墨家将认识世界的过程简称为“辩”。《墨子·小取》说：“天辩者，将以明是非之分，审治乱之纪，明同异之处，察名实之理，处利害，决嫌疑。”墨家重客观，贵实践，表现在“辩”即认识论上，他们把知识按其来源不同分作亲知、闻知、说知三种。《墨子·经说上》：“传受之，闻也；方不，说也；身观焉，亲也。”在这三者之中，墨家以亲知为闻知与说知的基础。
亲，就是凭借五官直接去感知，章太炎以为相当于因明学上所说的“现量”。闻，指通过传授获得的知识，章太炎以为相当于因明学上所说的“声量”。他说：“传受为闻，故曰声量。”说，指借助推理获得的新知，章太炎以为相当于因明学上所说的“比量”。章太炎认为，在认识的不同阶段，面对不同的认识对象，亲、说、闻这三种认识方法的功效各不相同。比如，赤、白等显色，方、圆等形色，宫、徵等声，熏、臭等香，甘、苦等味，坚、柔、躁、湿、轻、重等触，这些现象“遇而可知，历而可识，虽圣狂弗能易”，认识这些现象的主要方法便应是“亲”，即直接感知，而衡定认识是否正确，也主要依据直接经验——“以身观为极”。另一类事物，无法直接感知，而必须借助于间接经验，才能认识。“往古之事，则征史传；异域之状，则察地志。皆非身所亲历，亦无术可以比知，其势不能无待传受。”这种认识方法即是“闻”。这些认识是否可靠，首先取决于这些史传、地志等等记载是否符合实际，这就是所谓“以传受之为极”。还有一类事物，既不能通过感性直观而认识，又不能靠传授而得知，“阻于方域，蔽于昏冥，县于今昔，非可以究省”，人们便“以其所省者善隐度其未所省者”，对这类事物或“检之以率”，或“齐之以例”，或“仪之以物”，以便“近得其真”。这些认识是否正确，则主要看综合、分析、演绎、归纳、推理、判断时，是否完全符合逻辑而不自相轩轾，这就是所谓“以方不障为极”。
章太炎指出：“今辩者所持，说尔。违亲与闻，其辩亦不立。”突出了亲身感知的知识与前人或他人感知而传承下来的知识在认识过程中的决定性作用。离开了这些感性直观得到的知识，综合、分析、演绎、归纳、推理、判断等等，便根本不能成立。然而，章太炎又反对因此而将“亲知”与“闻知”绝对化。他认为，简单化地断言“凡以说者，不若以亲”，或断言“原物之质，闻不若说，说不若亲”，往往会使认识误入歧途。因为个人亲身感知范围极其有限，直观本身也往往会发生差错，它们必须依靠“说”来衡定与辩证。因此，他提出：“凡原物者，以闻、说、亲相参伍。参伍不失，故辩说之术奏。未其参伍，固无所用辩说。”
所有这些论述都表明，这一时期，章太炎对于认识过程如何包含感性直观与理性思维两个阶段，对于这两个认识阶段如何相互区别而又互相制约，均有了比《儒术真论》及《訄书》时期远为明晰而深入的了解。在对于《瑜伽师地论》与《成唯识论》关于“触、作意、受、想、思”的论述、《荀子》的“正名”理论、《墨子》“亲、说、闻”学说的诠释疏解和批评订正中，可以看出，他确认感觉是认识过程的起点，确认感性认识是认识的初级阶段，确认经过一系列的抽象、概括、推理而形成的理性认识，代表了比较全面、比较深刻的高级认识阶段，这些都是他前期唯物主义认识论的继续，也是其新的发展。
然而，章太炎却并没有由此走向辩证唯物主义的反映论。列宁批判马赫主义时说过：“认识论的第一个前提无疑地就是：感觉是我们知识的唯一泉源。马赫承认了第一个前提，但是搞乱了第二个重要前提：人通过感觉感知的是客观实在，或者说客观实在是人的感觉的泉源。”章太炎在第一个前提面前，态度是十分积极的；在第二个前提面前，竟慑息不前了。在这个问题上，他亦步亦趋，重蹈了康德的覆辙。
康德把人的认识分作感性、知性、理性三个环节。他承认，感觉是由认识对象作用于人的感官而产生的，感性直观是知识的源泉。他同时指出，单纯的感觉所获得的知识是不完全的，通过知性或悟性获得的知识比之要优越得多，但后者又毕竟以前者为自己认识的基础。他曾很精辟地说过：“没有感性，我们就感受不到任何一个对象；没有悟性，我们就不能思考任何一个对象。没有内容的思维是空洞的，没有概念的直观是盲目的。”这些思想，明显地表现了感觉论与唯物主义的倾向。
