主持《民报》
章太炎第三次流亡来到日本。
7月15日，在同盟会总部主持下，中国留日学生两千多人在东京神田锦町锦辉馆举行集会，隆重热烈地欢迎章太炎的到来。“时方雨，款门者众，不得遽入，咸植立雨中，无惰容。”大会从上午9时开始，一直开到中午12时。章太炎在会上发表了热情洋溢的演说。想到1902年春天来到日本，“那时留学诸公在中山那边往来、可称志同道合的，不过一二个人，其余偶然来往的，总是觉得中山奇怪，要来看看古董”，而现在，“此地留学界中助我张目的人，较前增加百倍”，革命理论也比以前圆满精致，后来居上，他再也抑制不住自己的兴奋。在演说中，他回顾了自己走上革命道路的曲折历程，表示了不畏艰难困苦、将矢志不渝地继续奋斗的决心。为了避免“人各一心，不能团结”，确保同盟会所确定的政治方案、法令、战术得到实现，章太炎以为，最为要紧的，“第一是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二是用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”。
同盟会成立于1905年8月20日，它是由兴中会、华兴会、光复会等地域性非常明显的一些革命团体联合组成的，目的在于聚集各派革命力量，使他们的斗争彼此呼应、配合，形成统一的势力。同盟会确定了明确的革命目标和行动纲领，建立了相当完备的中央领导机构和各省区分支组织，已经具备了近代资产阶级革命政党的主要特征。它的成立，标志着全国性革命指导中枢的建立，标志着中国资产阶级革命运动进入了较为成熟的阶段。因此，章太炎一到日本，7月7日，便由孙中山主盟、孙毓筠介绍，正式加入了中国同盟会，并接受了同盟会总部提出的主持机关报《民报》的要求，接任《民报》总编辑人和发行人。刚到东京时，他住在孙毓筠寓所，这时，便住进了东京牛区新小川町二丁目八番地的《民报》社。
《民报》创刊号出版于1905年11月26日。在章太炎出狱前，已经出版了五期并号外一份，编辑人兼发行人是章太炎“以弟蓄之”的张继，主要撰稿人是胡汉民、汪精卫、陈天华、宋教仁等人。根据简章，《民报》坚持所谓六大主义：“一、颠覆现今之恶劣政府，一、建设共和政体，一、维持世界真正之平和，一、土地国有，一、主张中国日本两国之国民的联合，一、要求世界列国赞成中国之革新事业。”同盟会的宣传家们在各期《民报》中热情地宣传了这些主张，并围绕着要不要进行推翻清朝统治的暴力革命、要不要建立资产阶级共和国、要不要进行以解决土地问题为核心的社会革命这三大问题，同以康有为、梁启超为代表的资产阶级改良主义者展开了激烈的论战，使《民报》迅速取得了执革命舆论之牛耳的地位。
1906年7月25日，《民报》第六号出版。从这一期开始，直至1908年10月《民报》被日本当局封禁为止，章太炎除中途一度因脑病发作，改由张继、陶成章编辑了三期外，一直主持《民报》的编辑和发行工作。作为《民报》社社长，他对同盟会的革命理论建设和宣传工作的发展，做出了具有他个人特色的贡献。
章太炎所关心和重视的，首先是革命党自身的建设。这是他在东京留学生欢迎大会上发表的演说所贯串的主题，也是他在《民报》上反复强调的一个重点。《民报》第八号发表的《革命之道德》，就是这方面的一篇代表作。
章太炎在近代中国，首次将人们的道德水准与他们所从事的职业联系起来加以考察，实际上，也就是同他们的社会地位联系起来加以考察。他说：“今之道德，大率从于职业而变。都计其业，则有十六种人：一曰农人，二曰工人，三曰裨贩，四曰坐贾，五曰学究，六曰艺士，七曰通人，八曰行伍，九曰胥徒，十曰幕客，十一曰职商，十二曰京朝官，十三曰方面官，十四曰军官，十五曰差除官，十六曰雇译人。其职业凡十六等，其道德之第次亦十六等。”章太炎以为，农民于道德为最高，工人次之，“以此十六职业者第次道德，则自艺士下，率在道德之域，而通人以上，则多不道德者”。在这里，他将全体社会成员分成了两大类，道德与不道德的区别大体符合中国当时被统治阶级与统治阶级的分野。
