谶纬之学在东汉光武帝刘秀兴起并夺取政权的斗争中所发挥的作用更是众所周知的史实。新莽末年，天下大乱，群雄割据，刘秀际会风云，起兵角逐天下，为了证明自己夺天下之举是出于顺从天意，他与臣下遂假借《河图赤伏符》的谶语为自己登基称帝制造舆论。《后汉书·光武帝纪上》云“刘秀发兵捕不道，卯金修德为天子”等，即是明证。由于刘秀的兴起很大程度上得益于图谶的佐助（宛地豪强李通因谶记有“刘氏复兴，李氏为辅”之说，遂鼓动刘秀起兵，成为汉室中兴的首谋。东汉初年窦融割据西河，因考虑到“汉承尧后，历数延长，今皇帝姓号见于图书……观符命而察人事，它姓殆未能当也”（《后汉书》本传），遂决定归附刘秀。），因此他对谶纬情有独钟，即位之后，即命人校定图谶，利用谶纬来决定一些纷争和犹豫不决的事情（如建武三十二年，刘秀据《河图会昌符》“赤刘之九，会命岱宗”及《河图合古篇》“帝刘之秀，九名之世，帝行德，封刻政”等谶文举行封禅大典；又如中元年间，据《记历枢》、《含神务》的有关谶文，修筑灵台，等等。）。并于中元元年（公元56年）正式“宣布图谶于天下”（《后汉书》卷一下《光武帝纪下》。）。当时以谶纬制造君命神授神话的，不仅仅是刘秀一人，一些素有野心的割据者同样也在这么做。其中较为典型的就有割据今四川一带，自称皇帝的公孙述，他曾自造谶语，杂引谶记来同刘秀斗争，自认是继汉而起的全国统治者。《后汉书·公孙述传》：
述亦好为符命鬼神瑞应之事，妄引谶记。以为孔子作《春秋》，为赤制而断十二公，明汉至平帝十二代，历数尽也，一姓不得再受命。又引《录运法》曰：“废昌帝，立公孙。”《括地象》曰：“帝轩辕受命，公孙氏握。”《援神契》曰：“西太守，乙卯金。”谓西方太守而乙绝卯金（刘）也。
刘秀对公孙述的图谶比附之说深感不安（“光武患之”），于是也据图谶加以反驳。《后汉书·公孙述传》记载，刘秀“与述书曰：‘图谶言公孙，即宣帝也。代汉者当涂高，君岂高之身耶·乃复以掌文为瑞，王莽何足效乎！’”这显然是一场刘秀与公孙述间，利用谶纬力图证明自己为受命主国柄者的神学斗争，从中反映出谶纬与两汉时期的政治斗争大有纠葛，经常被人们所利用，作为角逐权利，谋夺天下的重要武器。
光武帝刘秀“宣布图谶于天下”，把图谶作为定本正式公开，这一方面是用政治和法律的手段来维护谶纬的尊严，进一步提高谶纬在社会政治生活中的地位；另一方面也是为了防止他人再造其他的谶纬，以至威胁到自己的统治地位。此后，凡再发现造作谶纬的，就要以“大逆不道”之罪论处，严惩不贷。明帝时，楚王刘英坐“大逆不道”被迫自杀，并牵连到一千多人，其主要罪名就是交通方士，造作图谶。（参见《后汉书》卷四二《光武十王列传》。）由此可见，自光武帝“宣布图谶于天下”后，图谶的君命神授功能已被完全收归到朝廷手中，成为禁脔。当然，当皇权衰微，天下大乱之际，仍是有人以此作为篡位自立的工具。如袁术觊觎帝位，依据就是谶书，《后汉书·袁术传》云：“少见谶书，言‘代汉者当涂高’，自云名字应之。又以袁氏出陈为舜后，以黄代赤，德运之次，遂有僭逆之谋。”这表明，以图谶从事政治活动，图谋最高统治权力的做法，是与汉代历史相始终的。
谶纬对汉代思想界的影响同样是十分广泛的，这在经学领域有集中的反映。汉章帝时贾逵上书称道《左传》与图谶相合，于是《左传》、《古文尚书》、《毛诗》等都得到朝廷的承认，古文经学缘此而有大的发展，就是一例。再从《白虎通义》考察，可知当时的经学问题讨论与定夺，通常是以谶纬为是非判断的标准。《白虎通义》的成书年代，正值社会上谶纬泛滥。所以它里面包含了大量的谶纬内容。侯外庐等先生指出：“如果把《白虎通义》的文句和散引于各书中的谶纬文句对照，各篇都是一样的，百分之九十的内容出于谶纬。”（侯外庐主编：《中国思想通史》第二卷，229页，北京，人民出版社，1957。）