然而，康德在进一步探究人的认识能力即人在认识过程中的能动作用时，却背离了他自己原来的这一倾向。他正确地指出，当认识对象作用于认识主体时，一方面，会在认识主体内留下感性印象或直观素材；另一方面，会触发认识主体发挥其主观力量来摄取和整理这些印象与素材。在此以后，认识便将从认识对象与认识主体的对峙，转变为认识主体自身内部认识能力与感性素材的交互作用，即认识主体主观的活动。认识主体怎样继续从事自身的认识活动呢？康德不是将认识的主观活动看做对客观世界更完全、更深入的反映，而是将认识的主观能动作用看做一种外在于客观世界的独立力量。他说，我们的一切知识固然都是从经验开始的，却不能说一切知识都来自经验，因为我们的认识能力自身为认识提供了空间、时间这样两种“感性直观的纯形式”，又提供了单一性、多数性、总体性等十二个“知性的纯粹概念或纯粹范畴”，这些“先天的知识形式”，是知识的又一来源。循此，他就在认识论方面走向了唯心主义的先验论。
列宁指出：“康德在承认经验、感觉是我们知识的唯一泉源时，他就把自己的哲学引向感觉论，并且通过感觉论，在一定的条件下又引向唯物主义。康德在承认空间、时间、因果性等等的先验性时，他就把自己的哲学引向唯心主义。”列宁：《唯物主义和经验批判主义》，见《列宁全集》，中文2版，第18卷，204页。这段话完全适用于章太炎，因为章太炎从感觉论和唯物主义转向唯心主义，失足之处与康德几乎完全一样。
章太炎利用法相唯识哲学所主张的“相、见二分”说，将认识活动从主客观对峙转到认识主体之内。
章太炎认为，无论是眼、耳、鼻、舌、身五识，还是由大脑产生的意识，当他们开始活动时，必定会同时产生“相、见二分”。“由有此识，而有见分、相分依之而起。如依一牛，上起两角。”什么叫做相分、见分呢？无性《摄大乘论释》说：“于一识中有相有见，二分俱转。相、见二分，不即不离。……所取分名相，能取分名见。……于一识中，一分变异似所取相，一分变异似能取见。”章太炎在《齐物论释》中曾引述了这段解释，并以为“似能取见”可订正为“似能取相”。章太炎在这里所使用的是古代印度哲学的语言。然而，相分，或所取分，其实就相当于康德所说的感性印象或直观素材；而见分，或能取分，就相当于康德所说的摄取或识别这些印象与素材的能力。章太炎正是借助于相分与见分，使认识从主客观的关系转为认识主体主观的活动。
认识主体是怎样凭借感性素材与认识能力即所谓相分与见分进行感觉与思维活动的呢？
章太炎首先分析了眼、耳、鼻、舌、身五识的活动。他写道：“五识惟以自识见分缘色及空以为相分。心缘境起，非现行则不相续；境依心起，非感觉则无所存。而此五识对色及空，不作色、空等想。”这一段话的意思是说：眼识系以赤、白等“显色”与方、圆等“形色”的有无为其“相分”，耳识系以声之有无为其相分，鼻识、舌识、身识则分别以香、味、触之有无为其相分。这五识的感觉活动，只有当“色及空”实际地刺激五官时，方才进行；一旦失去“色及空”的现行的作用，五识的活动就要中止。而“色及空”本身，也只有当五官对它们“取相”时，才能在五识中分别留下“相分”，为人们所感知；五官如果不去感觉，人们就不会感知它们的存在。所谓“此五识对色及空，不作色、空等想”，指眼、耳、鼻、舌、身虽能摄取色、声、香、味、触诸境相，五识自身却不能对这些境相进行思维。要产生“色、空等想”，必须有意识地积极活动。
意识是怎样积极活动的呢？章太炎以为，除去储存五识所接受的各种直观素材或信息之外，意识的活动，主要就是运用一系列“种子”或“原型观念”来整理和加工这些素材或信息。
章太炎说，“世识、处识、相识、数识、作用识、因果识，乃至我识，此七事者，情想之虎落，智术之垣苑”，“诸有知见，若浅若深，悉依此种子而现”。所谓世识，指现在、过去、未来等关于时间的观念；所谓处识，指点、线、面、体、中、边、方位等关于空间的观念；所谓相识，指色、声、香、味、触等关于表象的观念；所谓数识，指一、二、三等关于数量的观念；所谓作用识，指目的、行为等关于造作的观念；所谓因果识，指“彼由于此，由此有彼”等关于因果关系的观念；所谓我识，指“人我、法我”等关于自身的观念。章太炎以为，这七种观念是最基本的“种子”，“其他有无、是非、自共、合散、成坏等相，悉由此七种子支分观待而生成”。
