但另一些关于太平天国仪卫旗的报道，与这一规则并不都符合。太平天国癸好三年（1853）冬，太平军克复庐州，民人周邦福目击胡以晃等入城的情况："伪丞相面前执事，系杏黄绸蜈蚣旗，上绣二龙戏珠，此旗十对；又方旗五对，白心红边，中嵌黑白相间太极图。又有丈高黄布旗十对，既阔而大，上写"太平天国春官丞相功勋加一等胡"伪衔字样。……后头所跟皆是贼的伪官……有四五十人一样打扮，皆骑马，手执蓝绸旗，用杪杆撑着，人执一杆，坐在马上。又来伪官指挥一个，面前方旗四对，白心红边，又杏黄绸蜈蚣旗八对，又黄布大旗八对。又阔又大，上书"太平天国十九指挥功勋加一等"伪衔。"（《蒙难述钞》，见《太平天国》，第5册，67页。）这一段具体的记述进一步证明仪卫旗中的蜈蚣旗与职衔旗旗色一致，但几对方旗却是白心红边，不同于杨秀清仪仗中方旗也与职衔旗旗色一致。杨秀清的随从中有数十对骑马背令旗的参护，胡以晃的四五十名随从大概也是参护，但骑马执蓝旗。白心红边旗、蓝旗的意义如何，我们还不得而知。
汀州曹大观《寇汀纪略》记石达开所属"石国宗"的旗色十分复杂。石国宗有"护将"五百名，蓝旗红边；"护旗"五队，各队旗帜为五色镶边；以下侯相、承宣、检点、指挥各有队旗一条，"护旗四方"，护旗分别为红心白边旗、红旗、乌旗白边等。又记"水营三百六十一正将军"郭姓的队旗为黄心红边，"护旗四方，黄旗不用边"（ 《太平天国》，第6册，808、813页。）。其中说各级官员都有"护旗四方"似乎与周邦福所记胡以晃等的方旗相似，应是仪卫旗。只是其旗色的规则，更难理解。
太平天国还有两种督战旗。一种是杨秀清发给各带兵将领的，黄绸心，绿绸火焰边，上写"东王有令，专斩临阵退缩"。另一种由各军总制自制，上写"胜旗"，也用以督战，其旗色未据载明。（参见《贼情汇纂》卷五，见《太平天国》，第3册，148页。）根据东王发给的督战旗与东王旗色一致之例，各军自制的督战旗，也必与各军旗色一致。
根据以上所述，我们可以说，太平天国确有多色旗帜。以五王旗、水陆号令旗而论，旗色的不同表示了方位的不同。
太平天国以旗帜多著称。号令旗主要用于城池、营垒的防守，仪卫旗只是为较高级的将领官员所拥有，它们在太平天国旗帜中不会占很大比重。太平天国旗帜之多，主要由于从两司马这样的基层军官起，以至各种杂职典官，都有自己的职衔旗。而关于这种旗帜，《贼情汇纂》中的记载和图示都是黄色--东西南北翼王有五色镶边，指挥以上有水红色镶边。这是以为太平天国旗帜都是黄旗的重要依据。但《贼情汇纂》的记载是否完全准确，需要加以验证，其办法就是考察清方将帅和其他人士关于所见所获太平天国旗帜情况的报告。他们的报告大多没有记明所见所获的旗帜上是否写有什么职衔，但在行军中、野战中见到或俘获的旗帜，基本上应该是这种旗帜。《贼情汇纂》说，太平天国一军就有六百五十六面旗帜，此外更有总制、将军、监军、各典官的旗帜，"故官军与贼接仗，恒觉贼旗之多也"（ 《太平天国》，第3册，143页。）。接仗时所见的旗帜多为职衔旗，是可以大致肯定的。
下面就按这一办法作简略的考察。太平军旗帜是黄旗的记载很多，所以重点在于考察非黄旗的事例。
三、太平天国前期军中旗色
金田起义初期，关于太平天国旗帜的资料虽然较少，但其中颇有多色旗的记载。