这个估计虽然不完全合乎事实，比例过高（参见黄朴民：《天人合一：董仲舒与汉代儒学思潮》第十章，长沙，岳麓书社，1999。），但其书“征引六经传记而外涉及纬谶”的倾向仍是十分显著的，“傅以谶记，援纬证经”，“悉隐括纬候，兼综图书，附世主之好”（庄述祖：《珍艺宦文钞》卷五《白虎通义考·序》。），的确是《白虎通义》的最大特色。这不但表现为它大量采纳引用了诸如《援神契》、《钩命决》、《含文嘉》、《元命包》、《稽耀嘉》、《感精符》、《乾凿度》、《动声仪》等谶纬内容，而且在征引经典时，凡是有经有纬的，通常是先引谶纬，再引经书。这种先谶后经的次序，说明《白虎通义》的宗教神学体系，直接渊源于谶纬。谶纬对两汉思想的影响，由此可见一斑。
何休在作《春秋公羊传解诂》时大量引用谶纬以注经的做法，当属汉代经师融谶纬于经学的又一个典型例子。何休本人倾心于谶纬之学，在《解诂》一书中不厌其烦的杂采谶纬，无节制地宣扬神怪之说，留下了许许多多荒诞不经的内容。如哀公十四年春“西狩获麟”，何休借图谶大加发挥，《春秋公羊传解诂·哀公十四年》载：《夫子素案图录》：知庶姓刘季当代周……此赤帝将代周，居其位，故麟为薪采者所执。西狩获之者，从东方王于西也。东卯西，金象也。言获者，兵戈文也。言汉姓卯金刀，以兵得天下。
又如同年条下何休解释“君子曷为为《春秋》”，同样引用纬书《春秋演孔图》：得麟之后，天下血书鲁端门曰：“趁作法，孔圣没，周姬亡，彗东出。秦政起，胡破术。书记散，孔不绝。”子夏明日往视之，血书飞为赤鸟，化为白书，署曰《演孔图》，中有作图制法之状。孔子仰推天命，俯察时变，却观未来，豫解无穷。知汉当继大乱之后，故作拨乱之法以授之。这里何休承袭谶纬之说，将孔子描绘成神怪、巫师，至于端门血书、飞鸟赤书之言，更是不遗余力地宣扬纬书上荒诞不经之谈。以至为后人所诟病：“或疑获麟制作，出自谶纬家言，赤鸟端门，事近荒唐，词亦鄙俚，《公羊传》并无说明，何休不应载入《解诂》。”（皮锡瑞：《经学历史》，22页，北京，中华书局，1959。）话虽这么说，但在当时的大氛围下，何休援纬入经注，乃是很自然的选择。而这又进一步证明了谶纬对当时学术与思想无孔不入的渗透和制约。
四、对谶纬的反思与批判
谶纬在两汉时期曾风行一时，统治者将它崇奉为施政治国的指导思想，用以规范自己的政治行为方式，“初，光武善谶，及显宗、肃宗因祖述焉”（《后汉书》卷五九《张衡列传》。）。“上有所好，下必甚焉”，绝大多数儒生更是对谶纬之学趋之若鹜，敬若神明，并在治经过程中引入谶纬，同它来注释发挥儒家经典，致力于使谶纬与经学融为一体。这样上下一致推崇和泛用谶纬的结果，使社会思潮的妖佞神秘化迅速加剧，人们的思维理性为之窒息，学术氛围严重毒化。
当然，并不是所有人都热衷于跟风献媚，参与这场谶纬之学大表演。他们对谶纬持理性的审视态度，并根据自己的独立思考，对谶纬提出怀疑，进而展开批判。他们人数虽然极少，但是关于谶纬的反思和抨击，却在汉代学术史上具有特殊的意义，给神雾弥漫的两汉思想界天空带来了一个亮点。这种反思，早在谶纬最嚣张之时即已经开始。其代表人物有桓谭、尹敏等人。桓谭是东汉初年的著名思想家，著有《新论》等著作，他对谶纬持否定的态度，认为“谶出《河图》、《洛书》，但有兆朕而不可知。后人妄复加增依托，称是孔丘，误之甚矣”（桓谭：《新论·启寤》，见《全后汉文》卷一四引《意林》，北京，商务印书馆，1999。）；断言道：“无仙道，好奇者为之。”（桓谭：《新论·辨惑》，见《全后汉文》卷一五引《博物志》。）所以当光武帝向他征询“以谶决”灵台是否建于“邑（都城）”内时，桓谭先是表示沉默，继之明确表态：“臣不读谶。”结果大大触怒刘秀，遭到贬黜。尹敏是受光武帝之命主持校定图谶的主要人物之一。但他本人同样对谶纬之学持保留态度。指出：“谶书非圣人所作，其中多近鄙别字，颇类世俗之辞，恐疑误后生。”（《后汉书》卷七九上《儒林列传·尹敏》。）他还趁校勘图谶的机会，与迷信谶纬的光武帝开了一个小小的玩笑：在谶书中缺脱的地方，增加了“君无口，为汉辅”六字，说明尹氏当辅佐汉廷。刘秀见到这条谶文感到很奇怪，就向尹敏追问其故。尹敏就说：“臣见前人增损图书，敢不自量，窃幸万一。”（《后汉书》卷七九上《儒林列传·尹敏》。）以游戏放羁的方式，表达了自己对谶纬神圣性的怀疑和否定。不过，在整个社会弥散着谶纬迷雾的大背景下，能像桓谭、尹敏这样保持清醒头脑的，毕竟是极少数。他们的议论，在当时也不啻空谷足音，影响甚微。
