第二任掌教吴全节（1269—1346），饶州安仁人。十三岁学道龙虎山上清正一宫之达观堂。从空山先生雷思齐学《易》、《老》。至元二十四年（1287）被张留孙征至京师。其后几年中，多次奉诏外出祠岳渎山川并访求遗逸。成宗即位，奉敕每岁侍从行幸，又奉诏去各地祠祀。大德二年（1298）授大都崇真万寿宫提点。此后，或奉诏设醮，或被请祷旱，或奉旨降御香于江南。大德十年（1306）制授江淮荆襄等处道教都提点。次年，武宗即位，制授玄教嗣师，总摄江淮荆襄等处道教都提点、崇文弘道玄德真人，佩玄教嗣师印，秩二品。张留孙逝世之次年，即至治二年（1322）制授特进上卿玄教大宗师、崇文宏道玄德广化真人，总摄江淮荆襄等处道教、知集贤院道教事，佩一品银印，正式做了玄教第二任掌教。历英宗、泰定帝、文宗，至惠宗，做了二十五年掌教，于至正六年（1346）逝世（虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五。）。第三任掌教夏文泳（1277—1349年），字明适，别号紫清，世居信州贵溪县之唐甸。十六岁学道龙虎山之崇真院。大德四年（1300）被张留孙征至京师。大德八年（1304）受命“抚视诸道流于大江之南，比还，制授玄道文德中和法师、（大都）崇真万寿宫提点”（ 黄蟳《特进上卿玄教大宗师元成文正中和翊运大真人总摄江淮荆襄等处道教事知集贤院道教事夏公神道碑》，《黄金华文集》卷二七。虞集《河图仙坛之碑》则谓授真人号和都提点在至大二年（１３０９）。）。皇庆元年（1312）特授元成文正中和真人、江淮荆襄等处道教都提点，赐银印，秩二品（黄蟳《特进上卿玄教大宗师元成文正中和翊运大真人总摄江淮荆襄等处道教事知集贤院道教事夏公神道碑》，《黄金华文集》卷二七。虞集《河图仙坛之碑》则谓授真人号和都提点在至大二年（１３０９）。）。惠宗至正六年（1346）吴全节逝世后，继任掌教，特授上卿玄教大宗师、大真人、总摄江淮荆襄等处道教知集贤院事。掌教仅四年，于至正九年（1349）逝世。
第四任掌教张德隆（生卒年不详），字元杰，信州贵溪人。“与汉天师同出于留侯子孙”（ 黄蟳《玄静庵记》，《黄金华文集》卷一五。），为张留孙从子。早年学道龙虎山，张留孙做玄教大宗师后，被征至京师，“从其伯父大宗师开府公及所礼嗣师吴公，居京师之崇真万寿宫”（ 黄蟳《玄静庵记》，《黄金华文集》卷一五。）。此后，“数被上旨函香代祀岳镇海渎，汾阳后土、龙虎、武当诸山”（ 黄蟳《玄静庵记》，《黄金华文集》卷一五。）。夏文泳在至正九年（1349）临终前，把掌教职任交付给他，说：“宗门教位四传至汝，吾可无身后之虑矣。”（黄蟳《夏公神道碑》，《黄金华文集》卷二七。）张德隆仍被授为特进上卿玄教大宗师、冲真明远玄静演教大真人、总摄江淮荆襄道教、知集贤院道教事。制文见《黄金华文集》。掌教至何时，卒于何年，皆不见记载。
第五任掌教为于某某。张德隆掌教已至元代末期，他接任掌教的第三年（1351），韩山童白莲教和刘福通的红巾军相继起事，接着天下大乱，元统治处于风雨飘摇之中。在这种情况下，元统治者已自身难保，再也无力扶持宗教了。因此在张德隆之后，见不到继任者的正式记载。但从一些侧面资料中，尚能见到一个第五任掌教于某某。王《马迹山紫府观碑》说：“（薛）公名廷凤，字朝阳，早学道龙虎山，故特进玄教大宗师吴公（全节）之弟子，而今大宗师于公，又其弟子。”（《王忠文公集》卷一六）玄教大宗师是玄教掌教的专称，于某某既为大宗师，其为玄教掌教当无疑义。该文作于至正十四年（1354），表明至迟在此年于某某已任掌教，张德隆也于此年或此前逝世。