蔡村江之战是起义之始的最大战斗，当清军进击时，"有手执红巾数贼……率匪众拼死直扑"（ 中国第一历史档案馆藏《劳崇光等奏进攻金田失利伊克坦布等战死折》，平天国文献史料集》。）。稍后，清军进攻大黄江口，"将身穿红袍贼首及手执蓝旗贼目一人轰毙倒地"（ 《李文恭公奏议》卷二十一，《会奏官兵进剿金田逆匪两次大胜折》（咸丰月十一日）。）太平军在武宣东乡时，周天爵令兵勇至东岭村诱敌，"该匪各执五色大旗扛抬枪炮分三股前来抗拒"（ 《李文恭公奏议》卷二十二，《会奏添派镇将堵剿武宣东乡逆匪情形折》（年三月初二日）。）太平军自武宣北入象州境，主动进攻清兵，"由鳌村、马鞍山沿山而来……各执红旗白旗，四面扑营攻打"（ 中国第一历史档案馆藏《周天爵奏黔兵接仗获胜折》（咸丰元年五月初一日《太平天国文献史料集》。）。太平军自象州回师桂平，乌兰泰等进攻新墟，俘获太平军"黄旗五、蓝心红边龙旗一"（ 中国第一历史档案馆藏《赛尚阿奏进攻新墟、猪仔峡获胜情形折》（咸丰月十三日），见《太平天国文献史料集》。）
在起义初期李星沅任清方钦差大臣的四个月中，奏报军情时提到太平军旗色的凡三次：蓝旗、五色大旗、黄旗各一次。此外，他还奏报夺获刘八一股的"蓝旗一枝"、"蓝旗二枝"，并"炮毙骑马贼一人，背插红旗，书有将军头张二五"（ 《李文恭公奏议》卷二十二，《附奏各土司州县缉捕匪徒片》、《附奏剿捕玉林博白两属股匪片》。）。刘八系凌十八之党。凌十八参加拜上帝会起义后，在玉林州与清兵战斗，旗帜是红旗。（光绪《玉林州志》卷十八，"贼排阵来迎，装妖作怪，列红旗，喧鼓乐"，"贼先伏各坡塍，列红旗到窑岭接仗。镇兵炮战良久，倒其红旗两面"。）凌十八终于未能同太平军大队会合，其活动后来曾被太平天国批评，他和刘八的旗色情况，我们可以不论。仅以上述在金田、东乡、新墟等处活动的太平军的旗色看，就有黄蓝红白诸色旗和"五色大旗"，这是同"旗分五色"的规定相符合的。
如果实行"旗分五色"的制度，我们可以设想，与五方相应的五色旗帜的军队，系由天王和五王或由五王分领。这样的设想得不到一以贯之的资料证明，但并非丝毫无所印证。《盾鼻随闻录》说，当太平军出广西入湖南之际，有青旗、红旗、白旗、黄旗、黑旗各一队；又说，太平军进攻南京时，"伪翼王石达开青旗贼、伪北王韦镇黑旗贼俱到，分队攻城"（ 《太平天国》，第4册，361、374～375页。）。关于《盾鼻随闻录》的编者，罗尔纲同志已考定是汪堃，并指出汪堃当太平天国壬子二年至乙荣五年（1852-1855）年间在四川任道员，并未目击躬亲太平天国之事；他编撰这本书的目的，是诬蔑太平天国以诋毁他的仇家何绍基。这些看法是很正确的。但这并不意味着这本书的一切记载都出于捏造；其中不少资料系汪堃所编辑，而不是出于他的写作。如卷八的无名氏《独秀峰题壁》和上元生员吴家桢《金陵纪事杂咏》，就是当时当地人的纪事诗而被汪堃编入《盾鼻随闻录》。《金陵纪事杂咏》诗注，"陆建瀛仅有两舟逃回，青旗贼从后追赶"（ 同上书，422页。），这是颇可印证"伪翼王石达开青旗贼"之说的。
定都天京后，太平天国举行西征北伐。据清方探报，西征军中有"黑旗贼"（ 《近代史资料》，1955（3），10页。）。《盾鼻随闻录》卷四《豫寇纪略》说，北伐军中，"林凤祥用红旗，吉文元用蓝旗，李开芳用白旗，另有黑旗贼首，年三十余岁，不知姓名……围怀庆府，红旗贼先到"（ 《太平天国》，第4册，386～387页。）。这些记载虽无其他确切印证，但太平天国北伐军的旗帜除黄旗外，确有其他旗色。如《大学士讷尔经额恩善奏陈前队接战获胜情形折》报告在怀庆附近的战斗说：
瞥见隔河树林内，有穿红衣贼目率领贼匪约数百人，手执大黄旗并红白二色旗帜，直扑河岸。（《粤匪杂录》，见《太平天国史料丛编简辑》，第5册，27页。）