革命党人的道德状况怎样呢？章太炎说，今之革命党者，农、工、裨贩、坐贾、学究、艺士之伦虽与其列，而提倡者多在通人。“通人者，所通多种，若朴学，若理学，若文学，若外学，亦时有兼二者。”实际上，就是一批中下层知识分子。他认为：“使通人而具道德，提倡之责，舍通人则谁与？然以成事验之，通人率多无行。”这种状况，就形成了异常尖锐的矛盾，这就是革命的领导者的道德品质不足以领导革命走向胜利。“今与邦人诸友同处革命之世，偕为革命之人，而自顾道德犹无以愈于陈胜、吴广，纵令瘏其口，焦其唇，破碎其齿颊，日以革命号于天下，其卒将何所济？”尤为严重者，是一些革命者对此非但不感到不安，反而心安理得地用“公德不逾闲，私德出入可也”来给自己开脱与辩解。章太炎认为，这种辩解完全不能成立，因为在小德、私德方面不注意，就很难保证大德与公德的卓荦坚毅。他因此断言：“吾于是知优于私德者亦必优于公德，薄于私德者亦必薄于公德。而无道德者之不能革命，较然明矣。”
章太炎提出，对于革命者来说，在道德修养方面必须具有“确固坚厉，重然诺，轻死生”的品质，为此，就应当做到“一曰知耻，二曰重厚，三曰耿介，四曰必信”。马克思说过：“不管资产阶级社会怎样缺少英雄气概，它的诞生却是需要英雄行为，需要自我牺牲、恐怖、内战和民族间战斗的。”章太炎之所以倡导革命之道德，显然正是要使广大革命者有足够的精神力量，去迎接这样的斗争。他反复强调“道德者，不必甚深言之，但使确固坚厉，重然诺、轻死生则可矣”，表明他所最关心的正是百折不回、敢于牺牲的精神。到达东京后，他曾在《民报》上刊登一封感谢信，说：“接香港各报馆暨厦门同志贺电，感愧无量。惟有矢信矢忠，竭力致死，以塞诸君之望。特此鸣谢。章炳麟顿首。”矢信矢忠，竭力致死，这正是他所倡导的革命之道德的基本内容。
章太炎在强调道德修养的作用时，常常又将道德的作用夸大到了不恰当的地步，甚至说，“道德堕废者，革命不成之原”，这就违背了他自己原先所说的道德本身决定于或受制约于人们的职业或社会地位的观点。然而，尽管如此，《革命之道德》这篇文章的发表，还是在广大革命志士中引起了强烈的反响。景定成回顾章太炎在《民报》上发表的文章时，曾经说过：“别的先莫说起，单是一篇《革命之道德》，便把学界全体激动起来，有多少顽固老先生见了这种议论，也都动魄惊心，暗暗地赞成了种族主义。我乘这时候，才联络人入同盟会。”
为了加强革命党的建设，章太炎与孙中山、黄兴一道制定了同盟会的《革命方略》。当章太炎抵达东京时，孙中山正在新加坡、吉隆坡、西贡等地发展同盟会组织，指导武装起义的准备工作，10月9日，方才返回日本。章太炎与孙中山别后重逢，都为同盟会的成长壮大感到欢欣鼓舞。这时，孙中山住在东京牛区筑土八番町二十一番地，与《民报》报社相隔不远，章太炎每天都要步行到孙中山住所，同他认真地进行讨论与研究。黄兴住在东五轩町四十九号，离孙中山住所也很近，同样每天前来相聚。他们共同制定的《革命方略》包括《军政府宣言》、《军政府与各处民军之关系条件》、《军队之编制》、《将官之等级》、《军饷》、《战士赏恤》、《军律》、《略地规则》、《因粮规则》、《安民布告》、《对外宣言》、《招降满洲将士布告》、《扫除满洲租税厘捐布告》等十四个文件。这是他们为各地同盟会成员发动武装起义、建立革命政权而制定的各项具体政策。在这些文件中，资产阶级理想化了的“自由、平等、博爱”被宣布为行将到来的国民革命“一贯之精神”，同盟会“驱除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权”的纲领得到了进一步的阐释，未来的革命军政府对内对外政策得到了相当明确的规定。从行文用字和思想内容看，《扫除满洲租税厘捐布告》明显系由章太炎执笔撰定。其中宣布：“今军政府与我国民驱除鞑虏，恢复中华，大兵所至，举满洲政府不平等之政治，摧廓振荡，无俾遗孽。”什么样才是平等的政治呢？布告说：“以四万万人一切平等，国民之权利义务无有贵贱之差、贫富之别。轻重厚薄，无有不均，是为国民平等之制。在昔虏朝行虐暴君专制之政，以国家为君主一人之私产，人民为其仆隶，身家性命悉在君主之手，故君主虽穷民之力，民不敢不从；民国则以国家为人民之公产，凡国家之事，人民公理之。……是故民国既立，则四万万人无一不得其所，非惟除满洲二百六十年之苛政，且举中国数千年来君主专制之治一扫空之。”这种资产阶级革命的民主主义，是如此生气勃勃，理所当然地要产生很大的吸引力与聚合力。它们是孙中山、黄兴、章太炎追求的共同目标，也是他们用以加强同盟会建设、统一革命党人言论行动的强大思想武器。
