否为正当之人生观？是否为正当之文化？在欧洲人观之，已成大疑问矣。欧战终后，有结算二三百年之总帐者，对于物质文明，不胜务外逐物之感。厌恶之论，已屡见不一见矣。
我摘抄出这两段，认为君劢讲演的大意，君劢必然说我“断章取义”。但我曾细看他前后发表的几篇文字，我不能不指出当日君劢所要提倡的和在君所引为隐忧的，其实都包括在这两段文字里。这里表面上的问题是：“人生观问题之解决，决非科学所能为力。”但这问题的背后，还有一个问题：“科学专注于向外，……其结果为物质文明。欧战终后，有结算二三百年之总帐者，对于物质文明，厌恶之论已屡见不一见矣。”科学及其结果——物质文明——不但是“已成大疑问”的东西，并且是在欧洲已被“厌恶”的东西，青年人当然应该回到那些“侧重内心生活之修养”而“其结果为精神文明”的“自孔孟以至宋元明之理学家”了。
所以在君当日把问题看作“玄学与科学为敌”的问题。他有信给他的地质学同志章演存（鸿钊）说：
弟对张君劢《人生观》提倡玄学，与科学为敌，深恐有误青年学生，不得已而为此文。……弟与君劢交情甚深，此次出而宣战，纯粹为真理起见，初无丝毫意见，亦深望同人加入讨论。
他在《玄学与科学》长文的引言里也曾说：
……我做这篇文章的目的不是要救我的朋友张君劢，是要提醒没有给玄学鬼附上身的青年学生。
其实张君劢的论点，在民国八九年间梁任公先生发表他的《欧游心影录》时早已说过了。任公说：
……近代人因科学发达，生出工业革命，外部生活变迁急剧，内部生活随而动摇。……唯物派的哲学家，托庇科学宇下，建立一种纯物质的，纯机械的人生观，把一切内部生活，外部生活都归到物质运动的“必然法则”之下。……意志既不能自由，还有什么善恶的责任？……现今思想界最大的危机就在这一点。……这回大战争便是一个报应。……
……一百年物质的进步比从前三千年所得还加几倍。我们人类不惟没有得着幸福，倒反带来许多灾难。好像沙漠中失路的旅人，远远望见个大黑影，拼命往前赶，以为可以靠他向导，那知赶上几程，影子却不见了，因此无限凄惶失望。影子是谁？就是这位“科学先生”。欧洲人做了一场“科学万能”的大梦，到如今却叫起“科学破产”来。
任公在这一段文字之后，加上两行自注：
读者切勿误会，因此菲薄科学。我决不承认科学破产，不过也不承认科学万能罢了。
但是当日随同梁先生游历欧洲的张君劢先生竟公然“菲薄科学”了。这里面当然有不少个人天资和早年教育的因素，不是语言文字所能争辩折服的。君劢后来曾有这样一段自白：
在君乎！君当记1919年寓巴黎之日，任公、百里（蒋方震）、振飞（徐新六）激于国内思潮之变，乃访柏格森（Henri Bergson） ，乃研究文艺复兴史。而吾处之漠然。何也？吾内心无此冲动也。及访倭伊铿（Rudolf Christoph Eucken），一见倾心，于是将吾国际政治学书束之高阁。何也？胸中有所融，不发舒不快矣。（《再论人生观与科学——并答丁在君》）
在同一篇富有传记材料的长文里，君劢说他在民国十一年为上海“国是会议”拟宪法草案，又作说明草案的理由书，题为《国宪议》，其中有批评欧洲的“富强政策”的长文。我摘引几句：
……国而富也，不过国内多若干工厂，海外多若干银行代表。国而强也，不过海上多几只兵舰，海外多占若干土地。谓此乃人类所当竞争，所应祈向，在十九世纪之末年或有以此为长策者，今则大梦已醒矣。
所以这位“大梦已醒”的玄学家张君劢先生对我们全国人说：“富强政策不足为吾国将来的政策。”他的理由是：
我国立国之方策，在静不在动；在精神之自足，不在物质之逸乐；在自给之农业，不在谋利之工商；在德化之大同，不在种族之分立。
我们懂得了这些自传性的资料，才可以认识张君劢先生原是一位讲究“精神之自足”的中国理学家，新近得到了德国理学家倭伊铿先生的印证，就更自信了，就公开的反对物质文明，公开的“菲薄科学”，公开的劝告青年学生：科学无论如何发达，决不能解决人生观的问题；公开的宣传他的见解：“自孔孟以至宋元明之理学家侧重内心生活的修养，其结果为精神文明。”
丁在君的《玄学与科学》共分十段：
一、引言：玄学鬼附在张君劢身上
二、人生观能否同科学分家
三、科学的知识论
四、张君劢的人生观与科学
五、科学与玄学战争的历史
六、中外合璧式的玄学及其流毒
七、对于科学的误解
八、欧洲文化破产的责任
九、中国的“精神文明”
十、结论
在君所谓“玄学”，只是指君劢所谓“初无论理学之公例以限制之，无所谓定义，无所谓方法”的思想。君劢原文说的是东西古今哲人的人生观，他列举的是东方的孔子、墨子、孟子、释迦，西方的耶稣、兰勃尼孳、黑智尔、叔本华、哈德门。他说：
若此者，初无论理学之公例以限制之，无所谓定义，无所谓方法，皆其自身良心之所命，起而主张之，以为天下后世表率，故曰直觉的也。
这实在是很武断的说法。他列举的这些哲人都不会承认他们的人生观是“直觉的”。这些人之中，如墨子、孟子都是很讲究论辩的方式的。佛教也极讲究定义与方法，并且还创立很严格的“因明论理学。至于兰勃尼孳、黑智尔等几位，更是最讲究论理、定义、方法的哲学家。说他们的人生观都“无论理学之公例以限制之，无所谓定义，无所谓方法”，这真是很糊涂的诬辞，在君叫他做“玄学”，实在太恭维张君劢了。
