当冯云山被羁押时，拜上帝会弟兄曾捐款集资营救，他们称为"科炭"（科炭"之名，一般均认为是因为拜上帝会弟兄多为种山烧炭者而得称，光绪《浔州府志》亦称敛炭徒钱谓之科炭。但《贼情汇纂》卷十二《杂载》说："凡盗首犯罪，大众敛钱经营调护，谓之科炭。其义无他，言雪中送炭也。"（《太平天国》，第3册，317页））。捐款者都登记在册，后来太平天国定都天京后追叙"科炭"之功，对捐款者都予升官。当时发起"科炭"的是被王作新控为冯云山窝主的曾玉珍弟兄和做过讼师的黄玉崑。（光绪《浔州府志》称"科炭"的发起者是曾玉珩，《贼情汇纂》称黄玉崑敛钱资其费用，《邹鸣鹤奏审拟失察冯云山案件官员折》则说"曾玉珍扬言欲买托绅耆衙役保放"，但又说实际上"并无贿纵情弊"。或认为曾家是财主，后来又没有参加金田起义，不会冒风险营救冯云山，并据《太平天国野史》说，桂平县将冯云山"罪以图逆，拟凌迟"，于是杨秀清利用天父下凡，号召"科炭"，救出冯云山。按《太平天国野史》所谓"拟凌迟"云云，纯属子虚。洪秀全于太平天国戊午八年（1858）给英使额尔金的诏旨中有"天父下凡救出南"之句，这是后来的附会，在当时，并无任何记载述及天父下凡与冯云山之脱走有何关系。）他们用这笔钱在衙门打点使用，对案件的发展也起了作用。
冯云山事件前后经半年多，它使拜上帝会遭受了一些损失，如得力的骨干分子卢六就在羁押中被折磨致死。但总的说来，在这一事件中拜上帝会并未遭到严重挫败。王作新弟兄在事件后"三载仳离居蔑定"（王大作：《忧时感事抒怀》（壬子），见《近代史资料》，1979（4）。），不敢在家居住，显然是害怕拜上帝会寻仇报复，而当冯云山在解送回籍途中脱归紫荆山后，也无人再敢向他挑衅或再向官府报告。这两点都说明了拜上帝会的势力已相当强大，压倒了王作新。在拜上帝会方面，当事件发生时，会众起先出力抢脱，后来又纷纷捐款营救，冯云山脱归紫荆山，会众"十分欢喜，即杀牛宰马，献祭上帝，以谢天恩"（《太平天国起义记》第七节，见《太平天国》，第6册，862页。），也表明了拜上帝会仍有活动的能力和信心。
洪秀全于道光二十七年（1847）十一月初旬由曾玉璟陪同去贵县赐谷村，但大约在获悉事件发生后就回到紫荆山。冯云山的呈诉书说："一切上帝当拜，古今大典，观广东礼拜堂悬挂两广大宪奏章并皇上准行御批移文可查。"这几句很值得注意。清政府应法国要求释天主教禁，系由两广总督耆英于道光二十四年（1844）十二月奏准，道光二十六年（1846）正月同意公开出示晓谕（参见《筹办夷务始末》（道光朝）卷七十四，第6册，2951～2955页。），只有在此以后广东礼拜堂才可能悬挂弛禁的文件。而冯云山的行踪，据他自己的呈诉书和《太平天日》、《太平天国起义记》等文献，从1844年春自广东来广西后，几年间都在广西，未回过广东，不可能见到广州礼拜堂悬挂的准许传教的文书（金田起义后，冯云山之弟冯戊科在家被捕，其供词中谈到冯云山在1844-1847）；而新从广州罗孝全教堂来的洪秀全却一定已经见到。所以冯云山的呈诉书大约是洪秀全从贵县赶回紫荆山后两人共同写的。
