“夫昆山多玉，尚有砾沙，浮水丰金，宁无土石。沙门之中，禅禁实多，不无五三，缺于戒律。正可以道废人，不应以人废道，子何睹此，遂替释教。故经曰：‘依法不依人，依智不依识。’”《广弘明集》卷八，《大正藏》第52册，第143页下。随着中国僧团的发展壮大，出现有悖于佛教教义的行为，略带普遍性，由此引发争论，成为社会问题焦点。所以，一定时期宗教政策的制定，既由统治者意志决定，又由僧人自身问题引发，与社会实际相关联，各朝代表现出不同的特点。一确立佛教合法地位——东晋时期
政府对佛教管理的要求，据已有文献记录，起于东晋成帝时期，现象是发起沙门是否致敬王者的争论。这一次争论形式上是讨论王权与教权的关系，实际是执政党派间的派系冲突。
东晋咸康六年(340)，“成帝幼冲，庾冰辅政，谓沙门应尽敬王者。尚书令何充等议不应敬。下礼官详议，博士议与充同。门下承冰旨为驳，尚书令何充及仆射禇翌、诸葛恢、尚书凭怀、谢广等奏：‘沙门不应尽敬。’”接着，何充等又二奏：“辄共寻详有佛无佛，固非臣等所能定也，然寻其遗文钻其要旨，五戒之禁实助王化。贱照照之名行，贵冥冥之潜操，行德在于忘身，抱一心之情妙。”从佛教有助于社会道德建设，有利于帝王统治的角度支持佛教。然后，何充等又三奏：“直以汉魏逮晋不闻异议，尊卑宪章无或暂亏也。今沙门之慎戒，专专然及为其礼，一而已矣。至于守戒之笃者，亡身不吝，何敢以形骸而慢礼敬哉。每见烧香咒愿，必先国家欲福佑之隆，情无极已，奉上崇顺。出于自然，礼仪之简，盖是专一守法。是以先圣御世，因而弗革也。”《尚书令何充奏沙门不应尽敬》，《弘明集》卷十二，《大正藏》第52册，第79页中-80页中。再从佛教历史沿革、宗教为王朝祈福等方面说明僧人行为可以超越世俗礼仪。
此次议沙门是否致敬王者的两派势力，庾冰代表皇族外戚，要求所有佛教僧人必须向统治者致敬，突出帝王的权威。另一派以何充为代表，属于有佛教信仰的顾命大臣，主张佛教僧人可以不向统治者致敬，在皇权统治之外，留有独立空间。通过三次上书，随着何充一派势力的增强，质问僧人是否需要遵守世俗礼仪管理的争论也平息下来，仍循前制。
何允、庾冰的权争，以何充胜而告终。正是这位何充，施宅建立了东晋第一所尼寺。由于何充对佛教的支持，东晋佛教，特别是比丘尼僧团得以顺利发展。
褚太后继何充后建立了东晋第二所尼寺——延兴寺，在她临朝称制期间，未对佛教出台限制政策。“桓温之废海西公也，太后方在佛屋烧香，内侍启云：‘外有急奏’，太后乃出。”《晋书》卷三十一《列传第一·后妃下》，第636页。可见褚太后对佛教信仰的身体力行。
东晋孝武帝信仰佛教，太元六年(381)春正月，“帝初奉佛法，立精舍于殿人，引诸沙门以居之”《晋书》卷九《帝纪第九·孝武帝》，第148页。佛教因而得以大力发展。案《比丘尼传》，孝武帝与简静寺支妙音有交往。同时，孝武帝曾供给僧朗物资，并有通信。他说：昔刘曜创荒戎狄继业，元皇龙飞遂息江表。旧京沦没，神州倾荡，苍生荼蓼，寄在左衽，每一念至嗟悼。朕心长驱魏赵，扫平燕伐，今龙旗方兴，克复洢洛，思与和上，同养群生。至人通微，想明朕意，今遣使者，送五色珠像一驱，明光锦五十匹，象牙簟五领，金钵五枚，到愿纳受。《晋天子司马昌明与僧朗书》，《广弘明集》卷二十八，《大正藏》第52册，第322页上。孝武帝希望信仰佛教可以带给他幸运及力量。