又，明苏伯衡《梁道士传》也提到于大宗师，说“特进于大宗师”很器重道士梁贞，留他居蓬莱宫十余年，“乃与集贤大学士六十四荐于朝，得处州路玄妙观住持，提点本路道教事”（《苏平仲文集》卷四）。此处明确称于某某为“特进于大宗师”，又能与集贤院大学士共荐梁贞于朝，更证明他是玄教掌教无疑。该文又说，梁贞“南归领职未一年，今天子（指明太祖）命越国胡公取处州。贞入青田山中以避”。按《明史·太祖纪》和《明史·胡大海传》，越国公胡大海于元惠宗至正十九年（1358）正月克诸暨，十一月克处州。据此，于大宗师任命梁贞之事在至正十八年，表明于大宗师在至正十八年（1358）仍做掌教。此时已距元亡不几年，他只能是玄教的末任掌教了。
以上是玄教五任掌教的嬗替情况。根据现有资料，掌教的接替需要经过相当手续，并形成了一定制度。第一，除第一任掌教张留孙由元世祖直接任命外，其余的几任掌教都是由前任掌教推荐提名，最后由皇帝授“玺书”加以正式任命。由皇帝授诏书任命掌教，只见于玄教，其余道教各派皆未获得如此“殊荣”，是玄教与元室关系十分密切的表现。第二，下届掌教的继任人选大都很早即已确定，称玄教嗣师，仍需由上一任掌教推荐，并由皇帝下诏书任命。如吴全节在大德十一年（1307）被成宗命为玄教嗣师，铸嗣师印给之，直至英宗至治二年（1322）才正式接掌玄教大宗师。夏文泳做第三任掌教，也是由张留孙所选定，他在延七年（1320）嘱咐“以教事付吴公（全节），而命公（指夏文泳）继之”（《夏公神道碑》，《黄金华文集》卷二七。）。至顺二年（1331）再由吴全节推荐被文宗命为玄教嗣师（虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五），到至正六年（1346）才受制命做第三任掌教。张德隆和于某某何时做嗣师，不见记载。第三，每任掌教的接替，要以皇帝降授的“玺书”和印、剑作为凭证。黄蟳《特进上卿玄教大宗师元成文正中和翊运大真人总摄江淮荆襄等处道教事知集贤院道教事夏公神道碑》载：“至正六年，吴公（全节）乘化而终，以开府公（张留孙）治命属公（夏文泳）嗣领教事，中书集贤同奉上旨，授特进上卿玄教大宗师元成文正中和翊运大真人、总摄江淮荆襄等处道教知集贤院道教事。玺书护持，佩以先朝所赐开府公玉印、宝剑，他恩数皆如旧制。”“玺书”就是前面提到的皇帝对大宗师的正式任命书；印、剑也是张留孙得自皇帝所赐的大宗师印和宝剑。据《玄教大宗师张公家传》载，在至元十四年，张留孙随世祖北巡至日月山，昭睿顺圣皇后“疾甚”，召留孙祷之即愈，于是“上大喜，命为上卿，铸宝剑，镂其文曰：大元赐张上卿”，这是剑的来源。《张公家传》又载，武宗时，张留孙已被封为大真人，特进玄教大宗师领集贤院事，至皇庆二年，仁宗乃“命将作臣制玉刻文曰‘玄教大宗师’，手授曰：以是传教俾永远”，这是印的来源。以上世祖所赐的宝剑和仁宗所赐的大宗师印，就成了玄教历任掌教传承的信物。这与历代天师接替时，必须传承张陵宝剑和都功印的情形很相似，很可能就是模仿天师传承制度而来。不过玄教印、剑来自皇帝，虽不及张陵印、剑久远，其权威性似又过之。
玄教大宗师既然由皇帝“玺书”所任命，印、剑又是皇帝所赐，表明玄教掌教的权力直接来自皇帝，他们可以凭借这些象征皇权的东西独立自主地行使对该教派的管理权力，而不必听命于天师。事实正是这样。不论是该派所辖区域的道官的任命，还是宫观的修建等，都是直接由历任掌教决定的，即命令皆来自大都崇真万寿宫，而不必再请示龙虎山的上清宫。这同样可以清楚看出玄教是独立于龙虎宗的道派。只是由于该派的首领和骨干大都出身龙虎宗，历代天师又奉命主领江南道教，所以在处理江南地区某些道教问题上，仍须尊重历代天师的意见。