冯云山在被押期间，洪秀全于1848年3月初离开紫荆山，于3月下旬到了广州，拟向两广总督耆英申诉营救冯云山事，因为耆英是传教弛禁的经办人，洪秀全期望耆英给予帮助。但耆英刚已离粤内调，没有结果。（参见《太平天国起义记》第七节。洪秀全离紫荆山和到广州的日期，据T.T.Meadows，TheChineseandTheirRebellions，97页。又据曾去天京访问的费熙邦船长报道，洪秀全去广州曾期望争取外国传教士的同情和帮助，由于耆英内召，据说还想去香港以获得英国总督的帮助，后因听说英国官员不会相信他关于内地存在着一个教徒团体的话而作罢。还报道说，洪秀全这次在广州罗孝全家住了两三个月。见E.G.Fishbourne，ImpressionsofChina，54页。）当时，起义的条件尚未成熟，尚处在少数人密谋的阶段，在这种情况下，洪秀全利用清政府的法令向清朝官员申诉求援，这是不得不然的事。
冯云山在遣送回籍途中脱归紫荆山的日期未见记载，推测总在道光二十八年（1848）六七月。得知洪秀全为营救他而去广东，冯云山随后也就去广东，同正从广东返回广西的洪秀全在途中相左。于是洪秀全又从紫荆山回到广东，二人终于在花县见面。（郭廷以《太平天国史事日志》（上海，商务印书馆，1946）于冯云山脱归事未系日期，系连带叙述，置于阴历四月以前，这显然太早。冯云山向浔州府申诉是在阴历四月二十八日，顾元凯批示"慎勿稽延滋累"，其解送回籍，估计不会拖得太久。解送回籍时，行不几里，解差就皈服了上帝教，所以冯云山脱归紫荆山的日期也约略相当于桂平县处分此事的日期。罗尔纲同志《太平天国史稿》推算说，冯云山是九月被遣送的，似失之太迟，当是由于罗先生当时尚未得见冯云山向浔州府申诉日期的缘故。）他们风尘仆仆来往于广西、广东，原因在于拜上帝会内发生的一些事亟须他们见面商量。这主要是杨秀清上帝附体传言的事。这件事对以后发动起义，对整个太平天国，都有着重大影响。
二
上帝降附在杨秀清身上、杨秀清代上帝传言之事，发生在戊申年（道光二十八年，1848）三月。太平天国后来的文献多次提到这件事，并规定三月初三日为"爷降节"。这时，冯云山在桂平被押，洪秀全为营救冯云山正在广州。但不久，冯云山脱归紫荆山及洪秀全因营救不成回紫荆山，当然都知道此事。而这是一件大事，是拜上帝会前所未有的。
拜上帝会本来是以拜上帝、去偶像为基本信条的。洪秀全、冯云山在早期宣传中，强调上帝是独一真神，反对其他一切神怪。除洪秀全自以为丁酉年（1837）病中所见就是上帝授命给他在世间宣传福音这一幻觉故事以外，一切人神交通、人鬼交通的传统迷信都在排斥之列，洪秀全在1845年写的《原道救世歌》就以"巫觋"为第五不正，斥之为邪术惑众。但从1847年夏洪秀全第二次到广西并决志革命后，情况有了变化。当时广西的习俗，鬼神附体传言的迷信很流行。洪秀全等为在当地立足生根，不可能不受这种迷信的影响，并且为了政治上的目的，他们也有意地利用了这种迷信。打毁甘王庙后发生的神灵在童子身上附体要当地人不得伤害洪、冯，就可能属于这种情况。在迷信流行的条件下，他们既要利用它，不可避免地，别人也会利用它。
杨秀清假上帝附体传言之事，人们多认为起了巩固拜上帝会的作用，认为当时拜上帝会由于受到王作新的打击，冯云山被押，会众陷于动摇紊乱的危机，杨秀清乃假托上帝下凡传言，拜上帝会才得以团结和稳定。但这样的论断并不符合事实。