东晋安帝时期，继庾冰、何充之争后，经桓玄发起，又展开了对僧门是否要致敬王者的争论。这一次争论的起因，起于桓玄整顿僧纪，“把遵守戒律修道和远离世俗归隐山林的修行人除外，放逐了一般庸僧，严格管理户籍”镰田茂雄著，关世谦译《中国佛教通史》第二卷，台北：佛光出版社，第377页。从实质上讲，同样是因为皇权微弱和大臣派系间的争斗。此次争论，以桓玄与王谧为代表。
桓玄认为，佛教是否服从世俗礼仪的规定，仅说“历代不革，非所以为证也。曩者晋人略无奉佛，沙门徒众皆是诸胡，且王者与之不接，故可任其方俗，不为之检耳。今主上奉佛，亲接法事，事异于昔，何可不使。其礼有准，日用清约，有助于教，皆如君言。此盖是佛法之功，非沙门傲诞言之所益也，今笃以祗敬，将无弥浓其助哉”《桓玄与王令书论敬王事》，《弘明集》卷十二，《大正藏》第52册，第81页中。他承认佛教的教义有助王化、改善社会道德风尚的功能，但是，这些并非是佛教僧人可以不遵守世俗礼仪的理由，僧人并不能完全代表佛教。由于桓温多年经营，桓玄权盖一时，僧尼面临被沙汰局面。
隆安元年(397)，“桓玄劝帝沙汰僧尼。诏曰：‘沙门有通经律，行可宣寄大化者，听依所习，否者悉令罢道。唯庐山道德所居，不在搜简。’及远法师以书抵元(桓玄)，遂停其诏”《历代编年释氏通鉴》卷二，《续正藏》第76册，第29页上。对于此次下诏时间，《佛祖统纪》录为隆安二年(398)，诏“有能伸述经牒，演说义理，律行修正者，并听依所习，余悉令罢道。唯庐山道德所居，不在搜简”。两书所录相差一年，除此之外别无记录。此次桓玄发起的沙汰僧尼行动，因收到庐山慧远书信而暂缓，后因篡位事发而中止。
隆安三年(399)，发生支道林此段所记录的支道林，按时间考定，与“六家七宗”代表人物之一，著《即色游玄论》的支道林非同一人。著《即色游玄论》的支道林东晋太和元年(366)已去世，而建康支道林上书的时间明确为隆安三年(399)，时差三十三年。但考虑到“六家七宗”的支道林与郗超交好，郗超与恒温关系密切，确有可能为支姓僧人上书桓玄，而后人托名为支道林。上书桓玄述沙门名籍一事：四月五日，京邑沙门等顿首白：夫标极有宗，则仰之者至；理契神冥，则沐浴弥深。故尼父素室，颜氏流涟。岂不以道隆德盛，直往忘反者哉。贫道等虽人凡行薄，奉修三宝，爱自天至，信不待习。但日损功德，抚心增忾，赖圣主哲王，复躬弘其道。得使山居者骋业，城傍者闲通，缘皇泽旷洒、朽干蒙荣。然沙门之于世也，犹虚舟之寄大壑耳。其来不以事，退亦乘闲，四海之内，竟自无宅。邦乱则振锡孤游，道洽则欣然俱萃。所以自远而至，良有以也。将振宏纲于季世，展诚心于百代，而顷频被州符求抄名籍，煎切甚急。未悟高旨，野人易惧，抱忧实深。遂使禅人失静，勤士废行，丧精绝气，达旦不寐，索然不知何以自安。伏愿明公，扇唐风于上位，待白足于其下，使怀道获济，有志俱全，则身亡体尽，毕命此矣。天听殊邈，或未具简，谨以上闻，伏追悚息。［梁］释僧祐《弘明集》卷十二，《大正藏》第52册，第85页下。案上文所录，此事虽以求沙门名籍为名，实则反映了时下僧尼“顷频被州符求抄名籍”的状况。