在君的前四段的主旨是要指出君劢原文所举九类“人生观”——无一件不是可以用科学方法研究的，无一件不可以作科学研究的材料。不但没有“死物质”和“活的人生”的分家，也没有所谓“物质科学”和“精神科学”的分别。在君的第三段所谓“科学的知识论”，只是要说明“我们所晓得的物质，本来不过是心理上的觉官感触，由知觉而成概念，由概念而生推论。科学所研究的，不外乎这种概念同推论，有什么‘精神科学’、‘物质科学’的分别？又如何可以说纯粹心理上的现象不受科学方法的支配？”
在君因为要让那位不懂科学的老朋友明白科学研究的材料不是什么“死物质”，所以他简单的说明“一种浅近的科学知识论”，也可以说是“存疑的唯心论”（Skeptical Idealism）。“因为他们以觉官感触为我们知道物体的唯一方法，物体的概念为心理上的现象，所以说是唯心。〔因为〕觉官感触的外界，自觉的后面，有没有物，物体本质是什么东西，他们都认为不知，应该存而不论，所以说是存疑。”
简单说来，科学研究的内容只是各种概念和推论——连那所谓“物体”，所谓“物质”，也都是概念和推论。概念和推论都是心理的现象，都可以也都应该受严格的论理学规律的审查和评判。在君说：
凡不可以用论理学批评研究的，不是真知识。
在君此文前半篇的用意不过是要说明两点：一、科学的对象并不是“死物质”，只是概念和推理——都是心理的现象；二、各色各样的“人生观”，都是概念和推论，当然都应该受科学方法的审查评判。
但很不幸的是在君提出了所谓“科学的知识论”——“存疑的唯心论”——把问题引到“知识论”上去了，引起了后来不少的争论。（后来君劢《再论人生观与科学》，其中“所谓科学的知识论”章就占了十页。林宰平先生《读丁在君的玄学与科学》，全文四十页，而这个知识论问题也占了一大半。）在君后来（《答张君劢》）也说这种“知识论本来是理论，本来有讨论之余地的”。他又解释他说这种知识论是“科学的”，并不是说这是已经“有定论的”，只是“因为这种知识论是根据于可以用科学方法试验的觉官感触”。在君也承认这种理论“所根据的事实本来很复杂的，我用了二千字来说明，我自己本来觉得不透彻，可以讨论的地方很多。”他也承认他说的这种知识论最近于马哈（Mach）的唯觉论，和杜威一派的行为派心理学，和罗素所代表的新唯实论，“都可以说是科学的，因为他们都是用科学的结果同科学的方法来解决知识论的。”
在君这样再三说明，可见得他当初提出“科学的知识论”是一件不幸的事。把本题岔到别的问题上去了，所以是不幸的。
什么是在君的《玄学与科学》一篇长文的“本题”呢？他后来在《玄学与科学的讨论的余兴》（《努力》第五十六期，十二年六月十日）里，曾对林宰平先生说：
读者要记得，科学方法是否有益于人生观，欧洲的破产是不是科学的责任，是这一次讨论里面最重要的问题。
当日旁观的吴稚晖先生也曾说：
最近张、丁科学之争，……主旨所在，大家抛却，惟斗些学问的法宝，纵然工力悉敌，不免混闹一阵。实在的主旨，张先生是说科学是成就了物质文明，物质文明是促起了空前大战，是祸世殃民的东西。他的人生观是用不着物质文明的。就是免不了，也大家住着高粱杆子的土房，拉拉洋车，让多数青年懂些宋明理学，也就够了。于是丁先生发了气，要矫正他这种人生观，却气极了谩骂了玄学鬼一场，官司就打到别处去了。后来他终究对着林宰平先生把他的初意简单的说了出来。（《箴洋八股化之理学》）
我们现在应该把“官司”打回到“本题”上来，依照吴先生的看法，把在君自己点出的两个本题的次第倒过来：
第一：欧洲的破产是不是科学的责任？
第二：科学方法是否有益于人生观？
第一个本题是：欧洲的破产是不是科学的责任？在君此文的第五段说“科学与玄学战争的历史”，第八段论“欧洲文化破产的责任”，应该合起来看，因为这两段都是历史的叙述，叙述的是欧洲中世纪以来玄学与科学的关系。在君指出，在欧洲的中世起，所谓“玄学”（Metaphysics）始终没有同“神学”分家。宇宙的问题，人生的问题，都得由神学同玄学解答的。十七世纪的新天文学和新物理学的祖宗嘉列刘（即葛理略Galileo，君劢译作盖理雷）发明地球是动的，当时罗马教的神学家再三警告他，宇宙的问题不是科学所能解答的。嘉列刘不服从罗马教的警戒，于是1633年6月22日主教大会正式宣言：
说地球不是宇宙的中心，非静而动，且每日旋转，照哲学上神学上讲起来，都是虚妄的。
但十七世纪以来，科学逐渐占胜利，向来属于玄学范围的“宇宙”就被科学抢过去了。到了十九世纪中叶以后，经过激烈的斗争，生物学也变成科学了。到了十九世纪的末年，“连玄学家当做看家狗的心理学也宣告独立了”。
但是，科学方法在知识界尽管处处胜利，神学的势力仍然存留在社会、教育、政治各方面。在君在英国住了七年，又常在欧洲大陆旅行，所以他很明白这种情形。他说：
就在十九世纪之初，高等学校的教育依然在神学家手里。……