首先是王作新的活动并未对拜上帝会造成致命威胁。府县衙门并不支持他，甚至是对他不利的，所以金田起义后王作新向周天爵呈控此事，周天爵调阅案卷，认为府县"皂白不分"，批词"可谓无人心"。同时，就本地实力而论，王作新固然是一大势力，曾玉珍也是族大人众的有身家者，而且拜上帝会又是一个有组织的实体，王作新虽然有力量捕人，拜上帝会也敢于把人抢回，势力并不稍弱。所以，在这场斗争中，拜上帝会虽遇到了困难，但仍能有力地进行活动："在此期中，广西各兄弟自愿筹集巨金数百串钱--以救冯、卢两友，并入禀其所传之真理声辩，附呈所信之十诫以求县官秉公审查。"（《太平天国起义记》第七节，见《太平天国》，第6册，861页。）由于这种种情况，所谓拜上帝会由于王作新的打击而陷于瓦解动摇的危机云云，是缺乏事实根据的。
上述论断之所以不符合实际，还由于它不符合所根据的文献资料的原意。关于这件事，被人们普遍作为依据的是洪仁玕所述的《太平天国起义记》。现在我们为避免断章取义，看它说了些什么：
秀全与云山既回到紫荆山，会众兄弟热烈欢迎。此时二人闻悉当其回粤时，拜上帝会中屡有奇事发生，因而在兄弟中生出纠纷及有分裂之象。缘当众人下跪祈祷时，忽有人跌在地上不省人事，全身出汗。在此昏迷情状之下，其人似乎有神附体，口出劝诫或责骂或预说未来之事。其言常是模糊，听不清楚，或则是韵语。（《太平天国》，第6册，866页。译文有稍欠准确处。如"忽有人跌在地上不省人事"句，应作"这一人或那一人突然昏迷在地"。"其言常是模糊"句，应作"这些话往往是晦涩难懂的，通常是韵语"。又，前已说明，洪，冯十月在花县见面时，必已知道这些奇事，此处说他们在次年回紫荆山后才闻悉，是不正确的。）关于杨秀清等的附体传言，它说：杨本为极贫穷之人，但其入会则非常热心及诚恳。在会中，彼忽生哑病，两月内不能言语，会众均觉奇异，以为是不祥之兆，但后来复能言语，嗣后有神附体传言，比别人为多。每次代天父上帝传言时，严厉肃穆，贵人之罪恶，常指个人而宣传其丑行。彼又劝人为善及预言未来，或号令人应如何做法。其言辞大概留极深刻之印象于会众。萧朝贵则以耶稣之名传言，而其言则比秀清之言较为和蔼。黄氏有族人出言反对耶稣教训，且引人离道，此人即被逐出拜上帝会，其言即被定为假的，为魔鬼附身而说的。（《太平天国》，第6册，866页。黄姓"引人离道"句，应译为"使许多人走入迷途"。简又文在其《太平天国全史》（香港，简氏猛进书屋，1962）中引述这一段时，译作黄姓"带了些人离开拜上帝会"，似较其原译更离开原意。而且据下文，此人是被"逐出"而不是自己"离开"拜上帝会的。）
根据这些记载，我们本应认为，如果说当时拜上帝会有危机的话，那也主要不是由于王作新等的进攻，而是来自内部，是由于内部有杨秀清、萧朝贵、黄姓和其他一些人都搞神灵附体，都假神灵之名义说话，因而在内部产生了纠纷和分裂。可以说，这种迷信行为在初时不但不是巩固拜上帝会的手段，而且是拜上帝会分裂动乱的原因。很明显，很多人搞这种神灵附体，在宗教上，是中国民间旧有的宗教迷信大量掺入拜上帝会的表现；在政治上，是拜上帝会内部各种派别和势力争夺领导权的反映。当时拜上帝会对耶稣的知识极少，从洪秀全起就不甚了了，从教义上认识何者为上帝之教导，何者为耶稣之教导，是极不可能的，所谓黄姓族人"反对耶稣教训"，应是指他的传言反对了萧朝贵以耶稣名义的传言。这显然不是教义的分歧，而是现实的斗争。在斗争中，黄姓失败了。萧朝贵与杨秀清联合，逐出了黄姓。