灵宝派特别推崇“三洞经书”，将三洞经书尊为大乘，其余经教皆为小乘。在《太上洞玄灵宝本行因缘经》中，太极左仙公训诫诸地仙“不尊三洞法师，好乐小乘，故得地仙之道”。《太上洞玄灵宝本行宿缘经》说：“宗三洞玄经，谓之大乘之士。” 《道藏》第24册，第667页。《太上洞玄灵宝业报因缘经》卷五有“广召道士，讲说大乘三洞众经，宣扬玄妙，俱入法流”。经中常见“写三洞大乘一切经典”之语。灵宝派推崇“三洞经书”真正目的，意在强调突出灵宝经本身在“三洞经书”中的“大乘”性质、地位及作用。陆修静《太上洞玄灵宝授度仪表》云：“然即今见出元始旧经，并仙公所禀，臣据信者，合三十五卷。根末表里，足相辅成，大乘之体，备用不少。”《道藏》第9册，第839页。《太极左仙公请问经》借高上老子之口说：“夫道家所先，莫近乎斋，斋法甚多，大同小异耳。其功德重者，惟太上灵宝斋也，但世希能学之矣。学之者皆大乘之士。”古灵宝经《太极真人敷灵宝斋戒威仪诸经要诀》云：“灵宝经是道家之至经，大乘之玄宗。”《道藏》第9册，第873页。灵宝派还将此前的“旧天师道”经法称为小乘。《太极左仙公请问经》卷下又说：“昔正一真人学道时，受灵宝斋。道成后，谓此斋尊重，乃撰《灵宝五称文》，中出斋法，为《旨教经》，大同小异，亦次本经斋法也。太乙斋法，于此大斋，玄之玄矣，教初学小乘之阶级耳。”“正一真人”即张道陵，为早期天师道宗师。“太乙斋法”陆修静《太上洞玄灵宝五感文》中有“太一斋”，似与天师道有关。
三“三洞”与“三乘”
“三洞”和“三乘”联结到一起应该是受了佛教影响。
佛教借“三乘”观念说明不同的教法有高下之别，《魏书·释老志》云：“初阶圣者，有三种人，其根业各差，谓之三乘，声闻乘、缘觉乘、大乘。取其可乘运以至道为名。……初根人为小乘，行四谛法；中根人为中乘，受十二因缘；上根人为大乘，则修六度。”
早期道教中有“三品”之说，《无上秘要》卷四十二《修学品》引《洞真太上素灵大有经》：“凡学当从下上，案次而修，不得越略，亏天科条。经有三品，道有三真。”将三皇内文、天文大字、九天之箓、黄白之道列为“下品之第”；将灵宝洞玄列为“中品之妙，不妨地仙”；将上清道经、太丹隐书等上清派经典列为“上品之诀”《道藏要籍选刊》第10册，第142页。《八素真经》把古上清经分为太上之道三部、上真之道七部、中真之道六部、下真之道八部。(《云笈七签》卷六，《三洞经教部》，《三洞品格》)敦煌道书P3675号残卷，据考证属于南朝梁孟景翼《正一经》残卷，该经引古上清经《太上仓元上录经》云：“法有三乘，乘十二事，上、中、下品，三乘经戒各十二焉，合为三十六部。”借用佛教“三乘”之说，意在说明三洞即三品南朝上清经《洞真太上仓元上录》曰：“法有三乘，乘十二事，事在经中，上、中、下品。三洞应运，递互出焉。或时同现，摄一切文，一切文图皆属三洞。三洞、三清即是三乘，三乘经戒各十二焉，合为三十六部。”“三清者，玉清、上清、太清也；三洞者，洞真、洞玄、洞神也；三径(经)者，洞真上清也，洞玄灵宝也，洞神三皇也。”“上洞为大乘，中洞为中乘，下洞为小乘”(《道藏》第33册，第584、585页)。
