龙光华严寺在建成后曾两度扩建。一次是元仁宗爱育黎拔力八达发起的，由元英宗硕德八剌完成。元武宗在位时（1308—1311），爱育黎拔力八达为皇太子，“躬戾其宇下，左右顾瞻，惧弗称世祖致崇极于觉皇之意，俾有司斥而大之”④（黄溍：《金华黄先生文集》卷八，《上都大龙光华严寺碑》）。元仁宗在位期间（1312—1320）继续进行。元英宗嗣位，“北巡狩，回上都，首幸华严”，在完成原有工程的同时，又建新殿。“又别赐吴田（浙西田土———引者）百顷，安食其众”⑤（袁桷：《清容居士集》卷二五，《华严寺碑》）。元英宗至治元年（1321年）二月“调军三千五百人修上都华严寺”⑥（《元史》卷二七，《英宗纪一》）。至治三年（1323年）二月，“作上都华严寺、八思巴帝师寺及拜住第，役军六千二百人”⑦（《元史》卷二八，《英宗纪二》）。全部扩建工程长达十余年之久，最后在这一年六月前完成。另一次在元顺帝时。至正七年（1347年），元顺帝巡幸上京，以龙光华严寺“犹有未备”，赐钞十万贯，“给其营缮之费”。主持惟足负责修建，到第二年完工，“在其教所宜有者，纤悉完具”①（黄溍：《金华黄先生文集》卷八，《上都大龙光华严寺碑》）。
元代平定江南后，忽必烈曾将明州（今浙江宁波）阿育王山广利禅寺收藏的佛教圣物舍利宝塔迎往北方诸大寺及宫中轮流供奉，其中便有上都龙光华严寺。②（参见黄溍：《金华黄先生文集》卷八，《阿育王山广利禅寺承恩阁碑》）由此更可看出这座寺院在当时的特殊地位。舍利宝塔后送回明州，至今犹存。
乾元寺建于至元十一年（1274年），“制与仁王寺等”。“仁王寺”即大都的大护国仁王寺。“帝（忽必烈———引者）尝问帝师云：‘修寺建塔，有何功德？’帝师云：‘福荫大千。’由是建仁王护国寺以镇国焉。”③（释祥迈：《历代佛祖通载》卷三五）此寺建成后，“诏请胆巴金刚上师住持仁王寺，普度僧员”④（释祥迈：《历代佛祖通载》卷三二）。帝师的启迪，胆巴的住持，说明大护国仁王寺无疑是藏传佛教寺院。寺中所供奉的“梵天佛像”，“多秘不可观”⑤（虞集：《道园学古录》卷七，《刘正奉塑记》），显然是藏传佛教的马合剌佛一类。乾元寺之制既与大护国仁王寺等，亦应属于藏传佛教。这所寺院的建造，是由元代工艺名家尼波罗人阿尼哥主持的。至元十三年（1276年），阿尼哥又“建寺涿州（今河北涿县———引者），如乾元制”⑥（程钜夫：《雪楼集》卷七，《凉国敏慧公神道碑》）。涿州寺也应是为胆巴建造的。⑦（“西域大弟子胆巴亦以其法（事摩诃葛剌神，即马合剌———引者）来国中，为上祈祠，因请立庙于都城之南涿州。”（柳贯：《柳待制文集》卷九，《护国寺碑》））大护国仁王寺、乾元寺和涿州寺，其制相同，都应是藏传佛教寺院。
乾元寺在上都寺院中的地位是很突出的。大德五年（1301年），元成宗赐上都乾元寺地90顷，钞15000锭⑧（参见《元史》卷二〇，《成宗纪三》）。延祐六年（1319年）六月，“赐大乾元寺钞万锭，俾营子钱，供缮修之费”⑨（《元史》卷二六，《仁宗纪三》）。泰定二年（1325年），“修大乾元寺”。泰定三年（1326年），元泰定帝“幸大乾元寺，敕铸五方佛铜像”①（《元史》卷二九、三〇，《泰定帝纪一、二》）。后至元三年（1337年）七月，元顺帝“幸乾元寺”。至正七年（1347年）三月，“遣使修上都大乾元寺”②（《元史》卷三九、四〇，《顺帝纪二、四》）。这是见于《元史》“本纪”中的元代诸帝临幸和修缮乾元寺的记载，肯定还有不少脱漏，但从中也可看出元代诸帝对乾元寺的重视了。
