打败了沙皇俄国，日本俨然成了世界军事强国之一，它显示了资本主义的发展所具有的威力。可是，胜利并没有给日本人民带来什么幸福。大量的战费消耗，都转加到日本人民身上。战后，赋税激增，物价高涨，人民负担比之战前大大加重。加上大饥荒的出现，人民的生活十分悲惨。所有这一切，都引起了章太炎的深思，使他对原先的理想产生许多怀疑。
对于资本主义这种社会制度究竟应当怎么认识？对于中国资本主义的发展究竟应当采取什么态度？章太炎对这些问题的探索与思考，1902年至1903年间，就已受到日本早期社会主义思潮的影响。这次来到日本，他同日本著名的社会主义活动家幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣等人有了直接交往。幸德秋水早就以其名著《二十世纪之怪物帝国主义》、《社会主义广长舌》和《社会主义神髓》等在中国革命者中享有盛誉。1903年，幸德秋水与堺利彦、西川光二郎创办《平民新闻》周刊，展开反帝反战斗争，宣传社会主义学说。1904年，幸德秋水与堺利彦联合翻译了《共产党宣言》，在《平民新闻》周刊上刊布。因为对第二国际机会主义不满，日俄战争后，幸德秋水逐步转向信奉无政府主义，反对迷恋于议会斗争，主张工人阶级采取总同盟罢工、暗杀等“直接行动”。他的主张得到堺利彦、山川均、大杉荣等人的支持。他们共同被称作“直接行动派”，或日本社会主义运动中的“硬派”，与片山潜、田添铁二等“议会政策派”或“软派”相对立。章太炎与片山潜等人没有什么交往，而与幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣等人则意气相投。这时期，他在思想上的重要转折，正是在他们的直接影响下，和共同从事的一系列重要活动中逐步完成的。
章太炎与幸德秋水、堺利彦等共同从事的第一项重要活动，就是创建“亚洲和亲会”。
幸德秋水早就倡导世界各国革命家互相进行国际支援，以推进各国革命事业。章太炎到达日本后，印度志士钵逻罕、保什(即苏巴斯·钱德拉·鲍斯)慕名登门造访，“二君道印度衰微之状与其志士所经画者，益凄怆不自胜”，并询问中国近况。章太炎是时即提议，中印两国“当斟酌其长短，以相补苴”。这一倡议立即得到两位印度志士的赞同，钵逻罕并说，印度、中国、日本当如折扇，“印度其纸，支那其竹格，日本其系柄之环绳也”。因此，章太炎与钵逻罕、保什等人都赞同幸德秋水的主张。章太炎曾与张继往访东京大久保村中百人町幸德秋水家，同幸德秋水促膝商谈。幸德秋水家中现保存有1907年3月26日章太炎、张继联名书写的一封信：
幸德秋水先生拜启：
明日午后一时，往贵宅敬聆雅教，乞先生勿弃。
章太炎
张 继
二十六日《民报》社
眼看“百余年顷，欧人东渐，亚洲之势日微，非独政权、兵力浸见缩朒，其人种亦稍稍自卑”，中国、印度、日本的革命家都慷慨悲愤。为了改变这一状况，在幸德秋水、章太炎、保什等人共同倡导下，在东京成立了以“反抗帝国主义，期使亚洲已失主权之民族各得独立”为宗旨的“亚洲和亲会”。据竹内善朔回忆，首次集会即在青山印度会馆的保什住所，与会者有中、日、印三国革命家；第二次集会在东京九段下一所唯一神教教会中，与会者除中、日、印三国革命志士外，还有安南、菲律宾等国志士参加。
章太炎受命起草《亚洲和亲会约章》，有汉、英、日三种文本。约章规定：
凡亚洲人，除主张侵略主义者，无论民族主义、共和主义、社会主义、无政府主义，皆得入会。
亚洲诸国，或为外人侵食之鱼肉，或为异族支配之佣奴，其陵夷悲惨已甚。故本会义务，当以互相扶持，使各得独立自由为旨。
亚洲诸国，若一国有革命事，余国同会者应互相协助，不论直接间接，总以功能所及为限。
约章还规定：
会中无会长、干事之职，各会员皆有平均利权，故各宜以亲睦平权之精神，尽相等之能力，以应本会宗旨。
无论来自何国之会员，均以平权亲睦为主。