可见，将三洞经书本身区分为大、中、小三乘，实际是上清派的判教标准。这和灵宝派把“三洞经书”均判释为大乘，而将“三洞经书”之外的经教判为小乘有本质区别灵宝经通常以上士、中士、下士之说表达“三乘”之义。如前引敦煌道经S1351号《太极左仙公请问经》把上士所奉教法称为大乘，那么中士、下士所奉自然就是中乘和小乘了。《太上玄一真人说劝诫法轮妙经》称：“上士勤尚，广开法门，先人后身，救度国王，损口拯乏，裸形衣寒，仁及鸟兽，惠逮众生，……情和气柔，人神并欢。如此之行，一灭一生，志不退转，克成上仙。”“中士笃好，志慕在玄，开度一切，度厄解患，施功布德，建立福田，君亲忠孝，柔智怀仁，愿乐三宝。”“下士修身，断情忍色，服御养神，远弃荣丽，栖憩幽林。”(《道藏》第6册，第175—176页。)《洞玄灵宝千真科》云：“小乘之人，隐处山林，自调自爱”；“中乘之人，德泽弘深，后能兼济度物”；“大乘之人，忘功绝私，发弘誓愿。”(《道藏》第34册，第375页。)道教“三士”之称来自《太平经》“上士因是乃至度世，中士至于无为，下士至于平平”(《太平经合校》下册，第381页)。但是，对于灵宝经在三洞体系中的位序，则有不同说法。《太极左仙公请问经》云：“洞玄步虚咏，乃上清高旨，萧涤玄畅，微妙之至文，亦得终始修咏，以斋戒也。”有将上清经列入“洞玄”的意思。《太极真人敷灵宝斋戒威仪诸经要诀》云：“灵宝经者，众经之宗”，“昔之得上仙至真之道，皆是奉灵宝经者也”《道藏》第9册，第873页。明显把灵宝经判释为经教中之最高者。唐僧玄嶷《甄正论》说：“洞真者，学佛法大乘经，诠法理、实相；洞玄者，说理契真；洞神者，符禁章醮之类。今考核三洞经文，唯《老子》两卷微契洞玄之目。其洞真部即是灵宝。”《甄正论》卷上，《大正藏》第52卷，第561页。这说明，洞真部到底是以“灵宝”经还是“上清”经为首，在道教内部是有分歧的，这主要和宗派背景有关。然而有一点毋庸置疑，那就是灵宝派和上清派都认可洞真部道经为最上乘经典。
灵宝派和上清派判教的最终目的都是为了确立自己在道教经教体系中的最高地位，当灵宝经盛行时，道教以灵宝经为“大乘”。敦煌本P3180号失题道书有云：“问曰：经有三乘，何□□□？答曰：大乘、中乘、小乘。大乘者灵宝，中乘者五千文，小乘者黄赤是也。”而《真诰》卷十二《稽神枢·第二》中则贬斥灵宝派宗师葛玄，有云：“葛玄字孝先，是抱朴从祖，即郑思远之师也。少入山得仙，时人咸莫测所在。传言东海中仙人寄书呼为仙公，故抱朴亦同然之。……便是地仙耳。灵宝所云太极左仙公，于斯妄乎。”(日)吉川忠夫、麦谷邦夫编，朱越利译《真诰校注》第381页，中国社会科学出版社，2006年。《真诰》是南朝上清派宗师陶弘景的作品，他将灵宝派宗师葛玄说成是“地仙”，即道教仙阶品位中最低等级的神仙，表现了强烈的宗派门户观念。
由于陶弘景归隐茅山，茅山遂成为上清派的学术中心，乃至陶弘景身后的上清派逐渐被称为“茅山宗”。南朝后期至隋唐期间茅山宗势力迅猛发展并与中央皇权关系密切，借助茅山宗，上清经教最终确立了自己在道教经教体系中至高无上的地位。这也得益于自陶弘景以后茅山宗人才辈出，特别是有唐一代最显赫的道士如潘师正、司马承祯、吴筠、杜光庭等人都与茅山宗有师承关系，故有“茅山为天下道学之所宗”《全唐文》第四册卷三百四十，中华书局，1982年。之美誉。
后来灵宝派似乎也逐渐认同、接受了上清派的教判结果。《太上洞玄灵宝千真科》说：“上清为大洞，是大乘；洞玄灵宝是中乘；洞神三皇为小乘。”《道藏》第34册，第372页。隋初问世的道教理论百科全书《玄门大义》，通过申论各经要旨，力图建构适应国家统一后新政治形势下需要的、具有统一性的道教经教体系。现《道藏》本《洞玄灵宝玄门大义》一卷，系《玄门大义》之残篇——释“十二部义”，其中“明教第一”原注“以明三十六部之义”，云：“三乘之中，……论其相摄者，一往大乘，具有三十六部。……用论三洞，即是会前三乘入此一乘。故三洞大(乘)唯一乘耳。而又约三洞开三(乘者)，欲示一乘之内，无所不包。”《道藏》第24册，第740页。该经虽然标帜“灵宝”，然以“三乘”区分三洞经书，显然是吸收了上清派判教思想灵宝派接受上清派教判结果，是否意味着“屈服”于上清经教？