在国际间，章、邹等被捕一案，也引起了震动。特别围绕着要不要“引渡”的问题，列强之间，以及列强各国内部，都发生了激烈的争吵。在英国下议院，议员们多次就这一案件提出质询，首相巴尔福和外交大臣蓝斯唐反复声明，将反对清朝政府所提出的对被捕诸人处以极刑的要求，并将拒绝把章、邹等人“引渡”给清廷处理。美国领事古纳曾致书上海道，说他非常怀疑章、邹等人正“与长江一带匪徒暗相联络”，认为“使非治以重罪，恐其势力不久扩张，必有害于各国商务及骚动全国，而外人之居于中国者，亦将罹其危难”，为此，他表示：“当将反抗中国政府诸领袖，如今之《苏报》一案诸人，一律交华官，听其治罪。”此论一出，美国内外舆论哗然。上海英文报纸《北华捷报》撰论抨击这位领事说，他的言论“非亏伤其个人之德，即有负于公举之职，使美国公民闻之，必痛恨其不然”。在美国国内外舆论强烈抗议下，美国国务院训令美国驻华公使康格，改变原先态度，与英国采取同样立场。
在清朝统治集团内部，围绕着如何处置章、邹等人，也发生了激烈的争吵。两江总督魏光焘、上海道袁树勋等坚持“引渡”并判处被捕者以重刑；内阁大学士张之洞主张让步，同意对章、邹等人“只以监禁了事，决不办死罪”，要求以此保证向租界当局交涉；兼湖广总督端方支持魏、袁，但是，在张之洞大光其火、表示不再与闻之后，又转变态度，致电张之洞，斥责魏、袁拒绝向列强做任何让步，说他们“颇似梦呓”，称“此辈大话，不足较也”。后来，袁树勋等又提议，其他被捕者均可由租界当局审理判决，“唯章、邹二人，必求付与江苏巡抚之手”。慈禧太后本人对交涉迟迟未有结果，更是又气又恼。她恨恨不已地说：“江督于此区区小事，尚不能为朝廷尽力，重治《苏报》诸人之罪，以慰我心！”然而，所有这些主意和纷争，都遮掩不住清政府的狼狈；他们竭力以凶狠严厉来掩盖自己的虚弱，反而把自己的虚弱暴露得更加清楚。早已与章太炎在政治上完全分手的孙宝瑄，这时已经出仕，他在日记中感慨万千地写道：“余杭章炳麟，一布衣耳，而政府疆臣至以全力与之争讼，控于上海会审公堂。政府延讼师，章亦延讼师，两造对质，无论胜负如何，本朝数百年幽隐不可告人事必被章宣播无遗。盖讼词一出，俄顷腾走五洲，满人之丑，无可掩矣。章虽败，亦何恨？……今章炳麟亦以一人与政府为敌，且能任意侮辱之，使不复得伸眉吐气，炳麟虽败，亦豪哉！”章太炎、邹容在清政府面前，成为气势磅礴的强者，这也正是清朝统治者更加气急败坏，必欲将章、邹等人置之死地而后快的一个重要原因。
7月19日，曾与唐才常一道联络会党、组织自立军、发动自立军起事的沈荩在北京被捕。清廷为发泄对革命党人的极度仇恨，示威于天下，7月31日，由慈禧太后亲自下令，将沈荩“捶毙于狱”。据记载：“迨旨达刑部，刑部官相顾眙。而卒以西后之旨不敢违，乃拽荩，以竹鞭捶之，至四时之久。血肉横飞，惨酷万状，而未至死。最后以绳勒其颈，而始气绝。”章太炎原先曾与沈荩相识，消息传来，他以《重有感》为题写了一诗，说：“不见此君久，江湖久隐沦。萧萧悲壮士，今在易京门。魑魅羞争焰，文章总断魂。中阴应待我，南北几新坟。”上海革命党人在愚园举行沈荩追悼会，章太炎在拘留所中书写了《祭沈荩文》，并为章士钊所撰写的《沈荩》一书作序。“不有死者，谁申民气？不有生者，谁复九世？”《太炎文录初编》卷二，《沈荩哀辞》。他相信，一己的牺牲，必定会唤起更多的人走向革命，因此，他充满了视死如归的精神。而沈荩惨死，使人们对章、邹等人的命运格外关注，国内外反对将章、邹“引渡”给清政府的呼声也格外高涨，形势变得反而更有利于革命者，清廷处境愈益狼狈。
经清廷与各国公使反复交涉，双方共同决定，在上海会审公廨开额外公堂，由上海县知县汪懋琨会同英国陪审官等对章、邹进行会审。1903年12月3、4、5、7日审讯四次。在清廷一再坚持下，12月24日，额外公堂宣布判决结果，说章、邹二人“不利于国，谋危社稷”，“不利于君，谋危宗庙”，例应“凌迟处死”；而“妄布邪言，书写张贴，煽惑人心”，亦应“斩立决”；兹因正逢慈禧太后七十寿辰大庆，格外恩典，所以将二人“定为永远监禁，以杜乱萌，而靖人心” 。