现设总部于东京、支那、孟买、朝鲜、菲律宾、安南、美国等处。
据目前所知，参加亚洲和亲会的，除去以上各国外，还有缅甸、马来亚、朝鲜等国革命志士。日本会员有幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣、森近运平、竹内善朔等人，中国会员则有“章太炎(炳麟)、张溥泉(继)、刘申叔(师培)、何殷振(震)、苏子毂(元瑛，法名曼殊)、陈仲甫(独秀)”等人。从亚洲和亲会约章以及会员构成可以看出，这是亚洲各国革命家为反对帝国主义殖民统治、争取各民族的独立与解放而建立的反帝革命同盟。就章太炎来说，这个组织的建立和约章的撰写，标志着他的民族革命思想发生了新的重要的飞跃。这个飞跃，一是在近代中国首次提出了“反对帝国主义而自保其邦族”的宗旨，二是努力谋求亚洲各国民族解放运动的互相支持、互相联合。
1908年1月17日，发生了幸德秋水等组织的社会主义金曜(星期五)讲演会的屋顶演说事件，堺利彦、山川均、大杉荣、竹内善朔等被捕入狱，张继亦受牵连，走避法国。6月，又发生所谓赤旗事件，堺利彦、山川均等人再次被捕。亚洲和亲会的活动严重受挫，无形中停止。然而，亚洲和亲会坚持反对帝国主义侵略、推进亚洲各国革命互相支持的精神并没有就此消失，它继续贯串在此后章太炎的思想与行动中，并构成1907年春夏以后各期《民报》的一个重要特色。
对帝国主义侵略问题，章太炎在有关文章中曾尖锐地指出，帝国主义在中国横行无忌，“矿冶阡陌之利日被钞略，邦交之法空言无施，政府且为其胥附”，循此以往，不出十年，必定会使中国“中人以下，不入工场被箠楚，乃转徙为乞丐，而富者愈与皙人相结，以陵同类”。这里，着重揭露了帝国主义对华经济侵略与政治控制的危害性，并清楚指出了“中人以下”是帝国主义侵略的主要受害者。这段话，表明了章太炎坚持反帝主要代表了所谓“中人以下”的那些阶层民众的利益与愿望。
改良主义者说，只要不革命，不去刺激帝国主义，帝国主义就不会干涉和瓜分中国。章太炎指出，事情恰好相反。英国窥伺西藏，沙俄染指东北、外蒙、新疆，这是出于他们由来已久的野心，“此虽满洲政府不亡，其势犹不可禁”。帝国主义之所以没有立即瓜分中国，保留着清朝傀儡政府和中国形式上的统一，绝非因为人们不去刺激他们，他们就大发善心。他们所考虑的，主要还是自身的侵略利益：“诚知地大物博，非须臾所能摭拾，四分五裂之际，兵连不解，则军实匮而内乱生。”要避免帝国主义瓜分中国，唯一的指望就是革命，因为“革命果成，取此深根宁极之政府而复灭之”，“朝气方新，威声远播”，才能挫抑帝国主义者的侵略气焰。
章太炎还大义凛然地对帝国主义侵略亚洲其他国家的罪恶行径进行揭露和声讨。他痛斥“帝国主义则寝食不忘者，常在劫杀，虽磨牙吮血，赤地千里，而以为义所当然”。他特别痛斥法帝国主义作为“始创自由平等于己国之主人”，而实施最不自由平等于他国，如对越南，便是“生则有税，死则有税，乞食有税，清厕有税，毁谤者杀，越境者杀，其酷虐为旷古所未有”。他反复重申，中国革命党人所说的民族主义，“非封于汉族而已，其他之弱民族，有被征服于他之强民族而盗窃其政权、奴隶其人民者，苟有余力，必当一匡而恢复之”。越南爱国志士阮尚贤在《东海赠章太炎先生》一诗中说：“烟涛万里一虚舟，岛国相逢话壮游。醉把奇书灯下读，满天风雨入西楼。”很生动地表现出了章太炎与亚洲各国革命者的密切关系。章太炎的这些言行，在当时同盟会成员中确实是独树一帜，与幻想“世界列国赞成中国之革新事业”的汪精卫、胡汉民等相比，表现出了鲜明的特色。
章太炎与幸德秋水、堺利彦等人共同参与的另一项重要活动，就是积极支持张继、刘光汉等创建“社会主义讲习会”。