敦煌道经S809号《三洞奉道科戒仪范》记述奉受经箓次第，虽然已经确立上清法箓的最高地位，但是仍然特别强调“如弟子参受不同，或上或下，当总用灵宝法。所以者何？灵宝兼上、下洞故也”。意思是说，洞玄灵宝经虽属“中乘”，但是仍然具有贯通“三洞”的性质。也许后人的论述更能说明问题，宋道士宁全真《上清灵宝大法》卷一《总叙》：“师曰：灵宝大法者，贯通三洞，总备万法。”(《道藏》第30册，第651页)。宋道士金允中《上清灵宝大法》卷一：“灵宝虽为中乘之道，实贯通三洞，总备万法。端本澄源，学者当知其始终。”卷四十二《传度对斋品》：“灵宝之道，正属洞玄，然而贯三洞之枢机，涵诸经之奥妙。”(《道藏》第31册，第356页、634页。)宋代道书《灵宝玉鉴》卷一《道法释疑门》称：“灵宝经法，乃万法之宗，自五劫开化之后，三洞四辅、诸经诸箓、总而三十六部，支而万八千篇”，“道法之分门别派不知几也，独灵宝为万法之枢纽。”(《道藏》第10册，第139页、140页、142页。)这说明，灵宝派把灵宝经教置于“洞真”、“洞神”之间，并没有推崇上清经教的意思，而是试图以灵宝经教为中心通过统摄三洞经教达到整合道教各派的目的。这亦与灵宝派本身善于“融会贯通”的特点有关。
在此背景下道教思想界最终正式确立了以上清派的“三洞”判教标准，作为道教各派共同接受的分别“三洞经书”教法的统一标准。唐玄宗初年，张万福《传授三洞经戒法箓略说》卷下《明科法信品格》，阐述传授经戒次序为：“凡人初入法门，先受诸戒，以防患止罪。次佩符箓，制断妖精，保中神炁；次受《五千文》，诠明道德生化源起；次受《三皇》，渐登下乘，缘粗入妙；次受灵宝，进升中乘，转神入慧；次受洞真，炼景归无，还源反一，证于常道。”《道藏》第32册，第193页。这样就从教法制度上对三洞位序、三乘次第做了保障。《云笈七签》卷三《道教本始部·道教三洞宗元》云：“其三洞者，谓洞真、洞玄、洞神是也。天宝君说十二部经，为洞真教主；灵宝君说十二部经，为洞玄教主；神宝君说十二部经，为洞神教主。故三洞合成三十六部尊经。第一洞真为大乘，第二洞玄为中乘，第三洞玄为小乘。”这应该是最终的定论。
三洞分类法将两晋以来流行于江南地区的道教上清、灵宝、三皇三派经典兼容并蓄地合为一体，并为它们编排了位序，这就为后来汇辑更多派别的道经奠定了基础，“三洞”遂成为道藏的代名词。《本际经》在“三洞”的基础上，以“具十二印，应三洞者”作为道教的判教标准，代表了其所传承的时代和学术精神。
四《本际经》中的“三乘”与“十二事”
《本际经》卷二《付嘱品》云：“经有三种，大乘小乘及以中乘”，“为此五浊诸众生故，开教三乘及人天道，调伏其心，净三业恶。既调净己，然后乃为演说假名，随机利益，开方便门，令得悟入，晓因缘相，正观正解，究竟真一平等大道”。《本际经》卷三《圣行品》按照分别对应、符合修道之人的三种根性，把此前一切道教修炼方式和炼养追求归结于大、中、小三乘项下，“若人厌苦怖畏，世间虚妄不真，如梦如幻，无我无主，不久磨灭，见身无常，不净臭秽，但乐长生，以自度过，求世俗行，改练尸行，为说小乘导引丹药，现得延年地仙之道。中根之人力能进趣，树德立功，志欲腾举，为说次品飞天之法，习中乘道，净三业行，飞升三界诸天之宫，转练信根，伏诸结习，至于四民离免灾横，随愿生人，转行练质。若诸上士志度一切，忘己外身，济他利物，但求道场，成无上道，为说三洞大乘法门，使得修习，悟真实性，生无漏品，白日仙度，登上清道，进业圆满，超升大罗，证太一果，绍法王位，恶根永断，众德普会”。“为此五浊诸众生故，开教三乘及人天道，调伏其心，净三业恶。