章太炎在中国政治革命进行途中发动了哲学革命。他循着康德也即哥白尼的思想路线，对思维的源泉、范围，对思维主体与思维能力的局限，逐一做了深入的考察，建立了自己的唯识论哲学体系。他详细说明了认识的过程与要领，又通过将思维与存在对立起来的办法，推翻一切已经达到或即将达到客观真理、绝对真理和终极真理的说教。他极力论证，思维如何自己规定了自己，但是，他的目标却不是“理性法庭”的建立。理性究竟实际意味着什么，西方资本主义的现实已经使他对此不再充满玫瑰式的幻想。他强调“是云非云，不由天降，非自地作，此皆生于人心”，强调“见、相本无定法”，“能觉者既殊，则所觉者非定”，强调“是非所印，宙合不同，悉由人心顺违，以成串习”，对所有的观念形态，包括康德视做至高无上的“理性”在内，是否具有永恒真理性，都做出了否定的答案。
然而，章太炎在这个比之康德更为彻底的否定后面，并非毫无肯定。他提倡所谓“齐物”哲学：“体非形器，故自在而无对；理绝名言，故平等而咸适。”这是他对所谓“齐物”哲学所做的最为简明扼要的概括。“体非形器，故自在而无对”，说的是要从一切矛盾或康德所说的“二律背反”中解脱出来而进入自由王国，就必须确认只有“真如”才是唯一的本体，其他任何有一定形体、器质的东西，都不可能是世界万物的根本与源泉。他在解释“齐物”一词的含义时说过：“齐物者，一往平等之谈。详其实义，非独等视有情，无所优劣，盖离言说相，离名字相，离心缘相，乃合齐物之义。”“离言说相，离名字相，离心缘相”，就是要使人们对现象世界的认识，摆脱认识所固有的主观性、片面性，摆脱人们在认识过程中经常将现象世界绝对化、凝固化的倾向，直达“真如”本体，觉悟到现象世界尽管气象万千，但它们的本体毫无例外地都是那永恒而唯一的客观实在“真如”。章太炎以为，只有这样，才能真正达到“一往平等”。“理绝名言，故平等而咸适”，说的是要真正实现平等，就必须将人们所宣布的这样或那样的规律、法则、天理、公理等等一概加以扫除，正视和承认一切现实的差别，使之各得其所。扫除以往种种自封为绝对真理的规律、法则、天理、公理，并非可以胡作非为。“齐物者，吹万不同，使其自已。……不慕往古，不师异域，清问下民，以制其中。……其要在废私智，绝悬，不身质疑事，而因众以参伍。”没有什么绝对真理、客观真理，人们所作所为，当“一切以利益众生为念”。这就是章太炎的“真如”哲学运用于实践得出的总结论，章太炎哲学的时代特征与革命实质，也正是在这个总结论中最为清楚地表现了出来。
于此可见，章太炎的哲学，结束了以为人的思维与行动的一切结果具有绝对性质与最终性质的想法，“清问下民”、“因众以参伍”和“一切以利益众生为念”，为认识论的发展提出了一个充满了民主主义精神的新标准，这无疑是思想史上的一个革命性的事件。然而，从本质上看，章太炎不承认世界的发展是一个由低级上升到高级的必然过程，不承认思维与存在之间除去对立的一面外还有统一的一面，这就使他所从事的革命成了无根之木，异常脆弱。章太炎主张“清问下民”、“因众以参伍”、“一切以利益众生为念”，以为只能以此为衡定是非的最终标准，这比之康德前进了一大步，因为他在这里提出了广大民众与社会生活本身在衡定人的思维真理性中具有决定性作用这样的问题。然而，究竟怎样科学地认识社会生活，又究竟怎样“清问下民”，这些问题在他那里都没有解决，他也就与康德一样，最终还是解决不了人们的思维、观念是否具有真理性的问题。早在19世纪40年代，马克思就已指出：“人的思维是否具有客观的［gegenstndliche］真理性，这不是一个理论的问题，而是一个实践的问题。人应该在实践中证明自己思维的真理性，即自己思维的现实性和力量，自己思维的此岸性。”尽管时间过去又已经六十多年，中国的思想家们对这一崭新的世界观仍是一无所知，中国的社会环境对于接受这样的世界观也还没有提供足够的准备条件。因之，章太炎“真如”哲学体系固然在许多重要环节上表现了真知灼见，最后还是不得不重蹈康德的覆辙。
“操齐物以解纷，明天倪以为量”的尝试
章太炎在精心构造自己哲学思想体系的同时，按照他自己宣布的“操齐物以解纷，明天倪以为量”的原则，对过去各种哲学派别逐一进行评判，进一步阐明自己的哲学观点。
