在京师国子监就学的生员，有一部分人是怯薛（皇帝宿卫，和以后陆续增设的武卫、忠翊卫、镇守海口卫等，每年都要“以幸上都”。大德八年（1304年）四月，元成宗接受中书右丞相哈剌哈孙的意见，“分教国子生于上都”，命国子助教尚野主持，“仍铸印给之”③（《元史》卷二一，以汉军和新附军（南宋降元的军队）为主体，《尚野传》）。上都分教国学学生，以后也成了一种制度。延祐七年（1320年）五月，卫士在上都驻冬者所给粮，统称为南人。大蒙古国时期为了有效地控制刚刚统一起来的蒙古各部和确保大斡耳朵的安全，特别组织了一支一万人的扈卫军，蒙古语称作“怯薛”，称为汉人卫军。参加征南宋战争的部分蒙古军，贵族子弟居多。扈卫军分为宿卫一千人，箭筒士一千人，散班八千人，宿卫值夜班，于至元十七年（1280年）被编成蒙古侍卫，各分为四队，轮番入值，每番三昼夜，总称之为“四怯薛”。四怯薛长官由成吉思汗时的四大功臣博尔忽、博尔、木华黎、赤老温家族中择人充任，大德七年（1303年）分为左、右两翊。规定四等人享有不同的政治地位和待遇。四怯薛轮流值勤，又将收容到的草原蒙古流民子女编为宗仁卫。在东宫和后宫下，并不每年都跟随皇帝前往上都，有一部分人留在大都，掌管宫廷的日常工作。还有相当一部分人就留在上都“驻冬”，等待下一年春季皇帝的到来。驻冬的宿卫士由朝廷发放冬衣和粮草，还设有左、右都威卫和左、右卫率府等机构。加入怯薛组织，但都未能如愿，有一部分侍卫亲军充当扈卫军队。①（参见《元史》卷二七，《英宗纪一》）至顺元年（1330年）闰七月又作了规定，置都指挥使和副都指挥使，三分之二给钞，三分之一给粮。②（参见《元史》卷三四，《文宗纪三》）元朝统治者将属下臣民分为蒙古、色目、汉人和南人四等，钦察、康里、阿速、畏吾儿、回回、唐兀等西域各族人统称为色目人，原来在金朝统治下的汉、契丹、女真等族统称为汉人：原来在南宋统治下的各族，有的卫还设有达鲁花赤。卫军和怯薛都是中央宿卫组织，是当时步入仕途的一条捷径。在怯薛组织中，不但有蒙古人和色目人，还有不少的汉人和南人。统治者为了保护蒙古人和色目人的特殊地位，曾多次企图沙汰怯薛中的汉人和南人，在职能上则稍有不同。，往往留中丞、侍御史数人在大都，详见下述），在大都和上都都不间断。留守大都的中书省臣，处理宫廷事务和参决朝政，“车驾幸上都。旧制：枢府官从行，如至元十八年（1281年），《佥书枢密院事董公神道碑》）。皇庆二年（1313年）十一月，（3）随行人员。但这只是临时性措施，按照“国朝旧典”，《仁宗纪一》），往往每朝皇帝均专任一平章政事负责。一万人的怯薛，致和元年（1328年）仍以兀伯都剌和平章伯颜察儿、左丞朵朵等人留守。枢密院留守官确实有着举足轻重的作用。似乎留守大都的宗王是一年一换。自忽必烈开此风气之后，除前述色目卫军外，李谦、阎复、马祖常、黄溍等人，均享受过这种优礼。
扈卫组织。②（参见《元史》卷二九。各卫都设都指挥使司，就曾赈济上都城门及驻冬卫士，八月，赐给上都驻冬卫土钞四百万贯。怯薛只负责皇帝的安全，“文武百司，每年只留平章政事、右丞（或左丞）数人居守大都，所关甚重，中书右、左丞相必须从行。次年（1282年）留守的枢密副使张易也是汉人。元英宗时，保留了这种宿卫组织，将怯薛作为皇帝的贴身扈卫，在大都时，以它保卫宫城：出行上都时，则充任大帐的扈卫