元代历代皇帝皇后建佛寺为自己祈福，已成惯例。死后，其遗像（织锦为之）即供奉于所造寺院中，所在殿堂称为神御殿或影堂。③（参见《元史》卷七五，《祭祀志四》）元代朝廷中设太禧宗禋院（从一品），掌神御殿祭享诸事。凡设神御殿的寺院都归其管辖。这些寺院设有规运提点所（正四或正五品）、规运总管府（正三品），负责该寺院的日常经费收支和营缮诸事。④（参见《元史》卷八七，《百官志三》）上都乾元寺也设有提点所，延祐六年（1319年）一度升为总管府，“给银印，秩正三品”⑤（《元史》卷二六，《仁宗纪三》）。但不久即撤销。设置提点所和总管府，说明乾元寺应属于太禧宗禋院管理系统，与一般寺院有别。很可能乾元寺内亦有神御殿。
元贞元年（1295年），元成宗就各种宗教寺观的赋税问题颁布条例，内容共四条。前三条就各种寺观的地税商税豁免和交纳作出一般的规定，第四条则是专门针对三个佛教寺院而发的：“上都、大都、扬州在先钦奉圣旨拨赐予大乾元寺、大兴教寺、大护国仁王寺酒店、湖泊，出办钱物，令有司通行管办，赴官送纳。寺家合得钱物，官为支付，无得似前另设人员，侵损官课。”⑥（《元典章》卷二四，《户部十·租税·僧道税》）大护国仁王寺已见前述，大兴教寺也是一所著名的寺院，建有帝师殿和太祖神御殿。⑦（参见《元史》卷二六，《仁宗纪三》：卷二八，《英宗纪一》）乾元寺与两寺并列，都拨赐有酒店、湖泊，更可见其地位之特殊。
除了龙光华严寺和乾元寺之外，上都还有不少佛教寺院，如：
开元寺。延祐三年（1316年）正月，元仁宗“赐上都开元寺江浙田二百顷”①（《元史》卷二五，《仁宗纪二》），同时赐龙光华严寺百顷。从赐田数及其与龙光华严寺赐田的比例，可以想见这座寺院一定有相当规模。在此以前，元武宗至大元年（1308年），“上都开元寺西僧强市民薪，民诉诸留守李璧。璧方询问其由，僧已率其党持白梃突入公府，隔案引璧发，捽诸地，捶扑交下，拽之以归，闭诸空室，久乃得脱，奔诉于朝，遇赦以免”②（《元史》卷二〇二，《释老传》）。“西僧”即吐蕃藏传佛教僧人。由此可知开元寺也是一所藏传佛教寺院。元代藏传佛教僧人倚仗统治者的庇护，到处横行霸道。上都留守居然受辱被囚，一般平民更可想而知。
弥陀院和庆安寺。大德七年（1303年），胆巴死在“上都弥陀院”③（赵孟：《龙兴寺无上帝师之碑》（拓本）），“就上都庆安寺结塔荼毗”④（释祥迈：《历代佛祖通载》卷三五）。弥陀院也许就是庆安寺的一个组成部分。
弘正寺。元英宗在大都西郊寿安山建大昭孝寺（即今卧佛寺），以僧法洪主之，“大都弘正、栖禅，上都弘正等寺皆隶焉”⑤（许有壬：《至正集》卷四七，《释源宗主洪公碑铭》）。
黄梅寺。至元二十二年（1285年），忽必烈“念藏典流传之久，蕃汉传译之殊，特降纶言，溥令对辩”，即以西天语（印度梵文）、西番语（藏文）、畏兀儿语与汉文佛教经典互相对勘校正。这一工作进行了三年。参与其事的有“上都黄梅寺住持通慧大师讲经沙门释温吉祥”。⑥（参见《至元法宝勘同总录》卷首、一）
帝师寺。元英宗至治元年（1321年）五月，“毁上都回回寺，以其地营帝师殿”。至治三年（1323年）二月，在修龙光华严寺的同时，修建八思巴帝师寺。⑦（参见《元史》卷二七、二八，《英宗纪一、二》）
以上是见于记载名称可考的一些佛寺，估计应不止此数。还有记载说，“皇帝……龙飞之初，诏槊思吉亦里拣卜八黑思八大师起寺上都大内之西南，车驾时往幸焉，俾东宫皇太子以次诸王皆师事之”①（《陇右金石录》卷五，《宝庆寺碑记》）。这所由“八黑思八大师”（即八思巴）建造的寺院从位置和时间来说，都不可能是乾元寺或龙光华严寺，也许是开元寺或上述其他寺院，当然也可能是迄今不知名的一所佛寺。此外，至治元年（1321年），元英宗下令“作金浮屠于上都，藏佛舍利”②（《元史》卷二七，《英宗纪一》）。浮屠即佛塔。这座专门收藏佛舍利（佛骨）的金塔，所在地点目前尚难考定。
道观
据元人袁桷记载，忽必烈在上都东北、西北立两佛寺，“复立老子宫于东、西”③（袁桷：《清容居士集》卷二五，《华严寺碑》）。文献可考的上都道观有崇真宫、长春宫、寿宁宫、太一宫等。袁桷所说东、西“老子宫”指的是哪两座宫观，现在已难以确定了。