隆安年间，并发道教孙恩起义。“隆安三年十一月甲寅，妖贼孙恩陷会稽，内史王凝之死之。”“隆安四年五月，会稽内史谢琰为孙恩所败，死之。恩转寇临海。”“六月，辅国司马刘裕破恩于南山，恩将卢循陷广陵，死者三千余人。”“冬十一月，宁朔将军高雅之及孙恩战于余姚，王师败绩。”“义熙七年卢循走交州，刺史杜慧度斩之。”《晋书》卷十《帝纪第十·安帝》，北京：中华书局，2000年，第167页。刘宋武帝刘裕在对孙恩战争中获胜，也成为政治上的大赢家，迫使东晋末帝禅位，成为刘宋开国皇帝，这也是刘宋朝支持佛教的原因之一。
元嘉十二年(435)，何尚之与宋文帝的对话，列举了东晋以降士族中的主要佛教信仰者：度江以来，则王导、周、庾亮、王濛、谢尚、郄超、王坦(之)、王恭、王谧、郭文、谢敷、戴逵、许询，及亡高祖兄弟、王元琳昆季、范汪、孙绰、张玄、殷，或宰辅之冠盖，或人伦之羽仪，或置情天人之际，或抗迹烟霞之表，并禀志归依，厝心崇信。《高僧传》卷七，《大正藏》第50册，第367页下。总的来说，佛教在东晋得到了士族势力的支持，确立了合法地位。这一时期，何充、褚太后、东晋孝武帝、东晋穆帝的佛教信仰推动比丘尼僧团建设，使比丘尼僧团得以在东晋存在和发展。二佛教自由传播及其弊端显现——刘宋时期
元嘉八年(431)，求那跋摩至建康，宋文帝曾就“戒杀”一事询问跋摩，说自己“常欲持斋不杀，迫以身殉物，不获从志。法师既不远万里来化此国，将何以教之？”求那跋摩回答：夫道在心不在事，法由己非由人。且帝王与匹夫所修各异，匹夫身贱名劣，言令不威，若不克己苦躬，将何为用。帝王以四海为家，万民为子，出一嘉言则士女咸悦，布一善政则人神以和。刑不夭命，役无劳力，则使风雨适时，寒暖应节，百谷滋繁，桑麻欝茂。如此持斋，斋亦大矣。如此不杀，德亦众矣。宁在阙半日之餐，全一禽之命，然后方为弘济耶。《高僧传》卷三，《大正藏》第50册，第340页下。此言深得宋文帝之心，于是感叹：“夫俗人迷于远理，沙门滞于近教。迷远理者谓至道虚说，滞近教者则拘恋篇章。至如法师所言，真谓开悟明达，可与言天人之际矣。”《高僧传》卷三，《大正藏》第50册，第341页上。这段记录显示出刘宋初期“五戒”与当时社会文化不相适应的一面。正如“俗人迷于远理”，“沙门滞于近教”所强调的，宋文帝对佛教及当时建康僧尼的可信度产生怀疑。元嘉八年(431)后，佛教内部进行局部改革。元嘉十一年(434)，南林寺戒坛由僧伽跋摩主持重受戒，也可视作对建康佛教势力的干预与再分配。