消息传出后，舆论又一次大哗，领事团被迫宣布这次判决无效。交涉又转到北京。各公使会议一面“谓此二人必当定罪”，一面又强调判决必须得到英国陪审官员的同意，二人监禁期不得超过三年。清廷认为判决太轻，拒不接受，宣判于是又一次被拖延下来。1904年4月，上海各国领事会议决定将苏报案断结，照会上海道，要求于一个月内再会审一次，如不断结，就要将章、邹二人释放。清廷方面，力争维持“永远监禁”原判而不得，又请求展期十天，终于在5月21日于会审公堂由汪懋琨会同英国副领事翟维门复审。在这天公堂上，宣读了由清政府外务部和各国公使共同签署的判决书：章太炎监禁三年，邹容监禁二年，皆从被拘之日起算；监禁期内罚做苦工，期满则逐出租界。
章太炎和邹容虽被判了刑，然而，这与其说是中外反动派的胜利，毋宁说是他们的失败。清朝政府失败得更惨。断断续续地迁延了近十一个月的审判，不但没有吓倒革命者，遏止住革命的浪潮，反而进一步暴露了清朝政府的野蛮暴虐、腐朽无能和在外国侵略者面前奴颜婢膝的丑恶嘴脸。章太炎、邹容的革命思想，反而传播得更迅速更广泛，他们的革命精神给人们树立了楷模，有力地鼓舞了人们的斗志。人们深切地思念他们，热烈地颂扬他们，有的说：“神州男子气何壮！义如山岳死鸿毛。自投夷狱经百日，两颗头颅争一刀。”有的说：“泣麟泣凤佯狂客，搏虎屠龙革命军。大好头颅抛不得，神州残局岂忘君！”有的说：“耳鼓齐迸裂，雷音爆五洲。……泰斗南冠壮，风云北瑟秋。”还有的说：“国仇未复事纷更，革命风潮业已生。众煦漂山心胆裂，党人弥狱苦相萦。主张立宪痴情辈，驯伏豻岂我曹？大好头颅如黑铁，不堪重涅觉罗刀。”正因为如此，革命派在上海所创办的《警钟日报》就章太炎、邹容被宣判发表社论，题目就叫做《论中国国民之大纪念》，确实，章、邹之狱成了“中国国民之大纪念”！
铁槛内外
被捕以后，章太炎除在拘留所中和法庭上坚持斗争外，还继续密切关注着沪上和全国革命运动的进展，与国内外革命者保持着频繁的联系。
章、邹被羁，《苏报》被封后，爱国学社社员四散走避，吴稚晖等一部分人去西洋留学，多数人则去日本。中国教育会虽然没有解散，但会员大都散去，“几乎消灭”，活动近乎停止。章太炎获悉这一情况后，十分焦急，连忙写信给狱外，说：“自教育会分散以来，爱国诸君亦既飘摇失所……自兹以往，私设诸校益凌迟衰微矣。”他对此表示深为关切，要求狱外会员们对于中国教育会“尽力持护”，“当使朱鹤龄、陈长发辈知后起有人，积薪居上，亦令奴性诸黉不以爱国〔学社〕分散之故，遂谓天下之莫予毒也”。在章太炎的激励下，中国教育会留沪成员议决继续活动，并照旧开办爱国女校。“教育会虽不能如上半年之公开鼓吹革命，然内地之运动革命者，皆以教育会及爱国女学校为秘密接洽之机关”。
8月，章太炎的两个盟弟章士钊、张继和何梅士、陈独秀、苏曼殊等在上海创办了《国民日日报》，他立即给予热情支持和指导。对于留日学生创办的《浙江潮》、《江苏》等杂志，每出一期，他都认真阅读，提出中肯的改进建议。在拘系之中，他还写了不少诗文，送交这些报刊发表。
就在章、邹等人被捕后不久，孙中山结束了在越南的半年多旅居生活，回到日本横滨。这时，留日学生中革命情绪日渐浓厚，但是，孙中山的主要注意力仍然放在华侨与会党身上，没有重视在留日学生中迅速发展革命组织。为了促进留日学生运动同孙中山领导的革命活动合流，章太炎特意致书孙中山，“尊称之为总统”，并请张继送往日本。同年11月，黄中黄即章士钊译述白浪庵滔天(即宫崎寅藏)所撰《三十三年落花梦》一书的有关部分，编成《孙逸仙》一书，正式出版。章太炎为这部书专门题了词，说：“索虏昌狂泯禹绩，有赤帝子断其嗌。掩迹郑、洪为民辟，四百兆人视兹册。”所有这些，都是为了确认孙中山为革命的领袖与中坚，促进革命势力的集结与团结。
1903年冬，蔡元培从青岛回到上海。他赶到拘留所，会见了章太炎。这时，在清朝当局镇压之下，拒俄义勇队及军国民教育会的活动暂趋沉潜，“其事遂在若存若亡之间，上海、内地之应和者亦寂寂无举动”。为了重振拒俄运动的声威，并为扩大革命宣传组织活动提供公开的阵地，在章太炎的建议和支持下，蔡元培与刘光汉、章士钊、陈竞全、林森等人创办了《俄事警闻》，不久改名《警钟日报》，建立了警钟社，又以此为核心，组织了对俄同志会、对俄同志女会。1904年3月，在对俄同志会第二次会议上，由多数会员决定，又改名为“争存会”，明确斗争目标不仅仅是不做大俄国顺民，而且要不做大日本顺民、大英顺民、大美顺民、大法顺民、大德顺民。“所谓彻上下通古今之主义，孰有大于天演学之物争自存乎？吾党是以改对俄同志会为争存会。”