刘光汉，原名师培，字申叔，江苏仪征人。从曾祖刘文淇以来，刘家一直以精研汉学著称，刘师培继承家学，年轻时，汉学方面的造诣已经很深。1903年，刘师培赴京会试，落第而归，途经上海，“晤章君炳麟及其他爱国学社诸同志，遂赞成革命”。秋，因在家乡宣传革命，遭到追捕，逃至上海，在章士钊、陈独秀等主持的《国民日日报》参与笔政。《国民日日报》停刊后，他又担任了《俄事警闻》、《警钟日报》的笔政。光复会成立后，他成为光复会会员，与敖嘉熊一道在浙江平湖一带从事革命活动。他在安徽，曾与陈独秀等一起创办岳王会。他所撰写的《攘书》、《中国民约精义》、《中国民族志》等著作，是他这一时期的代表作。1905年，他与邓实、黄节等创建国学保存会，以《国粹学报》为其宣传阵地。1907年2月中旬，他从上海来到日本，经张继介绍，结识幸德秋水、堺利彦等人，为无政府主义思潮所吸引，便在东京创办了《天义报》，宣布以“破坏固有之社会，颠覆现今一切之政府，抵抗一切之强权，以实行人类完全之平等”为其宗旨。在幸德秋水等人组织的社会主义金曜讲演会的影响下，1907年8月，刘师培和张继等创办了“社会主义讲习会”。由张继与刘师培联名发布的《社会主义讲习会广告》宣布：“近世以来，社会主义盛于西欧，蔓延于日本，而中国学者则鲜闻其说。虽有志之士，间倡民族主义，然仅辨民族之异同，不复计民生之休戚，即使光复之说果见实行，亦恐以暴易暴，不知其非。同人有鉴于此，慨社会主义之不昌，拟搜集东西前哲诸学术，参互考验，发挥光大，以饷我国民。又虑此学之不能普及也，拟设社会主义讲习会，以讨论此旨。”讲习会每周集会一次，由讲习会成员与日本幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣等出席讲演。
章太炎与刘师培的学术观点相近，1903年与刘师培相识后，即引以为知己。刘师培对章也十分推崇，癸卯岁末即1904年年初他写的《岁暮怀人》一诗，列蔡元培、吴保初、马君武、张继等九人，而以章太炎居首，感叹“枚叔说经王、戴伦，海滨绝学孤无邻。斋无灵晚村死，中原遍地多胡尘。”来到东京后，他受到章太炎的热烈欢迎。《民报》第十三号首篇文章就刊载他的《利害平等论》，署名“韦裔”。《民报》第十四、十五号，又以很大一部分篇幅刊载了刘师培的《清儒得失论》、《辨满人非中国之臣民》、《悲佃篇》。就中《悲佃篇》是《民报》上论述中国农民问题的一篇最突出的文章，也是辛亥革命准备时期革命派专门研究农民问题的一篇代表性著作。文章宣布：“豪富之田，不可不籍，然欲籍豪富之田，又必自农人革命始。夫今之田主，均大盗也……今夺其所有，以共之于民，使人人之田，均有定额，此则仁术之至大者也。夫陈涉起于佣耕，刘秀兴于陇亩，邓茂七亦起自佃民，虽所图之业或成或堕，然足证中国之农夫，非不足以图大举。世有陈涉、刘秀、邓茂七其人乎？公理之昌可计日而待矣。”这些观点，与章太炎《定版籍》提出的主张，《革命之道德》对农民的称颂以及在《民报》纪元节庆祝会上对平民革命的赞扬，思想倾向相当一致，而且比章太炎表达得更鲜明、更突出，理所当然地受到了章太炎的重视。
刘师培与张继创建社会主义讲习会的活动，得到了章太炎的大力支持。根据现有资料考知，从讲习会成立起，一直到1908年春，章太炎一直是讲习会活动的主要支持者和积极参加者。社会主义讲习会成立不久，章太炎就搬出了《民报》社，移住到刘师培和他的妻子何震所居住小石川久坚町二十七番地宅邸。1907年9月22日午后，在社会主义讲习会第三次集会上，章太炎做了专门演说，“痛斥国家学之荒谬并立宪之病民”。同年12月下旬，他又致函同盟会山东分会会长陈干，推荐张继专程去青岛“开讲社会主义一两礼拜”，并建议陈干不必匆匆忙忙去办学堂，“盖此事既须经费，讲师又不易求，不如专在学会讲社会主义为妙”。1908年3月20日朱希祖日记留有这一天章太炎在社会主义讲习会又一次发表演讲的记录：“下午偕屈君至清风亭，聆宫崎民藏讲社会主义及无政府主义派别，刘申叔讲出于宗教说。太炎讲人之根性恶，以其具好胜心，二物不能同在一处，即所谓排斥性也。而断定愈文明之人愈恶，愈野蛮其恶愈减。”