玄教掌教除负责管理所辖地区的道教事务外，还担任皇帝祠祀任务。历任掌教的传记、墓志中，留有许多去各地名山河渎作祭祀，或在国家节日去皇宫或道观作斋醮的记载，兹不备举。当时道教各派（全真道、真大道、太一道）的首脑机关皆驻京城，同负祠祀之责，故现存资料中，又不乏各派首领共同主醮的记载。
五、政治上的尊宠显贵
元代统治者以蒙古族入主中原，在很长时间内，都是重视宗教过于重视儒学。科举迟至仁宗延时才开考，而扶持利用佛、道，则从成吉思汗起直至元亡，皆不遗余力。在充满“九儒十丐”之讥的元代社会中，佛、道二教的首领都是备受尊宠、十分活跃的人物。这反映了元代的三教政策有异于别的朝代的特点。
玄教首领们所受的尊宠就是十分突出的。虽然尚不能和佛教国师们所受的尊宠相匹敌，但已是其他道派首领无法望其项背的了。其受尊宠的情况，前面已有述及，如它的每任掌教都由皇帝赐玺书加以任命。张留孙逝世后，被仁宗于天历二年加封为保运神德真君，他的父师辈被封为真人的有八人，弟子辈被封为真人的有十余人，吴全节弟子封真人的也是数十人。道教原隶属于翰林集贤院，采纳张留孙建议，分之为二，集贤院专管道教，历任玄教大宗师皆知集贤院道教事。对元代焚经，张留孙进行过劝阻，他通过裕宗（皇太子）向世祖上言，使之“大悟”，“存其不当焚者”（ 虞集《张宗师墓志铭》，《道园学古录》卷五。）。吴全节又对全真道掌教人选做过建议，“泰定元年，长春掌教真人阙，上用公（吴全节）荐，以汴梁朝元宫孙公履道主之”（ 虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五）。这些都可看出元代皇帝对玄教首领的宠信程度。
元代统治者不仅在道教事务上，对玄教首领十分宠信，而且在某些朝政大事上，也对他们有所倚重。除前述任完泽为相事，张留孙起过作用外，吴全节、王寿衍等都曾受命去外地访贤，罗致人才。元世祖“使近臣从公（指张留孙）遍祠名山大川，访问遗逸”（ 虞集《张宗师墓志铭》，《道国学古录》卷五）。大德九年夏，吴全节又“奉旨搜贤”（ 《大涤洞天图记》吴全节序）。王寿衍在至元二十九年（1292）“奉诏访求江南遗逸，举永嘉徐似孙、金华周世昌，引见于香殿，奏对称旨”（ 王《元故宏文辅道粹德真人王公碑》，《王忠文公集》卷一三）。又在仁宗延四年，“复奉旨，求东南贤良……戊午（1318）得永嘉戴侗《六书故》，鄱阳马端临《文献通考》二书，表上而颁行之”（王《元故宏文辅道粹德真人王公碑》，《王忠文公集》卷一三）。《文献通考》就是在王寿衍的帮助下，用官钱刻印流布的，《文献通考》书首对此有明确记载。不仅如此，吴全节还参与了一些朝廷官员的任免晋升事宜。一次，吴全节奉命祠岳渎返京，成宗召见，问：“卿遇郡县有善治民者乎？对曰：臣过洛阳，太守卢挚平易无为，而民以安靖。上曰：吾忆其人。即日召拜集贤学士。”（虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五）翰林学士阎复曾遭人攻讦，“事罔测”，经吴全节疏通，“仁宗意解”（ 虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五）。至于元室给玄教首领的个人恩宠，也是异乎寻常的。当张留孙在延四年（1317）、吴全节在后至元四年（1338）七十寿辰时，仁宗和惠宗都先后为他们大举祝寿，“宰辅以下咸奉寿，复命图（其）像镇崇真宫”（ 袁桷《玄教大宗师张公家传》，《清容居士集》卷三四。）。当张留孙逝世后，丧礼也十分隆重，“遣使赙赠以礼，兴圣宫、中宫使者继至”（ 虞集《张宗师墓志铭》，《道园学古录》卷五）。送遗体回乡安葬时，“自京师至其乡，水陆数千里，迎送设奠，不约而集。比葬，四方吊问之使交至，自王公以下治丧致客，未有如此盛者”（ 虞集《张宗师墓志铭》，《道园学古录》卷五。）。