章太炎说，要确认他所阐述的世界观，就必须切实纠正两种常见的偏向，一为“增益执”，二为“损减执”。所谓“增益执”，指“于无，无因强立为有”；所谓“损减执”，指“于有，无因强拨为无”。前者，主要是指强行将人们的主观意念或正在变幻中的某些具体事物规定为万物本体、客观实在；后者，主要是指拒不承认宇宙万象都自有“种子”为其客观依据；而这两者，都是由于不了解“真如”的性质以及遍计所执性、依他起性、圆成实性的区别所致。章太炎认为，唯我论、唯物论、有神论、唯理论等种种先前哲学，几乎都是在这两点上失足的。逐一研究它们是如何失足的，将可以更深刻地了解“真如”的特征。他所说的“操齐物以解纷，明天倪以为量”，就是以他自己的哲学对先前各种哲学思想体系逐一进行评介。章太炎哲学的性格在这里进一步表现出来。
章太炎以为，由“增益执”导致的第一种颠倒了的世界观，就是古印度数论派和近代西方费希特、叔本华所代表的主观唯心主义、唯我主义。
章太炎介绍数论派的观点说：“僧佉(译曰数论)之说，建立神我。以神我为自性三德所缠缚，而生二十三谛。此所谓惟我论也。”数论以所谓“二十五谛”构成其哲学体系，这二十五谛又分作三大部分：其一为“自性”，由所谓“忧德、喜德、德”三要素构成，这三种要素相互冲突，便会产生一系列变易，所以，“自性”是为“作者”；其二为“变易”，包括中间“二十三谛”，变易的次序是“自性”生“大”(或名“觉”、“想”、“智”、“慧”)，“大”生“我慢”(或名“转异”)，“我慢”生“五唯”(声、触、色、味、香)、“五知根”(耳、皮、眼、舌、鼻)、“五作根”(口、手、足、男女根、大遗根)以及“心根”，其中“五唯”又分别产生“五大”(空大、风大、火大、水大、地大)；其三为“神我”，以“思”或“知”为其根本，它不生不灭，是为“见者”。数论派以为，这三个部分之中，起决定或核心作用的是独立自在的“神我”，只有当它与“自性”结合起来，方才能实际地产生“变易”，显现“二十三谛”。“我也与自性合，如生盲人负生跛人，是和合者能生世间。”章太炎评论数论派的这些观点说：“说神我者，以为实有丈夫，不生不灭。其说因于我见而起。乃不知所谓我者，舍阿赖耶识而外，更无他物。此识是真，此我是幻。执此幻者以为本体，是第一倒见也。”
章太炎认为，费希特、叔本华的观点与数论派的观点实际上差不多。他写道：“似僧佉派而或进或退者，则前有吠息特，后有索宾霍尔是也。”费希特、叔本华都是从康德出发，但抛弃康德哲学中的“自在之物”，而走向主观唯心主义与唯我主义的。费希特宣称，康德的“物自身是一种纯粹的虚构”，是“完全没有实在性”的，离开了“自我”，离开了人的主观精神，一切都是虚构。他将“自我”说成独立自在的本源性的实体，“绝对地、无须任何根据地有效”，并“能为一切有根据的判断的根据”。整个宇宙运动，在他这里，被解释为“自我建立本身”、“自我建立非我”和“自我与非我统一”的过程。叔本华表面上承认康德关于自在之物的世界与现象世界的区分，但是，他将自在之物歪曲为所谓“生活意志”、“生存意志”或“生命意志”，说正是这个“意志”构成了“世界的内容和本质”，它“既是每一特殊事物的内在本质和核心，也是全部事物的实质和核心，它既表现于盲目的自然力中，也表现于人的自觉的行为中”，“世界上形形色色的事物，都是这个意志的表现、客观化，世界只是这个意志的一面镜子”。叔本华还更进一步，将这个意志世界归结为“我”的意志，宣称：“任何一切属于世界或可能属于世界的东西都不可避免地为主体所决定，并且只是为了主体而存在。”他的最终结论因而就是：“世界是我的表象。”章太炎认为，费希特、叔本华的这些观点，属于和僧佉派一样的颠倒了的世界观。
僧佉派、费希特、叔本华都将“我”看做自性永存的绝对实体。章太炎很不客气地指出：“邪见所指为我……寻其界说，略有三事：恒常之谓我，坚住之谓我，不可变坏之谓我。质而言之，我者，即自性之别名。此为分别我执，属于遍计所执自性者。”《成唯识论》解释“分别我执”一词的含义时说过：“分别我执，亦由现在外缘力故，非与身俱。要待邪教及邪分别，然后方起，故名分别。唯在第六意识中有。此亦二种：一、缘邪教所说蕴相，起自心相，分别计度，执为实我；二、缘邪教所说我相，起自心相，分别计度，执为实我。”章太炎说，僧佉派的“神我”，费希特的“自我”，叔本华的“我的意志”，其实都是因“邪见”而起的这种“分别我执”。所谓“属于遍计所执自性”，即指它们皆“由意识周遍计度刻画而成”，都是意识在对事物进行普遍的分别计较时将意识活动的产物执著为实有，所导致的结果。