元嘉十二年(435)，刘宋朝颁布第一道限制佛教的诏书：丹阳尹萧摹之奏曰：“佛化被于中国，已历四代，而自顷以来，更以奢竞为重。请自今以后，有欲铸铜像者，悉诣台自闻；兴造塔寺精舍，皆先列言，须许报然后就功。”诏可。又沙汰沙门，罢道者数百人。《南史》卷七十八《列传第六十八》，第1309页。《释教部汇考》(《续正藏》第77册，第4页中)并有记录：“太祖元嘉十二年，诏禁兴造寺塔，沙汰沙门罢道者。按《宋书·太祖本纪》不载 ……元嘉十二年，丹阳尹萧摩之奏曰：‘佛化被于中国，已历四代，形像塔寺，所在千数。进可以系心，退足以招劝，而自顷以来，情敬浮末，不以精诚为至，更以奢竞为重。旧宇颓弛，曾莫之修，而各务造新以相姱，尚甲第显宅。于兹殆尽材竹铜彩，糜损无极，无关神祇，有累人事。建中越制，宜加裁检，不为之防，流道未息。请自今以后，有欲铸铜像者，悉诣台自闻。兴造塔寺精舍，皆先诣在所二千石，通辞。郡依事列言。本州岛须许报，然后就功。其有辄造寺舍者，皆依不承用诏书律。铜宅林苑，悉没入官。’诏可。又沙汰沙门，罢道者数百人。”因为佛教在元嘉年间得到极大发展，僧尼数量激增，需要大量建设佛寺。在造寺过程中，由于佛寺修建风格华丽，耗用社会财富较多，引起了社会人士的不满，并以此为由要求停止或暂缓佛寺建设。
元嘉二十一年(444)，佛教僧人参与孔熙先谋反：“(王园寺)尼法净、昙览，染孔熙先谋，人身穷法，毁坏寺舍，诸尼离散。”《比丘尼传校注》，第159页。这次事件谋反，涉及彭城王刘义康、孔熙先及臧质。王国寺尼法静在其中起到上下勾通的作用。第一，她进出彭城王刘义康府宅；第二，她与孔熙先有交道；第三，法静的妹夫许耀，经法静介绍与孔熙先联系；第四，法静与豫章胡藩子遵世有交往。然就其政变需要依靠僧尼广为联系来说，如非夸大其词，则折射出刘宋元嘉年间比丘尼行动自由、与社会各界均有接触的现象。
元嘉年间比丘尼出入王宅府第并非孤例，宋文帝太子刘劭谋反参与人之一，女巫严道育利用巫蛊诅咒，事发后“道育叛亡，捕之不得。上诘责劭、浚，劭、浚唯陈谢而已。道育变服为尼，逃匿东宫”《南史》卷十四《列传第四·宗室》，第254-255页。由此可知太子府有比丘尼进出。同时，太子母宋文帝元皇后是佛教信仰者，资助建福寺建造无量寿佛像一尊；宋文帝潘妃供给青园尼寺四时物资，也与比丘尼有往来。可见刘宋朝允许佛教自由传播，比丘尼往来宫廷略带普遍性。
孝武帝孝建二年，大臣周朗上书言：释氏流教，其来有源。渊检精测，固非深矣；舒引容润，既亦广矣。然习慧者，日替其修；束诫者，月繁其过。遂至糜散锦帛，侈饰车从。复假粗医术，托杂卜数，延妹满室，置酒浃堂。寄夫托妻者，不无杀子，乞儿者继有，而犹倚灵假像。背亲傲君，欺废疾老，震损宫邑，是乃外刑之所不容戮，内教之所不悔罪。今宜申严佛律，裨重国令，其疵恶显著者，悉皆罢遣，余则随其艺行，各为之条。使禅义经诵，人能其一，食不过蔬，衣不出布。若应更度者，则令先习义行。本其神心，必能草腐，人天竦精，以往者，虽侯王家子，亦不宜拘。《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第4页中-下。书奏忤旨，周朗自解去职。周朗上书所透露的信息显示，彼时僧人分为“习慧者”、“束戒者”；也有僧人行“医术”、“卜数”；寺院有“寄夫”、“托妻”、“杀子”、“乞儿”现象；僧尼来源有“侯王家子”及“宫邑”诸人。当时僧尼，甚至有“禅义经诵”不能其一、食有过于蔬、衣华丽于布的现象。然而孝武帝默许以上诸行为，究其原因，一是政权初立，僧尼势力对他仍有助益；二是延续东晋以来形成的传统。