既调净已，然后乃为演说假名，随机利益，开方便门，令得悟入，晓因缘相，正观正解，究竟真一平等大道”。“下士”只能修炼小乘道法，仅得地仙之道。如同仙人纪法成所说：“我等志小，慕求小乘，厌畏死魔，患无常苦，觉身不净，秽恶如贼，速求免离，学地仙道，游遁仙宫，不求出世。”要想升玄解脱唯一的途径只有“回小向大”，“发真道意，誓舍小乘，回向大乘，普度一切，俱得升玄”。太上说：“子能建意作大法师，于此身后，必得解悟，成无漏慧，登乎上清。”既能“回小向大”，则升玄入妙亦无世出、世法分别，不避入世之劳普度一切。所以《付嘱品》云：“下士小心，常畏诸尘之所染污，故入岩阜林薮之间，避诸秽恶，静然端拱，修静寂行。上士在世，不畏尘劳，虽居世间，无所染污，犹如宝珠体性明净，入智慧山，依无相野，是名善解山栖之相。”
小乘、中乘为“方便”，大乘为“究竟”；“三乘”本质上是分别对应不同根性众生的“随机普化”，都是“方便道”，目的是为了引导众生得无上道果。在《本际经》卷六《净土品》中，太上说：“天尊太上应生五浊恶世之中，人根暗钝，爱著生死。若说大乘无上道果，使其舍离世间诸法，其人狭劣，便谓虚诞，不肯从信，及生谤毁。故说小乘导引杂术，伏御之法延寿之道。称其本性，即便遵学。调伏其心，离诸尘过，渐渐引进，转入中乘，修习二观，乃悟大乘无上之道。若有利智回拔之人，直向大乘，不须阶级。他方净土，悉以道意为其初业，生彼净土，即入定位，是故无有三乘。随机普化，集方便道。”
在《本际经》卷五《证实品》中，以仙人孟德然等与太上老君对话的方式，阐述了“小乘”之内涵，孟德然云：“弟子等无缘不幸，顽愚暗昧，业行庸浅，受任下仙，处在山水之间，无以升进，虽复多历年载，而无益于身。但高上圣师邈绝天岸，真经妙法永不见闻。”诸仙稽首曰：“弟子等早虽不幸，耽染小乘，诚自不及六夷十恶之民。”“弟子等昔不开悟，实有是非之心。何者？见他懈堕行恶，意以为非；自见行善勤劳，必定言是。所以非他懈堕行恶者，谓其当入地狱；自见执心行善不懈者，必望升仙。……非但不得进仙，方当更还地狱。”“弟子……皆由识神秽滞来久，致禀质受生恒感浊气，虽屡沐玄风，而业性难改，是以轮回生死，无所不更，在处唯作罪因，永无觉悟。”“弟子……耽尚名闻，自作吾我，强生分别，诽破他法，自用言是，名不知所执之法，是小乘之病。”老君叹曰：“夫太牢之馔，非婴孩所食；《道德》之要，非中仙所知。子等曈曚下仙，安得闻此？然开度之法，寄化六夷十恶之民，不教执见小乘之士。且子等诸仙已得常年自在，优游山水，一生快乐，志愿已毕，更欲何所求乎？……汝曾已染浊气来久，对执小乘，自见自能，自是自伐，小志已成，慧源已断，何当可教。纵得延年千万，报尽之后，乃有将履地狱之者，何上仙之冀耶？……子等先身百劫之前已奉法教，又应得上仙之道，只为诽谤大乘之法，不建大功先度于物，唯修小善求自度身，人我不除，妄生分别。生分别故，封著有为无为，亦有为亦无为，非有为非无为等法。著有为者，以无为为非，以有为为是；著无为者，以有为为非，无为为是；著亦有为亦无为者，以非有为非无为为非，以亦有为亦无为为是；著非有为非无为者，以亦有为亦无为为非，以非有为非无为为是。……子等妄作如此分别，妄起是非，是名邪见，以邪见故，名为小乘。小乘之学，是故究竟只得地仙已下，非但不能得于上道，而所见不同，更相訾毁，诤竞功名，还生罪业，所以汝等当有堕地狱之者。……以行善为是者乃不得升仙，翻入地狱，……子等舍恶行善，犹尚不免地狱三涂，岂可令子舍善行恶乎？吾前所言子等自见自是之过者，不谓以行恶为是，以行善为非也。但行善者本以破恶，恶既已除，善亦无善。无善妄见善，是名自见。以此自见为长，名为自是。”