杨秀清以上帝的名义传言，以他的机智多谋，使其传言在会众中留下了深刻的印象，逐渐取得了凌驾其他传言者之上的地位。现存的太平天国文献保存了一条己酉年（1849）三月十六日杨秀清在贵县传天父上主皇上帝的话："高老山山令遵正，十字有一笔祈祈。"（《天命诏旨书》，见《太平天国》，第1册，59页。）"高老"指上帝，"山山"即"出"字，"十字有一笔"即"千"字，意谓上帝出令，千祈遵守。杨秀清能去贵县发号施令而不只限于紫荆山，说明他在拜上帝会内部的斗争中已经取得胜利，他的权威已经树立了。
在冯云山事件期间，拜上帝会内有不少人搞神灵附体因而造成混乱，除杨秀清、萧朝贵和黄姓以外，还有些什么人，黄姓和其他人各假托什么神灵，此中详情，资料阙如，现已不得而知。但这件事和黄姓在斗争中被作为妖人驱逐，其实在太平天国后来的官书中也是有痕迹可寻的。《天情道理书》关于天父初次下凡之事说：
且说乎（平）在山，戊申岁三月，天父大开天恩，亲身下凡，出头作主，托东王金口，教导兄弟姐妹，乃天下万郭人民，此乃天父义怒，固已差天王降生为天下万郭真主……而天父又大发仁慈，不忍凡间人民尽遭病死，故特差东王下凡，代世人赎之。东王赎病之时……甚至口哑耳聋，以一己之身，赎众人之病……当其时，真道兄弟姊妹多被妖人恐吓，若非天父下凡，教导作主，恐伊等心无定见，安得不忘却真道，差入鬼路乎？（《太平天国》，第1册，365～366页。）
这里说杨秀清先是"口哑耳聋"，继而天父降托教导做主，与前引《太平天国起义记》所记完全相同。对照起来，这里所说的"妖人"、"多被妖人恐吓"、"忘却真道，差入鬼路"，也绝不是指被王作新或封建官府恐吓以至发生动摇，而是指黄姓和黄姓魔鬼附体、反对"耶稣教训"、引诱弟兄走入迷途一事。
太平天国的《三字经》也提到了这件事："戊申岁，子烦愁，皇上帝，乃出头，率耶稣，同下凡……散邪谋，威权显。"（同上书，227页。）所谓"散邪谋"，也就是指杨秀清、萧朝贵战胜黄姓之事。
拜上帝会一些人各搞神灵附体造成了紊乱，但在紊乱之中杨秀清逐步树立起权威，这可以说对拜上帝会的巩固起了积极的作用。
洪秀全和冯云山留在广东直到道光二十九年（1849）五月。他们在这段时期中的活动是很值得深入探讨的，可惜资料极少。《太平天国起义记》说：
秀全在家时辄牵牛到山野外，用助其长兄。彼即在山野间常与云山及密友会见，每次系于先一日预约在某山头相会。在此秀全常与其众信徒及友人谈论广西拜上帝会事。彼已于前赴广州时得获《新旧遗诏圣书》，此时辄对众人选读经文，且谆谆劝告人真心信仰真理，许多在野外牧牛之小孩均围绕洪冯二人而倾耳听其教训。（《太平天国》，第6册，865页。）
洪仁玕在这里记述的似乎都是生活上、宗教上的表面活动，但其中提到洪秀全常常谈及广西拜上帝会事，这必然包括已经发生的许多人搞神灵附体的奇事。在拜上帝会内部有一些人能代神灵传言，特别是杨秀清、萧朝贵能代上帝、耶稣传言，意味着在某些场合杨、萧超越了洪秀全的权威。但如果迷信的群众正在接受这一事实而洪、冯予以拒绝或完全不承认各种神灵附体，又将在会内引起新的混乱。洪秀全、冯云山大约经过反复的考虑，决定接受这一事实，而同时又决定将洪秀全丁酉年（1837）升天幻象加以丰富夸张，宣告洪秀全是上帝之子、耶稣之弟，是亲受上帝之派遣下凡作真命天子的。这就是戊申年即1848年冬"诏明"的《太平天日》一书的主要内容。