为了加强同盟会的思想和组织建设，章太炎还注意针对革命队伍中的一些错误倾向，提出中肯的批评和告诫，其中最突出的便是1906年12月2日《民报》创刊一周年纪念大会上他对“督抚革命”论的批评。这次纪念大会在锦辉馆举行，与会者五千余人，是辛亥革命前留日学生与革命党人在东京最盛大的一次集会。大会由黄兴主持，由章太炎读祝词。然后，孙中山在会上发表了关于民族主义、民权主义、民生主义三大主义的著名演说，章太炎又接着就如何进行革命的问题讲了话。章太炎指出：“以前的革命，俗称强盗结义；现在的革命，俗称秀才造反。强盗有力量，秀才没有力量；强盗仰攀不上官府，秀才仰攀的上官府”，于是，有些革命党人便想借助于督抚的权力，发动所谓“督抚革命”。针对这种相当流行的认识，他具体分析了清朝督抚的实际状况，证明了“督抚革命万无可望”。章太炎并指出：
且看从古革命的历史：凡从草茅崛起的，所用的都是朴实勤廉的人士，就把前代弊政一扫而尽，若是强藩内侵，权臣受禅，政治总与前朝一样，全无改革，因为帝王虽换，官吏依然不换，前代腐败贪污的风俗流传下来，再也不能打扫。像现在官场情景，微虫霉菌，到处流毒，不是平民革命，怎么辟得这些瘴气？若把此事望之督抚，真是其愚不可及了。
在这里，章太炎从国家机器的改造论证了平民革命的必要。这篇演说表明，章太炎所反对的正是那种企图把革命降低为封建统治阶级内部改朝换代的错误倾向。他一再告诫人们，不要使革命停留在这个概念的传统含义“改正朔，易服色，异官号，变旗帜”上，也体现了他同样的思想。
章太炎本人，是一位革命的思想家、宣传家，但是，他并不满足于此。他也很重视革命的实际行动。景定成回忆说：“先生虽以学问独步一世，而对于革命，则以实行为重。曾一度于《民报》秘密会议席上，嗔责能文同志曰：‘我辈以言语鼓吹革命，如祭祀之赞礼生，仅傍立而口喊仪节，而看他人跪拜行礼而已。’同人闻之，多为感动，于是弃笔墨而从事于实际革命者，乃接踵发现于内地。”重视理论宣传，更注重艰苦的实际工作，努力要求将革命宣传与革命行动结合起来，这也是章太炎所致力的加强同盟会自身建设的一个重要方面。
在革命的实行方面，章太炎除继续重视联络和发动会党外，还强调重视新军军队的秘密工作。他在《民报》第十一号发表的《军人贵贱论》中指出：“兵者，为国爪牙。以捍卫其人民、土地，使他族毋得陵逼而宰制之，此兵之所以贵。若夫入受命于政府，出而翦除寇盗、镇服潢池者，无过魁侩伍伯之等夷，又况效忠虏庭，为枭为，以拒倡义之师乎？”军队是否可尊贵，取决于它的性质、它的任务，即它究竟是保护人民还是镇压人民。根据这一标准，章太炎断然指出，清政府所建立的新军，尽管有士人加入行伍使而使军队构成与旧军有所不同，在步伐齐均、纪律娴习、通知文字、护惜威仪方面也都超过了旧军，然其本质却同旧军一样，因为它的建立，并不是用于抵御欧美诸国侵扰，而是用于防制吾民，因此，应当视之为“人类之至贱者”。他指出，对于这样一支军队的本质，必须有充分的认识，但是，却不能因此就听之任之，无所作为。“夫不惮以身为厮养臧获，展布四体，以趋胡羯笞箠之下，卒其所谋，乃归于反正者，此其心至哀隐，其行亦天下之至高也。”章太炎以为，这虽然也可以说是一种借权之事，却比较有成功之望，只是非得不畏艰难、坚忍为之，则不能奏效。这是对当时留日的大批陆军学生当头棒喝，要他们清醒地认识自己的地位，选择正确的道路，也是对革命党人参加新军，做切实“反正”工作的急切呼吁。
当章太炎主持《民报》的时候，《民报》与《新民丛报》的论战已经激烈地你来我往进行了半年多，在一系列重大问题上，《新民丛报》已经明显地处于不利地位。在《民报》咄咄逼人的攻势面前，梁启超发觉难以招架，便一再挽人出面“调停”。当章太炎刚刚接手主编《民报》时，梁启超在1906年7月21日出版的《新民丛报》第八十三号上便刊登了佛公《劝告停止驳论意见书》。佛公，即徐佛苏，名应奎，生于湖南长沙，留学于日本东京高等师范学校，与梁启超关系颇密切。1903年他曾回国，担任长沙学堂教员，曾参与创建华兴会，筹划长沙起义。事泄之后，他流亡日本。这时，他一面同黄兴、宋教仁等继续往还，一面与梁启超重修旧好。他所发表的这份意见书，表面上，是站在第三者立场，劝告双方停火息争，实际上，却是丑诋《民报》，而美化梁启超等人，说什么他们的奋斗目标与革命党人本自相同，“不外救国”。与徐佛苏发表这份意见书的同时，蚊负、临渊等人也直接投书《民报》，“其所持议，亦有一二与佛公类者”。所有这些，都是为了对章太炎施加影响与压力，企图利用章太炎过去与梁启超的关系，使《民报》就此停止论争。