到了东汉中晚期，谶纬风行的恶果越来越明显，其危害性也开始被更多的人所清醒认识，所以尽管当时图谶纬候之学依旧很有市场，但是对它的批判否定之声也逐渐加大强度。这方面著名思想家、科学家、文学家张衡实系一员冲锋陷阵的健将。他从图谶自相矛盾之处，尖锐指出其不可相信：“一卷之书，无异数事，圣人之言，势无若是，殆必虚伪之徒，以要世取资。”（《后汉书》卷五九《张衡列传》。）同时强调其重大祸害之所在：“此皆欺世罔俗，以昧执位，情伪较然，莫之纠禁。”（《后汉书》卷五九《张衡列传》。）最后旗帜鲜明地主张：“宜收藏图谶，一禁绝之，则朱紫无所眩，典籍无瑕玷矣。”（《后汉书》卷五九《张衡列传》。）越到后来，这种反对之声也就越是强烈，即《后汉书·方术列传序》所谓：“通儒硕生，忿其（图谶）奸妄不经，奏议慷慨，以为宜见藏摈。”限于资料，当时反对图谶纬候的详情在今天已很难全面了解了。但是从东汉末年孙策贻书于袁术，谏阻其僭称之举来考察，当时对图谶的怀疑和否定的确已拥有了相当可观的社会基础：时人多惑图纬之言，妄牵非类之交，苟以悦主为美，不顾成败之计，古今所慎，可不熟虑！（《后汉书》卷七五《袁术列传》。）孙策只不过是一介赳赳武夫，现在连他都敢于鄙薄非议图谶（尽管是出于一定的政治动机），这表明黏附在儒学经典身上，控制人们思维和行为的图谶迷信，在经过一部分清醒正直的儒士的抨击之后，的确是开始发生动摇了。
当然，在总体否定谶纬对两汉社会生活的负面影响的前提下，也应该看到和承认纬书的一些可取之处。如《易纬·乾凿度》尝言：“《易》一名而含三义。所谓易也，变易也，不易也。”寥寥数字，将“易”的本质一语道破，实不乏真知灼见。
纬书中最有价值的，是它保存了不少战国至汉代的天文学资料。这些资料对于后世天文学的发展曾发挥过一定的积极作用。如《书纬考灵耀》载：“地有四游，冬至地上北而西三万里，夏至地下南而东复三万里，春秋二分则其中矣。地恒动不止而人不知，譬如人在大舟中，闭牖而坐，舟行而人不觉也。”这就颇具有天体运行的科学因素，属于人类地动说的萌芽。又如《春秋纬元命苞》载：“天如鸡子，天大地小，表里有水。（天）地各承气而立，载水而浮，天如车毂之过水。水者，天地之包，五行之如焉，万物之所由生，元气之津液也。”这就是浑天说，是很有价值的古代天体结构理论的材料。所以，历史上曾有不少人试图将谶纬区分开来，在否定谶的同时肯定纬书的价值。如任道镕《纬捃叙》称：“纬自纬，谶自谶。谶者纬之流极，言治者不当以谶病纬，读书者不可以谶病纬也。”又如张采田《史微内篇·原纬》言：“纬与图谶相似而实不同，图谶杂后人附益之谈，纬则我孔子微言大义多在焉。”他们的观点虽未必能成立，但不把纬做全盘否定则是可取的态度：“纬书虽出于西京之季，然其说多本先儒，纯驳杂陈，精粗互见。谈经之士，莫或能废……昔人之言曰：纬书起自前汉，去古未远。彼时学者，尚多见古书，凡所著述，必当有本，不可以其不经而忽之。此真探本之论矣。”（陈登原：《国史旧闻》第一册，引严杰：《经义丛钞》卷二〇，见《纬候不始于哀平辨》，426页，北京，三联书店，1958。）从这个意义上分析，谶纬之学虽然属中国学术史上的一股逆流，为后人所诟病理有固然，但它的出现并流行乃自有其深厚的文化背景所在，是不以人们的主观意志为转移的，具有历史的合理性。更何况，透过其神学荒诞的外壳，我们还能发现其一定的可取成分。因此，对两汉时期风靡社会的谶纬之学，理应作实事求是、辩证全面的考察与评价。