明清民间宗教神灵谱系的如此安排，并非是随意拈来、机械拼凑，显然自有其内在的思想根据。这一理论根源就是传统道教的思想。在道教看来，道家之“道”乃是宇宙及天地万物的最高的、最终的本原和本体，它处于永恒的运动和发展之中。其本质属性就是化生天地宇宙，养育万物人类。即使是那些出入于三界而逍遥自在的万灵众神，仍然也是大道运化之杰作。《老子》里的“长生久视”的思想，以及《庄子》的“上与造物者游，而下与外死生无终始者为友”《庄子集释》卷十下，《新编诸子集成》，中华书局，1961年，第1099页。的生活哲学，无不彰显着大“道”的万能和神奇。因此，效法“道”，乃至于“得道”，便可获得“道”的超然性和永恒性，从而消弭和克服生与死之矛盾对立而造成的生命悲剧之羁绊，达到那种超然物外、与万物同一、与大道契合的至高境界。明清民间宗教神灵谱系中的最高神——无生老母，正是这一神奇和万能的“道”的象征和化身，在其身上无不彰显出大道玄奇造化和超然永恒。正如《淮南鸿烈·原道训上》所曰：“夫道者覆天载地，廓四方，拆八极，高不可际，深不可测，包裹天地，禀授无形……山以子高，渊以子深，兽以子走，鸟以子飞，日月以子明，星历以子行，麟以子游，凤以子翔，太古二皇得道之柄，立于中央。神与化游，以抚四方。是故能天运地滞，轮转而无废，水流而不止，与万物终始，风与云蒸，事无不应，雷声雨降，并应无穷。鬼出电入，龙兴鸾集。”(宋)张君房编，李永晟点校《云笈七签》卷一，中华书局，2003年，第7-8页。唐人吴筠亦说：“天地人物，仙灵鬼神，非道无以生，非德无以成。”同上，第11页。因此，无论是源于传统的儒、释、道三教以及其他民间信仰之诸神佛，还是明清民间宗教所新造之神佛，都必须统一在对“道”的崇拜之下，即统一在“无生老母”这一最高主神的崇拜之下。这一神学体系及其教理教义，正体现了民间宗教对传统文化以及大道信仰的肯定和继承。
在此，特别要值得注意的是，在整个神灵谱系的主体部分即第三层级的神佛中，如前所述，包含了儒、释、道三教及其他诸方面的众多神佛、菩萨等神祇，而这些神祇，在原来的神灵体系中，其功能和作用并不尽相同，因而也就有了级别的高低和地位的参差，如佛教中的佛和菩萨、道教中的天尊与诸仙圣在道教庞大的神灵谱系中，每个神仙的地位和排序都是不同的，其他的不必多讲，光小乘仙就被分为九等，如《道教义枢》卷一《位业义》有“小乘仙有九品：一者上仙；二者高仙；三者大仙；四者神仙；五者玄仙；六者真仙；七者天仙；八者灵仙；九者至仙。”、儒教中的孔子、颜回等。众所周知，佛教中的佛是其最高的果位，而菩萨则是次于佛的一级果位，二者无论是在“级别”上，抑或能力(神通)上都是有明显的区别的。当然，在中国的“民间佛教”信仰中，有崇拜观音菩萨超过佛陀的现象，则另当别论，不过那也正反映了中国乡土社会中民众信仰的“功利性”特色；道教就更不必说了，其庞大的神灵体系中，其等级和地位是相当森严和有序的，在某种程度上说它是世俗官僚体制的反映，也不无道理；而孔子与颜回本是师生关系，在中国传统的礼教体制中，其自然是有长幼和尊卑之分的。然而，在明清明间宗教所构建的神灵谱系中，他们却被“分配”到了一个集团之中，成了不分尊卑次序，级别地位相同，作用功能一致的神灵，并统统被冠以了“佛”和“菩萨”的名号。他们共同居于一个神殿中，共同接受无生老母的领导，共同享受到众多信徒的尊崇和朝拜，与无生老母与“三世佛”一起，共同为救度“迷失家乡”的九十六亿皇胎儿女，回皈“家乡”安享幸福生活而作用。真可谓是：万神同处唱和谐，共赴大同得超生。