又，托明阿等奏称，咸丰三年（1853）六月二十八日的汜水之战，清方夺获"伪总都督军黄白大纛六杆"；陆应奏称，咸丰三年八月二十六日武安知县遇见"贼匪数十（应为"千"），分执五色旗帜，蜂拥而来，官兵即放枪炮，轰毙贼匪百余人"（ 《忆昭楼时事汇编》，见《太平天国史料丛编简辑》，第5册，208、338页。）。
在天京附近，《向荣奏稿》十二卷叙述交战中见到、夺获、轰倒太平天国黄旗有六十余次，但也有几次提到太平天国的其他旗帜：咸丰六年（1856）三月初三日《更换张国梁为统兵大员连克顾家坝一带贼垒卡折》："鏖仗逾时，有执蓝旗贼目往来指挥，甚为凶悍，经……砍毙，夺获大方蓝旗。"
咸丰六年三月二十六日《克复浦口江浦二城折》："鏖仗两时……复斩悍贼一名，力夺大方蓝旗一杆。"
咸丰六年五月十五日《驰援镇江获胜全股逆众遁回金陵折》："分投拦剿，歼斩多人，并击毙执绿旗贼目一名。"
向荣奏报还几次提到太平军船队的旗帜：
咸丰二年（1852）十二月二十一日《复奏武昌失守筹备堵剿情形折》称，太平军克武昌后，以"三千余人乘船三四百只，上插五色旗帜，诈称奴才差人赴下游运粮，于十一日到黄州府及武昌县滋扰"。按，五色旗帜并非假冒向荣旗帜，向荣的旗帜是黑旗。
咸丰五年（1855）四月初四日《师船进剿三山江面贼获胜折》称，三月二十六日清军水师夺获"五色旗五十桨七丈余长大快蟹船一只"，"三色旗四十二桨七丈长大快蟹船一只"，"五色旗大拖船一只"，"击碎五色旗大贼船一只"。
咸丰五年十二月二十五日《芜湖水师截剿获胜情形折》称，十二日夺获"三色旗炮船一只"（ 参见《太平天国》，第8册，589、608、628页；第7册，17页；笫8册555页。）。
据向荣报道，清军在地面战斗中见到太平军旗帜绝大多数是黄旗，偶尔出现蓝旗、绿旗；在水上战斗中，他报道太平军船舰的旗帜是五色旗、三色旗，这似乎是水师船队的专用旗。清方探报也说，西征军水师进入湖南，"其龙阳、益阳交界之羊河脑约有贼船千余只，俱插五色旗号，头船黄旗，上书"正破长沙带破荆州"八字"（ 《近代史资料》，1955（3），12页。）。但同时又有互异的记载。太平天国壬子二年（1852）冬从岳州到武昌的水路上，或说洪秀全的座船遍插黄旗，"余船均有号旗，五色杂错"（ 《盾鼻随闻录》，见《太平天国》，第4册，365页。）；或说"黄旗大小列艨艟"，"贼旗尽黄色"（ 《鄂城纪事诗》，见《太平天国资料》，32页。）。到天京后在上关下关聚集的船队，据说"备打仗者插黄旗，头目船插红旗，妇女船黑旗，其余辎重银米各船旗色不一"（ 祁寯藻：《访问贼匪情形单》，见《太平天国》，第7册，103页。）。来自曾国藩湘军水师的报道，也与向荣节制的红单船水师所见所知情况不同。咸丰四年（1854）三月二十日曾国藩报告："贼在汉阳管水军者系伪翼王之兄弟，贼中称为国宗兄，其船旗以绣花呢别之。其有洋炮之船，以白旗别之。"（《曾文正公全集·奏稿》卷二，《探明前路贼踪片》。）其他船旗如何，没有提到。准此而言，太平军到达靖港的船队，"后有大船一只，上插白旗"（ 《近代史资料》，1955（3），12页。），应是洋炮船。不久，湘军水师攻陷岳州，曾国藩称"逆船三四百号全军覆没"，获得的战利品有"红旗、号褂、风帽三捆"⑦。这些分歧的记载，只能使我们了解太平军水师并非只有黄旗，但难以从中判明它的旗制。
目击者的记录是更值得重视的。咸丰六年（1856）正月，赵烈文到江西南康曾国藩大营。十七日，太平军来挑战。他记载说：
贼来挑战，与孝登垒望之。白旗二、黄旗数十出林中，火炮轰然去里许。
二月初十日，他在樟树镇彭玉麟营地，记见闻说：
望堤上贼帜甚多，皆青白二色，盖贼近用五色旗以乱我军，不纯用黄赤也。