从以上可以看出，元室对玄教首领的宠信是异乎寻常的，从而表现出这个道派与元室关系的密切。这种情况虽然给它的发展提供了有利条件，但又使它远离清静无为之旨，甚至产生严重的脱离下层道徒的官僚主义。吴澄《抚州玄都观藏室记》说：“二教设官如有司”，“道官出入，驺从甚都，前呵后殿，行人辟易，视都刺史、郡太守无辨”（ 《吴文正集》卷四七）。下面的道官已如此，在上的领导机关的官僚派头当更甚。不仅如此，各级组织还设刑具以惩治犯过的道士。以上这种情况不仅引起下层道众的不满，而且也为一些高层道士所指责。如王寿衍在辞谢仁宗赐封真人的上疏中说：“臣闻道家以无为为宗，古之言真人者闳邈矣，今为其道者，善传上意，达诸神明，导况祉，存著专一其事也。惟大宗师大真人及嗣师真人久侍中，被宠遇，有号名命数，其贵视公卿侯伯，于玄教显荣极矣！夫名者，实之宾，泰甚则忌，真人非远臣所可得名，臣请固辞，不敢称真人。”（虞集《开元宫碑》，《道园学古录》卷四七）张留孙的另一弟子张次房也表示了同样的意见。他在“至元间，从天师北觐，留侍阙庭数载，宣授崇道护法弘妙法师、江西道教都提点。……凡得近日月，沾雨露，而复还山间林下者，宠渥煌，位望殊特，人人夸之以为荣。师乃不然，曰：皇泽诚优，非吾徒所宜蒙，非吾教所宜有也”。他对教内设刑罚之事尤加反对，他说：“吾教清静无为，奚至是哉，彼有司所治，地大民众，非政不整，非刑不齐。今吾所治皆吾同类，何事当讯，何罪当惩？而以势分临之，而以囚挞待之乎！”（《吴文正集》卷二五）
六、思想上的儒学化
唐宋以后，儒释道之间加强了融合，就整个道教讲，儒释思想都有所吸收，但各派情况并不一样，玄教所融摄于两家者，则是儒多于佛，以儒学化色彩的浓厚为其又一特征。袁桷《送陈道士归龙虎山序》说：“尝闻龙虎山尊崇吾圣人书，弦诵之声接于两庑，往铭空山雷君（雷思齐），其于书若饥之于五谷，朝暮不敢弃，故其门人树立伟著。”（《清容居士集》卷二四）可见玄教儒学化色彩浓厚是由来有自的。
玄教的儒学化表现在很多方面：
（一）深究《易》学。《易》为儒家五经之首，又是道教宇宙观、方法论的基础，还是道教丹术的指导原则，故为历代道士所传习。宋末元初道士雷思齐（1231—1303），对易学深有造诣，著有《易图通变》五卷，《易筮通变》三卷等。“昔世祖皇帝既定江南，首召三十六代天师入朝。未几，天师奉旨掌道教，还山，遂礼请先生（雷思齐）为玄学讲师，以训迪后人。”（《易图通变》吴全节序）雷思齐在龙虎山做玄学讲师期间，使龙虎宗和玄教许多道士受到儒家思想和易学的熏陶。吴全节就是其中一人，他说：“余时虽幼，而有志于学，遂受学于先生。先生尝诲余曰：‘文章于道一技耳，人之为学，将以明斯道也。不明斯道，不足以为圣、贤之学矣。’”（《易图通变》吴全节序）雷思齐显然是以儒家思想教育道士。吴全节虽不终于学，即离开龙虎山去京师，但学习成绩也不错。虞集说：“公（吴全节）博览群书，遍察群艺，而于道德性命之学粹如也。尝作环枢之堂，画先天诸图于壁，以玩心神明。有诗曰：‘要知颜子如愚处，正是羲皇未画前。’其所造盖如此。”（虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五）吴全节对易学如此，对整个儒学也有根柢，其师张留孙“每与廷臣议论，及奏对上前，及于儒者之事，必曰：‘臣留孙之弟子吴全节深知儒学，可备顾问。’是以武宗、仁宗之世，尝欲使反初服，而置诸辅弼焉”（ 虞集《河图仙坛之碑》，《道园学古录》卷二五）。夏文泳“尝受《河图》于隐者，有昔人未睹之秘；而于皇极经世之说，亦了然胸臆间”（ 黄蟳《夏公神道碑》，《黄金华文集》卷二七。）。