中国民间宗教神学思想中的这种独特观念，往往使得以基督宗教唯一神之信仰下的西方学者们颇感茫然无着。曾经也有许多中外学者在研究了中国这种多神信仰结构的起源和意义后，都不约而同地得出了几乎是清一色的结论，那就是这种神灵组织乃是现实生活中地上官僚机构在信仰体系中的反映和再现。他们基于古老中华帝国的悠久历史，其完整成熟的官僚体制，在形成和影响着传统政治思想的同时，必然也会渗透到宗教思想中来，左右和制约着崇拜众多神灵的信仰世界。对此，余欣作了很好的回顾和总结。在其由博士论文形成的著作《神道人心：唐宋之际敦煌民生宗教社会史研究》一文中，他在指出“马伯乐也很早就指出道教万神殿的官僚政治特征根植于中华帝国的行政机制。索安(Anna Seidel)把道教之前而存在的自己的特征归纳为‘一个最高天神统治下的官僚机构认定和控制着阳世和阴间’。司马虚(Michel Strickmann)则把早期道教描述为一个‘官僚机构巨大而有序的帝国的范例’，一个‘文书的王国’”余欣《神道人心：唐宋之际敦煌民生宗教社会史研究》，中华书局，2006年，第70页。后，认为“上述这些看法，从某种意义上说，当然是有其合理性的一面，但是我们也不能忽略宗教本身所具有的整合功能”同上，第71页。。
确实如此，思想必然反映现实。由于在中国社会里，长期的封建专制体统治，形成了一个由皇帝一人统辖之下的等级森严的官僚政治系统，从而其必然会左右和影响到人们社会生活的方方面面，从而在人们的思想意识中或多或少地会留下其一定程度的反映。而宗教作为一种思想观念意识形式，自当不可例外。宗教思想中的信仰世界(这里主要指神灵谱系)，即是这种现实实在在其创教者意识中的反映。尽管这样的反映并不一定是直接的，或者已被或多或少的“宗教化”(指增添了神秘性、神圣性)。值得注意的是，不论这样的反映是否具有“普世”的意义——只有对于多神的宗教来说，这种说法似乎才有意义，但此间须有一个重要的前提，就是现实政治体制下有一定规模的“官僚”机构的运作机制。而对于一神的宗教而言，可能就是另一回事了——但无论如何，从表面上看，中国社会中的宗教就很符合这一点，特别是道教。道教崇拜多神并且土生土长于中国，这已是常识，自无须细说。可道教的神灵体系的系统建立，并非从来就有、一蹴而就，乃是随着道教的不断地官方化、体制化的脚步，而逐渐完善而成熟臻成的。按一般的说法，道教的正式成立应与佛教之正式传入时间相差无几，是为东汉年间这里所谓的“一般的说法”，当指以史料所载道教教团的正式出现的时间为证，如东汉张道陵“五斗米道”及“太平道”的出现。但亦有认为道教在先秦、战国时业已形成，如台湾学者萧登福等。以上可参阅任继愈主编《中国道教史》(上、下，增订本)中国社会科学出版社，2001年；又任继愈主编《中国佛教史》(一、二、三)中国社会科学出版社，1985年。。而道教神灵体系的完备与成熟，当以陶弘景的《真灵位业图》的建立为标志，其时为六朝(南朝齐、梁)时期。
可见，由于道教的“体制化”、“官方化”，其神灵信仰体系已经不具有了原始道教的杂乱、无序的状态，而是已经通过专业的宗教家们的精心工作，通过对其传统的神灵膜拜和众多民间社会的“杂神”、“淫祠”的整合，使其渐渐趋于有序和系统，从而形成了一个自成体系的道教神灵信仰谱系(尽管相对于其他体制性的宗教来说，该神灵谱系仍嫌庞杂)。鉴于这一神灵体系的这种特殊性质，其所反映出的对现实官僚政治体制的模仿和再造，无疑是显而易见的。而上述诸多汉学家们所得出的那些结论，也正是对像道教这样的体制性的多神宗教研究之结果。诚如余欣所说，“当然是有其合理性的一面”。