上都道观中地位最重要的是崇真宫，这是一座玄教道观。至元十三年（1276年），张留孙从正一道教主张与棣来觐。次年（1277年），张与棣南还，张留孙侍奉禁廷，“建崇真宫于两京，俾留孙居之，专掌祠事”④（袁桷：《清容居士集》卷三四，《玄教宗师张公家传》）。大都的崇真宫建成于至元十四年（1277年）的十月⑤（参见《元史》卷一〇，《世祖纪七》），上都的崇真宫落成时间应与之相近。玄教的道士们扈从来到上都，就住在崇真宫中。
上都崇真宫有长年常住的道士，玄教宗师吴全节的门人薛玄曦便曾“提点上都万寿宫”⑥（黄溍：《金华黄先生文集》卷二九，《弘文裕德崇仁真人薛公碑》）。但是常住的人数是不多的。元英宗至治二年（1322年），“有旨道士免扈从”，崇真宫中竟然“阒无人声”⑦（袁桷：《清容居士集》卷一六，《“开平第四集”序》）。玄教的宗师和上层人物如张留孙、吴全节、薛玄曦等都喜欢与当时的文人学士交游，所以来到上都的文人常把崇真宫作为住宿或游赏聚会之地，写下了不少诗篇。“琳宫多良彦，休驾得栖泊。清尊置美酒，展席共欢酌。弹琴发幽怀，击筑咏新作。”①（迺贤：《金台集》卷下，《次上都崇真宫呈同游诸君子》）崇真宫简直成了上都的一处文化中心。
上都有长春宫。中统二年（1261年）四月，忽必烈下诏“就上都长春宫作清醮三昼夜，为民祈福”②（王恽：《秋涧先生大全文集》卷八〇，《中堂事记上》）。大都长春宫，是全真道的掌教所在地。上都长春宫也应是一所全真道的观宇。但由于全真道接连受到打击，地位不及玄教，所以关于上都长春宫的记载也很少。
寿宁宫。至元十八年（1281年）八月，忽必烈“设醮于上都寿宁宫”③（《元史》卷一一，《世祖纪八》）。至元三十一年（1294年）四月，元成宗即帝位于上都。五月，“始开醮祠于寿宁宫”④（《元史》卷一八，《成宗纪一》）。设醮凡五昼夜，“公专主章奏”⑤（虞集：《道园学古录》卷二五，《河图仙坛之碑》）。所谓“始开醮祠”，是因为忽必烈下令焚经后，还禁止道士为醮祠。元成宗即位，道教势力有所上升，取消了禁令，允许道士“依着在先体例里做醮好事者”⑥（《元典章》卷三三，《礼部六·道教》）。皇帝设醮都在寿宁宫，可见其地位之重要。但它属于道教的哪一个教派，尚不清楚。
太一宫。上都的建造者刘秉忠在城南南屏山建有南庵，设坛祠太一六丁之神。刘秉忠死于至元十一年（1274年）。同年，“建太一宫于两京，命（太一道掌教李）居寿居之，领祠事，且禋祀六丁，以继太保刘秉忠之术”⑦（《元史》卷二〇二，《释老传》）。两京的太一宫全名称为太一广福万寿宫。⑧（参见《元史》卷八，《世祖纪五》王恽：《秋涧先生大全文集》卷四七，《太一五祖演化复常真人行状》。）上都太一宫就在南屏山原刘秉忠设坛处。⑨（参见《析津志辑佚·寺观》）太一道原来与刘秉忠没有关系，但它传太一三元法箓之术，与刘秉忠所祠神名称相同，忽必烈就指定由太一道掌教来继承刘秉忠之术。
除了佛道寺观之外，上都还曾建有回回寺，至治元年（1321年）被拆毁改建帝师寺，已见前述。回回寺就是伊斯兰教寺院。泰定元年（1324年）六月，“作礼拜寺于上都及大同路，给钞四万锭”①（《元史》卷二九，《泰定帝纪一》）。这里所说的礼拜寺应该也是伊斯兰佛寺院。很可能因不久前拆毁回回寺引起不满，又行重建的。
上都佛道寺观的许多塑像，都出自当时名家之手。元代工艺大师阿尼哥主持修建乾元寺，已见前述。上都和大都“寺观之像，多出其手”。刘元是阿尼哥的弟子，一代名家，有“绝艺”之誉，“凡两都名刹，有塑土范金抟换为佛者，一出正奉（刘元官品正奉大夫———引者）之手”②（虞集：《道园学古录》卷七，《刘正奉塑记》）。在叙述上都寺观时，是不能忘记他们两人在工艺上所作的贡献的。