章太炎这里所说的“种子”或“原型观念”，即相当于康德所说的“感性直观的纯形式”与“知性的纯粹概念或纯粹范畴”。章太炎以为这些“种子”或“原型观念”俱先于意识而存在，当意识未曾活动时，它们照样自存自在。他写道：“意识要有种子。若无种子，当意识不起时，识已断灭，后时何能再起？若尔，闷绝、熟眠等位，便当与死无异，云何得有觉寤？云何觉寤以后还复起心？由此证知，意虽不起，非无种子识在。”他所说的这些“种子”在认识过程中所起的作用，也与康德所说“纯形式”及“纯范畴”相同。他确认这些种子“非独笼罩名言，亦是相之本质”，就是认定只有借助于这些“种子”或“原型观念”，方才能够对感性印象、直观素材进行整理、加工，形成概念，进行推理，做出判断。诸种现象的本质，正是由此而得出的一些总结论。这样，在章太炎这里，便与康德那里一样，人们的认识因时间、空间、因果性等的所谓先验性质，便不再是从感觉、知觉到理性直线上升的简单演进，也不再是机械的、明镜般的映照与摹写。他们共同注意到了认识过程中这样一个基本事实，这就是：从感觉开始，认识的每一阶段，都回避不了既定的主观因素的影响与作用，甚至可以说，这种既定的主观因素在认识过程中往往还会发生支配性甚至是决定性的作用。
康德所说的“感性直观的纯形式”及“知性的纯粹概念或纯粹范畴”也好，章太炎所说的“种子”或“原型观念”也好，表面上，是纯主观的东西，其实，都依然是现实世界能动的反映。时间观念、空间观念、因果性观念等等，实际上，都是人们在漫长的历史进程中，在不断发展的社会实践基础上，通过一系列的抽象，在有条件地、近似地把握对象的全体与本质过程中，逐步形成的最普遍的概念与范畴。康德完全不了解、不承认这一客观的事实。章太炎与之不同，他承认所谓“熏习性”在“种子”形成过程中具有重要作用。他将“种子”分作“本有种子”与“始起种子”两类，说：
纯无记（即无善无恶）者，名为本有种子。杂善恶者，名为始起种子。一切生物，无不从于进化之法而行，故必不能限于无记，而必有善恶种子与之杂糅。不杂糅者，惟最初之阿米巴尔。自尔以来，由有覆放，种种善恶渐现渐行，熏习本识成为种子。是故阿赖耶识亦有善恶种子伏藏其间，如清流水杂有鱼草等物。
“本有种子”，他又称为“初种”；“始起种子”，他又称为“受熏之种”。他说：“彼六识者，或施或受，复归于阿罗耶。藏万有者，谓之初种；六识之所归者，谓之受熏之种。”表达的是同样的意思。
在这里，章太炎承认“始起种子”或“受熏之种”是后天的产物，是生物进化过程中不断地反复接受外界影响并做出反应而最终形成的一般概念，这比之康德的先验论，无疑前进了一大步。然而，章太炎并未承认这些“种子”是客观世界能动的反映，这就使他自己的认识论最后还是没有能突破康德二元论或先验论的藩篱。
认识论，在中外哲学中，都是一个古老的课题。然而，在古代，哲学家们对此大多只做了片断的研究。比之宇宙论、人生论，这是一个远为落后的领域。到了近代，伴随着资本主义的产生与发展，人们的眼界较之往昔无可比拟地扩大了。自然界、社会以及人们自身，都有大量问题有待探究与认识。从哲学的普遍性深入考察认识的性质与起源，了解认识能力的发展及其限度，确定认识的真理性并不断改善认识世界的方法，成了空前急迫而重要的任务。在西方各国，近三百年来，认识论有了突飞猛进的发展，一跃而成为近代哲学的中心。在近代中国，由于传统的宇宙观、人生观对人们精神的桎梏过于强固，决定了哲学的首要使命，就是直接引进西方的进化论与之相颉颃，好使人们的精神从窒息状态中苏醒过来。康有为、严复、谭嗣同等人，或多或少地都曾注意过探究认识论方面的问题，但多不系统，也不深入，整个说来，这个领域迟迟未能摆脱古代的落后状态。章太炎对于认识论的专门研究，使这一状态发生了决定性的转变。从《訄书》到《民报》、《国故论衡》、《齐物论释》，章太炎对于认识论一步比一步深入的研究表明，他是多么认真地研究了包括康德、洛克等人在内的近代西方哲学关于认识论的学说，又多么仔细地发掘了中国古代哲学中墨子、荀子、法相唯识哲学关于认识论的珍贵遗产。他以巨大的理论勇气，对认识中一系列重大问题进行了追踪与思考。尽管他没有能够对这些问题一一给予正确的解决，但是，提出这些问题，引导人们从新的角度去探究这些问题，同样是对认识论研究的有力推动。
“真如”哲学体系的构成