从金田起义之初就同太平军对敌的李孟群，在乙卯年（1855）初太平军二克武昌后写的《上曾骆二宪禀》中说：
（太平军）旗帜衣帽，不尽用黄，杂以青红二色。（方玉润：《星烈日记》引录，见《太平天国史料丛编简辑》，第3册，88页）赵烈文记载了两次所见旗色。他和李孟群又都概括地谈到了太平天国的旗色情况。他们都证明太平天国军队中有着多色旗帜。当然，从他们的语气来看，黄旗或绿旗、红旗是多数。至于五色旗的始用则并不在咸丰四、五、六年（1854-1856），如上文所述，金田起义之初早就有各色旗帜了。
方玉润记太平天国丁巳七年（1857）五月目击陈玉成部和清军交战的情况尤为生动具体：
贼酋伪成天豫陈玉成……率众十余万人来围（湖北）黄梅诸营……余与镇军各登望楼观战……须臾见高岭火箭齐飞，喷筒乱放，鸳鸯旗一气直上，贼营火起……贼见我军尚有两队列田垅间，恐截其后，遂调蓝旗白边一旅，先来接应……复调其小黄旗、金黄旗、五色旗、蓝花旗更番接阵，每一队退，则一队进，毫不错乱。（方玉润：《星烈日记》战形，乙巳五月二十日，见《太平天国史料丛编简辑3册，121页。）
在考察太平天国丙辰六年（1856）以后的旗色问题时，需要注意到太平天国六、七年以后捻军同太平军联合和太平天国乙荣五年（1855）冬以后广东天地会起义军在江西加入太平军这两个因素。前已提到，捻军是旗分五色并有各种杂色杂花旗的。方玉润所记的这次战斗，据胡林翼奏报发生在咸丰五月十二日。（参见《胡林翼全集·奏议》卷十八，《各路官军剿办皖贼获胜疏》。）胡林翼报告说，"此次悍贼伪豫天侯陈玉成由桐城率三万余众，又裹胁皖省饥民数万，并力上窜"。又说，"北岸之贼目为陈玉成、李寿成，勾结皖省捻匪饥民，号称十万，自四月以来由宿松、太湖、英山、霍山分犯蕲州、黄梅、广济、罗田边界"（ 《胡林翼全集·奏议》卷十七、十八，《皖贼上犯官军援剿获胜疏》、《奏陈围困贼迭次大胜及水师深入失利旋复获胜疏》。）。因此，方玉润所记的这次战斗，太平军中或有捻军在内，所见的旗帜或者不都是太平军的旗帜。捻军同太平军联合作战的范围，主要在淮南皖中和长江以北的皖鄂毗连地区，从未到达江南。这一限制，有助于我们在考察太平天国后期旗色时，了解何者没有捻军的影响、何者可能有捻军的影响。
广东天地会起义军的问题稍复杂一些。他们从乙卯年（1855）冬在江西加入太平军后，在清方资料中被称为"花旗"。"花旗"的活动范围很广，遍于江南浙闽皖赣粤各省，石达开、李秀成、李世贤等各部都有，天京失陷后仍继续在闽粤战斗。因此，"花旗"究竟是怎么回事，究竟是怎样的旗色，对于考察太平天国丙辰六年（1856）以后的旗制旗色问题，是至关重要的。例如，如果"花旗"是各色旗的概称而不是指某一种颜色的旗，那么，即使关于后期太平军的资料中有多种旗色的记载，也难以辨别它们是太平军本来的旗帜，还是后加入的广东天地会起义军的"花旗"。
四、关于"花旗"
太平天国甲寅四年（1854）五月，广东天地会大起义。经过一年多的战斗，起义军一部分进入广西，一部分经湖南、江西而加入太平军。关于他们在江西参加太平天国的情况，曾国藩在咸丰六年（1856）二月二十一日报告说：
金陵逆匪由湖北通城入江境者，以伪翼王石达开为首。……粤东另股土匪由湖南茶陵等处入江境者，以周培春人数为最多；又有贼目葛耀明、陈宁、邓象、卢纬等均于瑞州投入石逆大股之中；贼目关志江、陈植槐等均于临江投入石逆大股之中；贼目王义潮、刘梦熊分屯吉安、泰和，亦已与石逆合并为一。（《曾文正公全集·奏稿》卷七，《会筹各路堵剿情形折》。）