章太炎断然宣称：“遍计所执之我，本是绝无。”游离于因缘关系之外，或者只成为因缘关系的起点或终点的绝对实体“我”，是根本不存在的。《人无我论》从十个方面对此做了论证。文章指出，如果“我”是绝对自在的实体，那么，它就不受任何设定，也不受制于其他任何条件，既然如此，“我非形色，亦非领受，亦非名号，亦非作业，亦非心识”，就“不应与彼五蕴和合而称为我”，然而，“若不和合，所谓我者，毕竟安在？”文章针对僧佉派关于“思”或“知”为“神我”根本的论点反诘道：“世界造作事业，为以思为本因，为以我为本因？若以思为本因者，但是思作，而非我作；若以我为本因者，我既常住，不应更待思觉方能造作。若谓思在故我在，思即是我者，是则无思之时即无有我。”这种自相矛盾的状况恰好证明了作为“绝对实体”的“神我”、“自我”纯属虚构。文章针对将“我”视为永恒而绝对的实体这一论点，进一步诘责说：“此我为依自故能有所作，为依他故能有所作？若依自者，此我既常，而自作生灭病苦杂染等事，不应道理；若依他者，我有所依，则已失我性，既非绝对，而能常住，不应道理。”这也就指出了费希特“自我”说的致命之处，既然自我为永恒的实体，为什么要产生出“非我”呢？既然于自我之外，复有非我存在，那么，自我的所谓绝对性、永恒性也就成了空话。文章还分别从其他许多方面反复论证，“谛实常住”的“神我”、“自我”并不存在。
章太炎截然否认“我”为“谛实常住”的绝对本体，但并不否认人们通常所说的“我”的存在。他写道：“常人所指为我，自婴儿堕地已有顺违哀乐之情，乃至一期命尽，无一刹那而不执有我见。……此为俱生所执，属于依他起自性者。”《成唯识论》在解释“俱生我执”时说过：“俱生我执，无始时来，虚妄熏习内因力故，恒与身俱，不待邪教及邪分别，任运而转，故名俱生。”所谓“依他起自性”，指依托各种“因缘”而形成的具有相对确定性的一类“自性”或“本质”。《瑜伽师地论》曾解释说：“云何依他起自性？谓从众缘所生自性。”“依他起自性，由何故依他？答：由因缘故。”章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等所说的“神我”、“自我”，属于“遍计所执自性”，纯属观念的虚构，实际根本不可能存在；而一般人所谓的“我”，属于“依他起自性”，则与此不同。它不是观念的虚构，而是实际存在的各种因素、条件互相作用的产物。作为缘生的结果，它当然要受制于各种缘生的条件与前提，它的所谓“本质”必须依从许多具体的设定，它并非永恒而绝对的实体，而只是一种具有相对确定性的存在，即“幻有”。但是，“所谓依他起之我者，虽是幻有，要必依于真相。譬如长虹，虽非实物，亦必依于日光、水气，而后见形。此日光、水气是真，此虹是幻。所谓我者，亦复如是” 。正是在这一点上，“依他起自性”之“我”与“遍计所执自性”之“我”明确地区分了开来。
所谓“依他起”之“我”，所依的真相究竟是什么呢？章太炎说：“自阿赖耶识建立以后，乃知我相所依，即此根本藏识。此识含藏万有，一切见相，皆属此识枝条，而未尝自指为我。于是与阿赖耶识展转为缘者，名为意根，亦名为末那识，念念执此阿赖耶识以为自我。”③“我为幻有，而阿赖耶识为真。即此阿赖耶识，亦名为如来藏，特以清净杂染之分，异其名相。”“依他起”之“我”不是凭空产生的，不是人们主观的意念推演、设想出来的，它的产生与存在，正表现了作为万物本体的“真如”或“阿赖耶识”的客观存在，也只有依托于“真如”或“阿赖耶识”，“依他起”之“我”方才能够成立。
章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等人的根本性错误，就是不承认“真如”为唯一的本体，而臆造出一个“神我”或“自我”精神实体来取代“真如”。他写道：“若以佛法相稽，惟许有阿赖耶识，并不许有神我。”“阿赖耶识所变我相，五蕴所集我相，非实、非遍、非常，故说无我。”僧佉派、费希特、叔本华舍弃“真如”本体于不顾，反而“执此幻者以为本体”，所以，便成了“第一倒见”。
在说明“真如”或阿赖耶识如何产生“依他起”之“我”时，章太炎反复强调说：“唯识云者，许各各物皆唯是识，非许唯有自心一识。”“阿赖耶识为情界、器界之本，非局限于一人。”“真如”或阿赖耶识并非独立存在的某一具体的物，更非随同各种主观意念的不同而互为区别的精灵，它存在于“情界、器界”所有的“依他起”之“我”中，并构成它们共同的普遍的本质。他断言，若不坚持这一点，便会使“真如”或“阿赖耶识”蜕变为僧佉派所说的“神我”：“一切众生，同此真如，同此阿赖耶识。是故此识非局自体，普遍众生，惟一不二。若执自体为言，则惟识之教，即与神我不异。”