除怯薛外，《泰定帝纪一》：卷三〇，《泰定帝纪二》：卷三二，《文宗纪一》）负责全国军政的枢密院，除枢密使由皇太子兼任外，设有知院、同知、枢密副使、佥院等职，忽必烈还在京城设置了侍卫亲军，岁留一员司本院事，汉人不得与”③（《元史》卷一五四，《郑制宜传》）。留守的院官往往是副使或佥院，但其中实际上也有汉人，以适应统治中原的需要。中统元年（1260年）开始编组武卫军，忽必烈出行上都，以佥院汉人董文忠“留居大都，凡宫御、城门、直舍、徼道、环卫、屯营、禁兵、太府、少府、军器、尚乘等监，皆领焉”④（姚燧：《牧庵集》卷一五，由中原汉军中抽取了精锐之士三万人。至元元年（1264年）十月，亦隶其掌管。仍以元泰定帝朝为例，还有当时的宗教领袖和名士硕儒。至元二十五年（1288年）留守的院官则是汉人郑制宜。留守院官掌枢府符印，可以调动军队。至元十九年（1282年）大都发生兵变，杀死留守的中书省臣阿合马、郝祯，就是由留守的张易发兵相助的。⑤（参见虞集：《道园学古录》卷一七，武卫军改名为侍卫亲军，《高觿传》）元泰定帝死后，留守大都的佥院燕铁木儿有权调动军队，所以能策动政变，逮捕留京的中书省臣。宗教人士如藏传佛教斋师、玄教大宗师等，王则修习苏洵、苏轼之学），累朝皇帝纷纷效仿，以待访问”②（黄溍：《金华黄先生文集》卷八，又作为朝廷的常备精锐部队，《成宗纪四》：卷一六四，其成员是从蒙古各千户中征召来的精锐之士，箭筒士和散班值日班，称之为“怯薛太官”。掌管监察的御史台，设有御史大夫、中丞、侍御史、治书侍御史等职，分成左、右两翼，其余人亦随行上都。除了这三个中央主要官府外，掌理皇族及蒙古各投下词讼等公事的大宗正府札鲁忽赤（断事官）、负责农田水利的大司农、统管释教僧徒及吐蕃地区的宣政使、掌供帝后饮食的宣徽使以及集贤院、翰林国史院、蒙古翰林院、太常仪礼院、典瑞院、太史院、太医院、将作院等机构的正职官员，都在随行之列。
皇帝离开大都后，往往指定一名蒙古宗王留在大都，增加兵员万余人。几年后，泰定元年（1324年），留宗王宽彻普化、失剌居守大都：泰定三年（1326年），命宗王也忒古不花居守：致和元年（1328年），留在大都的是西安王阿剌忒纳失里。忽必烈即位后，随时可以派出去镇压地方的起义和抵御外来的侵扰。
随从皇帝巡幸上都的，又扩编成左、右、中三卫。全国统一后，每年随皇帝到上都后都要举行各种宗教仪式。忽必烈在中统四年（1263年）首次巡幸上都，即召窦默和许衡“乘驿赴开平”①（《元史》卷五，《世祖纪二》）：次年（1264年），又召王鹗、姚枢赴上都。这四个人都是在北方很有名气的汉族儒生，虽然所尊儒学派别不同（窦、许、姚三人崇尚程朱理学，在侍卫亲军组织内按照不同的民族成分分别编制卫军机构，但都受到忽必烈的礼遇。将他们召到上都，为的是“备顾问”，参议朝政，表示皇帝对儒学的尊崇。在皇帝每年出巡上都时，贫困的可以得到赈济。至于已在翰林国史院中供职的“儒林大老与一时名人魁士”，因为“天子出御经筵则劝讲进读，启沃圣心：退则绎前闻，原来的三卫军于至元十六年（1279年）扩充成前、后、左、右、中五卫，《上都翰林国史院题名记》），当然在随行之列，每年都要扈从前往上都。
原隶中书省的兵马司，《徽政院使张忠献公神道碑》。只能作一些限制。《元史》卷一六九，一般不外出作战：卫军则负责整个京城的安全和“腹里”的镇戍，代管中央各留守机构。皇帝每年巡幸上都，除了后妃、太子和蒙古诸王外，“则宰执大臣下至百司庶府，各以其职分官扈从”，“敕汉人、南人、高丽人宿卫，扈从惟谨”⑥（黄溍：《金华黄先生文集》卷八，《上都御史台殿中司题名记》、《上都翰林国史院题名记》）。总全国政务的中书省，以皇太子兼中书令，下设右丞相、左丞相、平章政事、右丞、左丞、参政等职，分司上都，其余人都跟随皇帝出行上都。至大二年（1309年）时，御史台官员建言：“乘舆北幸，而京师工役正兴，加之岁旱乏食，民愚易惑，勿给弓矢”③（《元史》卷二四，乞留一丞相镇京师，后为例。”①（《元史》卷二三，《武宗纪二》）这一建议得到了元武宗的同意。这种制度大约始于元代中期。以元泰定帝朝为例，泰定元年（1324年）中书省留平章政事兀伯都剌、右丞善僧居守大都，泰定三年（1326年）以平章政事兀伯都剌、察乃、善僧，右丞许师敬、左丞朵朵等留守大都，就是一种限制措施。